Flujos de nutrientes a través de la interfase sedimento-agua en fondos de arenas finas y su relación con los factores físico-químicos del sedimento

El objetivo de este estudio es determinar la influencia del sedimento en el ciclo de nutrientes en la zona de arenas finas a lo largo de un ciclo anual en el litoral de Gandia (Mediterráneo occidental). Se realizaron cuatro campañas y en cada una de ellas se recogieron muestras de agua, de sedimento y de la incubación de cámaras bentónicas.Sospedra Ciscar, J. (2010). Flujos de nutrientes a través de la interfase sedimento-agua en fondos de arenas finas y su relación con los factores físico-químicos del sedimento. http://hdl.handle.net/10251/11387Archivo delegad

Flujos de oxígeno y nutrientes entre sedimento y columna de agua: caso de las arenas finas infralitorales

RESUMEN En el metabolismo bentónico de las zonas costeras y someras interactúan de forma compleja un gran número de procesos y factores tanto físicos como químicos y biológicos. La respiración bentónica y la regeneración de nutrientes en los fondos de arenas permeables del infralitoral han sido, tradicionalmente, poco estudiadas, sin embargo, éstas pueden tener una repercusión directa y transcendental en los ecosistemas costeros. Esta tesis tiene como propósito general la determinación de los flujos de oxígeno disuelto y nutrientes en la interfase sedimento-agua. Además, se plantea estudiar las posibles interacciones entre distintas variables ambientales e identificar aquellas más influyentes en el metabolismo bentónico sobre fondos de arenas finas y homogéneas. En este estudio se llevaron a cabo un total de ocho campañas de trabajo in situ en una estación de muestreo situada sobre fondos en los que se asienta la biocenosis de arenas finas bien calibradas y en cuya superficie se desarrollan tapices de microfitobentos. En estas campañas se tomaron muestras de la columna de agua, del sedimento y se instalaron trampas de sedimentación y cámaras de incubación bentónicas, tanto opacas como transparentes, sobre el sedimento a lo largo del ciclo anual. Además, se realizaron dos experimentos, bajo condiciones controladas en laboratorio, en los que se incubó la misma matriz granulométrica presente en la estación de muestreo y a la que se añadieron distintos niveles de materia orgánica y del bivalvo Spisula subtruncata respectivamente. La respiración bentónica de estas arenas finas infralitorales estuvo regulada por una pequeña fracción de materia orgánica presente en el sedimento, compuesta por carbono biopolimérico y pigmentos cloroplásticos, en condiciones de oscuridad. Ello supuso un consumo de oxígeno por parte del sedimento y una liberación de nitrógeno inorgánico disuelto y ácido ortosilícico hacia la columna de agua. En condiciones de luz, la correlación detectada entre la producción primaria neta y la irradiancia media incidente sobre la superficie del sedimento indicó que el microfitobentos tuvo un papel destacado en la producción de oxígeno y en el metabolismo de estos fondos. Las arenas finas bien calibradas, emplazadas en un ambiente meramente oligotrófico, se mostraron heterotróficas a lo largo del año, consumiendo oxígeno y liberando nitrógeno inorgánico disuelto y ácido ortosilícico a la columna de agua según los flujos diarios estimados, en los que se asumió que el intercambio ocurrido durante la fase diurna se corresponde con los flujos de las cámaras trasparentes y los de la fase nocturna a los flujos en oscuridad. Únicamente durante la primavera, estos fondos fueron autotróficos debido a la mayor irradiancia incidente en esta estación que estimuló la producción primaria realizada por el microfitobentos. Esta producción primaria bentónica fue superior a la producción planctónica en todas las campañas, realizadas todas ellas en circunstancias de estabilidad hidrodinámica sobre estos fondos someros. Los experimentos ex situ mostraron que la respiración bentónica respondió de forma más acusada en condiciones oligotróficas, lo que también conllevó un mayor incremento en la liberación de nitrógeno inorgánico disuelto, que en situaciones eutróficas o hipereutróficas. La presencia de S. subtruncata, una de las especies más abundantes en la estación de muestreo, también implicó incrementos del 60-75 % en el consumo de oxígeno y del 65-100 % en la liberación de nitrógeno inorgánico disuelto a densidades comprendidas entre los 400 y 850 ind m-2, debido a su metabolismo y actividad.Sospedra Ciscar, J. (2014). Flujos de oxígeno y nutrientes entre sedimento y columna de agua: caso de las arenas finas infralitorales [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/48466TESI

Development of an open sensorized platform in a smart agriculture context: A vineyard support system for monitoring mildew disease

In recent years, some offcial reports, to produce best products regarding quality, quantity and economic conditions, recommend that the farming sector should benefit with new tools and techniques coming from Information and Communications Technology (ICT) realm. In this way, during last decade the deployment of sensing devices has increased considerably in the field of agriculture. This fact has led to a new concept called smart agriculture, and it contemplates activities such as field monitoring, which offer support to make decisions or perform actions, such as irrigation or fertilization. Apart from sensing devices, which use the Internet protocol to transfer data (Internet of Things), there are the so-called crop models, which are able to provide added value over the data provided by the sensors, with the aim of providing recommendations to farmers in decision-making and thus, increase the quality and quantity of their production. In this scenario, the current work uses a low-cost sensorized platform, capable of monitoring meteorological phenomena following the Internet of Things paradigm, with the goal to apply an alert disease model on the cultivation of the vine. The edge computing paradigm is used to achieve this objective; also our work follows some advances from GIScience to increase interoperability. An example of this platform has been deployed in a vineyard parcel located in the municipality of Vilafamés (Castelló, Spain)

Guía del Trabajo Fin de Grado (TFG): Grado en Enfermería

La elaboración del TFG supone la aplicación de los conocimientos adquiridos durante los años académicos del grado cursado y, por tanto, debe reflejar la adquisición de competencias. El Grado de Enfermería oferta gran diversidad de temas para la elaboración del TFG, siendo el colectivo de profesorado implicado en su seguimiento y evaluación, numeroso y diverso. Con el objetivo de facilitar tanto su elaboración como su evaluación unificada a todos los estudiantes, se propone el diseño de un documento donde se recojan las diversas posibilidades y modelos de elaboración, así como la creación de un documento general de rúbrica donde se recojan todos los aspectos evaluables y su peso en la puntuación global. Con la finalidad de clarificar tanto los modelos de TFG como los criterios de evaluación, se ha elaborado un documento general de rúbrica donde se recogen los aspectos evaluables y su peso en la puntuación global. En su elaboración ha participado una red de profesorado y alumnado de la UA compuesto por ocho profesores, un representante del personal de administración y servicios y un estudiante del cuarto curso del grado en Enfermería. Está previsto que el documento elaborado sea único y válido tanto para el profesorado tutor como para el tribunal de evaluación. El documento provisional se divide en dos o tres bloques (para el tribunal o tutor, respectivamente) para conseguir un sistema de evaluación común y unificado para todos los departamentos participantes

Exchange of nutrients and oxygen across the sediment-water interface below a Sparus aurata marine fish farm in the north-western Mediterranean Sea

Purpose: This study analyzes the effects of aquaculture activities in open seawater in the north-western coastal waters of the Mediterranean Sea. It is the first of its kind to be based on benthic flux data gathered in situ below fish farms for this particular area. Materials and methods: Samples were collected on four sampling campaigns over a 1-year cycle under a Sparus aurata fish farm facility where benthic fluxes were measured in situ using light and dark benthic chambers. Bottom water and sediment samples were also collected. Data were compared to those for a nearby control station. Results and discussion: Significant differences were found (ANOVA, p < 0. 05) between concentrations of organic matter (OM), total phosphorus and redox potentials in sediments located under the cages and those of the control station. The consumption of dissolved oxygen (DO) by sediment and positive ammonium (NH4 +) fluxes was stimulated by OM content, with correlations of r = -0. 60 (p < 0. 01) and r = 0. 70 (p < 0. 01), respectively. The OM content of sediments was found to be consistently higher under the cages than at the control station, with the highest value (1. 8 ± 0. 7 %) under the cages observed during the early summer; values of DO and NH4 + fluxes were -64 ± 17 and 12. 7 ± 1. 0 mmol m-2 day-1, respectively. PO4 3- fluxes were consistently higher in the fish farm sediments (between 0. 58 and 0. 98 mmol m-2 day-1) than those observed at the control station. Nitrate (NO3 -) fluxes were found to be consistently negative due to denitrification occurring in the sediments and were related to the concentration of NO3 - in bottom waters (r = 0. 92, p < 0. 01). Si fluxes were shown to be associated with water temperature (r = 0. 59, p < 0. 05). Conclusions: The results imply that sediments located below cages accumulate organic matter originating from aquaculture activities, especially during summer months when this activity increases. Sediments undergo biogeochemical changes that mainly affect fluxes of DO, NH4 + and soluble reactive phosphorus, although these do not seem to have a significant impact on the quality of the water column due to the hydrodynamic characteristics of the area. © 2012 Springer-Verlag.We would like to thank the Caja del Mediterraneo for a predoctoral fellowship fund for this research and Antonio Asuncion Acuigroup Maremar manager for the facilities and support in conducting the study. The translation of this paper was funded by the Universidad Politecnica de Valencia, Spain. We are grateful for the valuable comments of the anonymous reviewers on previous versions of the manuscript.Morata Higón, T.; Sospedra, J.; Falco Giaccaglia, SL.; Rodilla Alama, M. (2012). Exchange of nutrients and oxygen across the sediment-water interface below a Sparus aurata marine fish farm in the north-western Mediterranean Sea. Journal of Soils and Sediments. 12(10):1623-1632. doi:10.1007/s11368-012-0581-2S162316321210APHA, AWWA, and WEF (2005) Standard methods for the examination of water wastewater, 21st edn. American Public Health Association, WashingtonAksu M, Kocatas A (2007) Environmental effects of the three fish farms in Izmir Bay (Aegean Sea-Turkey) on water column and sediment. Rapport du 38e Congrés de la Commission Internationale Pour L’exploration Scientifique de la Mer Méditerranée 38, 414Aminot A, Chaussepied M (1983) Manuel des analyses chimiques en milieu marin. Centre National pour l’Explotation des Oceans, BrestArocena R, Conde D (1999) Sedimento. Métodos en ecología de aguas continentales. 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Evaluación de las entradas de nutrientes en el ámbito costero del municipio de Gandía durante el verano

Los objetivos de este trabajo se pueden agrupar en los siguientes: Caracterizar cualitativamente y determinar las diferentes y principales entradas de nutrientes al ecosistema marino en el litoral comprendido en el término municipal de Gandía durante un determinado periodo puntual de tiempo (verano). Evaluar las entradas y disponibilidad de nutrientes en las diferentes zonas de estudio establecidas en el litoral de Gandía. Establecer dos estaciones control permanentes para la caracterización e identificación a largo plazo de la influencia terrestre y antrópica en el ecosistema marino inmediato a Gandía.Sospedra Ciscar, J. (2008). Evaluación de las entradas de nutrientes en el ámbito costero del municipio de Gandía durante el verano. Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/80375Archivo delegad

Exploring graph neural networks for protein-protein interaction prediction: a comparative analysis

El objetivo de este trabajo de fin de carrera es realizar una investigación sobre la predicción de interacciones proteína-proteína aprovechando la potencia de las redes neuronales de grafos (GNN). Este estudio explora hiperparámetros y arquitecturas para descubrir su impacto en la precisión de la predicción. Las GNN se utilizan como una valiosa herramienta para captar las características estructurales inherentes a los datos de interacción de proteínas. Para lograr los objetivos de esta investigación, se utiliza un conjunto de datos entre interacción de proteínas para comparar y contrastar el rendimiento de diferentes enfoques de GNN. Mediante una serie de experimentos y un preciso análisis, este estudio evalúa las variaciones en el rendimiento y tiempo de ejecución e intenta identificar los ajustes óptimos de los parámetros para los modelos basados en GNN en el contexto de la predicción de interacciones proteína-proteína. Los resultados empíricos de esta investigación ponen de manifiesto la importancia del ajuste de parámetros en los modelos basados en GNN y en machine learning en general y los factores subyacentes que influyen en la efectividad para predecir las interacciones proteína-proteína. Los conocimientos obtenidos a partir de esta investigación aportan contribuciones al análisis de conjuntos de datos proteína-proteína y ofrecen ideas para mejorar futuros modelos dentro del área. Aunque esta tesis se centra en la comparación de diferentes modelos con distintos hiperparámetros, no pretende realizar avances revolucionarios en el estado del arte actual de la predicción de interacciones proteína-proteína o de las redes neuronales de grafos. Su objetivo es más bien mejorar nuestra comprensión y optimizar la eficiencia de los modelos existentes en este campo. Mediante la exploración de varios modelos e hiperparámetros, este estudio da importancia a los puntos fuertes y las limitaciones de diferentes enfoques para la predicción de interacciones proteína-proteína. Estos hallazgos pueden servir como base para optimizar modelos futuros y pueden ayudar a los investigadores a tomar mejores decisiones en cuanto a la selección de hiperparámetros y arquitecturas apropiadas. Este conocimiento puede mejorar el análisis de conjuntos de datos proteína-proteína al proporcionar una comprensión más clara de los factores que influyen en el rendimiento, la precisión y el tiempo de ejecución de los diferentes modelos. Por lo tanto, los resultados de este estudio contribuyen a la mejora continua de los modelos de predicción de la interacciónes entre proteínas, como las redes neuronales de grafos, mediante el perfeccionamiento de las metodologías de análisis, la optimización de la selección de hiperparámetros y la presentación de algunas ideas sobre las complejidades dentro de las redes de proteínas. ABSTRACT This final thesis aims to investigate the prediction of protein-protein interactions by leveraging the power of Graph Neural Networks (GNNs). This study explores a range of hyperparameters and architectures to uncover their impact on the prediction accuracy. GNNs are used as a valuable tool to capture the structural characteristics inherent in protein interaction data. To achieve the research objectives, a protein interaction dataset is used to compare and contrast the performance of different GNN approaches. Through a series of welldesigned experiments and precise analysis, this study evaluates the variations in performance and tries to identify the optimal parameter settings for GNN-based models in the context of protein-protein interaction prediction. The empirical findings of this research highlight the importance of parameter tuning in GNN-based models and the underlying factors influencing their effectiveness in predicting protein-protein interactions. The insights obtained from this investigation provide contributions to the analysis of protein-protein datasets and offer potential ideas for improving future models within the domain. While this thesis focuses on comparing different models with varying hyperparameters, it does not claim to make groundbreaking advancements in the current state-of-the-art of protein-protein interaction prediction or Graph Neural networks. Rather, its objective is to enhance our understanding and optimize the efficiency of existing models in this field. By exploring various models and hyperparameters, this study sheds light on the strengths and limitations of different approaches for predicting protein-protein interactions. The findings can be used as a foundation for optimizing future models, enabling researchers to make more informed choices regarding the selection of appropriate hyperparameters and architectures. This knowledge can improve the analysis of protein-protein datasets by providing a clearer understanding of the factors influencing the performance, accuracy and time of execution of different models. Therefore, the outcomes of this study contribute to the continuous improvement of protein-protein interaction prediction models such as Graph Neural Networks by refining analysis methodologies, optimizing hyperparameter selection, and presenting some ideas of the complexities within protein networks

Dissection of the Ptch1 regulatory landscape in mice through iterative deletions using CRISPR/Cas9

Trabajo presentado en el UNIA Workshop "CRISPR-Cas: From Microbiology to Biomedicine", celebrado en Baeza (Jaén) el 02 de noviembre de 2021

Comparison of Grasping Performance of Tendon and Linkage Transmission Systems in an Electric-Powered Low-Cost Hand Prosthesis

The popularization of fused deposition modelling technology and open-source microcontrollers have permitted the explosion of electric hand prostheses that can be designed, shared, built and operated at a low-cost, under the Do It Yourself premise. Patients with limb reductions at the transcarpal or transradial level are best candidates to benefit from them. They manage the gross location with the remaining limb, while the built-in motors offer the possibility of controlling each finger independently. The number of mobile joints along the finger and the type of transmission can determine the quality of the grasp. Moreover, there is a need of objective procedures to assess the functionality of complete prototypes at reasonable effort. This work makes a critical review of the different transmission systems that can be found in most low-cost finger designs: linkage and tendon mechanisms. Mechanical performance has been analyzed using a standardized model of the index finger. Furthermore, robotic Grasp Quality Metrics have been used to evaluate by simulation the functionality of complete devices. Neither finger transmission design appeared clearly advantageous in the range of flexion studied. The evaluation of the complete devices gave slightly better quality grades for the linkage-driven model. Instead, tendon-driven model achieved a greater quantity of successful grasps. In the current state-of-art, some other aspects may have led to a dominant situation of the tendon-driven hands: less number of parts to be printed, easier assembly for a non-expert user, advantageous in pursuit of lightweight devices