Inimese papilloomiviiruse genoomi replikatsiooni ja oligomeeride tekke analüüs

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsioonePapilloomiviirused on kaheahelalise DNA genoomiga viirused, mis on ülimalt liigi- ja koespetsiifilised ning nakatavad imetajate, lindude ja roomajate epiteelkoes paiknevaid keratinotsüüte. Inimese papilloomiviirused (HPV-d) on populatsioonis laialt levinud patogeenid, millega nakatumisel kaasneb enamjaolt epiteeli healoomuliste vohandite tekkimine (tüükad, papilloomid). Mõningad HPV tüübid võivad põhjustada ka halvaloomuliste kasvajate teket. Inimese papilloomiviiruse poolt põhjustatud emakakaelavähk on kolmas enimlevinud vähk naistel, mistõttu selle valdkonna uuringud on väga olulised. Käesolevas doktoriväitekirjas uurin HPV18 DNA lühiajalise paljunemise käigus tekkivaid multimeerseid viiruse molekule, mis sisaldavad tandemina mitut viiruse genoomi koopiat (oligomeerid). Seda, et replikatsiooni käigus moodustab HPV oligomeere, märgati juba üle 30 aasta tagasi, aga nende tekkepõhjused on seni teadmata. Üks võimalik oligomeeride tekkepõhjus oleks see, et HPV-de puhul kasutatakse ühe multimeeri paljundamiseks vaid ühte replikatsioonikompleksi (oligomeeris on aktiivne ainult üks replikatsiooni alguspunkt), mis tähendab, et väheste rakuliste ja viiruslike valkude abil saab paljundada suurt arvu HPV genoome. See võimaldab ära hoida või edasi lükata HPV tuvastamist peremeesraku immuunsüsteemi poolt. Mitmedimensionaalseid geelelektroforeese on läbi viia keerukas ja veelgi keerukam on analüüsida tulemusi. Selletõttu annan käesolevas töös ülevaate, kuidas analüüsida ja tõlgendada kahe- ja kolmedimensionaalsest agaroos-geelelektroforeesist (2D ja 3D AGE) saadud tulemusi. Näitan rakendades 2D ja 3D AGE, et HPV kasutab vähemalt kahte eri replikatsioonimehhanismi genoomi paljundamiseks ja seega ka oligomeeride moodustamiseks.Papillomaviruses are double-stranded DNA viruses that are extremely species and tissue specific; they only infect the epithelial keratinocytes of amniotes (mammals, birds, and reptiles). Human papillomaviruses (HPVs) are prevalent pathogens, and infection leads to hyperproliferative lesions, such as warts and condyloma. However, some HPV types can cause malignant tumors. Cervical cancer caused by HPV is the third most common cancer worldwide; thus, great effort needs to be put into patient screening, vaccine development, and therapeutic strategies. The current study focuses on analyzing HPV DNA multimeric molecules that consist of several viral genome copies (oligomers) that arise during initial amplification. The fact that HPV forms oligomers was demonstrated in biopsies from cervical carcinomas over 30 years ago, but the reason is still unknown. The reason why the oligomeric state has been used by the virus can be explained by the necessity to keep a low profile in the host organism. HPV can replicate an entire oligomer consisting of many monomers by using as many host and viral replication proteins as a monomer would. Therefore, much more viral DNA can be replicated while eluding the host adaptive immune system. Multidimensional gel electrophoresis experiments are technically challenging to carry out; however, analyzing the results is even harder. Therefore, I included an overview of how to analyze the results obtained from two- and three-dimensional agarose gel electrophoresis (2D and 3D AGE, respectively). Utilizing 2D and 3D AGE, we showed that HPV uses two distinct mechanisms to replicate its genome and therefore form oligomers

SUPPORTING LEARNERS WITH DYSLEXIA IN THE ELT CLASSROOM

SUPPORTING LEARNERS WITH DYSLEXIA IN THE ELT CLASSROOMMichele DaloisoOxford, United Kingdom: Oxford University Press, 201

Combination of altimetry data from different satellite missions

Substantial altimetry datasets collected by different satellites have only become available during the past five years, but the future will bring a variety of new altimetry missions, both parallel and consecutive in time. The characteristics of each produced dataset vary with the different orbital heights and inclinations of the spacecraft, as well as with the technical properties of the radar instrument. An integral analysis of datasets with different properties offers advantages both in terms of data quantity and data quality. This thesis is concerned with the development of the means for such integral analysis, in particular for dynamic solutions in which precise orbits for the satellites are computed simultaneously. The first half of the thesis discusses the theory and numerical implementation of dynamic multi-satellite altimetry analysis. The most important aspect of this analysis is the application of dual satellite altimetry crossover points as a bi-directional tracking data type in simultaneous orbit solutions. The central problem is that the spatial and temporal distributions of the crossovers are in conflict with the time-organised nature of traditional solution methods. Their application to the adjustment of the orbits of both satellites involved in a dual crossover therefore requires several fundamental changes of the classical least-squares prediction/correction methods. The second part of the thesis applies the developed numerical techniques to the problems of precise orbit computation and gravity field adjustment, using the altimetry datasets of ERS-1 and TOPEX/Poseidon. Although the two datasets can be considered less compatible that those of planned future satellite missions, the obtained results adequately illustrate the merits of a simultaneous solution technique. In particular, the geographically correlated orbit error is partially observable from a dataset consisting of crossover differences between two sufficiently different altimetry datasets, while being unobservable from the analysis of altimetry data of both satellites individually. This error signal, which has a substantial gravity-induced component, can be employed advantageously in simultaneous solutions for the two satellites in which also the harmonic coefficients of the gravity field model are estimated

Equivalence of operations with respect to discriminator clones

For each clone C on a set A there is an associated equivalence relation, called C-equivalence, on the set of all operations on A, which relates two operations iff each one is a substitution instance of the other using operations from C. In this paper we prove that if C is a discriminator clone on a finite set, then there are only finitely many C-equivalence classes. Moreover, we show that the smallest discriminator clone is minimal with respect to this finiteness property. For discriminator clones of Boolean functions we explicitly describe the associated equivalence relations.Comment: 17 page

Eesti loodusainete õpetajate uskumused, õpetamispraktika ja enesetõhusus TALIS 2008 ja 2013 uuringu alusel

Artiklis käsitletakse TALIS 2013 uuringus osalenud loodusainete õpetajate uskumusi, õpetamispraktikat ja enesetõhususe hinnanguid ning võrreldakse tulemusi TALIS 2008 uuringu omadega. Analüüsist selgub, et võrreldes teiste ainete õpetajatega olid loodusainete õpetajate uskumused nii TALIS 2008 kui ka TALIS 2013 uuringus konstruktivistlikumad. Kui esimeses, TALIS 2008 uuringus ei erinenud eesti ja vene õppekeelega koolide loodusainete õpetajate uskumused ja enesetõhususe hinnangud statistiliselt olulisel määral, siis teises, TALIS 2013 uuringus olid eesti õppekeelega koolide õpetajate uskumused konstruktivistlikumad, kuid enesetõhususe hinnangud madalamad. Õpetamispraktika kohta selgus, et õpilaste motiveerimist ja aktiveerimist rakendavad loodusainete õpetajad samal määral kui teiste ainete õpetajad.  Summar

Inimese papilloomiviiruse tüüp 18 DNA replikatsiooni ja oligomerisatsiooni jälgimine U2OS rakkudes lühiajalise replikatsiooni tingimustes

Ligipääs piiratud kuni 27.05.20162016-05-2

Eesti kool ja õpetaja rahvusvahelises haridusvõrdluses (EKORA)

Rahvusvaheliste võrdlusuuringute PISA 2006 ja 2009, TIMSS 2003 ja 2007 ning TALIS tulemuste analüüs lähtuvalt EKORA eesmärkidestRahvusvaheliste võrdlusuuringute PISA 2006 ja 2009, TIMSS 2003 ja 2007 ning TALIS tulemuste analüüs lähtuvalt EKORA eesmärkidest. Projekti Eesti kool ja õpetaja rahvusvahelises haridusvõrdluses (EKORA) eesmärk on analüüsida, kuivõrd leiavad Eestile iseloomulikud haridusprobleemid kajastamist teiste riikide ja riigiüleste ühenduste poliitikadokumentides, milliseid hariduspoliitilisi üldistusi pakuvad rahvusvahelised võrdlusuuringud ning milliseid meetmeid kavandatakse ja kasutatakse hariduspoliitika kujundamisel erinevates riikides.http://eduko.archimedes.ee/files/Henno%20EKORA%20aruanne2%20%20010911.pd

Rahvusvaheliste võrdlusuuringute TIMSS 2003 ja PISA 2006 õppetunnid

"Kogumiku eesmärgiks on pakkuda loodusteaduste ja matemaatika õpetajakoolituse üliõpilastele ning aineõpetajatele ülevaadet, millistes ainealaste teadmiste ja oskuste valdkondades on rahvusvahelises võrdluses Eesti põhikooli õpilastel hea tase ning milliseid teadmisi, oskusi ning hoiakuid tuleks enam edendada. Samuti esitatakse metoodilised põhimõtted ja aineõpetuslikud prioriteedid, mida tähtsustatakse nüüdisajal rahvusvahelisel tasemel ning mis moodustavad ka uuringute (TIMSS 2003, PISA 2006) raamistiku. Esitatav ülevaade pakub tuge matemaatika ja loodusainete õppe parendamiseks ja edendamiseks ning aitab kaasa uute riiklike õppekavade rakendamisele."http://eduko.archimedes.ee/files/Rahvusvaheliste%20v%C3%B5rdlusuuringute%20%C3%B5ppetunnid.pd

Määramata ja määratud objekt

Kopeerimine ja printimine lubatudhttp://www.ester.ee/record=b1227569*es