Morphological, genetical and ecological discrimination of sympatric Coastal Guinea Mastomys (Mammalia : Rodentia) species (West Africa) : implications for health and agriculture

Cytogenetic and molecular tools have shown the existence of two sibling species of the multimammate rat in Coastal Guinea : M. erythroleucus and M. huberti from Mankoutan locality. Here we present the study of the unique population of M. huberti ever recorded in Guinea, distant from 350 km from the closest locality in Senegal and representing the southernmost point of the species’ disjunct distribution. In order to clarify its ecological preferences and define its degree of sympatry with M. erythroleucus, we have searched for morphological and morphometric criteria allowing reliable identification of the species in Coastal Guinea. Discriminant Factorial Analyses (DFA) were performed on external and skull measurements for respectively 108 and 106 previously genetically typed individuals. All discriminant analyses showed that the 100 % rate of good classification is never attained. Misclassifications of 55.6 % of the specimens were obtained in the field by using external fur colour and aspect whereas the error score ranged from 4.5 to 8 % by using DFA on external measurements. Furthermore, DFA on skull measurements gave 100 % of correct classification for M. huberti - which is characterized by a smaller size - against 96.97 % for M. erythroleucus. In the same time, we were able to define the local specific habitat of each species. In Mankountan, M. huberti is never found into houses but prefers wet rice fields, while M. erythroleucus is found both in houses and cultures as well as in wet rice fields where it is found in syntopy with M. huberti at the end of the dry season. In Yerende, a hundred kilometres from Mankoutan, we only caught M. erythroleucus both in houses and fields. This study once again highlights the importance of a deep taxonomic knowledge of small mammals’ diversity for sanitary and agricultural risks evaluation but also confirms the problems of identification encountered with rodent sibling species living in sympatryLes analyses cytogénétiques et moléculaires ont mis en évidence la présence de deux espèces jumelles de Mastomys en Guinée Maritime: M. ervthroleucus et M. huberti dans la localité de Mankoutan. Il s'agit de la première étude de la seule population de M. huberti rencontrée en Guinée située à 350 km de la population la plus proche du Sénégal, à l'extrémité Sud de l'aire de distribution disjointe de l'espèce. Afin de définir ses préférences écologiques, nous avons recherché des critères morphologiques et morphométriques pour identifier les deux espèces de Mastomys afin de mieux définir leur degré de sympa-trie. Des Analyses Factorielles Discriminantes (AFD) effectuées sur les caractères externes et crâniens de 108 et 106 individus ayant fait l'objet d'analyses moléculaires (cyt.b) et /ou cytogénétiques, provenant de deux localités proches, montrent que l'on ne peut jamais discriminer avec 100 % de certitude les spécimens en 'peau' et 'crâne'. Le taux d'erreur de détermination des deux espèces atteint 55,6 % pour la coloration et l'aspect du pelage sur le terrain, il oscille entre 4,5 et 8 % en AFD sur les mesures externes. Cependant avec les mesures crâniennes traitées par AFD, les M. huberti se distinguent à 100 % par une taille légèrement plus faible, contre 96,97 % chez M. erythroleucus. Parallèlement, nous avons pu préciser l'habitat spécifique aux deux espèces dans la même localité. Ainsi, à Mankountan, M. huberti n'est jamais rencontré dans les maisons et préfère les champs de riz inondés. M. erythroleucus est présent à la fois dans les maisons et dans les champs, quelquefois dans les rizières inondés où, à la fin de la saison sèche, il se retrouve en syntopie avec M. huberti. La localité de Yerendé située à 100 km de Mankountan n'a livré que des M. erythroleucus, présents à la fois dans les maisons et les champs. Cette étude montre l'importance d'une connaissance approfondie de la systématique et de la diversité des petits mammifères nuisibles pour l'évaluation des risques sanitaires et agricoles et confirme les difficultés d'identification morphologique des espèces jumelles chez les rongeurs

Mastomys natalensis and Lassa Fever, West Africa

PCR screening of 1,482 murid rodents from 13 genera caught in 18 different localities of Guinea, West Africa, showed Lassa virus infection only in molecularly typed Mastomys natalensis. Distribution of this rodent and relative abundance compared with M. erythroleucus correlates geographically with Lassa virus seroprevalence in humans

Complete genome sequence of Ebrios, a novel T7virus isolated from the Ebrie Lagoon in Abidjan, Côte d’Ivoire

The lytic Escherichia coli phage Ebrios was isolated from a water sample collected in Ebrie Lagoon on the Adiopodoumé River in Abidjan (Republic of Côte d’Ivoire, West Africa). The linear genome of this Podoviridae family member contains 39,752 bp, has a G+C content of 52.9%, is composed of 53 open reading frames, and is related to the Stenotrophomonas maltophilia phage IME15

Discrimination morphologique, génétique et écologique de deux espèces sympatriques de Mastomys (Mammalia : Rodentia) en Guinée Maritime (Conakry) : implications pour la santé et l’agriculture

Morphological, genetical and ecological discrimination of sympatric Coastal Guinea Mastomys (Mammalia : Rodentia) species (West Africa) : implications for health and agriculture. Cytogenetic and molecular tools have shown the existence of two sibling species of the multimammate rat in Coastal Guinea : M. erythroleucus and M. huberti from Mankoutan locality. Here we present the study of the unique population of M. huberti ever recorded in Guinea, distant from 350 km from the closest locality in Senegal and representing the southernmost point of the species’ disjunct distribution. In order to clarify its ecological preferences and define its degree of sympatry with M. erythroleucus, we have searched for morphological and morphometric criteria allowing reliable identification of the species in Coastal Guinea. Discriminant Factorial Analyses (DFA) were performed on external and skull measurements for respectively 108 and 106 previously genetically typed individuals. All discriminant analyses showed that the 100 % rate of good classification is never attained. Misclassifications of 55.6 % of the specimens were obtained in the field by using external fur colour and aspect whereas the error score ranged from 4.5 to 8 % by using DFA on external measurements. Furthermore, DFA on skull measurements gave 100 % of correct classification for M. huberti - which is characterized by a smaller size - against 96.97 % for M. erythroleucus. In the same time, we were able to define the local specific habitat of each species. In Mankountan, M. huberti is never found into houses but prefers wet rice fields, while M. erythroleucus is found both in houses and cultures as well as in wet rice fields where it is found in syntopy with M. huberti at the end of the dry season. In Yerende, a hundred kilometres from Mankoutan, we only caught M. erythroleucus both in houses and fields. This study once again highlights the importance of a deep taxonomic knowledge of small mammals’ diversity for sanitary and agricultural risks evaluation but also confirms the problems of identification encountered with rodent sibling species living in sympatry.Les analyses cytogénétiques et moléculaires ont mis en évidence la présence de deux espèces jumelles de Mastomys en Guinée Maritime : M. erythroleucus et M. huberti dans la localité de Mankoutan. Il s’agit de la première étude de la seule population de M. huberti rencontrée en Guinée située à 350 km de la population la plus proche du Sénégal, à l’extrémité Sud de l’aire de distribution disjointe de l’espèce. Afin de définir ses préférences écologiques, nous avons recherché des critères morphologiques et morphométriques pour identifier les deux espèces de Mastomys afin de mieux définir leur degré de sympatrie. Des Analyses Factorielles Discriminantes (AFD) effectuées sur les caractères externes et crâniens de 108 et 106 individus ayant fait l’objet d’analyses moléculaires (cyt.b) et / ou cytogénétiques, provenant de deux localités proches, montrent que l’on ne peut jamais discriminer avec 100 % de certitude les spécimens en ‘peau’ et ‘crâne’. Le taux d’erreur de détermination des deux espèces atteint 55,6 % pour la coloration et l’aspect du pelage sur le terrain, il oscille entre 4,5 et 8 % en AFD sur les mesures externes. Cependant avec les mesures crâniennes traitées par AFD, les M. huberti se distinguent à 100 % par une taille légèrement plus faible, contre 96,97 % chez M. erythroleucus. Parallèlement, nous avons pu préciser l’habitat spécifique aux deux espèces dans la même localité. Ainsi, à Mankountan, M. huberti n’est jamais rencontré dans les maisons et préfère les champs de riz inondés. M. erythroleucus est présent à la fois dans les maisons et dans les champs, quelquefois dans les rizières inondés où, à la fin de la saison sèche, il se retrouve en syntopie avec M. huberti. La localité de Yerendé située à 100 km de Mankountan n’a livré que des M. erythroleucus, présents à la fois dans les maisons et les champs. Cette étude montre l’importance d’une connaissance approfondie de la systématique et de la diversité des petits mammifères nuisibles pour l’évaluation des risques sanitaires et agricoles et confirme les difficultés d’identification morphologique des espèces jumelles chez les rongeurs.Denys Christiane, Lalis Aude, Kourouma Fodé, Kan Kouassi Stéphane, Nicolas Violaine, Aniskine Vladimir, Koivogui Lamine. Discrimination morphologique, génétique et écologique de deux espèces sympatriques de Mastomys (Mammalia : Rodentia) en Guinée Maritime (Conakry) : implications pour la santé et l’agriculture. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 67, n°2, 2012. pp. 193-211

Caractérisation moléculaire des rongeurs réservoirs d’arénavirus en Côte d’Ivoire : implications pour la santé

International audienc

Taxonomy and biogeography of the African pygmy mice, subgenus Nannomys (Rodentia, Murinae, Mus) in Ivory Coast and Guinea (west Africa).

International audienceRecent investigations in Guinea and Ivory Coast showed that Mus (Nannomys) are hosts of new arenaviruses. However, the taxonomy and biogeography of the western pygmy mice are poorly known, as this genus contains many cryptic species. To improve our taxonomic knowledge on this subgenus and its distribution range in West Africa, we performed a molecular, cytogenetical and morphological study of all Mus (Nannomys) species in this part of Africa. This approach allowed us to detect five species in Guinea (Mus mattheyi, M. minutoides, M. setulosus, M. baoulei, M. musculoides) and four (M. minutoides, M. setulosus, M. baoulei, M. musculoides) in Ivory Coast. Our molecular results confirm the validity of M. baoulei and the extended distribution range of M. mattheyi. We also observed a high degree of genetic differentiation between and within these species, especially within the M. setulosus clade which may be a species complex. The canonical analyses on the craniometrical and external morphological features of the sequenced specimens are insufficient to perfectly separate the studied species. Nevertheless, our results confirm that M. setulosus and M. baoulei are the largest Mus species that occur in Guinea and Ivory Coast. M. baoulei can be distinguished by its short tail and M. setulosus by an enlarged and bilobated lower molar (M3). Among the smaller species, M. musculoides is difficult to identify using morphological data alone, but differences in tail length proportions, size of tympanic bullae, the length and shape of the upper dental row allow identification of this species with some confidence. Our results allow us to provide some conclusions about the distribution ranges of the studied Mus (Nannomys) spp. in both countries and to discuss their presence in relation to vegetation, habitat and human settlements

Fatal Case of Lassa Fever, Bangolo District, Côte d’Ivoire, 2015

International audienceLassa fever has not been reported in Côte d'Ivoire. We performed a retrospective analysis of human serum samples collected in Côte d'Ivoire in the dry seasons (January-April) during 2015-2018. We identified a fatal human case of Lassa fever in the Bangolo District of western Côte d'Ivoire during 2015