Has HIV evolved to induce immune pathogenesis?

Human immunodeficiency virus (HIV) induces a chronic generalized activation of the immune system, which plays an important role in the pathogenesis of AIDS. This ability of the virus might either be an evolved (adaptive) trait or a coincidental side effect of jumping to a new host species. We argue that selection favours the ability of HIV to induce immune activation at the local sites of infection (e.g. lymph follicles) but not at the systemic level. Immune activation increases the supply of susceptible target cells; however, mutations that increase systemic immune activation benefit all virus variants equally and are therefore selectively neutral. We thus conclude that the generalized immune acti- vation that is probably responsible for pathogenesis is probably not directly under selection

Adaptation on a genomic scale

Sequencing the genome of Candida albicans as it evolves in a patient reveals the genetic changes that allow the yeast to adapt to its environment

Mapping of positive selection sites in the HIV-1 genome in the context of RNA and protein structural constraints

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The HIV-1 genome is subject to pressures that target the virus resulting in escape and adaptation. On the other hand, there is a requirement for sequence conservation because of functional and structural constraints. Mapping the sites of selective pressure and conservation on the viral genome generates a reference for understanding the limits to viral escape, and can serve as a template for the discovery of sites of genetic conflict with known or unknown host proteins.</p> <p>Results</p> <p>To build a thorough evolutionary, functional and structural map of the HIV-1 genome, complete subtype B sequences were obtained from the Los Alamos database. We mapped sites under positive selective pressure, amino acid conservation, protein and RNA structure, overlapping coding frames, CD8 T cell, CD4 T cell and antibody epitopes, and sites enriched in AG and AA dinucleotide motives. Globally, 33% of amino acid positions were found to be variable and 12% of the genome was under positive selection. Because interrelated constraining and diversifying forces shape the viral genome, we included the variables from both classes of pressure in a multivariate model to predict conservation or positive selection: structured RNA and α-helix domains independently predicted conservation while CD4 T cell and antibody epitopes were associated with positive selection.</p> <p>Conclusions</p> <p>The global map of the viral genome contains positive selected sites that are not in canonical CD8 T cell, CD4 T cell or antibody epitopes; thus, it identifies a class of residues that may be targeted by other host selective pressures. Overall, RNA structure represents the strongest determinant of HIV-1 conservation. These data can inform the combined analysis of host and viral genetic information.</p

Egy inváziós faj, a Solidago gigantea Aiton által kolonizált mocsárrétek diverzitása és fajkompozíciós koordináltsága

Számos vizsgálat történt korábban a Solidago gigantea Aiton elterjedtségével, ökológiai és növényélettani tulajdonságaival kapcsolatban, azonban a faj inváziójának cönológiai következményei kevéssé ismertek. Mocsárréti társulások diverzitását és belső koordináltságát hasonlítottuk össze, magas aranyvesszővel különböző mértékben fertőzött területeken. Hat, eltérő mértékben kolonizált gyepterületet vizsgáltunk, melyek közül kettő referenciaterületként is szolgált. Állományonként 8‒8 db 5 m hosszú transzszektet mintavételeztünk. Ezek mentén 100 db egymást érő 5 cm × 5 cm-es mikrokvadrátban rögzítettük a fajok jelenlétét. Az állományok belső szervezettségét és koordináltságát a diverzitás és az egyenletesség állományon belüli szóródásával (CV%) és a mintavételi egységek állományon belüli átlagos cönológiai hasonlóságával jellemeztük. A S. gigantea gyakorisága jelentősen különbözött a mintaterületeken, és mennyiségének növekedésével összefüggésben változtak az állományok cönológiai jellemzői: csökkent a diverzitás és a koordináltság. Különböző cönológiai jellemzőket összehasonlítva megállapítható, hogy az átlagos viselkedést kifejező alfa diverzitás és egyenletesség kevésbé érzékenyen mutatják az inváziós faj okozta degradációt, mint e jellemzők béta diverzitást is jelentő relatív szórása (CV%). Eredményeink szerint a cönológiai koordináltság állományon belüli változása (jelen esetben csökkenése) egyszerűen mérhető és jó indikátora az inváziós faj okozta cönológiai változásoknak