CoCAS: a ChIP-on-chip analysis suite

Motivation: High-density tiling microarrays are increasingly used in combination with ChIP assays to study transcriptional regulation. To ease the analysis of the large amounts of data generated by this approach, we have developed ChIP-on-chip Analysis Suite (CoCAS), a standalone software suite which implements optimized ChIP-on-chip data normalization, improved peak detection, as well as quality control reports. Our software allows dye swap, replicate correlation and connects easily with genome browsers and other peak detection algorithms. CoCAS can readily be used on the latest generation of Agilent high-density arrays. Also, the implemented peak detection methods are suitable for other datasets, including ChIP-Seq output

Microglia maintain structural integrity during fetal brain morphogenesis

Microglia (MG), the brain-resident macrophages, play major roles in health and disease via a diversity of cellular states. While embryonic MG display a large heterogeneity of cellular distribution and transcriptomic states, their functions remain poorly characterized. Here, we uncovered a role for MG in the maintenance of structural integrity at two fetal cortical boundaries. At these boundaries between structures that grow in distinct directions, embryonic MG accumulate, display a state resembling post-natal axon-tract-associated microglia (ATM) and prevent the progression of microcavities into large cavitary lesions, in part via a mechanism involving the ATM-factor Spp1. MG and Spp1 furthermore contribute to the rapid repair of lesions, collectively highlighting protective functions that preserve the fetal brain from physiological morphogenetic stress and injury. Our study thus highlights key major roles for embryonic MG and Spp1 in maintaining structural integrity during morphogenesis, with major implications for our understanding of MG functions and brain development.</p

SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models

Systems biology has experienced dramatic growth in the number, size, and complexity of computational models. To reproduce simulation results and reuse models, researchers must exchange unambiguous model descriptions. We review the latest edition of the Systems Biology Markup Language (SBML), a format designed for this purpose. A community of modelers and software authors developed SBML Level 3 over the past decade. Its modular form consists of a core suited to representing reaction-based models and packages that extend the core with features suited to other model types including constraint-based models, reaction-diffusion models, logical network models, and rule-based models. The format leverages two decades of SBML and a rich software ecosystem that transformed how systems biologists build and interact with models. More recently, the rise of multiscale models of whole cells and organs, and new data sources such as single-cell measurements and live imaging, has precipitated new ways of integrating data with models. We provide our perspectives on the challenges presented by these developments and how SBML Level 3 provides the foundation needed to support this evolution

Apport des techniques d'information et de communication à l'enseignement pratique en odontologie pédiatrique (Tome 1)

LILLE2-UFR Odontologie (593502202) / SudocLILLE2-BU Santé-Recherche (593502101) / SudocSudocFranceF

Positive loops and differentiation

info:eu-repo/semantics/publishe

mai-juin 2022

Créativités patrimoniales Ces dernières années, nombre d’arguments ont été avancés en faveur de la créativité comme valeur fondamentale et comme levier pour encourager le développement durable et la poursuite des efforts vers l’inclusion sociale. Ainsi, des organisations internationales comme l’Unesco ou Nemo se sont positionnées en faveur d’une plus grande coopération des institutions et des collectivités territoriales avec les industries culturelles et créatives. Au même titre, plusieurs organisations soulignent le rôle primordial que jouent les institutions muséales et patrimoniales en tant que lieux propices à la créati­vité et à l’innovation et particulièrement, parmi elles, les institutions actives sur les plans de l’engagement et de la participation citoyenne, dans un esprit de diversité et d’inclusion. Ainsi, des organisations comme le Réseau des associations des musées européens (Nemo), l’Alliance américaine des musées (AAM) et l’Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) ont élaboré des politiques et programmes destinés à réduire le fossé entre les musées, le patrimoine et la notion de développement durable en culture. Plus qu’un mot à la mode, la créativité, qui relève de l’aptitude à produire et à faire vivre, grâce à l’imagination, de nouvelles choses, représente une compétence qui n’est plus seulement l’apanage d’individus exceptionnels travaillant dans des domaines scientifiques ou artistiques ; elle apparaît dans tout type d’activité humaine et au sein de différents types de collectivités. La créativité peut avoir un impact direct et positif sur le bien-être et la prospérité, tant sur le plan individuel que sociétal. En déployant des projets et des outils pour tisser des liens avec et pour la société, les musées jouent un rôle important dans l’encouragement de leurs publics à la créativité. Ce numéro de La lettre de l’Ocim propose une réflexion sur le phénomène selon lequel la culture et la créativité sont aujourd’hui non seulement perçues comme des moteurs de développement individuel mais aussi comme des leviers économiques. Comment s’articulent les rapports entre la culture et la créativité à l’échelle territoriale ? En quoi la création de nouveaux équipements culturels hybrides favorise-t-elle les synergies et dynamise-t-elle le tissu socio-économique ? Si la créativité est considérée comme un levier économique, on parle également de plus en plus des compétences et des aptitudes dont le XXIe siècle a besoin – pensée critique et transversale, résolution de problèmes et prise de décisions, travail d’équipe, par exemple. En érigeant la créativité comme principe éducatif, les musées favorisent la montée en compétences de leurs publics. Enfin, une volonté de dépasser les clivages entre les industries créatives et le monde de la culture produit une tendance à la création de nouveaux espaces et opportu­nités d’apprentissages dans le secteur des technologies, en particulier dans le domaine vidéoludique. En somme, la créativité apparaît comme une opportunité de développement pour les mondes culturel et patrimonial, une oxygénation du tissu socio-économique de nos territoires et une force favorisant l’épanouissement individuel. Elle participe à une meilleure compréhension du monde et de ses enjeux et elle invite chacun à participer à la recherche de solutions pour améliorer la condition humaine et préserver notre environnement.. Mathieu Viau-Courville, directeur de l’Oci