BioNimbus : uma arquitetura de federação de nuvens computacionais híbrida para a execução de workflows de Bioinformática

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2012.O paradigma da Computação em Nuvem tem possibilitado o surgimento de um grande ecossistema composto por diferentes tecnologias e provedores de serviço com o objetivo de oferecer enorme quantidade de recursos computacionais sob demanda. Neste cenário, pesquisas científicas têm aproveitado a computação em nuvem como plataforma capaz de lidar com processamento e armazenamento em larga escala necessários na realização de seus experimentos. Em especial, a Bioinformática deve lidar com a grande quantidade de dados produzida pelas modernas máquinas de sequenciamento genômico. Neste contexto, várias ferramentas têm sido projetadas e implementadas para tirar proveito da infraestrutura oferecida pela computação em nuvem. Nuvens públicas, disponibilizadas por grandes provedores de serviço seriam capazes de oferecer, individualmente, recursos suficientes para atender ao poder computacional requerido pelas aplicações de bioinformática. Entretanto, esta escolha cria uma dependência tecnológica em relação ao provedor de serviço escolhido, tornando as instituições de pesquisa sujeitas as escolhas estratégicas deste provedor. Além disso, a infraestrutura computacional existente nessas instituições ficaria ociosa, ao invés de ser aproveitada em conjunto com o uso da nuvem pública. Como alternativa, surge a Federação de Nuvens Computacionais, que possibilita a utilização simultânea das diversas infraestruturas existentes nas várias instituições de pesquisa de maneira integrada, além de permitir a utilização dos recursos oferecidos pelas nuvens públicas. O presente trabalho tem como objetivo propor uma arquitetura de federação de nuvens computacionais híbrida, denominada BioNimbus, capaz de executar aplicações e workflows de bioinformática de maneira transparente, flexível, eficiente e tolerante a falhas, com grande capacidade de processamento e de armazenamento. Os serviços necessários a construção da federação são detalhados, juntamente com seus requisitos. Foi realizado um estudo de caso com um workflow e dados reais a partir da implementação de um protótipo da arquitetura, integrando nuvens públicas e privadas. Com os resultados obtidos, foi possível observar a real aplicabilidade de uma arquitetura de federação híbrida em particular a BioNimbus, que atingiu as características projetadas inicialmente. Ao mesmo tempo, foram identificadas características que devem ser tratadas com o intuito de construir uma federação de nuvens computacionais híbrida que execute de forma eficiente e segura aplicações e workflows de bioinformática. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACTThe Cloud Computing paradigm has enabled the emergence of a large ecosystem composed of different technologies and service providers with the goal of providing enormous amount of computing resources on demand. In this scenario, scientists have taken advantage of cloud computing as a platform capable of handling the large scale processing and storage requirements to carry out their experiments. In particular, Bioinformatics must handle large amounts of data produced by modern genomic sequencing machines. Thus, several tools have been designed and implemented to take advantage of the infrastructure offered by cloud computing. However, as the computing power required can be very large, only public clouds, provided by large service providers, would be able to offer, individually, sufficient resources. In these conditions, there would be a technological dependence on the chosen service provider, making research institutions subject to the strategic choices of this provider. Furthermore, the existing computing infrastructure in these institutions would remain idle, causing great waste. Alternatively, Cloud Federation emerges as a way to allow the simultaneous use of several existing infrastructures in the various research institutions in an integrated manner, besides allowing the use of the resources offered by public clouds. The present work aims to propose an architecture of a hybrid cloud federation, called BioNimbus, capable of running applications and bioinformatics workflows in a transparent, flexible, efficient and fault-tolerant manner, with high processing power and huge storage capacity. The services required to build the federation are detailed, along with their requirements. We conducted a case study with a real work ow and real data through the implementation of a prototype of the architecture, integrating public and private clouds. With the results obtained, it was possible to observe the real applicability of the BioNimbus architecture, reaching the desired characteristics. At the same time, some details to be studied better in future work were identified in order to obtain a better implementation of a bioinformatics cloud federation

A FILOSOFIA E O SEU ENSINO SOB O DIAPASÃO DA CRIATIVIDADE

O presente artigo tem o propósito de abordar a filosofia na perspectiva de sua definição e de seu ensino, especificamente no domínio na educação básica. Aabordagem ora proposta organiza-se numa estrutura tripartite: na primeira parte, pretende-se tecer algumas considerações preambulares à questão “o que é a filosofia?” e, em seguida, traçar dois requisitos fundamentais para uma possível resposta a esta interrogação. A segunda parte apresenta a definição deleuzo-guattariana da filosofia como “a arte de criar conceitos” e assinala a centralidade do conceito e do problema na caracterização da atividade filosófica. À vista da definição deleuzo-guattariana da filosofia como uma atividade per se criativa, definição que descortina o problema do ensino criativo dessa disciplina, a terceira parte sugere como possibilidade do exercício da criatividade no ensino médio a proposta do filósofo Silvio Gallo de compreender a aula de filosofia como uma oficina de conceitos

NOTAS SOBRE O PROBLEMA DA COEXISTÊNCIA DO MAL E DA ONIPOTÊNCIA DIVINA

O presente trabalho tenciona analisar, de uma perspectiva filosófica, os problemas suscitados pela assunção da onipotência divina e sua coexistência com o mal no mundo. A argumentação ora proposta estrutura-se em três etapas: após uma breve introdução ao conceito de teodiceia, a primeira seção explicita a contradição lógica envolvida na existência simultânea do mal e de um Deus onipotente, onisciente e sumamente bom; a segunda seção examina, especificamente, o atributo da onipotência divina, à luz dos pressupostos da teoria cartesiana sobre a livre criação das verdades eternas; a terceira seção apresenta os aspectos gerais da crítica de Leibniz à teoria cartesiana

INTERIORIZAÇÃO, IDEALISMO E NEGATIVIDADE NA CULTURA AFIRMATIVA: UMA ANÁLISE DESDE OS ENSAIOS DE MARCUSE NA ZfS (1937-1938)

O presente artigo analisa o conceito de cultura afirmativa proposto por Herbert Marcuse no ensaio “Sobre o Caráter Afirmativo da Cultura” (1937). Para efeito desta análise, conceberemos os ensaios publicados por Marcuse na Zeitschrift für Sozialforschung como constitutivos de uma unidade teórica no conjunto da obra do autor, de modo que alguns dos aspectos fundamentais do ensaio supramencionado são interpretados, aqui, paralelamente aos ensaios “Filosofia e Teoria Crítica” (1937) e “Para a Crítica do Hedonismo” (1938). Seguindo esta linha interpretativa, analisamos o conceito de cultura afirmativa sob três perspectivas. 1) a primeira seção o analisa à luz do seu objetivo educacional e do que podemos interpretar como os seus três elementos distintivos; 2) a segunda seção analisa, por um lado, a radicação filosófica de seus elementos distintivos no idealismo da Filosofia Antiga e, por outro, a sua constituição específica como idealismo burguês; 3) a terceira seção discute as tendências econômicas e culturais negativas, produzidas no interior da própria sociedade burguesa, que se contrapõem ao caráter afirmativo que Marcuse atribui à formação cultural típica da sociedade capitalista. Conclusivamente, buscamos sistematizar as questões-chave analisadas neste estudo em uma interpretação do conceito de cultura afirmativa e de seus aspectos mais relevantes

A História da dialética

This translation provides a Portuguese version of “The History of Dialectics”, written by Herbert Marcuse. The original was published as an encyclopedia entry on “Dialectics”, in Marxism, Communism, and Western Societies: A Comparative Encyclopaedia (New York: Herder and Herder, 1972). It starts by presenting a detailed analysis of “The Significance of Dialectics in Ancient Philosophy”, since Zeno, the Sophists and Socrates to Plato, Aristotle, the Stoics and Plotinus. Further on, Marcuse writes a section on “The Significance of Dialectics in Kant, Fichte and Hegel”; he finally concludes with an approach to “The Meaning and Significance of Dialectics in Marx”, the only philosopher who was bestowed with a whole section. Overall, this text exhibits a very comprehensive, qualified analysis of the history of dialectics and reveals Marcuse as a first-rated philosophical scholar in the concept of dialectics.A tradução apresenta ao público de língua portuguesa o texto “A história da dialética”, deHerbert Marcuse. Publicado como parte do verbete “Dialética”, na enciclopédia Marxism, Communism,and Western Societies: A Comparative Encyclopaedia (New York: Herder and Herder, 1972), estetrabalho fornece uma análise acadêmica relativamente detalhada do “Significado da dialética naFilosofia Antiga”, iniciando em Zenão, nos sofistas e Sócrates, passando por Platão e Aristóteles econcluindo com uma abordagem sobre os estoicos e Plotino; na sequência, volta-se para o horizonteda Filosofia Moderna, a que Marcuse dedica a seção “Significado da dialética em Kant, Fichte e Hegel”;o texto é finalizado com uma análise sobre o “Significado e o alcance da dialética em Marx”, únicofilósofo privilegiado com uma seção própria. De modo geral, esta publicação revela Marcuse comoum estudioso de primeira classe do conceito de dialética e oferece ao leitor uma análise abrangente eextremamente qualificada da história da dialética, no plano filosófico

Reparto de los ingresos fiscales para fomentar el desarrollo socioambiental amazónico: el caso del ICMS ecológico en el estado de Pará

El ICMS Ecológico es una política pública financiera-ambiental, que incorpora criterios ambientales para la distribución de los ingresos procedentes de la recaudación del Impuesto sobre la Circulación de Bienes y Servicios (ICMS) de los estados miembros a los municipios. La política se implementó en el Estado de Pará en 2012, y los criterios de transferencia se ajustaron en 2017. Teniendo en cuenta los mandatos legales que rigen el ICMS Ecológico de Pará y el contexto en el que se creó, este artículo analiza el potencial de la política en relación al Desarrollo socioambiental amazónico, con especial énfasis en mejorar las condiciones de vida de las comunidades tradicionales. Utilizando un método exploratorio y el procedimiento de investigación bibliográfica, el estudio expone la estructura normativa de la política, enfatizando los criterios de transferencia utilizados y su relación con la protección de las comunidades tradicionales. A través del análisis realizado, el trabajo concluye que no hay un fomento destinado a mejorar la calidad de vida de las poblaciones mediante la aplicación de las transferencias de ingresos obtenidas. Sin embargo, si se aplica correctamente el mandato legal, con ajustes en los criterios de transferencia previstos, se observa que la política es capaz de aportar efectos positivos a las comunidades tradicionales, valorando la relación positiva de estas comunidades con la protección del medio ambiente.Ecological ICMS is a financial and environmental public policy that defines environmental criteria for the distribution of Brazilian sales taxes (ICMS) revenues from Member States to municipalities. The policy was implemented in the state of Pará in 2012, the transmission criteria having been adjusted in 2017. Considering the laws governing the Ecological ICMS and the context in which it was created, this article analyzes the potentialities of the policy regarding the Amazonian socio-environmental development, with emphasis on improving the living conditions of traditional communities. Using exploratory methods and a bibliographic research procedure, the study exposes the normative structure of the policy by emphasizing the fiscal sharing criterion and its relations with the protection of the traditional communities. The study concluded that the financial resources resulting from the policy are not applied to improve the quality of life of local populations, but, if the law is correctly applied, correcting the sharing criterion, the policy is able to bring positive effects to traditional communities, valuing their positive relationship with the protection of the environment.ICMS Ecológico é uma política pública financeiro-ambiental, que traz critérios ambientais para a repartição do produto da arrecadação do Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços (ICMS) dos estados-membros aos municípios. A política foi implementada no estado do Pará em 2012, teve os critérios de repasse ajustados em 2017. Considerando os mandamentos legais que regem o ICMS Ecológico paraense e o contexto no qual foi criado, este artigo analisa as potencialidades da política em relação ao desenvolvimento socioambiental amazônico, dando especial relevo à melhoria das condições de vida das comunidades tradicionais. Utilizando método exploratório e procedimento de pesquisa bibliográfica, o estudo expõe a estruturação normativa da política, dando ênfase aos critérios de repasse utilizados e sua relação com a proteção das comunidades tradicionais. Através da análise realizada, verifica-se a ausência de fomento à melhoria da qualidade de vida das populações por meio da aplicação dos repasses obtidos. Porém, se corretamente aplicado o mandamento legal, com ajustes nos critérios de repasse previstos, observa-se ser a política capaz de aportar efeitos positivos às comunidades tradicionais, valorizando a relação positiva destas com a proteção ambiental

Avaliação bacteriológica de computadores portáteis de alunos em uma Instituição de Ensino Superior.

As bactérias são microrganismos unicelulares, procariontes e apresentam morfologias variadas, sendo agrupadas em três grandes grupos morfológicos - cocos, bacilos e espiralados. As bactérias são classificadas através da coloração de Gram e por provas bioquímicas como a coagulase, catalase, citocromo-oxidase, produção de uréase entre outras que buscam identificação de espécimes bacterianas