病名における「-性」の分析 : 一般書籍との比較から

Osaka UniversityOsaka UniversitySeinan Jo Gakuin UniversitySeinan Jo Gakuin UniversityNational Institute for Japanese Language and Linguistics会議名: 言語資源活用ワークショップ2020, 開催地: オンライン, 会期: 2020年9月8日−9日, 主催: 国立国語研究所 コーパス開発センター医療用語（病名）には，「-性」という語構成要素を含む合成語が多いが，どのような要素と「性」が結合するのか，また，どのように病名を構成するのかについては未だ詳らかではないといえる。本発表では，実践医療用語辞書ComeJisyo の見出し語を対象に「-性」を含む病名を調査し，その特徴について分析した。また，BCCWJ の書籍サブコーパスにおける「-性」の用例と比較することで，得られた特徴が病名特有のものであるかを検討した。病名における「-性」では「先天性」「多発性」「急性」などが高頻度に用いられ，「急性細菌性髄膜炎」のように他の「-性」との共起も見られる一方，書籍では「-性」の連続は見られず，「可能性」「必要性」のようにそれ自体が主語となる（体言用法の）ものが高頻度であるという違いが見られた。病名においては，一語で的確に症状を表現する必要があるため，「-性」を用いた細分化が行われていると考えられる

実践医療用語の語構成要素への分割と意味ラベル付与の試み

National Institute for Japanese Language and LinguisticsSeinan Jo Gakuin UniversitySeinan Jo Gakuin UniversityMejiro UniversityOsaka University会議名: 言語資源活用ワークショップ2019, 開催地: 国立国語研究所, 会期: 2019年9月2日−4日, 主催: 国立国語研究所 コーパス開発センター本発表では、電子医療記録に含まれる実践医療用語の語構成を明らかにするために、独自に設計した語構成要素への分割とそれに対する意味ラベルの付与を行い、意味ラベルによる語構成のパターンを調査した。調査対象は、ComeJisyoSjis-1（111,664語）から、『分類語彙表 増補改訂版』に収録されている語を含む約7,000語から抽出した1,000語である。これらを短単位よりやや長めの語構成要素に分割し、意味ラベルを付与した。意味ラベルは、石井（2007）の複合名詞の語構造把握のための意味分類を参考にしたが、実践医療用語のために独自に設けたものも多い。分析結果から、以下のような点が明らかになった。(1)語構成要素数が2個と3個のものが全体の8割以上を占める。(2)意味ラベルは、「疾患」「身体部位」「状態」「症状」「医療行為」「時間」「生理」の7つで全体の約8割を占める。(3)意味ラベルは、語頭により多く出現するもの（「身体部位」「時間」）や語末により多く出現するもの（「医療行為」「症状」「障害」）などがあり、分布に偏りが見られる

病名を表す合成語の語末調査

Seinan Jo Gakuin UniversitySeinan Jo Gakuin UniversityOsaka UniversityOsaka UniversityNational Institute for Japanese Language and Linguistics会議名: 言語資源活用ワークショップ2020, 開催地: オンライン, 会期: 2020年9月8日−9日, 主催: 国立国語研究所 コーパス開発センター本研究では合成語の語末により病名の判別が可能か否かを確認するために合成語の語末調査を行った。具体的には、病名を表す合成語5,465 語について語末のunigram、bigram、trigram を調べた。加えて、筆者等が着手している電子カルテに記載された合成語を対象とした語構成要素解析で定めた語単位で、合成語を分割した場合に語末となる語構成要素の頻度を調べた。その結果、（1）右側主要部の規則による意味を用いた判別が可能なこと、（2）病名の末尾には「ヘモクロマトーシス」のようなカタカナ語があり、文字単位での判別より語単位の判別の方が適していることが分かった。また、意味ラベル「接尾語」が付与された語構成要素と、「病名」が付与された語構成要素の内「接尾語」を含まない要素を用いることで「病名」の機械的な判別が可能であることが示唆された

「急性」を含む病名の語構成

Seinan Jo Gakuin UniversitySeinan Jo Gakuin University, PhysicianOsaka UniversityPhysicianNational Institute for Japanese Language and Linguistics会議名: 言語資源ワークショップ2022, 開催地: オンライン, 会期: 2022年8月30日-31日, 主催: 国立国語研究所 言語資源開発センター「急性骨髄性白血病」のように「～性」が複数含まれ、かつ「急性」を含む病名において、「急性」の緊急度と語順の関係を調べるために、『現代日本語書き言葉均衡コーパス』(BCCWJ)に出現した当該の病名28語について、BCCWJ、医師経過記録、多職種共有の経過記録での出現頻度を求めた。その結果、①「急性」は語頭に多く出現すること、②医療現場では使われない病名があること、③医療現場では「急性」無しの病名が多く使われていること、④「急性」とその他の「～性」の語順を変えた同義語が存在することが分かった

Word Component Database for “Hands-On Medical Terms” (Version 3) Specification

会議名: 言語資源ワークショップ2023, 開催地: オンライン, 会期: 2023年8月28日-29日, 主催: 国立国語研究所 言語資源開発センター我々は、医療用語の合成語の語構造および語構成要素とその意味を明らかにすることを目的に、合成語7,087語を分析し『実践医療用語_語構成要素語彙試案表 Ver.2』を作成した。この作成の過程で、(1)医療用語の選定方法、(2)分割単位の曖昧性、(3)語構造の記述方法、(4)意味ラベルの命名と付与方法に課題がみつかった。そこでこれらの課題を検討し、改良版の試案表Ver.3の作成に着手している。本発表では、改訂版Ver.3の公開にむけて、これらの問題点と当面の方針について述べる。application/pdf奈良先端科学技術大学院大学杏林大学大阪大学京都大学関西大学国立国語研究所Nara Institute of Science and TechnologyKyorin UniversityOsaka UniversityKyoto UniversityKansai UniversityNational Institute for Japanese Language and Linguisticsconference pape

実践医療用語の語構成要素抽出の試み

Shonan Institute of TechnologyNational Institute for Japanese Language and LinguisticsMejiro UniversitySeinan Jo Gakuin UniversityNational Institute for Japanese Language and LinguisticsSeinan Jo Gakuin University会議名: 言語資源活用ワークショップ2018, 開催地: 国立国語研究所, 会期: 2018年9月4日-5日, 主催: 国立国語研究所 コーパス開発センター医療現場で用いられる電子カルテなどの記録文書（医療記録）に専門用語としての医療用語が大量に含まれている。医療記録に記載された言語情報を正確に理解・活用するためにはこれらの医療用語の理解が必要となる。医療記録に含まれる語には、複数の語からなる複合語や臨時一語も多く、これらは、病名、身体の部位名、処置名、薬剤名等、様々な用語から構成されている。しかし、現在はこの語構成要素の組み合わせのパターンや語構成要素間の関係などが曖昧である。そこで、本研究では複数の語からなる実践医療用語の語構成要素の抽出を試みた。語構成要素の条件を独自で定義した後、ComJisyoV5、と今後公開予定のV6の登録候補語に対象として、MecabMeCab0.996とUniDic-cwj-2.2.0を利用して形態素解析を行った。分割された単語の品詞情報を手がかりにして、単一単位となり得る品詞列を抽出した。次に抽出した候補リスト以外に語構成要素となる品詞列があるかについて検討を行った

実践医療用語 語構成要素語彙試案表 Ver.2.0 の構築

Osaka UniversityKyorin UniversitySeinan Jo Gakuin UniversitySeinan Jo Gakuin University, PhysicianPhysicianKansai UniversityNational Institute for Japanese Language and Linguistics会議名: 言語資源ワークショップ2022, 開催地: オンライン, 会期: 2022年8月30日-31日, 主催: 国立国語研究所 言語資源開発センター医療記録データには、複数の単語が連結された合成語が多く存在する。そのため、自然言語処理を効率的に行うためには、合成語の語構成や、それらの構成要素の意味に着目し、合成語の構造を明らかにする必要がある。しかし、医療記録は非公開という資料的特質のため、言語学的な調査があまり行われてこなかった。また、医療関係者における意味のある言語単位も定まっておらず、整理の必要があった。こうした背景に基づいて作成した言語資源が『実践医療用語_語構成要素語彙試案表 Ver.2.0』である。本試案表は、『実践医療用語辞書ComeJisyoSjis-1』より抽出した合成語より作成した『実践医療用語_語構成要素語彙試案表Ver.1.0』を更新したもので、7,087語の合成語について、それぞれを構成する語構成要素6,633種と、語構成要素に付与した意味ラベル41種を収録している。本発表では、Ver1.0からの変更点と、本言語資源の特徴、意味ラベルに注目した語構成要素について概観を行った

Id2-, RORγt-, and LTβR-independent initiation of lymphoid organogenesis in ocular immunity

The eye is protected by the ocular immunosurveillance system. We show that tear duct–associated lymphoid tissue (TALT) is located in the mouse lacrimal sac and shares immunological characteristics with mucosa-associated lymphoid tissues (MALTs), including the presence of M cells and immunocompetent cells for antigen uptake and subsequent generation of mucosal immune responses against ocularly encountered antigens and bacteria such as Pseudomonas aeruginosa. Initiation of TALT genesis began postnatally; it occurred even in germ-free conditions and was independent of signaling through organogenesis regulators, including inhibitor of DNA binding/differentiation 2, retinoic acid–related orphan receptor γt, lymphotoxin (LT) α1β2–LTβR, and lymphoid chemokines (CCL19, CCL21, and CXCL13). Thus, TALT shares immunological features with MALT but has a distinct tissue genesis mechanism and plays a key role in ocular immunity

The whole blood transcriptional regulation landscape in 465 COVID-19 infected samples from Japan COVID-19 Task Force

「コロナ制圧タスクフォース」COVID-19患者由来の血液細胞における遺伝子発現の網羅的解析 --重症度に応じた遺伝子発現の変化には、ヒトゲノム配列の個人差が影響する--. 京都大学プレスリリース. 2022-08-23.Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a recently-emerged infectious disease that has caused millions of deaths, where comprehensive understanding of disease mechanisms is still unestablished. In particular, studies of gene expression dynamics and regulation landscape in COVID-19 infected individuals are limited. Here, we report on a thorough analysis of whole blood RNA-seq data from 465 genotyped samples from the Japan COVID-19 Task Force, including 359 severe and 106 non-severe COVID-19 cases. We discover 1169 putative causal expression quantitative trait loci (eQTLs) including 34 possible colocalizations with biobank fine-mapping results of hematopoietic traits in a Japanese population, 1549 putative causal splice QTLs (sQTLs; e.g. two independent sQTLs at TOR1AIP1), as well as biologically interpretable trans-eQTL examples (e.g., REST and STING1), all fine-mapped at single variant resolution. We perform differential gene expression analysis to elucidate 198 genes with increased expression in severe COVID-19 cases and enriched for innate immune-related functions. Finally, we evaluate the limited but non-zero effect of COVID-19 phenotype on eQTL discovery, and highlight the presence of COVID-19 severity-interaction eQTLs (ieQTLs; e.g., CLEC4C and MYBL2). Our study provides a comprehensive catalog of whole blood regulatory variants in Japanese, as well as a reference for transcriptional landscapes in response to COVID-19 infection

DOCK2 is involved in the host genetics and biology of severe COVID-19

「コロナ制圧タスクフォース」COVID-19疾患感受性遺伝子DOCK2の重症化機序を解明 --アジア最大のバイオレポジトリーでCOVID-19の治療標的を発見--. 京都大学プレスリリース. 2022-08-10.Identifying the host genetic factors underlying severe COVID-19 is an emerging challenge. Here we conducted a genome-wide association study (GWAS) involving 2, 393 cases of COVID-19 in a cohort of Japanese individuals collected during the initial waves of the pandemic, with 3, 289 unaffected controls. We identified a variant on chromosome 5 at 5q35 (rs60200309-A), close to the dedicator of cytokinesis 2 gene (DOCK2), which was associated with severe COVID-19 in patients less than 65 years of age. This risk allele was prevalent in East Asian individuals but rare in Europeans, highlighting the value of genome-wide association studies in non-European populations. RNA-sequencing analysis of 473 bulk peripheral blood samples identified decreased expression of DOCK2 associated with the risk allele in these younger patients. DOCK2 expression was suppressed in patients with severe cases of COVID-19. Single-cell RNA-sequencing analysis (n = 61 individuals) identified cell-type-specific downregulation of DOCK2 and a COVID-19-specific decreasing effect of the risk allele on DOCK2 expression in non-classical monocytes. Immunohistochemistry of lung specimens from patients with severe COVID-19 pneumonia showed suppressed DOCK2 expression. Moreover, inhibition of DOCK2 function with CPYPP increased the severity of pneumonia in a Syrian hamster model of SARS-CoV-2 infection, characterized by weight loss, lung oedema, enhanced viral loads, impaired macrophage recruitment and dysregulated type I interferon responses. We conclude that DOCK2 has an important role in the host immune response to SARS-CoV-2 infection and the development of severe COVID-19, and could be further explored as a potential biomarker and/or therapeutic target