Identification of a prognostic signature for old-age mortality by integrating genome-wide transcriptomic data with the conventional predictors: the Vitality 90+ Study

Background Prediction models for old-age mortality have generally relied upon conventional markers such as plasma-based factors and biophysiological characteristics. However, it is unknown whether the existing markers are able to provide the most relevant information in terms of old-age survival or whether predictions could be improved through the integration of whole-genome expression profiles. Methods We assessed the predictive abilities of survival models containing only conventional markers, only gene expression data or both types of data together in a Vitality 90+ study cohort consisting of n = 151 nonagenarians. The all-cause death rate was 32.5% (49 of 151 individuals), and the median follow-up time was 2.55 years. Results Three different feature selection models, the penalized Lasso and Ridge regressions and the C-index boosting algorithm, were used to test the genomic data. The Ridge regression model incorporating both the conventional markers and transcripts outperformed the other models. The multivariate Cox regression model was used to adjust for the conventional mortality prediction markers, i.e., the body mass index, frailty index and cell-free DNA level, revealing that 331 transcripts were independently associated with survival. The final mortality-predicting transcriptomic signature derived from the Ridge regression model was mapped to a network that identified nuclear factor kappa beta (NF-κB) as a central node. Conclusions Together with the loss of physiological reserves, the transcriptomic predictors centered around NF-κB underscored the role of immunoinflammatory signaling, the control of the DNA damage response and cell cycle, and mitochondrial functions as the key determinants of old-age mortality.BioMed Central open acces

Circulating cell-free DNA in health and disease - the relationship to health behaviours, ageing phenotypes and metabolomics

Circulating cell-free DNA (cf-DNA) has emerged as a promising biomarker of ageing, tissue damage and cellular stress. However, less is known about health behaviours, ageing phenotypes and metabolic processes that lead to elevated cf-DNA levels. We sought to analyse the relationship of circulating cf-DNA level to age, sex, smoking, physical activity, vegetable consumption, ageing phenotypes (physical functioning, the number of diseases, frailty) and an extensive panel of biomarkers including blood and urine metabolites and inflammatory markers in three human cohorts (N = 5385; 17–82 years). The relationships were assessed using correlation statistics, and linear and penalised regressions (the Lasso), also stratified by sex.cf-DNA levels were significantly higher in men than in women, and especially in middle-aged men and women who smoke, and in older more frail individuals. Correlation statistics of biomarker data showed that cf-DNA level was higher with elevated inflammation (C-reactive protein, interleukin-6), and higher levels of homocysteine, and proportion of red blood cells and lower levels of ascorbic acid. Inflammation (C-reactive protein, glycoprotein acetylation), amino acids (isoleucine, leucine, tyrosine), and ketogenesis (3-hydroxybutyrate) were included in the cf-DNA level-related biomarker profiles in at least two of the cohorts.In conclusion, circulating cf-DNA level is different by sex, and related to health behaviour, health decline and metabolic processes common in health and disease. These results can inform future studies where epidemiological and biological pathways of cf-DNA are to be analysed in details, and for studies evaluating cf-DNA as a potential clinical marker.</p

Web-pohjaisen käyttöliittymän uudistaminen portaalimalliin

Tässä raportissa kuvataan web-pohjaisen tietojärjestelmäuudistuksen toteuttaminen käyttöliittymätasolla. Toteutusmalli on pitkälti portaalimallin mukainen. Valmista portaalituotetta ei ole kuitenkaan hyödynnetty, vaan toteutus on tehty itsenäiseksi web-sovellukseksi. Tarve uudistukselle syntyi entisen järjestelmän elinkaaren umpeuduttua. Tavoitteena tässä vaiheessa on saada ulkoasultaan entistä vastaava järjestelmä käyttöön siten, että toteutustapa vastaa nykypäivän tekniikkaa ja siten mahdollistaa erilaisia jat-kokehityshankkeita tulevaisuudessa. Järjestelmän tulee olla myös skaalautuva, eli käyttäjämäärän lisääntyessä sen tulee kestää enemmän kuormaa hidastumatta. Tämä uudistus on osa laajempaa hanketta jossa uusitaan toimeksiantajan kaikki järjestelmän osat fyysisistä laitteista lähtien. Hankkeen muita osioita ei toteuteta tämän osa-projektin puitteissa, joskin tämän projektin puitteissa toteutettavan käyttöliittymän tulee integroitua saumattomasti yhteen niin ajoalustan kuin muidenkin osaprojektien kanssa (kuormanjako-ohjelmisto, käyttäjän tunnistus, käyttöoikeudet, rajapinnat taustajärjestelmiin). Projektin tekemisessä on noudatettu toimeksiantajan projektityömallia ja työ on tehty toimeksiantajan osoittamissa tiloissa. Projektin toteutusvaihe aloitettiin keväällä 2012 ja sitä jatkettiin kesälomien jälkeen aina vuoden loppuun asti. Ensimmäisiä osioita päästiin testaamaan vuodenvaihteessa, jolloin opinnäytetyön puitteissa suoritettava osuus oli valmis. Projektia ei ole ollut mahdollista tehdä täysipäiväisesti vaan sitä on tehty muiden töiden ohessa. Työn suorittamiseksi valitut toimintatavat, ohjelmistot ja välineet olivat projektiryhmälle ennestään tuttuja, minkä takia työ eteni ilman suurempia esteitä. Lopputulos vastaa tavoitteita, joskin opinnäytetyön puitteissa käytetty työmäärä ei täysin riittänyt valmiin sovelluksen aikaansaamiseksi. Käytännössä testauksen puitteissa löydettyjen puutteiden korjaaminen jäi tämän projektin ulkopuolelle

Footbalance-pohjallisten käytön yhteys liikuntatottumuksiin ja koettuihin kipuihin

Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää yksilöllisten Footbalance-pohjallisten käytön yhteyttä asiakkaiden liikuntatottumuksiin ja koettuihin kipuihin. Tutkimusmenetelmä oli kvantitatiivinen survey -tutkimus. Tutkimushenkilöt liikkuivat säännöllisesti ja heistä (n = 15) kolmellatoista esiintyi kipuja alaraajojen tai alaselän alueella ennen pohjallisten käyttöönottoa. Tutkimus tehtiin yhteistyössä Footbalance System Oy:n kanssa ja se toteutettiin internetissä asiakaskyselynä kolmen viikon aikana syksyllä 2007. Kyselyssä kartoitettiin asiakkaiden kokemia kipuja ja liikuntatottumuksia sekä ennen yksilöllisten Footbalance-pohjallisten käyttöä että vähintään kuukauden kestäneen käytön jälkeen. Tulokset analysoitiin SPSS 15.0 for Windows -tilasto-ohjelmalla. Tutkimuksessa saatiin suuntaa antavia tuloksia yksilöllisten Footbalance-pohjallisten käytön yhteydestä asiakkaiden kokemiin kipuihin alaraajojen ja alaselän alueella. Pohjallisten käytön aloittamisen jälkeen kivut vähenivät yhdellätoista, joista viidellä tutkittavalla kivut poistuivat kokonaan. Myös keskimääräiset liikuntakerrat viikkoa kohti ja tutkittavien arkiliikkuminen lisääntyivät pohjallisten käyttöönoton myötä. Käytännön kokemukset osoittavat, että jalka-analyysille ja yksilöllisille pohjallisille on kysyntää ja tarvetta. Tutkimuksessamme mitattu asiakastyytyväisyys osoittaa, että asiakkaat ovat tyytyväisiä saamaansa palveluun ja itse tuotteeseen, yksilöllisiin Footbalance-pohjallisiin

Vantaan Energian voimalaitosten vesitaseiden kartoitus

Opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää Vantaan Energia Oy:n Martinlaak-son voimalaitoksen ja jätevoimalaitoksen, sekä Vantaan Energia Keski-Uusimaa Oy:n Järvenpään voimalaitoksen vesitaseet ja pohtia saatujen tulosten perusteella mahdollisia lisätoimenpiteitä. Työssä vertailtiin laitoksille tulevia ja lähteviä vesimääriä, sisäisistä kierroista ja lauhdejärjestelmistä hyödynnettäviä vesiä. Tutkimuksessa hyödynnettiin PI-kaavioita, prosessinohjausjärjestelmän trendipiirtoja, raportteja ja prosessinhoitajien haastatteluja. Tutkimusten perusteella havaittiin laitoksilla viemäröitävän huomattavia määriä käyttökelpoista vettä. Puutteellisista mittauksista johtuen jouduttiin muutamia vesimääriä arvioimaan ja nämä vaikututtavat tulosten tarkkuuteen. Tarkempien tulosten saamiseksi ehdotettiin puuttuvien mittausten lisäämistä sekä veden säästämiseen vaikuttavia pinnanmittaus- ja ajotapamuutoksia

Cardiometabolic and Inflammatory Biomarkers as Mediators Between Educational Attainment and Functioning at the Age of 90 Years

Background: Low socioeconomic status (SES) is associated both with poorer functioning and elevated levels of inflammatory and cardiometabolic biomarkers, however knowledge of such relations for the oldest old is limited. Our aim was to study whether education is associated with cardiometabolic (cholesterol levels, BMI and leptin) and inflammatory (CRP, IL-6, IL-1Ra) biomarkers for the 90-year-olds who participated in the Vitality 90+ study. In addition, we investigated whether these biomarkers explain educational inequalities in functioning. Methods: All persons in Tampere, Finland, who were born in 1909 or 1910, were invited to participate, irrespective of their health status or dwelling place. The sample consisted of 262 participants who went through the home interview and blood tests. The SES indicator used was the highest education, and physical functioning was assessed using the Barthel index. The association of education with individual and combined biomarker scores, and with functioning, was analyzed cross-sectionally applying generalized linear models. Results: The low- and mid-level-educated participants had greater odds of belonging to the high risk group in cardiometabolic biomarkers than did the high-educated. Differences were statistically significant in three individual biomarkers (HDL-cholesterol, leptin, BMI) and in a cardiometabolic score. There were no educational differences in inflammatory biomarkers. When all biomarkers were combined, they mediated educational differences in functioning on an average of 23%. After controlling for smoking, alcohol use and diseases, biomarkers mediated part of the differences between the mid-level- and high-educated. Conclusions: High education was associated with better cardiometabolic biomarkers and functioning among the 90-year-olds. In part, educational inequalities in functioning were explained by cardiometabolic biomarker

Methylomic predictors demonstrate the role of NF-kappa B in old-age mortality and are unrelated to the aging-associated epigenetic drift

Changes in the DNA methylation (DNAm) landscape have been implicated in aging and cellular senescence. To unravel the role of specific DNAm patterns in late-life survival, we performed genome-wide methylation profiling in nonagenarians (n=111) and determined the performance of the methylomic predictors and conventional risk markers in a longitudinal setting. The survival model containing only the methylomic markers was superior in terms of predictive accuracy compared with the model containing only the conventional predictors or the model containing conventional predictors combined with the methylomic markers. At the 2.55-year follow-up, we identified 19 mortality-associated (false-discovery rate <0.5) CpG sites that mapped to genes functionally clustering around the nuclear factor kappa B (NF-κB) complex. Interestingly, none of the mortality-associated CpG sites overlapped with the established aging-associated DNAm sites. Our results are in line with previous findings on the role of NF-κB in controlling animal life spans and demonstrate the role of this complex in human longevity

Body Mass Index and Waist Circumference as Predictors of Disability in Nonagenarians : The Vitality 90+ Study

Background Only scarce data exist on the association between obesity and disability in the oldest old. The purpose of this prospective study is to examine if body mass index and waist circumference (WC) are associated with incident mobility and activities of daily living (ADL) disability in nonagenarians. Methods We used longitudinal data from the Vitality 90+ Study, which is a population-based study conducted at the area of Tampere, Finland. Altogether 291 women and 134 men, aged 90–91 years, had measured data on body mass index and/or WC and did not have self-reported mobility or ADL disability at baseline. Incident mobility and ADL disability was followed-up on median 3.6 years (range 0.6–7.8 years). Mortality was also followed-up. Multinomial logistic regression models were used for the analyses, as death was treated as an alternative outcome. The follow-up time was taken into account in the analyses. Results Neither low or high body mass index, nor low or high WC, were associated with incident mobility disability. In women, the lowest WC tertile (<82 cm) was associated with an increased probability of incident ADL disability when compared to the middle WC tertile (odds ratio 3.98, 95% CI 1.35–11.77). Conclusions Obesity is not associated with incident mobility or ADL disability in nonagenarians. Instead, low WC is associated with an increased risk of developing ADL disability in nonagenarian women.peerReviewe