Predicting indoor ozone and NOx concentrations

International audienceSimple modelling of indoor chemistry using FACSIMILE softwar

Pixel: a content management platform for quantitative omics data

International audienceBackground. In biology, high-throughput experimental technologies, also referred as ''omics'' technologies, are increasingly used in research laboratories. Several thousands of gene expression measurements can be obtained in a single experiment. Researchers are routinely facing the challenge to annotate, store, explore and mine all the biological information they have at their disposal. We present here the Pixel web application (Pixel Web App), an original content management platform to help people involved in a multi-omics biological project. Methods. The Pixel Web App is built with open source technologies and hosted on the collaborative development platform GitHub (https://github.com/Candihub/pixel). It is written in Python using the Django framework and stores all the data in a PostgreSQL database. It is developed in the open and licensed under the BSD 3-clause license. The Pixel Web App is also heavily tested with both unit and functional tests, a strong code coverage and continuous integration provided by CircleCI. To ease the development and the deployment of the Pixel Web App, Docker and Docker Compose are used to bundle the application as well as its dependencies. Results. The Pixel Web App offers researchers an intuitive way to annotate, store, explore and mine their multi-omics results. It can be installed on a personal computer or on a server to fit the needs of many users. In addition, anyone can enhance the application to better suit their needs, either by contributing directly on GitHub (encouraged) or by extending Pixel on their own. The Pixel Web App does not provide any computational programs to analyze the data. Still, it helps to rapidly explore and mine existing results and holds a strategic position in the management of research data

Influences de la variabilite genetique et environnementale sur la digestibilite in vitro ou in vivo du mais fourrage

Dans le cadre d’une collaboration entre instituts de recherche, de développement et établissements de sélection, des travaux ont été entrepris pour préciser la pertinence de différentes mesures in vitro de la digestibilité du maïs fourrage, en comparaison à la mesure classique de référence faite par des moutons à l’entretien. Seize hybrides ont été répartis sur les 7 lieux susceptibles de réaliser les mesures in vivo, et les essais ont été répétés 2 années consécutives. Les différences entre génotypes pour le CUD** de la matière organique, mesuré par les moutons standards ne sont significatives que si l’on inclut un hybride atypique brown-midrib-3. En revanche, chacune des 3 méthodes de digestibilité in vitro testée conduit à des effets génotypes significatifs. Les corrélations entre mesures de digestibilité avec chacune des méthodes in vitro sont élevées et voisines de 0,9, mais diminuent jusqu’à 0,6 si on limite l’étude aux fourrages dont la teneur en matière sèche est au moins égale à 27,5%. Toutefois, ce sont les mêmes génotypes qui sont reconnus pour leur faible ou forte digestibilité par chacune des 3 méthodes, et les valeurs obtenues in vivo leur apparaissent faiblement liées puisque les corrélations entre digestibilité in vivo et in vitro varient de 0,5 à 0,1. Les liaisons entre les constituants organiques mesurés (cellulose brute, NDF**, ADF**, lignine) et les différents critères de digestibilité in vitro sont moyennement élevées et négatives, comprises entre -0,8 et -0,6; elles sont plus faibles avec le CUD de la matière organique, entre -0,5 et -0,3 et voisines de 0,0 avec le CUD de la cellulose brute. Dans une optique de sélection de variétés de maïs fourrage améliorées pour leur digestibilité en plante entière, les résultats montrent que ces tests, que l’on peut étalonner dans de très bonnes conditions dans le proche infrarouge (NIRS)**, permettent au moins de répartir les génotypes en groupes distincts pour ce critère. Même si les liaisons entre ces critères in vitro et les valeurs établies avec les moutons standards sont faibles, les regroupements établis sur la base des valeurs in vitro ne sont pas en contradiction avec les valeurs obtenues sur moutons, en particulier pour les hybrides les moins digestibles. Ces outils in vitro et in vivo n’expriment pas les mêmes variations, digestibilité maximale potentielle d’une part, et valorisation par un animal à l’entretien d’autre part. De plus, ils diffèrent par la précision des mesures et la répartition de l’importance de chacun des effets pris en compte. La pertinence de ces tests in vitro devra en fait être mesurée en terme de capacité ou non à prédire une production de lait ou de viande chez des ruminants à haut potentiel, et des améliorations à ces techniques de tests pourront être apportées pour tenter d’intégrer l’aspect facilité de dégradation des constituants pariétaux.Results on relevance and suitability of in vitro tests for digestibility improvement in maize are considered, and compared with standard measurements in sheep within a collaborative network between research institute, technical institutes and private breeding companies. Sixteen hybrids were dispatched to 7 locations fitted out for work with sheep in digestibility crates. Experiments were replicated 2 yr running. Six animals were fed for 5 or 6 d after a 10-d period of inurement. Forages were harvested 4-7 times after silking, and dry-matter content of forage offered varied from 18.3-53.1%, with an average value of 29.0%. Genotype effects are significant for in vitro tests of digestibility and for in vivo digestibility of crude fiber, but in vivo digestibility of organic matter is significant only when a brown-midrib-3 (bm3) hydrid is included (table II). Phenotypic variability for in vivo digestibility of organic matter ranged from 71.0 to 74.2 and 78.5 for the bm3 hybrid, and respectively from 52.3 to 63.1 and 70.1 for in vivo digestibility of crude fiber (table IV). Correlations between the different digestibility tests are good when computed with all forage offered; they are quite low (≈ 0.6) for classic forages, the dry matter content of which is higher or equal to 27.5% (table V). But in any case, the same genotypes are ranked as low, or ranked as high with all in vitro digestibility measurements, and in vivo tests are consistent with these results. Correlations between in vitro tests and in vivo sheep tests of digestibility ranked from 0.6-0.1 when including or not a bm3 genotype, and when considering or not forage, dry content of which is higher or equal to 27.5%. Correlations between biochemical constituents (crude fiber, NDF, ADF, lignin) and in vivo or in vitro estimates of digestibility are negative and fairly high (-0.8 to -0.5), but null with crude fiber digestibility. It seems easy to calibrate the in vitro and in vivo tests under very good conditions with NIRS. For breeding silage maize with a higher whole plant digestibility, these results are promising because it seems possible when using in vitro tests to assign the hybrids into 2 or 3 groups for digestibility characteristics. Correlations with standard tests in sheep are mostly due to maturity stage, locations or year of experiment and standard deviations are higher in animal tests than with enzymatic of NIRS tests. Further investigation should now be carried out on the relevance of these in vitro tests in predicting the effect of genetic variability of silage maize on the milk yield of dairy cows, or on the average daily gain of young bulls or steers. The in vitro tests may also be improved to include cell wall digestibility susceptibility

Genetic and phenotypic intra-species diversity of alga Tisochrysis lutea reveals original genetic structure and domestication potential

Oceanic phytoplankton species are generally composed of many strains, with intra-species diversity consisting of genetic and phenotypic variability. Despite its importance in ecological and biotechnological contexts, this intra-species diversity and variation among strains has been little studied. We investigated the intra-species diversity of the microalga Tisochrysis lutea, a haptophyte of the Isochrysidales order. Inter-strain diversity of T. lutea was studied because of the economic importance of the species as a feed in aquaculture and for antioxidant metabolite production, particularly fucoxanthin and other carotenoids, which have health benefits. We analysed Tara Ocean datasets which revealed that T. lutea was present in the Pacific, Atlantic and Indian Oceans but not in the Arctic or Austral Oceans. We next made phenotypic and genotypic comparisons of 11 strains of T. lutea from worldwide algal collections. All strains were cultivated in the same controlled conditions for one week, and several phenotypic traits were measured, notably antioxidant content. In parallel, the genomes of each strain were sequenced, and genetic variants identified. At the genetic and phenotypic levels, the strains were distinct from each other and our analysis revealed natural trait variations of interest in relation to further exploitation in domestication programmes. A large number of genetic variations were identified among the strains, but no major differences in genome size were observed. Moreover, limited genetic structure was observed among these strains, which could be a consequence of the complex life history of species within the Isochrysidales. Our study provides new knowledge on the intra-species diversity that should be considered in future environmental studies and breeding programmes. Highlights Tisochrysis lutea is found in many parts of the world’s oceans. T. lutea has high inter-strain phenotypic and genomic variation. Genetic structure of strains from culture collections is limited

Quantification of the methylation at the GNAS locus identifies subtypes of sporadic pseudohypoparathyroidism type Ib

Pseudohypoparathyroidism type Ib (PHP-Ib) is due to epigenetic changes at the imprinted GNAS locus, including loss of methylation at the A/B differentially methylated region (DMR) and sometimes at the XL and AS DMRs and gain of methylation at the NESP DMR. Objective: to investigate if quantitative measurement of the methylation at the GNAS DMRs identifies subtypes of PHP-Ib. In 19 patients with PHP-Ib and 7 controls, methylation was characterised at the four GNAS DMRs through combined bisulfite restriction analysis and quantified through cytosine specific real-time PCR in blood lymphocyte DNA. A principal component analysis using the per cent of methylation at seven cytosines of the GNAS locus provided three clusters of subjects (controls n=7, autosomal dominant PHP-Ib with loss of methylation restricted to the A/B DMR n=3, and sporadic PHP-Ib with broad GNAS methylation changes n=16) that matched perfectly the combined bisulfite restriction analysis classification. Furthermore, three sub-clusters of patients with sporadic PHP-Ib, that displayed different patterns of methylation, were identified: incomplete changes at all DMRs compatible with somatic mosaicism (n=5), profound epigenetic changes at all DMRs (n=8), and unmodified methylation at XL in contrast with the other DMRs (n=3). Interestingly, parathyroid hormone concentration at the time of diagnosis correlated with the per cent of methylation at the A/B DMR. Quantitative assessment of the methylation in blood lymphocyte DNA is of clinical relevance, allows the diagnosis of PHP-Ib, and identifies subtypes of PHP-Ib. These epigenetic findings suggest mosaicism at least in some patients

Etude exploratoire : caractérisation des émissions de fournitures scolaires et de produits d'entretien utilisés dans une école et analyse des données de composition

74 p.Dans le cadre de son programme de travail "Lieux de vie fréquentés par les enfants", l'Observatoire de la qualité de l'air intérieur (OQAI) a réalisé une étude exploratoire visant à caractériser les émissions de composés organiques volatils (COV) et d'aldéhydes issues de produits liés aux activités scolaires et des produits d'entretien utilisés dans les salles de classe. Vingt-trois produits ont été retenus afin d'être évalués en chambre d'essai d'émission. Les résultats des essais d'émission montrent que de nombreux COV sont émis lors de l'utilisation de produits liés aux activités scolaires et qu'ils sont très variés. Pour quelques produits, certaines substances détectées n'ont pu être identifiées avec précision, puisqu'elles ne figuraient pas dans les bibliothèques internationales de recherche. Des émissions de benzène et d'hexane ont été mesurées à des niveaux plus faibles que celles d'autres COV. Certaines fournitures scolaires testées, comme la peinture acrylique, l'encre de Chine, le feutre effaçable à sec, la gouache liquide et la peinture vitrail, ont attiré l'attention car les émissions de certains COV et/ou aldéhydes étaient plus élevées que pour les autres produits testés. L'analyse des compositions a montré la présence très fréquente d'isothiazolinones dans les fournitures scolaires, non détectées dans les émissions au cours de cette étude. Ces substances sont des sensibilisants cutanés potentiellement responsables d'allergies cutanées chez les jeunes enfants. Utilisées comme conservateurs dans de nombreux produits présents dans l'environnement des jeunes enfants, la survenue de manifestations allergiques cutanées peut être facilitée par l'utilisation simultanée de plusieurs produits en contenant. On soulignera ici certaines limites méthodologiques dans cette étude exploratoire liées notamment aux contraintes d'échantillonnage des produits dans les écoles (prélèvements des produits présents, déjà utilisés, stockés ensemble, parfois différents des produits initialement recensés) et au choix des méthodes analytiques existantes développées pour les produits de construction (l'objet de l'étude n'étant pas de faire un développement méthodologique dédié aux fournitures scolaires). Cette étude fournit un premier éclairage sur quelques fournitures scolaires et produits d'entretien. Elle appelle à la poursuite des travaux dans ce domaine tant pour la réalisation de protocoles d'essais d'émission adaptés aux fournitures scolaires et produits d'entretien, qu'à l'accès a priori à des données de composition actualisées et exhaustives

Discussion du projet de décret sur la fixation des sièges des évêchés, lors de la séance du 6 juillet 1790

Allard Louis-François, Maupetit Michel-René, Prudhomme de Kérangon François-Augustin, Muguet de Nanthou François Felix, Guittard , Vismes Jacques-François-Laurent de, Boislandry François Louis de, Gibert Louis-Bernard, Crillon François Félix Berton des Balbes, comte de, Briois de Beaumetz Bon-Albert, Folleville Antoine-Charles-Gabriel, marquis de, Maillot Claude-Pierre, Regnier Claude Ambroise, Mangin Jean-Nicolas, Massieu Jean-Baptiste, Bouchotte Pierre Paul, Marie de La Forge Anne-Etienne. Discussion du projet de décret sur la fixation des sièges des évêchés, lors de la séance du 6 juillet 1790. In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XVI - Du 31 mai au 8 juillet 1790. Paris : Librairie Administrative P. Dupont, 1883. pp. 718-719