Automated design of bacterial genome sequences

Background: Organisms have evolved ways of regulating transcription to better adapt to varying environments. Could the current functional genomics data and models support the possibility of engineering a genome with completely rearranged gene organization while the cell maintains its behavior under environmental challenges? How would we proceed to design a full nucleotide sequence for such genomes? Results: As a first step towards answering such questions, recent work showed that it is possible to design alternative transcriptomic models showing the same behavior under environmental variations than the wild-type model. A second step would require providing evidence that it is possible to provide a nucleotide sequence for a genome encoding such transcriptional model. We used computational design techniques to design a rewired global transcriptional regulation of Escherichia coli, yet showing a similar transcriptomic response than the wild-type. Afterwards, we “compiled” the transcriptional networks into nucleotide sequences to obtain the final genome sequence. Our computational evolution procedure ensures that we can maintain the genotype-phenotype mapping during the rewiring of the regulatory network. We found that it is theoretically possible to reorganize E. coli genome into 86% fewer regulated operons. Such refactored genomes are constituted by operons that contain sets of genes sharing around the 60% of their biological functions and, if evolved under highly variable environmental conditions, have regulatory networks, which turn out to respond more than 20% faster to multiple external perturbations. Conclusions: This work provides the first algorithm for producing a genome sequence encoding a rewired transcriptional regulation with wild-type behavior under alternative environments

Export growth and diversification : the case of Peru

The rapid growth of exports since the early 1990s is a central feature in the extraordinary rise of Peru's economy in recent years. This study puts a lens on this export growth episode, with special attention to two issues. The first one is the role of international price levels as well as export volumes in explaining this growth. The second one is whether Peru has seen a diversification of its exports during this growth episode. The empirical analysis finds that although the increase in international mineral prices has exerted a significant impact in recent years, much of the growth of Peru's export revenues has also been related to an increase in volumes. This finding applies to traditional and non- traditional exports, although the importance of volumes is more predominant for the latter. The analysis does not reveal a trend toward greater diversification of Peru's exports since 1993. On the contrary, some of the evidence suggests that the rises in price and volumes in the mining components could be leading to greater concentration. Nonetheless, there is a clear trend toward diversification among non-traditional exports due to the significant emergence of new export products in recent years.Economic Theory&Research,Achieving Shared Growth,Agribusiness&Markets,Markets and Market Access,Tax Law

\u3cem\u3eScoppola v. Italy (No. 3)\u3c/em\u3e: The Uncertain Progress of Prisoner Voting Rights in Europe

This Comment examines European disenfranchisement of prisoners in light of the European Convention on Human Rights, which guarantees a right to free elections through Article 3 of Protocol No. 1. While many European states continue the longstanding practice of denying wrongdoers the right to vote, at least under certain circumstances, this practice has come under increasing criticism over the last several decades. In recent years, the European Court of Human Rights (ECtHR) has decided several cases addressing this issue, but these decisions have failed to clarify under what circumstances it is permissible for a state to deny prisoners, and former prisoners, the right to vote. The ECtHR’s ambiguous use of the margin of appreciation doctrine has only added to the confusion. This Comment suggests that the ECtHR should take a clear stand against prisoner disenfranchisement by only permitting the practice when truly necessary to protect the democratic process

Mecanismos para relacionar dos elementos arquitectónicos distintos (Dualidad) Centro de formacion de artes en San Roque - Quito

Existing buildings that do not maintain a use or have been forgotten in the city are fundamental to recover, much more if these have historical and architectural value. The main study is based on analyzing different mechanisms to link existing architectural pieces with a new (Duality). On the one hand this will help reveal the complex nature of the architectural design, morphology, urban, plot and function. On the other hand the importance of two parts linked or integrated as a single element. From this analysis it will lead to determining a specific type of intervention that is appropriate to the project. To find this relationship of two old-new elements opted for an existing building as the School of Arts at San Roque, one of the first historicist buildings in the city of Quito has been abandoned for many years and a new building as proposed. After selection of building is made analysis of starting point, in which the specific architectural principle is born as the “Intervention exclusion” which may be the most appropriate and feasible to achieve a relationship between the two elements is made. This exclusion ratio implies the absence of common ground between the element A and B are two disjoint sets in topological terms. This principle allows the old building is retained and the new is another element in the set. The most immediate relationship between these two elements existing one and one-ups is to use a specific connector. It is then to define a new piece that allows joining A and B but these units do not have any direct contact. If done in a proper way this will develop a more articulated and legible system between these architectural pieces.Las edificaciones existentes que no mantienen un uso o han sido olvidadas en la ciudad son fundamentales para recuperarlas, mucho más si estas tienen un valor histórico y arquitectónico. El principal estudio se basa en analizar diferentes mecanismos para relacionar piezas arquitectónicas existentes con una nueva (Dualidad). Por un lado esto ayudará a revela el carácter complejo del proyecto arquitectónico tanto de su morfología, urbano, parcela y función. Por otro lado la importancia de relacionarse o integrarse dos partes como un solo elemento. A partir de este análisis esto conllevará a determinar un tipo de intervención específico que sea idóneo para el desarrollo del proyecto. Para buscar esta relación de dos elementos antiguo-nuevo se optó por un edificio existente como es la Escuela de Artes en San Roque, una de las primeras construcciones historicistas de la ciudad de Quito que ha sido abandonada por muchos años y un nuevo edifico como propuesta. Posterior a la selección del edificio se hace un análisis de partido, en el cual nace el principio arquitectónico específico como es la “Intervención por exclusión” la cual puede ser la más adecuada y factible para lograr una relación entre los dos elementos. Esta relación de exclusión supone la inexistencia de puntos en común entre el elemento A y B: son dos conjuntos disjuntos en términos topológicos. Tal principio permite que el edificio antiguo se conserve y el nuevo sea otro elemento en el conjunto. La relación más inmediata entre estos dos elementos, uno existente y el otro de nueva creación consiste en utilizar algún conector específico. Se trata entonces de definir una nueva pieza que permita unir A y B aunque estas unidades no tengan contacto directo alguno. De realizarse de una manera adecuada esto permitirá desarrollar un sistema más articulado y legible entre estas piezas arquitectónicas

Impacto social de los programas de pregrado de la universidad de la sabana

La pertinencia de la enseñanza se manifiesta, de manera contundente, en la aceptación social de los graduados, expresada en las mayores o menores facilidades de acceso al mercado laboral, en sus capacidades para crear empresas, en la jerarquía de los cargos ocupados dentro de las empresas, en los reconocimientos recibidos y en las trayectorias académicas, laborales y cívicas, posteriores a la culminación de su pregrado. Los ex-alumnos se convierten, por tanto, en elemento central para evaluar la pertinencia social de los programas de formación y para conocer el impacto de la universidad en el medio. Con este fin, se realizan los estudios de egresados a partir de la aplicación de un formulario de encuesta que permita conocer sus desarrollos académicos, laborales, sociales e individuales, por una parte; y de recibir sus juicios sobre la formación brindada por su Alma Máter, de la otra. De esta manera, el egresado se convierte en objeto y sujeto de la evaluación; en objeto, en la medida en que proporciona información confiable sobre sus logros (y debilidades) profesionales; y, en sujeto, en tanto emite juicios -con base en sus experiencias y consideraciones- sobre la calidad de la educación universitaria recibida

Nitro-Oleic Acid-Mediated Nitroalkylation Modulates the Antioxidant Function of Cytosolic Peroxiredoxin Tsa1 during Heat Stress in Saccharomyces cerevisiae

This research was funded by ERDF grants co-financed by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness (Project PGC2018-096405-B-I00), the Junta de Andalucia (group BIO286), the I+D+I project within the framework Programme of FEDER Andalucia 2014-2020 (Reference 1380901), the grants for I+D+I projects, on a competitive basis, within the scope of the Andalusian plan for research, development and innovation (Junta de Andalucia, PAIDI 2020, Reference: PY20_01002), and the funding for the recruitment of researchers under Action 9 and 10 of the Research Support Plan of the University of Jaen (2019-2020, R.02/10/2020; 2020-2021, R.01/01/2022).Heat stress is one of the abiotic stresses that leads to oxidative stress. To protect themselves, yeast cells activate the antioxidant response, in which cytosolic peroxiredoxin Tsa1 plays an important role in hydrogen peroxide removal. Concomitantly, the activation of the heat shock response (HSR) is also triggered. Nitro-fatty acids are signaling molecules generated by the interaction of reactive nitrogen species with unsaturated fatty acids. These molecules have been detected in animals and plants. They exert their signaling function mainly through a post-translational modification called nitroalkylation. In addition, these molecules are closely related to the induction of the HSR. In this work, the endogenous presence of nitro-oleic acid (NO2-OA) in Saccharomyces cerevisiae is identified for the first time by LC-MS/MS. Both hydrogen peroxide levels and Tsa1 activity increased after heat stress with no change in protein content. The nitroalkylation of recombinant Tsa1 with NO2-OA was also observed. It is important to point out that cysteine 47 (peroxidatic) and cysteine 171 (resolving) are the main residues responsible for protein activity. Moreover, the in vivo nitroalkylation of Tsa1 peroxidatic cysteine disappeared during heat stress as the hydrogen peroxide generated in this situation caused the rupture of the NO2-OA binding to the protein and, thus, restored Tsa1 activity. Finally, the amino acid targets susceptible to nitroalkylation and the modulatory effect of this PTM on the enzymatic activity of Tsa1 are also shown in vitro and in vivo. This mechanism of response was faster than that involving the induction of genes and the synthesis of new proteins and could be considered as a key element in the fine-tuning regulation of defence mechanisms against oxidative stress in yeast.ERDF - Spanish Ministry of Economy and Competitiveness PGC2018-096405-B-I00Junta de Andalucia BIO286 PY20_01002I+D+I project within the framework Programme of FEDER Andalucia 2014-2020 1380901University of Jaen R.02/10/2020 R.01/01/202

Professional identities in music education: diversity of origins for the same praxis setting

Los diferentes contextos formativos – disciplinares, laborales, institucionales y de sistemas educativos –, en los que se desarrolla la actividad de los docentes son tanto conformadores como catalizadores selectivos – por inhibición de algunos y favorecedores de otros – de los procesos de surgimiento, cristalización primera, desarrollo y adaptaciones de la identidad del docente y de sus concepciones didácticas sobre su actuación en el aula. Los objetivos de esta investigación plantean: a) Buscar evidencias que ayuden a entender y conformar una visión unitaria u holística de dichos procesos de construcción de la identidad profesional, sea cual sea el contexto concreto en que se desenvuelve. Para ello se ha buscado una amplia muestra de profesionales docentes en ejercicio – con una variada experiencia en el mismo – y de estudiantes avanzados de carreras educativas. En conjunto abarcan los campos disciplinares de la educación primaria y secundaria especializada en música, de la música para la interpretación profesional, de la música para la educación y de la pedagogía como formación disciplinar general. b) Comprender la relación entre las demandas de los contextos concretos en los que se ejerce la profesión docente sobre las diversas y diferentes identidades profesionales con las que los docentes se preparan, están construyendo y/o llegan a ellos para ejercer la docencia. Nos interesan especialmente los recursos y respuestas que las diferentes identidades producen, tanto como pensamiento y teorías implícitas y explícitas, como en forma de concepciones – fragmentarias o vertebradas – sobre todo tipo de actividad desarrollada en el aula, y/o en el marco de la institución con otros profesionales y/o con la idea propia que se tenga de “profesión docente”. La metodología de investigación se basa en la perspectiva de la complejidad. Como reflejo de ello se ha buscado disponer de una muestra heterogénea de docentes profesionales y estudiantes a punto de serlo, relacionados con la docencia de la música y que desarrollan su actividad en una amplia gama de contextos institucionales posibles: universidad o centro superior de formación musical, escuela de primaria o escuela municipal de música e instituto o conservatorio de nivel profesional. Las herramientas para la recogida de datos han sido también diversas: entrevistas semiestructuradas, cuestionarios cualitativos, cuestionarios cuantitativos y diarios de trabajo, y se han planteado en función de los contextos y la viabilidad y contingencia de los investigadores para acceder a ellos. Los indicadores principales de recogida de datos, adoptados de la literatura, se han orientado a (1) desvelar qué factores y cómo son cruciales en la socialización y (2) pautado de las fases constructivas de la identidad profesional del docente y (3) qué formas o concepciones para la acción docente se asumen como imprescindibles por cada configuración profesional identitaria. El análisis de datos se realiza cualitativamente y tanto desde el marco teórico, deductivamente, como desde el aporte propio de unidades de información que cada contexto pueda ofrecer, inductivamente. La interpretación y conclusiones apuntan a una estrecha vinculación entre la manera de conformar la identidad profesional del docente y algunas concepciones centrales e instrumentales para su praxis profesional

Propuesta metodológica para el análisis morfo-sedimentológico en cuencas altamente urbanizadas. Caso de estudio quebrada Doña María (Colombia)

En este artículo se presenta una propuesta metodológica para hacer el análisis de morfología fluvial y transporte de sedimentos para cuencas altamente intervenidas por la acción humana. En dicha metodología se proponen diferentes actividades las cuales permitirán hacer un análisis detallado de la morfología fluvial y los sedimentos en una cuenca. Entre las etapas que se proponen para implementar esta metodología se tienen: análisis en planta de la cuenca, análisis de los perfiles altimétricos de las principales corrientes, levantamiento de información en campo (aforos líquidos, sólidos y observaciones generales de la morfología de la cuenca) y estimación de la carga y capacidad de carga de sedimentos en la quebrada principal. Una aplicación a la cuenca de la quebrada Doña María (en el Área Metropolitana del Valle de Aburrá, Colombia) es presentada

Inteligencia competitiva y definición de una estrategia para la comercialización del cacao de la variedad arriba

Esta tesis está basada en el diseño de una estrategia de comercialización del cacao variedad "arriba o nacional", el cual es identificado como un cacao fino y de aroma. En este estudio, hacemos un análisis de la oferta de cacao fino y de aroma descubriendo a Indonesia y Ecuador como uno de los mayores productores de cacao fino y de aroma. También hemos estudiado la demanda, que está compuesta por algunos países especialmente europeos, ya que éstos son los mayores productores de chocolate fino del mundo. Así hemos identificado el mercado al cual nos dirigimos a través del análisis de la demanda mundial. El Ecuador se encuentra ante una serie de ventajas agroclimáticas, de trayectoria y, de posicionamiento muy buenas que permitirían al país incrementar los niveles de exportaciones de este tipo de cacao. Así mismo, se encuentra ante una serie de desventajas culturales, tecnológicas y de infraestructura que no permiten desarrollar el sector cacaotero interno lo cual se convierte en una amenaza que nos perjudicaría en el comercio internacional del cacao Dadas estas condiciones, se propone una estrategia formada de tres fases, la primera, es la renovación de un cuarto de las plantaciones actuales. La segunda fase, está dirigida a los compradores del cacao fino y de aroma y la tercera está dirigida al consumidor de chocolate que será quien exija cacao del Ecuador para el chocolate que consuma