Validation of microsatellite markers for assisted selection of soybean resistance to cyst nematode races 3 and 14

O objetivo deste trabalho foi validar marcadores microssatélites associados à resistência às raças 3 e 14 do nematóide-de-cisto (Heterodera glycines Ichinohe) da soja (Glycine max L.), para serem utilizados em programas de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Microssatélites dos grupos de ligação A2, D2 e G da soja foram testados em duas populações, e suas eficiências de seleção foram determinadas. As populações foram 65 famílias F2:3, do cruzamento Msoy8001 (resistente) x Conquista (suscetível), e 66 famílias F2:3, do cruzamento S5995 (resistente) x Renascença (suscetível), avaliadas para a resistência às raças 3 e 14, respectivamente. Famílias com índice de fêmeas de até 30% foram consideradas moderadamente resistentes. Marcadores dos grupos de ligação A2 e G apresentaram associação com a resistência à raça 3. Os marcadores Satt309 e GMENOD2B explicaram a maior proporção da variância fenotípica nos diferentes grupos. As combinações Satt309+GMENOD2B e Satt309+Satt187 apresentaram eficiência de seleção de 100%. A resistência à raça 14 foi associada com marcadores do grupo de ligação G, e a eficiência de seleção da combinação Satt309+Satt356 foi de 100%. Os diferenciais de seleção fenotípica e de seleção assistida mostraram que os dois tipos de seleção podem proporcionar ganhos similares.The objective of this work was to validate microsatellite markers associated with resistance to soybean cyst nematode (Heterodera glycines Ichinohe) races 3 and 14, in soybean (Glycine max L.) genotypes, for use in marker-assisted selection (MAS) programs. Microsatellites of soybean linkage groups A2, D2 and G were tested in two populations, and their selection efficiencies were determined. The populations were 65 F2:3 families from Msoy8001 (resistant) x Conquista (susceptible) cross, and 66 F2:3 families of S5995 (resistant) x Renascença (susceptible) cross, evaluated for resistance to races 3 and 14, respectively. Families with female index up to 30% were considered moderately resistant. Markers of A2 and G linkage groups were associated with resistance to race 3. Markers Satt309 and GMENOD2B explained the greatest proportion of phenotypic variance in the different groups. The combinations Satt309+GMENOD2B and Satt309+Satt187 presented 100% selection efficiency. Resistance to race 14 was associated with markers of G linkage group, and selection efficiency in the Satt309+Satt356 combination was 100%. The selection differential obtained by phenotypic and marker assisted selection showed that both can result in similar gains

Inheritance of resistance to soybean cyst nematode races 3 and 14 in soybean RIL and F2 populations

O objetivo deste trabalho foi avaliar, em soja, as heranças da resistência ao nematóide de cisto da soja, raças 3 e 14. As seguintes populações foram avaliadas: uma linhagem endogâmica recombinante (RILs) [Hartwig (resistente) x Y23 (suscetível)], para as raças 3, 14 e 9; uma população de famílias F2:3 [(M-SOY 8001 (resistente) x MB/BR 46 – Conquista (suscetível)], para a raça 3; e uma população de famílias F2:3 [S5995 (resistente) x BRSMG Renascença (suscetível)], para a raça 14. Foram identificados nas populações RILs quatro genes epistáticos que condicionaram resistência à raça 14 e três genes epistáticos para a resistência às raças 3 e 9. A falta de um dos genes proporcionou resistência moderada em todas as situações. Na população F2:3 de M-SOY 8001 x MB/BR 46 – Conquista, foi identificado um gene recessivo para resistência moderada à raça 3 e dois genes recessivos para a resistência completa. Na população F2:3 do cruzamento S5995 x BRSMG Renascença foram identificados dois genes recessivos que condicionaram resistência moderada à raça 14. Estes resultados visam contribuir no delineamento de cruzamentos, que envolvem estes parentais, com maior possibilidade de acumular genes que conferem resistência às diversas raças do nematóide de cisto da soja.The objective of this work was to evaluate the soybean inheritance of resistance to cyst nematode races 3 and 14. The following populations where evaluated: one population of recombinant inbred lines (RILs) [Hartwig (resistant) x Y23 (susceptible line)] for races 3, 14 and 9; one population of families F2:3 [M-SOY 8001 (resistant) x MB/BR 46 – Conquista (susceptible)] for race 3; and one population of families F2:3 [(S5995 (resistant) x BRSMG Renascença (susceptible)] for race 14. In RIL populations, four epistatic genes were identified which conditioned resistance to race 14, and three epistatic ones for resistance to races 3 and 9. The lack of one gene provided moderate resistance under all situations. The highest number of genes for resistance to race 14 points out that genes responsible for lower effects might be involved. In population F2:3 from M-SOY 8001 x MB/BR 46 – Conquista, one recessive gene for moderate resistance and two recessive genes complete resistance to race 3 were identified. Two recessive genes conditioning moderate resistance to race 14 were identified in population F2:3 from the crossing S5995 x BRSMG Renascença. These results will be useful in designing crossings, involving these parentals, with higher possibility to accumulating genes that provide resistance to several SCN races

Size of AT(n) Insertions in Promoter Region Modulates Gmhsp17.6-L mRNA Transcript Levels

During earlier experiments, an SSR molecular marker (176 Soy HSP) showing high correlation (70%) with resistance/susceptibility to javanese root-knot nematode Meloidogyne javanica was identified in soybean. After being sequenced, results indicated that the SSR 176 Soy HSP marker was inserted in the promoter region of Gmhsp17.6-L gene. It was also detected in this region that resistant genotypes presented insertions between AT(31) and AT(33) in size and susceptible genotypes, AT(9). Gmhsp17.6-L gene coding region presented a perfect match in amino acid sequence in all soybean genotypes. A ribonuclease protection assay showed that Gmhsp17.6-L gene mRNA transcripts were present in all genotypes. A real-time relative quantification (qPCR) indicated in the resistant individuals higher mRNA transcripts levels, which presented in the sequencing more AT(n) insertions. These results suggest that the number of AT(n) insertions inside this promoter region could modulate up or down gene levels. Those findings can lead to the possibility of manipulating, between some limits, the mRNA transcripts levels using different sizes of AT(n) insertions

EXAMES DE IMAGEM NA AVALIAÇÃO DA ESTEATOSE HEPÁTICA

The current work aims to analyze and expose the use of imaging tests in the evaluation of hepatic steatosis. This study is an integrative review, which was carried out from the research of the following descriptors in health sciences (DeCS): hepatic; steatosis; diagnosis; image. Of these, only articles published in the year 2023, until July 5, were selected, selecting 17 articles, where 7 were excluded and only 10 were analyzed for the preparation of the work. The imaging evaluation of hepatic steatosis is of great relevance, both in confirming the diagnosis and in measuring its severity, however each method of examination has its particular limitations, such as the high cost of Magnetic Resonance and the ineffectiveness of Ultrasound in the assessment of steatosis light. In view of this information, a meeting of the main studies on this topic is necessary to assist in the therapeutic plan.El presente trabajo tiene como objetivo analizar y exponer el uso de las pruebas de imagen en la evaluación de la esteatosis hepática. Este estudio es una revisión integradora, que se realizó a partir de la investigación de los siguientes descriptores en ciencias de la salud (DeCS): hepática; esteatosis; diagnóstico; imagen. De estos, solo se seleccionaron artículos publicados en el año 2023, hasta el 5 de julio, seleccionando 17 artículos, donde 7 fueron excluidos y solo 10 fueron analizados para la elaboración del trabajo. La evaluación por imágenes de la esteatosis hepática es de gran relevancia, tanto para confirmar el diagnóstico como para medir su gravedad, sin embargo cada método de examen tiene sus limitaciones particulares, como el alto costo de la Resonancia Magnética y la ineficacia del Ultrasonido en la evaluación de la esteatosis. luz. Ante esta información, se hace necesaria una reunión de los principales estudios sobre este tema para auxiliar en el plan terapéutico.O atual trabalho objetiva analisar e expôr a utilização de exames de imagem na avaliação da esteatose hepática. Este estudo é uma revisão integrativa, que foi realizada a partir da pesquisa dos seguintes descritores em ciências da saúde (DeCS): hepatic; steatosis; diagnostic; image. Destes, foram selecionados apenas artigos publicados no ano de 2023, até a data de 05 de julho, selecionando-se 17 artigos, onde 7 foram excluídos e apenas 10 foram analisados para a confecção do trabalho. A avaliação por imagem da esteatose hepática possui grande relevância, tanto na confirmação diagnóstica quanto na mensuração da sua gravidade, no entanto cada método de exame possui as suas particulares limitações, como o alto custo da Ressonância Magnética e a ineficácia da Ultrassonografia na avaliação da esteatose leve. Tendo em vista estas informações, faz-se necessária uma reunião dos principais estudos acerca deste tema para auxiliar no plano terapêutico

Análise dos pacientes com Câncer Renal no Hospital Geral de Fortaleza no período de 2017 a 2022

Introdução: Dentre as neoplasias urológicas, o câncer de rim é considerado o mais letal, com 17% dos pacientes apresentando metástase a distância no momento do diagnóstico e aproximadamente 40% dos pacientes morrendo devido à progressão da doença. Objetivo: Analisar o perfil clínico e epidemiológico dos pacientes diagnosticados com câncer renal submetidos a nefrectomia radical ou parcial no Hospital Geral de Fortaleza no período de julho de 2017 a junho de 2022. Método: Coorte retrospectivo utilizando dados secundários disponibilizados pelo Departamento de Estatística do Hospital e análise de prontuários médicos. Resultados: Foram analisados 102 procedimentos cirúrgicos, dos quais 63,1 % corresponderam a nefrectomia radical e 30,1% nefrectomia parcial. A proporção entre homens e mulheres foi de 1,5:1. Houve predomínio de incidência na sexta e sétima década de vida. A maioria dos pacientes foram tratados em estágios iniciais da doença, com 60% apresentando estadio I ao diagnóstico. O subtipo histológico mais comum foi o carcinoma renal de células claras. As complicações pós-operatórias foram raras. Conclusão: O presente trabalho apresentou resultados similares aos apresentados nos estudos epidemiológicos mais recentes a respeito das neoplasias renais. Estudos retrospectivos como este podem contribuir para a compreensão das características dos pacientes portadores de câncer renal atendidos no estado do Ceará

ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest

Epiphytes are hyper-diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non-vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published sources (comprising peer-reviewed articles, books, and theses), unpublished data, and herbarium data. We compiled a data set composed of 2,095 species, from 89,270 holo/hemiepiphyte records, in the Atlantic Forest of Brazil, Argentina, Paraguay, and Uruguay, recorded from 1824 to early 2018. Most of the records were from qualitative data (occurrence only, 88%), well distributed throughout the Atlantic Forest. For quantitative records, the most common sampling method was individual trees (71%), followed by plot sampling (19%), and transect sampling (10%). Angiosperms (81%) were the most frequently registered group, and Bromeliaceae and Orchidaceae were the families with the greatest number of records (27,272 and 21,945, respectively). Ferns and Lycophytes presented fewer records than Angiosperms, and Polypodiaceae were the most recorded family, and more concentrated in the Southern and Southeastern regions. Data on non-vascular plants and lichens were scarce, with a few disjunct records concentrated in the Northeastern region of the Atlantic Forest. For all non-vascular plant records, Lejeuneaceae, a family of liverworts, was the most recorded family. We hope that our effort to organize scattered epiphyte data help advance the knowledge of epiphyte ecology, as well as our understanding of macroecological and biogeographical patterns in the Atlantic Forest. No copyright restrictions are associated with the data set. Please cite this Ecology Data Paper if the data are used in publication and teaching events. © 2019 The Authors. Ecology © 2019 The Ecological Society of Americ

BOOTSTRAP confidence intervals as tool to classify races of soybean’s cyst nematode

Estimativas “bootstrap” da média aritmética dos genótipos de soja ‘Pickett’, ‘Peking’, PI88788 e PI90763 e os intervalos de confiança obtidos pela teoria normal e através da distribuição “bootstrap” deste estimador, como o percentil “bootstrap” e o BCa, correção para o viés e aceleração, do parâmetro de diferenciação da cultivar padrão de suscetibilidade Lee são utilizados para classificar raças do nematóide de cisto da soja. Os intervalos de confiança obtidos a partir da distribuição “bootstrap” apresentaram menor amplitude e foram muito similares, dessa forma, o limite inferior do intervalo de confiança percentil “bootstrap” foi tomado como nível de referência nas distribuições “bootstrap” do estimador da média aritmética dos genótipos diferenciadores, permitindo estimar a probabilidade empírica de uma reação positiva ou negativa, e, conseqüentemente, identificar a raça mais provável sob determinado teste. _________________________________________________________________________________ ABSTRACTBootstrap estimates of arithmetic mean of Pickett, Peking, PI88788 and PI90763 soybean genotypes and the confidence intervals obtained through normal theory and bootstrap distri¬bution of this estimator, like the percentile bootstrap and the BCa (bias-corrected and accelerated) of the differentiation parameter of the standard cultivar Lee for susceptibility, are utilized to classify races of soybean cyst nematode. The confidence intervals obtained from bootstrap distribution showed smaller amplitude and were very similar. Therefore, the lower limit of the bootstrap percentile confi¬dence interval was taken as reference level in the bootstrap distribution of the arithmetic mean estimator of the differential genotypes allowing to estimate the empirical probability of a positive or negative reaction and, consequently, to identify the most probable race under specific test

Intervalo de confiança "bootstrap" como ferramenta para classificar raças do nematóide de cisto da soja

Bootstrap estimates of arithmetic mean of Pickett, Peking, PI88788 and PI90763 soybean genotypes and the confidence intervals obtained through normal theory and bootstrap distribution of this estimator, like the percentile bootstrap and the BCa (bias-corrected and accelerated) of the differentiation parameter of the standard cultivar Lee for susceptibility, are utilized to classify races of soybean cyst nematode. The confidence intervals obtained from bootstrap distribution showed smaller amplitude and were very similar. Therefore, the lower limit of the bootstrap percentile confidence interval was taken as reference level in the bootstrap distribution of the arithmetic mean estimator of the differential genotypes allowing to estimate the empirical probability of a positive or negative reaction and, consequently, to identify the most probable race under specific test.Estimativas "bootstrap" da média aritmética dos genótipos de soja 'Pickett', 'Peking', PI88788 e PI90763 e os intervalos de confiança obtidos pela teoria normal e através da distribuição "bootstrap" deste estimador, como o percentil "bootstrap" e o BCa, correção para o viés e aceleração, do parâmetro de diferenciação da cultivar padrão de suscetibilidade Lee são utilizados para classificar raças do nematóide de cisto da soja. Os intervalos de confiança obtidos a partir da distribuição "bootstrap" apresentaram menor amplitude e foram muito similares, dessa forma, o limite inferior do intervalo de confiança percentil "bootstrap" foi tomado como nível de referência nas distribuições "bootstrap" do estimador da média aritmética dos genótipos diferenciadores, permitindo estimar a probabilidade empírica de uma reação positiva ou negativa, e, conseqüentemente, identificar a raça mais provável sob determinado teste