Non-perturbative dynamics of hot non-Abelian gauge fields: beyond leading log approximation

Many aspects of high-temperature gauge theories, such as the electroweak baryon number violation rate, color conductivity, and the hard gluon damping rate, have previously been understood only at leading logarithmic order (that is, neglecting effects suppressed only by an inverse logarithm of the gauge coupling). We discuss how to systematically go beyond leading logarithmic order in the analysis of physical quantities. Specifically, we extend to next-to-leading-log order (NLLO) the simple leading-log effective theory due to Bodeker that describes non-perturbative color physics in hot non-Abelian plasmas. A suitable scaling analysis is used to show that no new operators enter the effective theory at next-to-leading-log order. However, a NLLO calculation of the color conductivity is required, and we report the resulting value. Our NLLO result for the color conductivity can be trivially combined with previous numerical work by G. Moore to yield a NLLO result for the hot electroweak baryon number violation rate.Comment: 20 pages, 1 figur

Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context

Long noncoding RNAs (lncRNAs) are commonly dys-regulated in tumors, but only a handful are known toplay pathophysiological roles in cancer. We inferredlncRNAs that dysregulate cancer pathways, onco-genes, and tumor suppressors (cancer genes) bymodeling their effects on the activity of transcriptionfactors, RNA-binding proteins, and microRNAs in5,185 TCGA tumors and 1,019 ENCODE assays.Our predictions included hundreds of candidateonco- and tumor-suppressor lncRNAs (cancerlncRNAs) whose somatic alterations account for thedysregulation of dozens of cancer genes and path-ways in each of 14 tumor contexts. To demonstrateproof of concept, we showed that perturbations tar-geting OIP5-AS1 (an inferred tumor suppressor) andTUG1 and WT1-AS (inferred onco-lncRNAs) dysre-gulated cancer genes and altered proliferation ofbreast and gynecologic cancer cells. Our analysis in-dicates that, although most lncRNAs are dysregu-lated in a tumor-specific manner, some, includingOIP5-AS1, TUG1, NEAT1, MEG3, and TSIX, synergis-tically dysregulate cancer pathways in multiple tumorcontexts

Genomic, Pathway Network, and Immunologic Features Distinguishing Squamous Carcinomas

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smokin

Spatial Organization and Molecular Correlation of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Using Deep Learning on Pathology Images

Beyond sample curation and basic pathologic characterization, the digitized H&E-stained images of TCGA samples remain underutilized. To highlight this resource, we present mappings of tumorinfiltrating lymphocytes (TILs) based on H&E images from 13 TCGA tumor types. These TIL maps are derived through computational staining using a convolutional neural network trained to classify patches of images. Affinity propagation revealed local spatial structure in TIL patterns and correlation with overall survival. TIL map structural patterns were grouped using standard histopathological parameters. These patterns are enriched in particular T cell subpopulations derived from molecular measures. TIL densities and spatial structure were differentially enriched among tumor types, immune subtypes, and tumor molecular subtypes, implying that spatial infiltrate state could reflect particular tumor cell aberration states. Obtaining spatial lymphocytic patterns linked to the rich genomic characterization of TCGA samples demonstrates one use for the TCGA image archives with insights into the tumor-immune microenvironment

Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas

Although theMYConcogene has been implicated incancer, a systematic assessment of alterations ofMYC, related transcription factors, and co-regulatoryproteins, forming the proximal MYC network (PMN),across human cancers is lacking. Using computa-tional approaches, we define genomic and proteo-mic features associated with MYC and the PMNacross the 33 cancers of The Cancer Genome Atlas.Pan-cancer, 28% of all samples had at least one ofthe MYC paralogs amplified. In contrast, the MYCantagonists MGA and MNT were the most frequentlymutated or deleted members, proposing a roleas tumor suppressors.MYCalterations were mutu-ally exclusive withPIK3CA,PTEN,APC,orBRAFalterations, suggesting that MYC is a distinct onco-genic driver. Expression analysis revealed MYC-associated pathways in tumor subtypes, such asimmune response and growth factor signaling; chro-matin, translation, and DNA replication/repair wereconserved pan-cancer. This analysis reveals insightsinto MYC biology and is a reference for biomarkersand therapeutics for cancers with alterations ofMYC or the PMN

Situational awareness, relational coordination and integrated care delivery to hospitalized elderly in the Netherlands: A comparison between hospitals

__Abstract__ Background: It is known that interprofessional collaboration is crucial for integrated care delivery, yet we are still unclear about the underlying mechanisms explaining effectiveness of integrated care delivery to older patients. In addition, we lack research comparing integrated care delivery between hospitals. Therefore, this study aims to (i) provide insight into the underlying components 'relational coordination' and 'situational awareness' of integrated care delivery and the role of team and organizational context in integrated care delivery; and (ii) compare situational awareness, relational coordination, and integrated care delivery of different hospitals in the Netherlands. Methods. This cross-sectional study took place in 2012 among professionals from three different hospitals involved in the delivery of care to older patients. A total of 215 professionals filled in the questionnaire (42% response rate).Descriptive statistics and paired-sample t-tests were used to investigate the level of situational awareness, relational coordination, and integrated care delivery in the three different hospitals. Correlation and multilevel analyses were used to investigate the relationship between background characteristics, team context, organizational context, situational awareness, relational coordination and integrated care delivery. Results: No differences in background characteristics, team context, organizational context, situational awareness, relational coordination and integrated care delivery were found among the three hospitals. Correlational analysis revealed that situational awareness (r = 0.30; p < 0.01), relational coordination (r = 0.17; p < 0.05), team climate (r = 0.29; p < 0.01), formal internal communication (r = 0.46; p < 0.01), and informal internal communication (r = 0.36; p < 0.01) were positively associated with integrated care delivery. Stepwise multilevel analyses showed that formal internal communication (p < 0.001) and situational awareness (p < 0.01) were associated with integrated care delivery. Team climate was not significantly associated with integrated care delivery when situational awareness and relational coordination were included in the equation. Thus situational awareness acted as mediator between team climate and integrated care delivery among professionals delivering care to older hospitalized patients. Conclusions: The results of this study show the importance of formal internal communication and situational awareness for quality of care delivery to hospitalized older patients

Modelización de la producción de bioetanol de maíz en una biorrefinería de la provincia de Córdoba

En algunos casos los biocombustibles son considerados como una alternativa preferible a la utilización de combustibles fósiles por su naturaleza de carácter renovable, pero su perfil ambiental muchas veces puede llegar a ser complejo y es precisamente por este motivo que resulta conveniente abordar un enfoque de ciclo de vida para evaluar el desempeño ambiental de los mismos (Muñoz et al. 2013). Un típico ejemplo lo constituye el bioetanol de maíz, que ha sido particularmente cuestionado dado su relativo menor balance energético y la no comprensión integral del uso múltiple que tienen la industrialización del grano en el mercado energético y de alimentación animal (Hilbert et al 2016). La revisión bibliográfica arroja diversos resultados con una gran variabilidad motivados fundamentalmente en la disparidad tecnológica, los procesos industriales y el incremento de rendimientos agrícolas (Shapouri et al 2002). Por otro lado los temas relacionados con el establecimiento de los límites de los estudios así como los criterios y metodologías de asignación de la energía entre los diferentes productos generados en las biorefinerías bajo estudio son una temática a tener en cuenta para posibilitar la comparación entre los mismos (Flugge, M., et al 2017). En el marco de la realización de un estudio integral de desempeño ambiental, huella de carbono, hídrica y tasa de retorno energética del proceso de biorrefinación de maíz, se desarrolló un modelo integral de la manufactura de productos y co-productos de la biorrefinería.Instituto de Ingeniería RuralFil: Hilbert, Jorge Antonio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Schein, Leila. Zoom Sustentable; ArgentinaFil: Carballo, Stella Maris. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Clima y Agua; ArgentinaFil: Manosalva, Jonatan. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Michard, Nicole Jacqueline. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Recursos Biológicos; Argentin

Factores que determinan la performance ambiental del maíz argentino y su competitividad frente a alternativas similares para la elaboración de productos con exigencia de huella ambiental

Los acuerdos de gestión y reducción de emisiones GEI firmados por Argentina, como el de París, obligan a un constante monitoreo y reporte de las emisiones globales de todas las actividades (Reportes Bienales de Actualización -BUR) .Las metas a alcanzar implican a la industria en todos sus sectores, comprendiendo el agroalimentario y agroenergético. La incorporación del enfoque de Ciclo de Vida, aún siendo una perspectiva metodológica válida a nivel mundial para la cuantificación de impactos ambientales potenciales, no resulta tan confiable para su aplicación directa en el sector agrícola, por ser esta una actividad con fuertes componentes sitio-específicos, que exige información representativa de cada sistema productivo (Niero, et. al. 2015). Dicha información todavía no se encuentra disponible en las bases de datos internacionales conformados hasta el presente, sin embargo, del relevamiento realizado en la nueva versión de la base de datos de Ciclo de Vida de uso más expandido, surgen una importante cantidad de procesos de producción de productos argentinos, que no han sido desarrollados localmente ni poseen la debida validación. En el caso particular de este trabajo, con el objeto de la realizar el perfil ambiental de la producción de una biorrefinería de maíz se consolidó un inventario de ciclo de vida de la producción de grano de maíz dentro de la cuenca de aprovisionamiento de la empresa ACABIO (representativo de la zona núcleo de producción de este cereal en Argentina) y se comparó la huella de carbono obtenida con la de productos similares que compiten en el mercado internacional, y que figuran en el inventario de Ecoinvent, encontrándose importantes diferencias, cuyas causas se analizaron. También se comparó la huella del maíz argentino, realizada con datos robustos y confiables5, con la que surge de los mencionados perfiles ambientales del mismo producto incorporado en las bases de datos internacionales. Dichos perfiles, realizados en el extranjero y con datos que no corresponden a la situación de producción local, podrían ser tomados como base para generar ACV en otras cadenas de valor. Esto ratifica la urgente necesidad de promover y avanzar rápidamente en el desarrollo de bases de datos e inventarios de ciclo de vida nacionales, que nos permitan demostrar la competitividad de nuestros productos en los mercados más exigentes.Instituto de Ingeniería RuralFil: Carballo, Stella Maris. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Clima y Agua; ArgentinaFil: Hilbert, Jorge Antonio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Manosalva, Jonatan. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Schein, Leila. Zoom Sustentable; ArgentinaFil: Michard, Nicole Jacqueline. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Recursos Biológicos; Argentin

Modelización del inventario de ciclo de vida de la producción de biogás a partir de silaje de maíz y residuos agropecuarios de una planta de la provincia de Córdoba

En los últimos años se ha observado a nivel internacional, una creciente preocupación por los aspectos y consecuencias ambientales de la producción pecuaria y agrícola al mismo tiempo se abrió una oportunidad para este sector de intervenir como proveedor de fuentes de energía renovables. Esta evolución combinada con la necesidad de diversificar las fuentes energéticas para reducir la dependencia del petróleo y derivados, aprovechando recursos y residuos disponibles localmente y en la búsqueda de combustibles de transición hacia una nueva generación de fuentes de energía, ha llevado a los países centrales, fundamentalmente la Unión Europea (UE) y Estados Unidos, a desarrollar políticas tendientes a fomentar el uso de biocombustibles. Estas políticas han sido multiplicadas en muchos países con crecientes incorporaciones de biocombustibles en su matriz energética. Las preocupaciones sobre la estrategia de recursos y la necesidad de mitigar los impactos ambientales asociados con la generación de energía a partir de combustibles fósiles han incrementado el despliegue de vectores de energía renovable como el biogás. El biogás tiene aspectos ambientales beneficiosos como el tratamiento de residuos, la producción de energía a partir de residuos y sustratos en general y una mejor manera de difundir los residuos fermentados aprovechando capacidades de nutrientes y flujo. El objetivo final de este estudio es realizar un análisis de ciclo de vida de la producción de biogás sobre un caso de estudio para conocer y cuantificar sus impactos ambientales En el caso de estudio abordado, se produce el biogás, a partir de distintas materias primas como los residuos animales y cultivos energéticos como el maíz específicamente cultivado con este fin. El biogás representa un ejemplo interesante ya que es producido actualmente en grandes volúmenes en varios países Europeos y con distintos perfiles ambientales, dependiendo de la materia prima utilizada, el sistema productivo y la agro-eco región donde se lo produzca. El biogás de la digestión anaerobia puede ser quemado directamente en procesos de cogeneración para producir energía térmica y eventualmente, eléctrica, o bien ser acondicionado como sustituto o aditivo para el gas natural. En contraste con los sistemas de combustibles fósiles, el dióxido de carbono liberado de la combustión de biogás fue asimilado en la fotosíntesis dentro del mismo ciclo anual, conformándose co “carbono biogénico”. Esta particularidad, contribuye a disminuir considerablemente su intensidad de carbono. Como consecuencia, el desempeño ambiental global de la producción y aprovechamiento de biogás depende en gran medida de los impactos ambientales de la provisión de sustrato, el rendimiento de biogás, el aporte de energía y la fuente y las emisiones directas del proceso y el uso de digestato (Börjesson & Berglund 2005). Los sustratos reales de biomasa utilizados en la digestión anaerobia implican diferentes rendimientos del biogás obtenido.Instituto de Ingeniería RuralFil: Hilbert, Jorge Antonio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Schein, Leila. Zoom Sustentable; ArgentinaFil: Carballo, Stella Maris. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Clima y Agua; ArgentinaFil: Manosalva, Jonatan. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Ingeniería Rural; ArgentinaFil: Michard, Nicole Jacqueline. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto De Investigación Recursos Biológicos; Argentin