24 research outputs found
FielDHub: A shiny app for design of experiments in life sciences
FielDHub is an R Shiny design of experiments (DOE) app that aids in the creation of traditional, unreplicated, augmented and partially-replicated (Cullis et al., 2006) designs applied to agriculture, plant breeding, forestry, animal and biological sciences. One of the problems that life scientists often face is the lack of freely available and user-friendly interactive tools to create designs that fit their needs. A few open-source DOE R packages options exist including agricolae (de Mendiburu & Yaseen, 2020) and blocksdesign (Edmondson, 2021), but they require users to be familiar with the R programming language and do not have a graphical user interface (GUI)
Flower-inducing technology facilitates speed breeding in cassava
Cassava is a tropical crop that provides daily carbohydrates to more than 800 million people. New cassava cultivars with improved yield, disease resistance, and food quality are critical to end hunger and reduce poverty in the tropics. However, the progress of new cultivar development has been dragged down by difficulties obtaining flowers from desired parental plants to enable designed crosses. Inducing early flowering and increasing seed production are crucial to improving the efficiency of developing farmer-preferred cultivars. In the present study, we used breeding progenitors to evaluate the effectiveness of flower-inducing technology, including photoperiod extension, pruning, and plant growth regulators. Photoperiod extension significantly reduced the time to flowering in all 150 breeding progenitors, especially late-flowering progenitors which were reduced from 6-7 months to 3-4 months. Seed production was increased by using the combination of pruning and plant growth regulators. Combining photoperiod extension with pruning and the PGR 6-benzyladenine (synthetic cytokinin) produced significantly more fruits and seeds than only photoperiod extension and pruning. Another growth regulator, silver thiosulfate, commonly used to block the action of ethylene, did not show a significant effect on fruit or seed production when combined with pruning. The present study validated a protocol for flower induction in cassava breeding programs and discussed factors to consider in implementing the technology. By inducing early flowering and increasing seed production, the protocol helped move one step further for speed breeding in cassava
Genetic analysis of resistance to bean leaf crumple virus identifies a candidate LRR-RLK gene
Improving association studies and genomic predictions for climbing beans with data from bush bean populations
Common bean (Phaseolus vulgaris L.) has two major origins of domestication, Andean and Mesoamerican, which contribute to the high diversity of growth type, pod and seed characteristics. The climbing growth habit is associated with increased days to flowering (DF), seed iron concentration (SdFe), nitrogen fixation, and yield. However, breeding efforts in climbing beans have been limited and independent from bush type beans. To advance climbing bean breeding, we carried out genome-wide association studies and genomic predictions using 1,869 common bean lines belonging to five breeding panels representing both gene pools and all growth types. The phenotypic data were collected from 17 field trials and were complemented with 16 previously published trials. Overall, 38 significant marker-trait associations were identified for growth habit, 14 for DF, 13 for 100 seed weight, three for SdFe, and one for yield. Except for DF, the results suggest a common genetic basis for traits across all panels and growth types. Seven QTL associated with growth habits were confirmed from earlier studies and four plausible candidate genes for SdFe and 100 seed weight were newly identified. Furthermore, the genomic prediction accuracy for SdFe and yield in climbing beans improved up to 8.8% when bush-type bean lines were included in the training population. In conclusion, a large population from different gene pools and growth types across multiple breeding panels increased the power of genomic analyses and provides a solid and diverse germplasm base for genetic improvement of common bean
Semilleros de Investigación 2016
El Instituto Unidad de Investigaciones Jurídico-Sociales Gerardo Molina, Unijus, promueve y apoya el desarrollo e implementación de programas y proyectos que aporten al conocimiento de la realidad nacional e internacional y de las instituciones jurídicas, políticas y sociales. Por tal motivo, es fundamental el apoyo constante a la formación de semilleros de investigación en la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales de la Sede Bogotá, así como la consolidación de los semilleros ya existentes. Mediante la Convocatoria n.° 30 de 2016 fueron seleccionadas dieciocho propuestas de investigación integradas por un total de sesenta estudiantes, vinculados a un total de trece grupos de investigación. Este número de Investigaciones en Construcción se divide en cuatro secciones temáticas: 1) investigaciones sobre el posconflicto, desde sus multiples matices; 2) conflictividades y derechos ambientales con estudios de caso en diversos puntos de la geografía nacional; 3) asuntos sociojurídicos referentes a temáticas propias de nuestra realidad social; y 4) análisis de problemáticas del país y de las regiones desde la perspectivas política y de las políticas públicas. De este modo, se demuestra el interes continuo de la academia y sus integrantes por las problematicas sociales, determinando el modo en que las teorías jurídicas y políticas pueden contribuir a la construcción de nuevas propuestas para su solución. La presente publicación está compuesta por los artículos que resultaron de los proyectos aprobados.Sección I. Víctimas del conflicto armado colombiano en tránsito a sujetos democráticos: el derecho a la verdad como eje reparador (2011-2016) Grupo de investigación Colectivo de Estudios Poscoloniales/Decoloniales en América Latina, Colectivo (Copal). En este artículo, se analiza el contenido esencial del derecho a la verdad, para determinar si los mecanismos establecidos en la Ley 1448 de 2011 y en el “Acuerdo Final para la Terminación del Conflicto Armado y la Construcción de una Paz Estable y Duradera” cumplen los estándares internacionales y si garantizan el derecho a la verdad para las víctimas. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Camilo Alberto Borrero García. Conflictividad territorial en el Catatumbo. Un horizonte intercultural por construir Grupo de investigación Relaciones Interétnicas y Minorías Culturales. Este artículo realiza una aproximación a las conflictividades interculturales originadas por el choque de las territorialidades campesinas e indígenas presentes en la región del Catatumbo (Norte de Santander). Para ello, se identifican los actores que habitan y disputan este territorio, caracterizando la problemática desde sus diferentes variables y los condicionantes que impiden el desarrollo del proyecto intercultural propuesto. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Edgar Alberto Novoa (q. e. p. d.). La representación de las Farc-ep en la prensa colombiana. Análisis de las noticias de El Tiempo y El Espectador en el marco de los diálogos de paz en La Habana (2012-2016) Grupo de investigación Cultura Jurídico-Política, Instituciones y Globalización. Este artículo analiza el discurso de los medios masivos de comunicación en Colombia, puntualmente de la prensa escrita (El Tiempo y El Espectador). Se realiza un acercamiento al conflicto armado con las Farc-ep y el papel de los medios de comunicación y se reflexiona en torno al papel que estos tienen en la representación de los diversos actores políticos frente a la sociedad civil. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Oscar Eduardo Mejía Quintana. Democracia e insurgencia. Una mirada a las propuestas para la reconfiguración de la democracia de dos movimientos insurgentes armados (eln y m-19) en Colombia entre 1979 y 2016 Grupo de investigación Seguridad y Defensa. Estudia las propuestas para la reconfiguración de la democracia en Colombia de dos movimientos insurgentes armados (eln y m-19) entre 1979 y 2016. Mediante una revisión documental de archivo, y el estudio interpretativo de los discursos existentes, recopila entrevistas e historias de vida de militantes de estos grupos, reconstruyendo las críticas a la democracia en Colombia hechas por el eln y el m-19. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Carlos Medina Gallego. Reparación de víctimas en el sistema de la Corte Penal Internacional: obstáculos y deficiencias Grupo de investigación Grupo de Estudios Penales, Conflicto y Política Criminal. Este artículo busca identificar la participación de las víctimas, las formas de reparación y la relación de la Corte Penal Internacional con los Estados, con el fin de identificar sus obstáculos y deficiencias. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor José Francisco Acuña Vizcaya.Sección ii Conflictividad ambiental urbana y de aguas en Bogotá Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales (Gidca). Este trabajo investiga los conflictos ambientales redistributivos en la ciudad de Bogotá, centrándose en las diversas maneras de apropiación, acceso y goce del agua. Con este fin, este análisis se sustenta en una indagación teórica y en un estudio de casos en las localidades de Ciudad Bolívar, Suba y San Cristóbal. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Gregorio Mesa Cuadros. Conflictividad ambiental en La Guajira: derecho al agua Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales (Gidca). Esta investigación busca determinar las principales falencias de los proyectos implementados por el Gobierno nacional, que no han permitido superar la crisis ambiental en La Guajira, situación que afecta los derechos fundamentales de los ciudadanos, principalmente el derecho fundamental al agua. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Gregorio Mesa Cuadros. Consecuencias ambientales de las actividades mineras de carbón en Tibú, Norte de Santander, en el periodo 2002-2015 Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales (Gidca). El posicionamiento de la minería, como pilar fundamental de la economía colombiana en los últimos gobiernos, y la preocupación por las consecuencias ambientales de la minería y la extracción de recursos energéticos son los temas abordado en este artículo. Esta investigación toma como caso de estudio el municipio de Tibú en Norte de Santander. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Gregorio Mesa Cuadros.Sección iii Análisis sobre la implementación de la oralidad en la administración de justicia en el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina Grupo de investigación de Relaciones Interétnicas y Minorías Culturales. El trabajo de campo realizado en Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina pretendió conocer las dificultades de la implementación de la oralidad en la administración de justicia en ese departamento y las estrategias para mitigar el impacto del bilingüismo en las distintas instancias judiciales del circuito de San Andrés. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Edgar Alberto Novoa Torres (q. e. p. d.). Hacia una aproximación económico-jurídica de la maternidad subrogada y su regulación Semillero La maternidad subrogada en Colombia. Por medio de un enfoque jurídico-económico se realiza un análisis de la maternidad subrogada, como técnica de reproducción humana asistida, una práctica social no regulada normativamente en el Estado colombiano; así como la concepción de la familia y los constructos sociales de las relaciones cotidianas. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección de los profesores Luis Arturo Suárez Pacheco y Marcela González Sandoval. Responsabilidad médica: un estudio desde la jurisprudencia de la Corte Suprema de Justicia, la Corte Constitucional y el Consejo de Estado Grupo de Investigación para la Articulación del Derecho Civil y los Derechos Económicos Sociales y Culturales, Giadesc. Con este estudio se aborda la discusión de la responsabilidad médica, tanto cívil como estatal, dada desde el ámbito de las altas Cortes del sistema jurídico colombiano, buscando la compresión conceptual de la responsabilidad médica, tanto como sus implicaciones y potencialidades. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor José Guillermo Castro Ayala. La interpenetración de la justicia transicional y la justicia ordinaria: estudio orientado a la complejidad sobre la seguridad jurídica y el debido proceso Semillero La interpretación de la justicia transicional y la justicia ordinaria. Con este artículo se estudia cómo la Jurisdicción Especial para la Paz (jep) cumplí- ria, o no, con la materializar el derecho a la justicia de las víctimas del conflicto armado colombiano. Asimismo, indaga los modos en que el Estado deberá garantizar tanto los derechos de las víctimas como los de los victimarios que se sometan a ella. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Héctor Henrique Quiroga Cubillos. Inconstitucionalidad del artículo 6° de la Ley 1121 del 2008 de teletrabajo, por la vulneración de principios de derecho laboral contenidos en la Constitución Política de Colombia Grupo de investigación Escuela de Justicia Comunitaria (ejcun). Este artículo analiza el teletrabajo, como una nueva modalidad de empleo en Colombia y sus posibles beneficios en la expansión del empleo, pero también los retos de su implementación y las afectaciones laborales que implicaría. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Edgar Ardila Amaya. Discursos mediáticos sobre el delito de cuello blanco Grupo de investigación Escuela de investigación en criminología mediática, justicia penal y política criminal “Luis Carlos Pérez”. Desde un análisis criminológico, este artículo aborda las lógicas y discursos mediáticos que subyacen a los delitos de cuello blanco, particularmente al desfalco de Interbolsa. Para este análisis, se tomaron las noticias de dos medios colombianos, en el periodo 2012- 2013, en razón de la importancia que estos dieron a este caso. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Estanislao Escalante Barreto. Derecho administrativo para el posconflicto: hacia una administración transicional Grupo de investigación Derecho Constitucional y Derechos Humanos. En este artículo se realiza una revisión de los conceptos de administración pública y se define una administración para la transición, así como las posibles consecuencias de su implementación, en el contexto de los acuerdos de paz entre el Gobierno nacional y las Farc-ep y de ejecución de lo acordado en La Habana, Cuba. Este semillero estuvo bajo la dirección del profesor Andrés Abel Rodríguez Villabona.Sección IV ¿Por qué TransMilenio en Bogotá está en crisis? Grupo de Investigación Presidencialismo y Participación. Hace un análisis de la implementación del sistema de buses de tránsito rápido (btr) en Bogotá —mediante la creación de la empresa de transporte Tercer Milenio TransMilenio s. a.— y los problemas que este presenta: alto precio de los pasajes, ineficacia para satisfacer la demanda creciente, protestas, bloqueos, largas filas, problemas de corrupción, entre otros. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Miguel Angel Herrera Zgaib. Impactos económicos, políticos y jurídicos de la crisis de la caída de los precios del petróleo desde 2014 en Colombia, Argentina y Venezuela Grupo de Investigación Grupo de Estudio Economía Digna (Geed). Con esta investigación se analiza el impacto de la crisis en los sectores político, econó- mico y judicial de estos países en el el periodo 2012-2016, tomando el caso de Colombia, Venezuela y Argentina, países que dependen de la producción de hidrocarburos, en especial del petróleo. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Daniel Alberto Libreros Caicedo. Diagnóstico de implementación del Código País de Mejores Prácticas Corporativas: el mejoramiento de la arquitectura de control y el problema de la agencia en las juntas directivas Grupo de Investigación Arbitraje Nacional e Internacional (ani). Esta investigación se centra en un diagnóstico de la implementación de las medidas recomendadas por el Código de Mejores Prácticas Corporativas Colombia (Código País) en las entidades emisoras de valores. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Fredy Andréi Herrera Osorio
Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples
Funder: NCI U24CA211006Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts
Genetic analysis of resistance to bean leaf crumple virus identifies a candidate LRR-RLK gene
Bean leaf crumple virus (BLCrV) is a novel begomovirus infecting common bean (Phaseolus vulgaris L.), threatening bean production in Latin America. Genetic resistance is required to ensure yield stability and reduce the use of insecticides, yet the available resistance sources are limited. In this study, three common bean populations containing a total of 559 genotypes were evaluated in different yield and BLCrV resistance trials under natural infection in the field. A genome-wide association study identified the locus BLC7.1 on chromosome Pv07 at 3.31 Mbp, explaining between 8.22% to 16.08% of the phenotypic variation for BLCrV resistance. Comparatively, whole-genome regression models explained 51% to 78% of the variation and identified the same region on Pv07 to confer the resistance. The most significantly associated markers were located within the gene model Phvul.007G040400, which encodes a leucine-rich repeat receptor-like kinase subfamily III member and is likely involved in the innate immune response against the virus. The allelic diversity within this gene revealed five different haplotype groups, one of which was significantly associated with BLCrV resistance. As the same genome region was previously reported with resistance against other geminiviruses affecting common bean, our study highlights the role that historical breeding for virus resistance has played in the accumulation of positive alleles against newly emerging viruses. In addition, we provide novel diagnostic SNP markers for marker-assisted selection to exploit BLC7.1 for breeding against geminivirus diseases in one of the most important food security crops worldwide.ISSN:0960-7412ISSN:1365-313
Replication data for: Genetic analyses for the response to Bean Leaf Crumple Virus (BLCrV) identify a candidate LRR-RLK gene
hese datasets contain phenotypic and genotypic data from three connected populations of common bean (Phaseolus vulgaris L.) that were used to identify the genomic regions controlling the phenotypic response to Bean Leaf Crumple Virus (BLCrV). The first is the Andean by Meso (AxM) population, which contains 190 individuals derived from bi-parental crosses between Andean and Mesoamerican breeding lines. The AxM population included 120 additional breeding lines of Andean and Mesoamerican origin that were used as checks for their response against other viral diseases, such as Bean Golden Yellow Mosaic Virus (BGYMV). The second is a pre-breeding population (termed P135-136) composed of 111 lines that was obtained from two-way and three-way crosses between elite Andean lines and resistant sources against viral diseases. The third population is a panel of 186 Mesoamerican breeding lines assembled from a collection of elite materials from the Mesoamerican breeding pipeline at CIAT. The AxM population was evaluated in three yield trials in Palmira (Colombia)between 2013 and 2015 for flowering, maturity time and yield. All three population were evaluated in three BLCrV trials in Pradera (Colombia), where the disease pressure is naturally high. The AxM and the Mesoamerican panel were genotyped by sequencing (GBS), and these datasets contain their corresponding genotypic matrices in variant-call format (VCF, v4.2) with sequence variants mapped against the reference genome of P. vulgaris (G19833, v2.1). A joint genotypic matrix with all available GBS data from these three populations is also included. The population P135-136 was genotyped with the DArTag targeted genotyping service offered by Diversity Arrays Technology (DArT PL, Bruce ACT, Australia), and the genotypic matrix is similarly included in VCF format
Replication Data for: Genomic prediction of agronomic traits in common bean under environmental stress
These datasets contain phenotypic and genotypic data of a panel of elite Andean breeding lines of common bean (Phaseolus vulgaris L.) from CIAT. This population has been tested in twelve yield trials carried out in Palmira and Darien (Colombia) between 2013 and 2018 to assess its performance under irrigated, drought and variable soil P conditions. These trials were laid out in the field with an alpha-lattice experimental design using two to three replicates, and a non-replicated trial in 2016. Meteorological data for these trials is also provided. Different agronomic traits were evaluated including Days to Flowering (DF), Days to Physiological Maturity (DPM), 100 seed weight (100SdW) and Yield (Yd). The agronomic performance of the population was modeled using linear mixed models with spatial correction. From these models, best linear unbiased estimators (BLUEs) and their corresponding standard errors (SE) were obtained. This population was genotyped by sequencing (GBS) using the ApeKI-based restriction digestion. The genotypic data is presented in a variant call format (VCF) file of 5,820 SNPs and 481 lines. The genotypic matrix was imputed using Beagle (v4.1). These datasets were used to test genomic prediction models on the panel in order to assess their prediction ability under different scenarios and parameter settings
Genetic architecture and genomic prediction of cooking time in common bean (Phaseolus vulgaris L.)
These datasets contain phenotypic and genotypic data of a MAGIC population, DOR364 x G19833 biparental population, VEF panel and MIP panel. The main goal for these populations is to be used for genetic analysis and applications in breeding and breeding tool development, as well as information for basic research questions aiming to uncover the genetic basis of seed quality traits. The raw phenotypic data come from trials carried out in Palmira (Colombia). The trials were laid out in the field with an alpha-lattice experimental design in 2011, 2013, 2017 and 2019. Three trails were assessed: Cooking time (CKT), Water absorption capacity (WAC) and seed weight (SdW). The agronomic performance of the population was modeled using linear mixed models. From these models, best linear unbiased predictors were obtained (BLUPs). The genotypic datasets include a variant call format (VCF) file from MAGIC population, VEF panel and MIP panel