Community-based population recovery of overexploited Amazonian wildlife

The Amazon Basin experienced a pervasive process of resource overexploitation during the 20th-century, which induced severe population declines of many iconic vertebrate species. In addition to biodiversity loss and the ecological consequences of defaunation, food security of local communities was relentlessly threatened because wild meat had a historically pivotal role in protein acquisition by local dwellers. Here we discuss the urgent need to regulate subsistence hunting by Amazonian semi-subsistence local communities, which are far removed from the market and information economy. Following positive examples from community-based management of aquatic and terrestrial resources, we advocate that hunting practices, based on modern scientific principles firmly grounded in population ecology, represent a strong window of opportunity to recover viable populations of previously overexploited wildlife

Caracterização do uso da fauna silvestre para subsistência em uma unidade de conservação no Oeste do Pará

Na Amazônia, a caça é amplamente praticada pelas comunidades tradicionais, constituindo uma das poucas fontes proteicas e de gordura animal disponíveis. Da mesma forma, essa é uma das atividades extrativistas mais importantes para as comunidades locais da Reserva Extrativista (RESEX) Tapajós-Arapiuns. Este estudo objetivou compreender e descrever o uso da fauna nessa unidade de conservação, localizada no oeste do Pará. Trata-se do primeiro produto dos dados do Projeto de Monitoramento da Caça de Subsistência na RESEX Tapajós-Arapiuns. Pelo menos 25 espécies de animais foram alvo da caça nas oito comunidades monitoradas. A caça de subsistência monitorada na RESEX Tapajós-Arapiuns seguiu o principal padrão descrito para a Amazônia, no qual mamíferos de médio e grande porte são os mais abatidos, como os ungulados dos gêneros Mazama, Tayassu e Pecari, roedores cavimorfos (Dasyprocta spp. e Cuniculus paca) e os Dasipodídeos. Répteis e aves também tiveram participação importante no abate, sendo os primeiros representados, sobretudo, pelos quelônios terrestres (Chelonoidis spp.), e as aves pelas espécies das famílias Cracídae, Psittacidae e Tinamídae. No ano de estudo, registramos 881 eventos de caça realizados, sendo 691 deles bem-sucedidos. Foram abatidos 1.203 animais, com uma média de 1,74 indivíduos por evento de caça – aproximadamente 10.600kg de biomassa abatida. Os eventos de caça ocorreram, em sua maioria, com o uso de armas de fogo, e o deslocamento dos caçadores foi feito principalmente a pé, em busca ativa de espécies de interesse pelo interior da floresta. Mesmo que proibida, a caça com auxílio de cachorros ainda ocorre na área dessa unidade de conservação

A regulamentação da caça como ferramenta de conservação da fauna amazônica

A Amazônia é um dos biomas com maior diversidade biológica do planeta. Porém, grandes vertebrados que no passado já foram bastante abundantes passaram por um processo contundente de redução populacional devido à sobre exploração. As ameaças ainda são constantes e a atual rede de áreas protegidas é insuficiente para garantir a proteção desta parcela insubstituível da fauna, devido à falta de apoio financeiro, recursos humanos e vigilância. Enquanto isso, casos impressionantes de manejo comunitário de recursos aquáticos têm sido fundamentais tanto na recuperação de populações de espécies alvo quanto na garantia de subsistência e bem-estar das comunidades locais. Esta abordagem participativa mostrou ser uma ferramenta de conservação efetiva, aumentando o interesse local para a conservação e aumentando a vigilância em ambientes protegidos. No entanto, para que esses modelos possam ser devidamente aprimorados e aplicados à realidade da fauna terrestre, a sociedade civil, tomadores de decisão, políticos e a academia precisam pensar na melhor forma de se regulamentar a caça de subsistência no Brasil. Nesta síntese discutimos uma abordagem pragmática para conciliar a conservação da vida selvagem amazônica com o desenvolvimento rural através de iniciativas locais baseadas no manejo comunitário

Caça de vertebrados no Parque Nacional da Serra do Divisor, Acre

Apesar de a caça de animais silvestres garantir a segurança alimentar de populações rurais e indígenas na Amazônia, a atividade representa um desafio para a conservação da biodiversidade. Mesmo em unidades de conservação (UCs), o impacto da extração de vertebrados ainda é pouco conhecido, dificultando ações de manejo e a implementação de estratégias de conservação adequadas à realidade local. Neste trabalho, apresentamos o perfil da atividade de caça de uma comunidade tradicional do Parque Nacional da Serra do Divisor (PNSD), no sudoeste da Amazônia. Através de entrevistas semiestruturadas, realizadas em janeiro de 2018, e de dados originados de atividades de fiscalização desenvolvidas entre janeiro de 2016 e janeiro de 2018, identificamos que 57,9% dos 69 vertebrados com ocorrência confirmada para a área de uso da comunidade Pé da Serra são alvos de caça para alimentação. Cerca de um quinto das espécies ameaçadas em listas nacionais e internacionais é citado como fonte de alimento. Os ungulados, aves, roedores caviomorfos, o tatu-verdadeiro (Dasypus novemcinctus) e o jabuti (Chelonoidis denticulatus) constituíram os grupos taxonômicos mais frequentemente citados e mais apreciados para consumo. Para o abate e captura de vertebrados cinegéticos, foram registrados o emprego da busca ativa, a focagem com uso de lanternas, armadilhas de arma de fogo e a espera. Os moradores da comunidade também utilizam a fauna silvestre para fins medicinais, como animal de estimação e na alimentação de animais domésticos. Apesar de o comércio de produtos animais não ter sido relatado pelos moradores, verificamos que 30,8% das missões de fiscalização realizadas no PNSD resultaram em apreensão de itens silvestres. A biomassa total interceptada foi de 428,08kg. A espécie mais registrada nas apreensões foi C. denticulatus, totalizando 37,9% do total de animais interceptados. A diversidade de espécies e os usos a elas atribuídos, revelados neste levantamento, destacam a importância do recurso faunístico para as populações humanas do PNSD. É através do uso de técnicas produtivas de baixo impacto, associado a empreendimentos locais de geração alternativa de renda, e criação de mecanismos de governança local, que a biodiversidade poderá ser conservada ou mantida na região

Wild dogs at stake: deforestation threatens the only Amazon endemic canid, the short-eared dog (Atelocynus microtis)

The persistent high deforestation rate and fragmentation of the Amazon forests are the main threats to their biodiversity. To anticipate and mitigate these threats, it is important to understand and predict how species respond to the rapidly changing landscape. The short-eared dog Atelocynus microtis is the only Amazon-endemic canid and one of the most understudied wild dogs worldwide. We investigated short-eared dog habitat associations on two spatial scales. First, we used the largest record database ever compiled for short-eared dogs in combination with species distribution models to map species habitat suitability, estimate its distribution range and predict shifts in species distribution in response to predicted deforestation across the entire Amazon (regional scale). Second, we used systematic camera trap surveys and occupancy models to investigate how forest cover and forest fragmentation affect the space use of this species in the Southern Brazilian Amazon (local scale). Species distribution models suggested that the short-eared dog potentially occurs over an extensive and continuous area, through most of the Amazon region south of the Amazon River. However, approximately 30% of the short-eared dog's current distribution is expected to be lost or suffer sharp declines in habitat suitability by 2027 (within three generations) due to forest loss. This proportion might reach 40% of the species distribution in unprotected areas and exceed 60% in some interfluves (i.e. portions of land separated by large rivers) of the Amazon basin. Our local-scale analysis indicated that the presence of forest positively affected short-eared dog space use, while the density of forest edges had a negative effect. Beyond shedding light on the ecology of the short-eared dog and refining its distribution range, our results stress that forest loss poses a serious threat to the conservation of the species in a short time frame. Hence, we propose a re-assessment of the short-eared dog's current IUCN Red List status (Near Threatened) based on findings presented here. Our study exemplifies how data can be integrated across sources and modelling procedures to improve our knowledge of relatively understudied species

Comparative gastrointestinal organ lengths among Amazonian primates (Primates: Platyrrhini)

ObjectivesThe morphological features of the gastrointestinal tract (GIT) in mammals reflect a species' food niche breadth and dietary adaptations. For many wild mammals, the relationship between the structure of the GIT and diet is still poorly understood, for example, the GIT for frugivorous primates is usually classified as unspecialized and homogeneous. Here, we compare the GIT structure of 13 primate species from the three families of extant platyrrhines (Atelidae, Pitheciidae, and Cebidae) in Amazonia, and discuss possible evolutionary adaptations to different diets and trophic niches.MethodsWe measured the length of the esophagus, stomach, small intestine, large intestine, cecum, colon, and rectum of the digestive tracts of 289 primate specimens. We determined the allometric relationships of the different tubular organs with the total length of the GIT as a proxy of specimen body size. Allometric parameters were used to establish the quotients of differentiation of every organ for each primate specimen.ResultsThere was a high differentiation in structure of the digestive organs among genera. Alouatta specimens clearly separated from the other genera based on dissimilarities in gastric, colonic, and rectal quotients, likely linked to the fermentation of plant contents. In contrast, all cebines (Sapajus, Cebus, and Saimiri) and Cacajao species had similar small intestine quotients, which is expected due to their high rates of animal matter consumed.ConclusionsWe show that diverse adaptations in digestive structure exist among frugivorous primates, which in turn reflect different dietary patterns within this group that may enable the geographic coexistence of different primate species

Calcium sequestration by fungal melanin inhibits calcium-calmodulin signalling to prevent LC3-associated phagocytosis

LC3-associated phagocytosis (LAP) is a non-canonical autophagy pathway regulated by Rubicon, with an emerging role in immune homeostasis and antifungal host defence. Aspergillus cell wall melanin protects conidia (spores) from killing by phagocytes and promotes pathogenicity through blocking nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) oxidase-dependent activation of LAP. However, the signalling regulating LAP upstream of Rubicon and the mechanism of melanin-induced inhibition of this pathway remain incompletely understood. Herein, we identify a Ca2+ signalling pathway that depends on intracellular Ca2+ sources from endoplasmic reticulum, endoplasmic reticulum-phagosome communication, Ca2+ release from phagosome lumen and calmodulin (CaM) recruitment, as a master regulator of Rubicon, the phagocyte NADPH oxidase NOX2 and other molecular components of LAP. Furthermore, we provide genetic evidence for the physiological importance of Ca2+-CaM signalling in aspergillosis. Finally, we demonstrate that Ca2+ sequestration by Aspergillus melanin inside the phagosome abrogates activation of Ca2+-CaM signalling to inhibit LAP. These findings reveal the important role of Ca2+-CaM signalling in antifungal immunity and identify an immunological function of Ca2+ binding by melanin pigments with broad physiological implications beyond fungal disease pathogenesis.Onassis Foundation under the ‘Special Grant and Support Program for Scholars’ Association Members’ (Grant no. R ZM 003-1/2016-2017); G.C. was supported by grants from the Greek State Scholarship Foundation (I.K.Y.), the Hellenic General Secretariat for Research and Technology-Excellence program (ARISTEIA) and a Research Grant from Institut Mérieux; J.P.L. was supported by European Community’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under grant agreement 260338 ALLFUN and ANR-10-BLAN-1309 HYDROPHOBIN, and the Association Vaincre La Mucoviscidose (RF20140501052/1/1/141); H.F. and N.M.N. were supported by the project FROnTHERA (NORTE-01-0145-FEDER-000023), supported by Northern Portugal Regional Operational Programme (NORTE 2020), under the Portugal 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF), and by Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) project SPARTAN (PTDC/CTM-BIO/4388/2014), funded through the PIDDAC Program. A.C. and C.C. were supported by NORTE 2020, under the Portugal 2020 Partnership Agreement, through the ERDF (NORTE-01-0145-FEDER-000013), and by FCT (IF/00735/2014 and SFRH/BPD/96176/2013). G.S.D. and J.L.F. were supported by NIH grant AI-106269. K.J.K-C is supported by the Division of Intramural Research (DIR), NIAID, NIHinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

Ultrasound evaluation of fetal bone development in the collared (Pecari tajacu) and white-lipped peccary (Tayassu pecari)

El estudio del desarrollo fetal permite evaluar las diferentes estrategias adoptadas por las especies de mamíferos para maximizar la supervivencia neonatal. La locomoción autónoma es fundamental para que los recién nacidos realicen actividades de búsqueda de alimento y aumenta la supervivencia neonatal frente a la depredación. En este estudio, evaluamos el desarrollo óseo gestacional de 53 pecaríes de collar (CP, Pecari tajacu) y 61 pecaríes de labios blancos (WLP, Tayassu pecari), recolectados mediante la colaboración de cazadores de subsistencia en la Amazonia. La mineralización ósea y la biometría del esqueleto axial y apendicular se evaluaron mediante exámenes ecográficos, y se calculó el momento de los principales acontecimientos del desarrollo óseo en relación con la longitud dorsal total (TDL) y el porcentaje del período gestacional total (GP). Los primeros signos ecográficos de mineralización del esqueleto axial en CP y WLP se observaron en fetos de 3,4 cm (42 días de gestación, 30% GPCP) y 5,1 cm (51 días de gestación, 32% GPWLP). El desarrollo temprano del esqueleto apendicular se observó por la aparición sincrónica de la escápula mineralizada, el húmero, el radio, el cúbito, el ilion, el isquion, el fémur, la tibia y el peroné con un 36% de GPCP (50 días de gestación) y un 35% de GPWLP (56 días de gestación). El pubis estaba mineralizado en los fetos con un 55% de GPCP (75 días de gestación) y un 59% de GPWLP (94 días de gestación). La mineralización se observó en todos los huesos autópodos al 79% GPCP (109 días de gestación) y al 67% GPWLP (106 días de gestación). Todos los centros primarios de osificación de los huesos largos de las extremidades torácicas y pélvicas estaban mineralizados en los fetos avanzados (GPCP y GPWLP ≥75%). La rótula mineralizada no se observó en fetos avanzados de ninguna de las dos especies. Los centros de osificación secundaria aparecieron por primera vez en la epífisis distal del fémur en el CP (99 días de gestación, 72% GPCP) y en la epífisis distal del radio, fémur y tibia en el WLP (106 días de gestación, 67% GPWLP). Los fetos avanzados de CP y WLP presentaban el 60% (15/25) y el 68% (17/25) del total de centros de osificación secundaria observados presentes en el cerdo doméstico adulto, mientras que los recién nacidos del cerdo doméstico presentaban el 52% (13/25). El temprano desarrollo intrauterino del sistema esquelético en ambas especies de pecaríes sugiere una estrategia de desarrollo precoz, que probablemente se correlaciona con la capacidad neonatal para escapar de los depredadores y reduce la dependencia de los cuidados parentales.Revisión por pares

A caça e o caçador: uma análise crítica da Legislação Brasileira sobre o uso da fauna por populações indígenas e tradicionais na Amazônia

A caça, além de prover o sustento de populações tradicionais, indígenas e não-indígenas, em áreas remotas, vem também assumindo função socialmente estruturante nessas sociedades. Neste artigo, conceituamos a caça de subsistência para além da visão preservacionista, preponderante nos campos das ciências ambientais e jurídicas, e oferecemos uma perspectiva integrada que contempla aspectos ecológicos, sociais, econômicos e legais. Apesar de os impactos demográficos e ecossistêmicos frequentemente atribuídos à caça de subsistência serem bem documentados, mecanismos naturais intrínsecos de recuperação populacional, tais como taxa reprodutiva, dinâmica fonte-sumidouro ou acordos locais, demonstram a resiliência dos sistemas socioecológicos à extração da fauna, constituindo uma grande janela de oportunidades para a conservação de espécies cinegéticas em sistemas de manejo in situ. Embora legalmente o “caçador de subsistência” seja explicitamente definido apenas no Estatuto do Desarmamento (Lei n° 10.826/2003), o direito à caça de subsistência é (ou deveria ser) respaldado pelo princípio universal de dignidade da pessoa humana, previsto, mais amplamente, na Declaração dos Direitos Humanos das Nações Unidas e na Constituição Federal de 1988 (CF/88). Tal direito também é reconhecido pelo Sistema Nacional de Segurança Alimentar e Nutricional (SISAN), abrangendo populações humanas rurais em constante estado de necessidade, seja pela imediata necessidade de saciar a fome (conforme definição na Lei de Crimes Ambientais), seja porque tais populações residem em regiões onde caça e pesca são  geralmente as principais fontes de proteína de origem animal. Por se tratar de uma das mais antigas práticas de obtenção de alimento, inerente à reprodução física e cultural das populações tradicionais, o direito de caçar encontra respaldo, no Brasil, em um arcabouço legal amplo, incluindo a adesão à Convenção 169 da Organização Internacional do Trabalho (OIT), promulgada no Brasil pelo Decreto n° 5.051/2004, à Política Nacional de Desenvolvimento Sustentável dos Povos e Comunidades Tradicionais (PNPCT – Decreto n° 6.040/2007) e ao Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC – Lei n° 9.985/2000). No entanto, as contradições legais (entre leis preservacionistas e as que promovem os direitos humanos e o uso sustentável dos recursos naturais) e sua discricionariedade interpretativa sobre termos que carecem de conceituação ou definição (“caça de subsistência”, “estado de necessidade”) permanecem, prevalecendo o caráter proibitivo e repressivo à caça de subsistência desde a publicação da Lei de Proteção à Fauna (Lei n° 5.197/1967). O resultado é a perpetuação do quadro de inseguridade social, nutricional e jurisdicional dos caçadores de subsistência. A ausência de regulamentação da prática da caça de subsistência impede o desenvolvimento de ferramentas efetivas e participativas de conservação e manejo da fauna, e a consequente valorização dos recursos e ecossistemas naturais

Identification of constrained sequence elements across 239 primate genomes

Noncoding DNA is central to our understanding of human gene regulation and complex diseases1,2, and measuring the evolutionary sequence constraint can establish the functional relevance of putative regulatory elements in the human genome3–9. Identifying the genomic elements that have become constrained specifically in primates has been hampered by the faster evolution of noncoding DNA compared to protein-coding DNA10, the relatively short timescales separating primate species11, and the previously limited availability of whole-genome sequences12. Here we construct a whole-genome alignment of 239 species, representing nearly half of all extant species in the primate order. Using this resource, we identified human regulatory elements that are under selective constraint across primates and other mammals at a 5% false discovery rate. We detected 111,318 DNase I hypersensitivity sites and 267,410 transcription factor binding sites that are constrained specifically in primates but not across other placental mammals and validate their cis-regulatory effects on gene expression. These regulatory elements are enriched for human genetic variants that affect gene expression and complex traits and diseases. Our results highlight the important role of recent evolution in regulatory sequence elements differentiating primates, including humans, from other placental mammals