Ancestral Functions of DELLA Proteins

[ES] Las plantas necesitan acomodar su crecimiento a las condiciones ambientales. Con el objetivo de ajustar su desarrollo a las señales externas, usan una serie de mecanismos moleculares. Uno de estos son las rutas de señalización hormonal, que participan en integrar la información externa con programas de desarrollo propios. Una de las hormonas más relevantes en la biología vegetal son las giberelinas (GAs). La señalización por GAs se inicia con la percepción de la hormona a través del receptor GID1, y continúa por la degradación de las reguladoras transcripcionales DELLA. Sin embargo, solo las plantas vasculares tienen un sistema de percepción de GAs completo. Entender la relevancia de la señalización por GAs requiere estudiar cómo se ensambló la ruta y qué funciones atribuidas a las GAs estaban ya codificadas en las proteínas DELLA ancestrales. Aquí mostramos mediante análisis filogenéticos y bioquímicos que las proteínas DELLA emergieron inequívocamente en un ancestro común de las plantas terrestres, y que el reclutamiento de las DELLAs al módulo de percepción de GAs depende de la presencia de un dominio de transactivación conservado que fue co-optado por el receptor GID1 ancestral para actuar como un degrón dependiente de GAs. Este dominio de transactivación parece regular la co-activación transcripcional de genes concretos por las DELLAs en todas las plantas terrestres mediante el reclutamiento de complejos Mediator a través de su subunidad MED15. Por último, nos hemos centrado en entender las funciones de las proteínas DELLA en briófitas, un clado sin señalización por GAs. Hemos descubierto el rol de la DELLA de Marchantia polymorpha como coordinadora entre las respuestas de crecimiento y estrés, sugiriendo que dicha función estaba ya codificada en proteínas DELLA del ancestro común de plantas terrestres y se ha mantenido durante más de 450 millones de años.[CA] Les plantes necessiten acomodar el seu creixement a les condicions ambientals. Amb l'objectiu d'ajustar el seu desenvolupament als senyals externs, usen una sèrie de mecanismes moleculars. Un d'aquests són les rutes de senyalització hormonal, que participen en integrar la informació externa amb programes de desenvolupament propis. Una de les hormones més rellevants en la biologia vegetal són les giberel·lines (GAs). La senyalització per GAs s'inicia amb la percepció de l'hormona a través del receptor GID1, i continua per la degradació de les reguladores transcripcionals DELLA. No obstant això, només les plantes vasculars tenen un sistema complet de percepció de GAs. Entendre la rellevància de la senyalització per GAs requereix estudiar com es va assemblar la ruta i quines funcions atribuïdes a les GAs estaven ja codificades en les proteïnes DELLA ancestrals. Ací mostrem mitjançant anàlisis filogenètiques i bioquímiques que les proteïnes DELLA van emergir inequívocament en un ancestre comú de les plantes terrestres, i que el reclutament de les DELLAs al mòdul de percepció de GAs depén de la presència d'un domini de transactivació conservat que va ser co-optat pel receptor GID1 ancestral per a actuar com un degró dependent de GAs. Aquest domini de transactivació sembla regular la co-activació transcripcional de gens concrets per les DELLAs en totes les plantes terrestres mitjançant el reclutament de complexos Mediator a través de la seua subunitat MED15. Finalment, ens hem centrat en entendre les funcions de les proteïnes DELLA en briòfites, un clade sense senyalització per GAs. Hem descobert el rol de la DELLA de Marchantia polymorpha com a coordinadora entre les respostes de creixement i estrés, suggerint que aquesta funció estava ja codificada en proteïnes DELLA de l'ancestre comú de plantes terrestres i s'ha mantingut durant més de 450 milions d'anys.[EN] Plants need to accommodate their growth habits to environmental conditions. For this aim, several mechanisms are used to adjust developmental responses to exogenous signals. Among them, hormonal signalling pathways participate by integrating external information with endogenous programs. One of the most relevant hormones in plant biology are gibberellins (GAs). GA signalling involves perception of the hormone by the GA receptor GID1 and subsequent degradation of the DELLA transcriptional regulators. However, only vascular plants possess a full GA perception system. Understanding the relevance of GA signalling requires elucidating how this pathway was assembled and which of the functions attributed to GAs were encoded in the ancestral DELLA proteins. Here we show by phylogenetic and biochemical analyses that DELLA proteins emerged unequivocally in a land plant common ancestor and that their recruitment into the GA-perception module relies in the presence of a conserved transactivation domain co-opted by an ancestral GID1 receptor to act as a GA-dependent degron. Moreover, this transactivation domain seems to regulate DELLA-dependent transcriptional co-activation of selected target genes by recruitment of Mediator complexes through the MED15 subunit in all land plants. Finally, we have focused on understanding the functions of DELLA proteins in bryophytes, a clade with no GA signalling. We have uncovered the role of Marchantia polymorpha DELLA protein as a coordinator between growth and stress responses, suggesting that this function was already present in the DELLA protein of a land plant common ancestor and has been maintained for over 450 millions of years.La realización de esta tesis doctoral ha sido posible gracias a una ayuda para contratos predoctorales FPU (FPU15/01756), dos Ayudas para Estancias Breves FPU (EST17/00237, IPS2, París; EST18/00400, WUR, Wageningen), una ayuda EMBO Short-Term (ASTF 8239, WUR, Wageningen), y la financiación MSCA H2020 RISE para desplazamientos en el contexto del proyecto SIGNAT (RISE Action 644435, PUC, Santiago). Así mismo, el grueso del trabajo experimental incluido ha sido financiado por el proyecto HUBFUN del MINECO (BFU2016-80621-P)Hernández García, J. (2021). Ancestral Functions of DELLA Proteins [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/169370TESI

Un análisis conductual en Millenials usuarios de telefonía móvil

Grosso modo, el uso del móvil es resultado de un proceso de identidad, utilidad, riesgo y actitud a favor de la tecnología celular, pero la ausencia de un modelo integral en el que se observen los ejes y las trayectorias de relaciones de dependencia entre las variables esgrimidas en el estado de la cuestión anima la presente investigación, la cual llevó a cabo un estudio documental con una selección muestral no probabilística de fuentes indexadas a repositorios nacionales, considerando el año de publicación y la inclusión de las palabras clave para su búsqueda. Se advierte una línea de investigación concerniente al uso intensivo de la telefonía celular, pero ya no desde su utilidad o riesgo, sino desde las emociones que suponen la emergencia del Stalking, el Trollin y el Bulling, rasgos principales de la generación millenials en cuanto al rubro de adopción del móvil no para información o comunicación sino de expresión distintiva con respecto a otras generaciones de usuarios de telefoní

Kernel depth funcions for functional data

In the last years the concept of data depth has been increasingly used in Statistics as a center-outward ordering of sample points in multivariate data sets. Recently data depth has been extended to functional data. In this paper we propose new intrinsic functional data depths based on the representation of functional data on Reproducing Kernel Hilbert Spaces, and test its performance against a number of well known alternatives in the problem of functional outlier detection.The authors acknowledge financial support from the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness ECO2015-66593-P

Combination of Direct Viable Count and Fluorescent In Situ Hybridization (DVC-FISH) as a Potential Method for Identifying Viable Vibrio parahaemolyticus in Oysters and Mussels

[EN] Vibrio parahaemolyticus is a human food-borne pathogen with the ability to enter the food chain. It is able to acquire a viable, non-cultivable state (VBNC), which is not detected by traditional methods. The combination of the direct viable count method and a fluorescent in situ hybridization technique (DVC-FISH) makes it possible to detect microorganisms that can present VBNC forms in complex samples The optimization of the in vitro DVC-FISH technique for V. parahaemolyticus was carried out. The selected antibiotic was ciprofloxacin at a concentration of 0.75 mu g/mL with an incubation time in DVC broth of 5 h. The DVC-FISH technique and the traditional plate culture were applied to detect and quantify the viable cells of the affected pathogen in artificially contaminated food matrices at different temperatures. The results obtained showed that low temperatures produced an important logarithmic decrease of V. parahaemolyticus, while at 22 degrees C, it proliferated rapidly. The DVC-FISH technique proved to be a useful tool for the detection and quantification of V. parahaemolyticus in the two seafood matrices of oysters and mussels. This is the first study in which this technique has been developed to detect viable cells for this microorganism.García Hernández, J.; Hernández Pérez, M.; Moreno Trigos, MY. (2021). Combination of Direct Viable Count and Fluorescent In Situ Hybridization (DVC-FISH) as a Potential Method for Identifying Viable Vibrio parahaemolyticus in Oysters and Mussels. Foods. 10(7):1-14. https://doi.org/10.3390/foods10071502S11410

Corrected Hill Function in Stochastic Gene Regulatory Networks

Describing reaction rates in stochastic bio-circuits is commonly done by directly introducing the deterministically deduced Hill function into the master equation. However, when fluctuations in enzymatic reaction rates are not neglectable, the Hill function must be derived, considering all the involved stochastic reactions. In this work, we derived the stochastic version of the Hill function from the master equation of the complete set of reactions that, in the macroscopic limit, lead to the Hill function reaction rate. We performed a series expansion around the average values of the concentrations, which allowed us to find corrections for the deterministic Hill function. This process allowed us to quantify the fluctuations of enzymatic reactions. We found that the underlying variability in propensity rates of gene regulatory networks has an important non-linear effect that reduces the intrinsic fluctuations of the mRNA and protein concentrations.Comment: 23 pages, 14 figure

Técnicas moleculares aplicadas a la caracterización y estudio de la supervivencia de bacterias lácticas del yogur

Para que los microorganismos probióticos ejerzan su efecto beneficioso sobre el huésped, han de encontrarse en proporciones elevadas en el producto y ser capaces de sobrevivir en suficiente cantidad al tránsito gastrointestinal. Se ha producido una cierta discrepancia entre diferentes líneas de investigación a la hora de afirmar los efectos beneficiosos del yogur tradicional. Algunas de ellas aseguran que sus bacterias no son capaces de sobrevivir al tracto gastrointestinal mientras que otras afirman lo contrario. En este trabajo se planteó desarrollar métodos rápidos alternativos a los tradicionales de cultivo para estudiar las propiedades probióticas de las bacterias contenidas en yogures naturales. Se procedió al aislamiento, identificación y caracterización molecular de las bacterias lácticas presentes en yogures naturales. Se realizó la puesta a punto de las técnicas de PCR y FISH para la detección de ambos microorganismos. Se desarrolló la técnica DVC-FISH para la detección de células viables de Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus y Streptococcus thermophilus que permitió determinar su resistencia in vitro a los jugos gastrointestinales. Finalmente, se hizo un estudio in vivo de la supervivencia al tracto gastrointestinal de estas cepas y se estudió la evolución de la microbiota intestinal a lo largo del ensayo. Este ensayo permitió demostrar la presencia de Streptococcus thermophilus viables en las heces humanas tras la ingesta de producto. La técnica DVC-FISH se mostró como el método más rápido y eficaz para la determinación de la viabilidad de LAB en matrices complejas. Se observó que el consumo de yogur durante un periodo determinado produce un aumento de la microbiota endógena de lactobacilos así como una disminución de la población de enterobacterias.García Hernández, J. (2010). Técnicas moleculares aplicadas a la caracterización y estudio de la supervivencia de bacterias lácticas del yogur [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/14010Palanci

Desarrollo del Plan de Gestión de un proyecto de ampliación de Refinería

[ES] El objetivo de este trabajo final de máster es el de elaborar un plan de gestión de proyecto así como recopilar cuáles son las mejores prácticas a la hora de dirigir un proyecto de una planta industrial como es una Refinería, haciendo hincapié también en procedimientos y aspectos que, aunque no parecen ser primordiales, condicionan notablemente el correcto desarrollo de este afectando directamente a su ciclo de vida. El proyecto sobre el que se apoya este trabajo final de máster trata una ampliación de una Refinería actualmente operativa. Dicho proyecto se aborda desde el punto de vista técnico haciendo referencia a la ampliación en sí de la Refinería, contemplando aspectos como su funcionamiento o qué departamentos son clave para alcanzar el éxito en este tipo de proyectos; y desde el punto de vista de la elaboración de todos los documentos (entregables), haciendo hincapié en la calidad de estos, los cuales conforman la Ingeniería de Detalle que permitirá llevar a cabo dicho proyecto técnico. Además, se aborda cómo el modelado en 3 dimensiones que se ha realizado empleando un software de última tecnología, mejora la operatividad de la Refinería tras la implantación del proyecto.[EN] The objective of this master's thesis is to prepare a project management plan and compile what are the best practices when managing a project of an industrial plant such as a Refinery, also delving into procedures and aspects that, although they do not seem to be essential, they notably condition the correct development of the project, directly affecting its life cycle. The project on which this master's thesis is based is an expansion of a Refinery currently operating. This project is studied from a technical point of view, with reference to the expansion of the Refinery itself, aspects such as its operation or which departments are key to success in this type of projects; and from the point of view of the elaboration of all the documents (deliverables), studying their quality because they constitute the Detail Engineering that will allow carrying out said technical project. In addition, the project talks about how the 3-dimensional modeling that has been carried out using the latest technology software, improves the operation of the Refinery after the implementation of the project.García Hernández, J. (2020). Desarrollo del Plan de Gestión de un proyecto de ampliación de Refinería. http://hdl.handle.net/10251/145335TFG

Eficacia del diclofenaco tópico vs. nepafenaco tópico en la reducción del dolor durante la fotocoagulación panretiniana

ResumenPropósitoComparar la eficacia del diclofenaco tópico 0.1% vs. nepafenaco tópico en reducir el dolor asociado a la fotocoagulación panretiniana con láser argón.Material y métodosEnsayo clínico aleatorizado doble enmascarado, 132 pacientes (183 ojos) con diagnóstico de retinopatía diabética proliferativa tratados con fotocoagulación panretiniana. Aleatorización en 2 grupos: diclofenaco y nepafenaco tópicos. Se aplicaron 2 dosis de los analgésicos tópicos previas a la fotocoagulación panretiniana, se evaluó el dolor inmediatamente y 15min después. Se analizó nivel de dolor, efectos adversos y síntomas asociados al finalizar la fotocoagulación retiniana.ResultadosLa mediana de la edad para ambos grupos fue de 55 años, relación H:M de 1:1.4. El nivel de dolor inmediato fue de 35.5 (RIC 14-72) para el nepafenaco y de 45 (RIC 14-70) para el diclofenaco (p=0.48). A los 15min fue de 30 (RIC 4-50) para el nepafenaco y de 20 (RIC 2-50) para el diclofenaco (p=0.48). No hubo diferencias significativas en síntomas asociados entre los grupos ni efectos adversos en la superficie ocular.ConclusionesEl tratamiento previo con nepafenaco y diclofenaco tópicos es igualmente eficaz y seguro para reducir el dolor asociado a la fotocoagulación panretiniana en pacientes con retinopatía diabética proliferativa.AbstractPurposeTo compare the efficacy of topical diclofenac 0.1% vs topical nepafenac in reducing pain associated to argon laser retinal photocoagulationMaterial and methodsDouble blinded, randomized clinical trial. One hundred thirty two patients with diagnosis of proliferative diabetic retinopathy treated with retinal photocoagulation. Randomization in to 2 groups: topical diclofenac and nepafenac. Before retinal photocoagulation 2 doses of topical non-steroidal anti-inflammatory drugs were applied, pain was assessed immediately and 15minutes after. Level of pain, adverse effects and associated symptoms at the end of retinal photocoagulation were analyzed.ResultsThe median for age in both groups was 55 years, M:F ratio of 1:1.4. The immediate level of pain was 35.5 (ICR 14-72) for nepafenac and 45 (ICR 14-70) for diclofenac (P=.48). At 15minutes the pain level was 30 (ICR 4-50) for nepafenac and 20 (ICR 2-50) for diclofenac. There was no difference in associated symptoms or adverse effects among groups.ConclusionsThe preventive treatment with topical nepafenac and diclofenac is equally effective and safe for reducing the pain associated with retinal photocoagulation in patients with proliferative diabetic retinopathy