Joint EEG-fMRI analysis based on heuristic model

Diplomová práce se zabývá sdruženou EEG-fMRI analýzou na základě heuristického modelu. Heuristický model popisuje vztah mezi změnami v prokrvení aktivních mozkových oblastí a v elektrické aktivitě neuronů. Dále se tato práce zabývá různými metodami extrakce užitečné informace z EEG záznamu a jejich vlivy na konečný výsledek sdružené analýzy. Byly testovány metody průměrování elektrod zájmu, rozklad pomocí analýzy hlavních komponent a rozklad pomocí nezávislých komponent. Metoda průměrování elektrod zájmu a rozklad pomocí PCA dává podobné výsledky, ale není možné z EEG záznamu extrahovat jedinečnou informaci o určitém stimulačním vektoru. Pomocí ICA rozkladu jsme schopni získat informaci vztahující se k určité stimulaci, ale nastává zde problém v konečné interpretaci a výběru správné komponenty při slepém hledání variability spřažené s experimentem. Bylo zjištěno, že ačkoliv komponenty vypočtené z časové posloupnosti EEG záznamu jsou vzájemně nezávislé, jejich posun spektra vzájemně koreluje. Tato spektrální závislost byla eliminována PCA/ICA rozkladem až na vektorech posunu spektra. Zde již každá komponenta přináší novou informaci o mozkové aktivitě. Výsledky z heuristického přístupu byly porovnávány s výsledky sdružené analýzy na základě výpočtu relativního a absolutního výkonu v pásmech zájmu a byly nalezeny souvislosti mezi aktivačními mapami, a to především mezi heuristickým modelem a relativním výkonem v pásmu gamma (20-40 Hz).The master thesis deals with the joint EEG-fMRI analysis based on a heuristic model that describes the relationship between changes in blood flow in active brain areas and in the electrical activity of neurons. This work also discusses various methods of extracting of useful information from the EEG and their influence on the final result of joined analysis. There were tested averaging methods of electrodes interest, decomposition by principal components analysis and decomposition by independent component analysis. Methods of averaging and decomposition by PCA give similar results, but information about a stimulus vector can not be extracted. Using ICA decomposition, we are able to obtain information relating to the certain stimulation, but there is the problem in the final interpretation and selection of the right components in a blind search for variability coupled with the experiment. It was found out that although components calculated from the time sequence EEG are independent for each to other, their spectrum shifts are correlated. This spectral dependence was eliminated by PCA / ICA decomposition from vectors of spectrum shifts. For this method, each component brings new information about brain activity. The results of the heuristic approach were compared with the results of the joined analysis based on the relative and absolute power approach from frequency bands of interest. And the similarity between activation maps was founded, especially for the heuristic model and the relative power from the gamma band (20-40Hz).

Educational Cross Platform Mobile Game for Youngsters

Tato práce se zabývá vývojem multiplatformní vzdělávací hry na mobilní zařízení. Nejdříve je uvedena teorie a rozbor existujících her. Dále jsou v práci zmíněny některé možnosti tvorby takové hry a konečně popis návrhu, tvorby a testování samotné hry s využitím herního enginu Unity.This thesis is about developing cross platform educational game for mobile devices. First, it lays out related theory and analysis of existing solutions. That is followed by description of some ways to create such game. Finally, there is draft, development and testing of the game using Unity game engine.

Network Traffic Generator for Testing of Packet Classification Algorithms

Pokrok při zdokonalování klasifikačních algoritmů je zpomalován nedostatkem dat potřebných pro testování. Reálná data je obtížné získat z důvodu bezpečnosti a ochrany citlivých informací. Existují však generátory syntetických sad pravidel, jako například ClassBench-ng. K vyhodnocení správného fungování, propustnosti, spotřeby energie a dalších vlastností klasifikačních algoritmů je zapotřebí také vhodný síťový provoz. Tématem této práce je tvorba takového generátoru síťového provozu, který by umožnil testování těchto vlastností v kombinaci s IPv4, IPv6 a OpenFlow1.0 pravidly vygenerovanými ClassBench-ng. Práce se zabývá různými způsoby, jak toho dosáhnout, které vedly k vytvoření několika verzí generátoru. Vlastnosti jednotlivých verzí byly zkoumány řadou experimentů. Implementace byla provedena pomocí jazyku Python. Nejvýznamnějším výsledkem je generátor, který využívá principů několika zkoumaných přístupů k dosažení co nejlepších vlastností. Dalším přínosem je nástroj, který bylo nutné vytvořit pro analýzu užitých sad klasifikačních pravidel a vyhodnocení vlastností vygenerovaného síťového provozu.Efforts to improve classification algorithms are being slowed down by lack of data required for testing. For confidentiality and security reasons it is difficult to obtain real data. Good rule set generation tools, such as ClassBench-ng, exist. However, in order to evaluate proper functioning, throughput, power consumption, and other properties of packet classification algorithms, it is necessary to also use network traffic. Subject of this thesis is creating a network traffic generator that would allow for testing of such properties using IPv4, IPv6, and OpenFlow1.0 rules created by ClassBench-ng. The work explores different ways to achieve this, which resulted in several versions of the generator. Those were experimented with and evaluated. Implementation was done using Python. The primary result is a generator combining multiple approaches to achieve the best properties of created header traces. Another contribution of this thesis is a tool that was necessary to create for analyzing rule sets and evaluating generated header traces.

A Small Auto-Service Company Formation Project

Bakalářská práce se zabývá problematikou založení autoservisu. Cílem práce je sestavit podnikatelský plán. V úvodu se zabývám genezí a prvotní úvahou založení podniku. Dále zjišťuji vnitřní a vnější faktory, které mohou založení a následnou existenci podniku ovlivnit. V průběhu tvorby práce se zabývám formulaci podnikatelského plánu. V závěru práce hodnotím rizika a sestavuji finanční plán pro realizaci projektu.The bachelor thesis deals with the problems of setting up a car service. The aim of the work is to set up a business plan. In the introduction, I deal with the genesis and the initial consideration of the establishment of the enterprise. Next, I find internal and external factors that can influence the foundation and the subsequent existence of an enterprise. During my work I deal with the formulation of the business plan. At the end of my work I evaluate the risks and prepare a financial plan for the implementation of the project.345 - Katedra mechanické technologievelmi dobř

Analysis of AVG signals

Bakalářská práce se zabývá analýzou arteriovelocitogramu (AVG). V první části práce se zabývám otázkou sběru dat AVG křivky. Rozebírám zde Dopplerův jev a princip Dopplerovských systémů pomocí níž data získáváme. V další části se zabývám metodami analýzy signálu AVG. To znamená popisem křivky, výpočtem koeficientů či metodami pro správné hodnocení signálu. Úkolem těchto analýz je roztřídit naměřená data do skupin dle patologických změn, z kterých lékař určí další postup léčby. V třetí kapitole se potom zabývám metodou shlukové analýzy ke klasifikaci dat naměřených Dopplerovskými systémy. Zabývám se zde algoritmem metody a výběrem nejvhodnějšího postupu shlukování. V následující části se zabývám praktickou částí práce. Popisuji zde poskytnutá data, program zvolený pro analýzu a popis algoritmu programu. V poslední kapitole popisuji dosažené výsledky.This semestral project deals with analytical arteriovelocitogram (AVG). In the first part I a question of collection data AVG curve. Doppler effect and principal of Doppler‘s systems whose assistance data gain is analyzed in this semestral project. In the next part I focus on methods of analytic signals AVG. This means discribing the curve, calculating coefficients or methods for correct evaluation of the signal. These analyzes should categorize the measured data into groups according to pathological changes, of which doctors will determine the next course of treatment. The final chapter deals with the method of cluster analysis to classify data measured by Doppler systems. I deal with the algorithm method and choose the best clustering procedure. In the following section I concern with the practical part. I describe the data which were provided, the program selected for the analysis and the description of the alghoritm. The last chapter describes the results I’ve obtained.

Multifunctional supramolecular polymer networks as next-generation consolidants for archaeological wood conservation.

The preservation of our cultural heritage is of great importance to future generations. Despite this, significant problems have arisen with the conservation of waterlogged wooden artifacts. Three major issues facing conservators are structural instability on drying, biological degradation, and chemical degradation on account of Fe(3+)-catalyzed production of sulfuric and oxalic acid in the waterlogged timbers. Currently, no conservation treatment exists that effectively addresses all three issues simultaneously. A new conservation treatment is reported here based on a supramolecular polymer network constructed from natural polymers with dynamic cross-linking formed by a combination of both host-guest complexation and a strong siderophore pendant from a polymer backbone. Consequently, the proposed consolidant has the ability to chelate and trap iron while enhancing structural stability. The incorporation of antibacterial moieties through a dynamic covalent linkage into the network provides the material with improved biological resistance. Exploiting an environmentally compatible natural material with completely reversible chemistries is a safer, greener alternative to current strategies and may extend the lifetime of many culturally relevant waterlogged artifacts around the world.This is the author's accepted manuscript. The final version is available from PNAS at http://www.pnas.org/content/111/50/17743.long

Allosteric modulation of AURKA kinase activity by a small-molecule inhibitor of its protein-protein interaction with TPX2.

The essential mitotic kinase Aurora A (AURKA) is controlled during cell cycle progression via two distinct mechanisms. Following activation loop autophosphorylation early in mitosis when it localizes to centrosomes, AURKA is allosterically activated on the mitotic spindle via binding to the microtubule-associated protein, TPX2. Here, we report the discovery of AurkinA, a novel chemical inhibitor of the AURKA-TPX2 interaction, which acts via an unexpected structural mechanism to inhibit AURKA activity and mitotic localization. In crystal structures, AurkinA binds to a hydrophobic pocket (the 'Y pocket') that normally accommodates a conserved Tyr-Ser-Tyr motif from TPX2, blocking the AURKA-TPX2 interaction. AurkinA binding to the Y- pocket induces structural changes in AURKA that inhibit catalytic activity in vitro and in cells, without affecting ATP binding to the active site, defining a novel mechanism of allosteric inhibition. Consistent with this mechanism, cells exposed to AurkinA mislocalise AURKA from mitotic spindle microtubules. Thus, our findings provide fresh insight into the catalytic mechanism of AURKA, and identify a key structural feature as the target for a new class of dual-mode AURKA inhibitors, with implications for the chemical biology and selective therapeutic targeting of structurally related kinases.We are grateful for the access and support at beamlines i02, i03 and i04-1 at Diamond Light Source at Harwell, UK (proposal MX9007 and MX9537) and at beamline Proxima1 at the SOLEIL Synchrotron, Gif-sur-Yvette, France. We are grateful for access and support from the X-ray and biophysics facilities (Dept. of Biochemistry) and the screening/imaging facility (MRC Cancer Unit). M.J. was supported by a Cancer Research UK studentship held in the labs of DS and ARV, PS and MR by a Wellcome Trust Strategic Award to ARV and MH, and DJH, BH, AJN and GM by grants from the UK Medical Research Council to ARV.This is the final version of the article. It first appeared from Nature Publishing Group via http://dx.doi.org/10.1038/srep2852

Proposal of Communication Mix of Selected Company

The diploma thesis focuses on the design of the communication mix of the selected company. The work is divided into three basic parts. In the first of them, a literature search will be carried out, which will lead to an explanation of the basic concepts of marketing and the marketing mix. The second part will focus on carrying out internal and external analyses, evaluating the current state and identifying the company's shortcomings. In the third part, measures will be elaborated and proposed, which can lead to the improvement of the company's marketing communication

Mechanical Design of a Protective Housing for the Hercules MR Stereo Visual Subsystem

Import 04/07/2011Bakalářská práce se zabývá konstrukčním návrhem krytu dvou barevných CCD kamer. V úvodu je popsána současná nedostačující konstrukce a upevnění kamer na rameno robotu Hercules. Následující část práce se zabývá srovnáním možných technických řešení, materiálů krytů a druhy osvětlení pracovního prostoru. Ze srovnání vyplývají dvě varianty krytů, které jsou propracovány do úrovně CAD modelů. Následně je vybrána a detailně zpracována varianta v plastovém provedení. Osvětlení pracovního prostoru je řešeno dvěma výkonnými LED zdroji světla. Vnitřní část krytu je řešena modulárním systémem umožňujícím doplnění kamer o další elektronické prvky. CAD model a technická dokumentace navrženého krytu je součástí přílohy bakalářské práce.This thesis deals with product design of housing for two color CCD cameras. The introduction describes the current inadequate design and mounting system on the robot arm of Hercules. The following section deals with comparison of possible technical solutions, materials and types of lighting covering the work area. The comparison of both options is highly developed to the level of CAD models. Subsequently is selected and prepared detailed plastic version. Lighting workspace is solved by two powerful LED light sources. The inner part of the cover is designed as the modular system on which is possible to mount other electronic components. CAD model and technical documentation for the proposed housing are included in Annex thesis.354 - Katedra robototechnikyvelmi dobř

Optimization of the Supply System in the Company

Diplomová práce se zabývá problematikou zavedením systému přímého zásobování ve firmě. Cílem práce je optimalizace systému zásobování. V úvodu se zabývám definici zásobování. Dále představením firmy, ve které se zásobování optimalizuje. Taktéž se zabývám klasifikací a řízením zásob, přičemž následuje analýza systému zásobování dle vybraných metod. V závěru práce identifikuji nedostatky v řízení zásob a navrhuji optimalizační změny v systému zásobování.The master thesis deals with the issue of introducing a direct supply system in the company. The aim of the work is to optimize the supply system. In the introduction I deal with the definition of supply. Furthermore, by introducing the company in which the supply is optimized. I also deal with the classification and management of stocks, followed by an analysis of the supply system according to selected methods. At the end of the work I identify shortcomings in inventory management and propose optimization changes in the supply system.345 - Katedra mechanické technologievelmi dobř