VARIAÇÃO DE CONCENTRAÇÃO DE PROTEINASE K EM PROTOCOLOS DE EXTRAÇÃO DE DNA DE BOVINO

Os procedimentos padrões para extração de DNA incluem o tratamento com proteinase k e posterior incubação em banho-maria por um determinado tempo. Sendo assim, avaliar métodos de extração de DNA que minimizem a quantidade de proteinase k e o tempo necessário para a realização das etapas, em que seja mantida a eficiência no que tange à quantidade, qualidade e a possibilidade de amplificação por PCR do DNA extraído, é de extrema importância para os estudos moleculares baseados em ácidos nucléicos. O objetivo deste estudo foi avaliar a eficiência de protocolos de extração de DNA, variando-se a concentração de proteinase k e tempo de incubação em banho-maria. O DNA foi extraído a partir de sangue periférico de bovinos. Para a extração do DNA genômico, utilizou-se oito protocolos que diferiam em concentrações de proteinase k (0,04 e 0,08µg mL-1) em intervalos de tempo variados (90, 180, 360 minutos e overnight). O DNA foi analisado quanto à sua qualidade, quantidade e viabilidade de amplificação. Foi possível obter DNA genômico de qualidade, com concentrações e pureza satisfatórias para amplificação. Com base nas análises estatísticas, as variações no protocolo tiveram efeitos isolados, ou seja, a qualidade do DNA foi suscetível à concentração de proteinase k e ao tempo no banho-maria, entretanto a quantidade de DNA das amostras foi suscetível ao tempo de incubação em banho-maria, não tendo interferência pela concentração de proteinase k. Apesar dos efeitos isolados, os parâmetros estudados influenciaram de maneira significativa na qualidade e quantidade de DNA

Uso de biomarcadores para monitoramento das águas do Córrego Arara no município de Rio Brilhante, MS, Brasil

O objetivo deste trabalho foi avaliar a mutagenicidade, genotoxicidade e citotoxicidade de amostras de água provenientes do Córrego Arara no município de Rio Brilhante, MS, Brasil, por meio de testes toxicológicos utilizando biomarcadores. Para avaliar a mutagenicidade utilizou-se o teste de micronúcleo, para a genotoxicidade o ensaio cometa, ambos com Astyanax altiparanae, e para analisar a citotoxicidade utilizou-se o teste de Allium cepa. As coletas foram realizadas nos meses de abril e junho de 2013, em três pontos distintos (pontos 1, 2 e 3) do Córrego Arara e no Tanque de Irrigação da UFGD (ponto 4). Os resultados indicaram aumento significativo na frequência de micronúcleos pisceos na coleta do mês de junho quando comparada com a realizada em abril. No teste de Allium cepa, o efeito citotóxico apresentou-se significativamente maior na coleta de abril, porém a genotoxicidade das águas não apresentou diferença estatística entre os meses de coleta. O maior número de danos no ensaio cometa ocorreu no ponto 4, em ambos períodos de coleta. A análise química da água indicou níveis de cádmio, cromo, cobre, chumbo e níquel, com valores superiores ao permitido pela legislação vigente. A presença de metais acima dos níveis permitidos nas amostras de água analisadas do Córrego Arara indica possíveis potenciais mutagênicos, genotóxicos e citotóxicos aos organismos devido a esses poluentes derivados ou não de ações antrópicas. Assim sendo, este trabalho pode contribuir como ferramenta adicional ao controle da qualidade da água do Córrego Arara, considerando sua utilização e importância para a região

Genetic identification of interspecific hybrid of Neotropical catfish species (Pseudoplatystoma corruscans vs. Pseudoplatystoma reticulatum) in rivers of Mato Grosso do Sul State, Brazil

Hybrids of the species Pseudoplatystoma corruscans vs. Pseudoplatystoma reticulatum are extensively traded because they are more docile and precocious compared to their parents. This study aimed to identify the occurrence of hybrid 'Surubim'in rivers of the State of Mato Grosso do Sul, applying molecular techniques. Pseudoplatystoma corruscans, Pseudoplatystoma reticulatum and hybrid 'Surubim'were detected using multiplex PCR and PCR-RFLP in RAG2, GLOBIN, EF1 alpha, 18S rRNA nuclear genes, and mitochondrial 16S rRNA gene. The results revealed the presence of F-1 hybrids in rivers and the occurrence of genetic introgression, evidenced by the Post-F-1 hybrids. Furthermore, discrepancies between the morphological and genetic identification were observed, demonstrating the effectiveness of using different molecular markers for the correct identification of these hybrids. The necessity of implementation of management and conservation projects to maintain the genetic integrity of native species populations threatened by hybridization in the rivers of Mato Grosso do Sul State is evident

Genetic identification of interspecific hybrid of Neotropical catfish species (Pseudoplatystoma corruscans vs. Pseudoplatystoma reticulatum) in rivers of Mato Grosso do Sul State, Brazil

Hybrids of the species Pseudoplatystoma corruscansvs.Pseudoplatystoma reticulatum are extensively traded because they are more docile and precocious compared to their parents. This study aimed to identify the occurrence of hybrid 'Surubim' in rivers of the State of Mato Grosso do Sul, applying molecular techniques. Pseudoplatystoma corruscans, Pseudoplatystoma reticulatum and hybrid 'Surubim' were detected using multiplex PCR and PCR-RFLP in RAG2, GLOBIN, EF1α, 18S rRNA nuclear genes, and mitochondrial 16S rRNA gene. The results revealed the presence of F1 hybrids in rivers and the occurrence of genetic introgression, evidenced by the Post-F1 hybrids. Furthermore, discrepancies between the morphological and genetic identification were observed, demonstrating the effectiveness of using different molecular markers for the correct identification of these hybrids. The necessity of implementation of management and conservation projects to maintain the genetic integrity of native species populations threatened by hybridization in the rivers of Mato Grosso do Sul State is evident

Development and characterization of 20 polymorphic microsatellite markers for Epinephelus marginatus (Lowe, 1834) (Perciformes: Epinephelidae) using 454 pyrosequencing

Abstract The dusky grouper, Epinephelus marginatus, is a well-known and widespread marine fish assessed as endangered by the International Union for the Conservation of Nature. Analyzing the genetic diversity of this species is, therefore, of utmost importance and necessary for conservation purposes. Microsatellites are molecular tools with advantages that are ideal for population analyses. This study provides the first set of species-specific microsatellite loci for E. marginatus that can be applied when assessing both intra- and interpopulation genetic variation. Twenty microsatellite loci were isolated and characterized for the dusky grouper by genotyping 20 individuals obtained from the North Eastern Atlantic Ocean (n = 4) and from the South Western Atlantic Ocean (n = 16). The number of alleles per locus varied from 2 to 11, while the observed and expected heterozygosities ranged from 0.25 to 0.94 and 0.34 to 0.89, respectively. The polymorphic information content varied from moderately to highly informative. This suite of markers provides the first specific nuclear tools for E. marginatus and, thus, allows to assess with more specificity different populations’ structures

Identificação de contaminação microbiológica e potencial mutagênico de águas superficiais do município de Dourados, MS

The aim of the study was to evaluate the water quality of the Água Boa stream and the lakes of the parks Arnulpho Fioravante and Antenor Martins (Dourados - MS), through physico-chemical parameters, microbiological analysis and mutagenicity test to monitor interference from Antropic activities and water depuration capacity. Initially the water samples were processed for coliform analysis using the Most Probable Number (MPN) technique. For the research of Salmonella spp., it was performed the pre-enrichment and enrichment of the water sample and streaking in Xylose Lysine Deoxicolate (XLD) agar. For the evaluation of the mutagenicity, smear peripheral blood of the specimens Astyanax lacustris were collected from the places studied. The Arnulpho Fioravante Park had higher mean values for Electrical Conductivity (353.5 uS cm-2), Total Dissolved Solids (179.3 mg L-1) and the highest values for total coliforms. Salmonella spp. it was identified in the water in both parks. The highest numbers of micronucleus were observed in Água Boa stream. Considering microbiological contamination and higher micronucleus number, it’s relevant to highlight the effects of anthropic interferences in local biota. Therefore, it’s of great importance to intensify the supervision of the municipal legislation, in order to conserve and preserve these ecosystemsO objetivo do estudo foi avaliar a qualidade da água do córrego Água Boa e lagos dos parques Arnulpho Fioravante e Antenor Martins (Dourados – MS), por meio de parâmetros físico-químicos, análises microbiológicas e teste de mutagenicidade para monitorar a interferência proveniente de atividades antrópicas e a capacidade de depuração da água. Inicialmente as amostras de água foram processadas para análise de coliformes técnica do Número Mais Provável (NMP). Realizou-se o pré enriquecimento e enriquecimento das amostra e estriamento em Agar Desoxicolato Lisina Xilose (XLD) para pesquisa de Salmonella spp. Para avaliação da mutagenicidade foi realizado o esfregaço sanguíneo de espécimes de Astyanax lacustris coletados nos locais de estudo. O parque Arnulpho Fioravante apresentou as maiores médias para Condutividade Elétrica (353,5 uS cm-2), Sólidos Totais Dissolvidos (179,3 mg L-1) e os maiores valores para coliformes totais. Salmonella spp também foram identificadas nas águas provenientes dos Lagos dos parques. Os maiores números de micronúcleo foram observados no córrego Água Boa. Considerando a contaminação microbiológica e o número elevado de micronúcleo, torna-se relevante ressaltar os efeitos das interferências antrópicas na biota local. Sendo de grande importância a intensificação da fiscalização de legislações municipais vigentes para que haja a conservação e preservação desses ecossistemas

Global population genetic structure of the sequential hermaphrodite, dusky grouper (Epinephelus marginatus)

The dusky grouper Epinephelus marginatus is a large epinephelid species that occurs in the eastern and south-western Atlantic and western Indian Oceans. Late maturity, protogynous hermaphroditism, site fidelity, and overfishing have all contributed to its demographic decline. Connectivity and demography within a broad sampling of dusky grouper populations throughout its distribution were assessed. To do so, genetic variation at 11 polymorphic microsatellite loci and a partial sequence of the mitochondrial control region (mtCR) were evaluated. Two major mtCR lineages with a sequence divergence of 1.6% were found. The magnitude of genetic differentiation for mtCR among north and south Atlantic and Indian Ocean populations was high, with ΦST = 0.528. DEST and results of discriminant analysis of principal component revealed significant microsatellite genetic differentiation between all collection areas. Significant pairwise DEST showed moderate (0.084) to very great (0.603) differentiation. The effective population size was low for all localities, ranging between 25 (Azores Archipelago) and 311 (Rio Grande do Sul). The overall effective population size was estimated as 299 (confidence interval = 215–412), and there was no evidence of strong or recent bottleneck effects. Local and regional genetic structuring among dusky grouper populations is the consequence of the species' site fidelity, distribution across multiple oceanographic boundaries, and probably also of sequential hermaphroditism that contributes to the intensity of random genetic drift. The spatial pattern of genetic structuring of dusky groupers is such that fisheries management and conservation of population genetic integrity will have to be pursued at the local and regional scales.São Paulo Research Foundation (FAPESP), Grant/Award Numbers: 2015/23.883-0, 2016/20.208-3, 2017/02.420-8; Hatch Program of the National Institute of food and Agriculture, U.S. Departament of Agriculture Experiment Station; Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior/Brasil (CAPES).info:eu-repo/semantics/publishedVersio