Structural characteristics affecting functions of two actin regulating proteins

Structural biology is a branch of science that concentrates on the relationship between the structure and function of biological macromolecules. The prevalence of a large number of three dimensional structures offers effective tools for bio-scientists to understand the living world. Actin is the most abundant cellular protein and one of its main functions is to produce movement in living cells. Actin forms filaments that are dynamic and which are regulated by a number of different proteins. A class of these regulatory proteins contains actin depolymerizing factor homology (ADF-H) domains. These directly interact with actin through their ADF-H domains. Although ADF-H domains possess very similar three dimensional structures to one another, they vary in their functional properties. One example of this is the ability to bind to actin monomers or filaments. During the work for this thesis two structures of ADF-H domains were solved by nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR). The elucidated structures help us understand the binding specificities of the ADF-H family members.Proteiinit eli valkuaisaineet eivät ole vain ravitsemuksen kannalta elintärkeitä ihmisille, vaan elimistössä syntetisoidaan tuhansia erilaisia proteiineja, joilla on oma tehtävänsä. Useimmilla proteiineilla on erityislaatuinen ominaisuus muodostaa kolmiulotteisia rakenteita, mikä on ensisijaisen tärkeää niiden toiminnan kannalta. Proteiinit mm. synnyttävät eliöiden rakennusyksiköiden solujen aktiivisen liikkeen. Solujen liike on tärkeää niin sikiön kehityksen aikana, haavojen ja kudosvaurioiden parantumisessa kuin myös elimistön puolustautuessa vahingollisia taudinaiheuttajia vastaan. Solujen liikkeet perustuvat solun tukirangan muutoksiin. Tukiranka koostuu aktiiniproteiinien muodostamista säikeistä. Liike syntyy siitä, että aktiinisäie kasvaa toisesta päästään ja purkautuu toisesta päästään yksittäisiksi aktiiniproteiineiksi. Aktiinitukirangan dynamiikan säätelyyn osallistuu yli 60 proteiiniperhettä ja säätely on hyvin monimutkainen prosessi. Rakennebiologian alaan kuuluvassa väitöskirjatyössä on tarkasteltu erään aktiinia säätelevän (ADF-H) proteiiniperheen rakenteita ja toimintaa. Työssä on määritetty kahdelle proteiinille, twinfiliinin C-terminaaliselle osalle ja koaktosiinille, rakenteet ydinmagneettisen resonanssi spektroskopian (NMR) avulla. Rakenteita on vertailtu muihin saman perheen rakenteisiin. ADF-H proteiiniperheen rakenteet näyttävät ensisilmäyksellä hyvin samanlaisilta, mutta ne kuitenkin poikkeavat toiminnallisesti toisistaan. Esimerkiksi osa ADF-H proteiineista sitoutuu vain pienehköön yksittäiseen aktiinimolekyyliin, kun taas osa sitoutuu suurempaan aktiinisäikeeseen ja osa niistä molempiin. Työssä toiminnallisuuden eroille on löydetty syy proteiinien rakenteista. Lisäksi vertailun tuloksena tutkimuksessa pystyttiin ennustamaan twinfiliinille uusi toiminto, joka myös voitiin todistaa biokemiallisin keinoin

Kulttuuritoimitus uutisopissa: Kulttuurijournalismin muutos Helsingin Sanomissa 1978–2008

Kulttuurijournalismin kriisistä on puhuttu viime vuosina eri maissa. Suomessakin on väitetty, että aiemmin korkeakulttuuriin keskittyneet, kriitikkovaltaiset kulttuuriosastot olisivat muuttuneet uutismaisemmiksi, viihteellisemmiksi ja pinnallisemmiksi ja että päivälehtikritiikki olisi romahtanut sekä tasoltaan että kattavuudeltaan. Tarkastelemme artikkelissa kulttuurijournalismin rakenteiden, arvojen ja ihanteiden muutosta kahden vastakkaisen journalistien työtä ohjaavan paradigman, esteettisen ja journalistisen, välisenä hankauksena sekä sitä, miten muutokset heijastuvat yhtäältä kulttuurisivujen sisältöön ja toisaalta toimittajien itseymmärrykseen. Aineistoina ovat maan suurimman päivälehden, Helsingin Sanomien, kulttuurisivujen sisällönerittely vuosilta 1978–2008, lehden kulttuuritoimittajien vuonna 2004 tehdyt teemahaastattelut sekä erilaiset kulttuurisivujen kehitystyöhön liittyneet dokumentit ja muistiinpanot vuosilta 1994–2005. Tulosten perusteella kulttuurijournalismin asema on monella tapaa murtunut. Kulttuuritoimituksessa on tapahtunut ”journalistinen käänne”, minkä seurauksena siitä on tullut lehden uutisorganisaation erottamaton osa, jonka toimintatavat ovat sopeutuneet lehden uutisjournalismin yleisiin vaatimuksiin

Structure of SNX9 SH3 in complex with a viral ligand reveals the molecular basis of its unique specificity for alanine-containing class I SH3 motifs

Class I SH3 domain-binding motifs generally comply with the consensus sequence [R/K]x0PxxP, the hydrophobic residue 0 being proline or leucine. We have studied the unusual 0 = Ala-specificity of SNX9 SH3 by determining its complex structure with a peptide present in eastern equine encephalitis virus (EEEV) nsP3. The structure revealed the length and composition of the n-Src loop as important factors determining specificity. We also compared the affinities of EEEV nsP3 peptide, its mutants, and cellular ligands to SNX9 SH3. These data suggest that nsP3 has evolved to minimize reduction of conformational entropy upon binding, hence acquiring stronger affinity, enabling takeover of SNX9. The RxAPxxP motif was also found in human T cell leukemia virus-1 (HTLV-1) Gag polyprotein. We found that this motif was required for efficient HTLV-1 infection, and that the specificity of SNX9 SH3 for the RxAPxxP core binding motif was importantly involved in this process.Peer reviewe

Characterization of Intrinsically Disordered Prostate Associated Gene (PAGE5) at Single Residue Resolution by NMR Spectroscopy

Peer reviewe

Maternal Inheritance of a Recessive RBP4 Defect in Canine Congenital Eye Disease

Maternally skewed transmission of traits has been associated with genomic imprinting and oocytederived mRNA. We report canine congenital eye malformations, caused by an amino acid deletion (K12deI) near the N terminus of retinol-binding protein (RBP4). The disease is only expressed when both dam and offspring are deletion homozygotes. RBP carries vitamin A (retinol) from hepatic stores to peripheral tissues, including the placenta and developing eye, where it is required to synthesize retinoic acid. Gestational vitamin A deficiency is a known risk factor for ocular birth defects. The K12del mutation disrupts RBP folding in vivo, decreasing its secretion from hepatocytes to serum. The maternal penetrance effect arises from an impairment in the sequential transfer of retinol across the placenta, via RBP encoded by maternal and fetal genomes. Our results demonstrate a mode of recessive maternal inheritance, with a physiological basis, and they extend previous observations on dominant-negative RBP4 alleles in humans.Peer reviewe

Arabidopsis RCD1 coordinates chloroplast and mitochondrial functions through interaction with ANAC transcription factors

Reactive oxygen species (ROS)-dependent signaling pathways from chloroplasts and mitochondria merge at the nuclear protein RADICAL INDUCED CELL DEATH 1 (RCD1). RCD1 interacts in vivo and suppresses the activity of the transcription factors ANAC013 and ANAC017, which mediate a ROS-related retrograde signal originating from mitochondrial complex III. Inactivation of RCD1 leads to increased expression of mitochondrial dysfunction stimulon (MDS) genes regulated by ANAC013 and ANAC017. Accumulating MDS gene products, including alternative oxidases (AOXs), affect redox status of the chloroplasts, leading to changes in chloroplast ROS processing and increased protection of photosynthetic apparatus. ROS alter the abundance, thiol redox state and oligomerization of the RCD1 protein in vivo, providing feedback control on its function. RCD1-dependent regulation is linked to chloroplast signaling by 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate (PAP). Thus, RCD1 integrates organellar signaling from chloroplasts and mitochondria to establish transcriptional control over the metabolic processes in both organelles

Tulevaisuuden kotihoito Laukaassa : Kotihoito 24/7

Julkinen sosiaali- ja terveydenhuolto järjestetään uudestaan Sote uudistuksessa. Uuden maakunnallisen mallin tekevät valtio ja kunnat ja uudistuksen tulisi tulla voimaan 1.1.2020. Uudistuksen toteuttamiseksi Hallituksen kärkihanke Kehitetään ikäihmisten kotihoitoa ja vahvistetaan kaikenikäisten omaishoitoa 2017-2018 on Keski-Suomen maakunnan yhtei-nen hanke, jonka tavoitteena on saada aikaiseksi asiakaslähtöinen ja kustannustehokas kotihoito 24/7. Laukaan kunnan tavoitteena on kehittää kotihoito 24/7 toimintamalli, jonka avulla kotihoidon asiakkaat saisivat tarvitsemaansa palvelua myös yöaikaan. Malli pilotoitiin 4.9.-5.11.2017 välisenä aikana. Opinnäytetyön tarkoitus on kuvata prosessia ja selvittää pilotista saamia tuloksia, tehdä niistä johtopäätöksiä ja huomioida esille tulevat asiat, siten että saadaan aikaiseksi toimiva yöhoidon malli, jota on mahdollisuus toteuttaa tulevaisuudessa. Menetelmänä työssä oli tutkimuksellinen kehittämismenetelmä. Aineistoa kerättiin RAVA-toimintakykymittarilla, Effica tilastoinnista, asiakaskyselyllä, eritoimijoiden ja kolmen yö-hoitajan haastattelulla. Määrällisestä aineistosta esitettiin keskiarvot ja tapahtumien luku-määrät ja haastattelut analysoitiin teemoittelulla. Yöhoidon käyntejä oli yhteensä pilotin aikana 783 ja keskimääräinen yökäynnin kesto oli 11,3 min. Haastatteluista kävi ilmi, että yöhoidon avulla saatiin mm. kotiutuksia nopeutettua sairaalaosastolta ja kotona selviyty-minen pitempään oli mahdollista. Keskeisimpänä kehittämiskohteena nähtiin yöhoidon laajentaminen koko Laukaan kunnan alueelle. Lopputuloksena vaikuttava ja kustannustehokas tapa järjestää kotihoidon yöhoitoa. Toiminta jatkuu pilotin jälkeen ainakin helmikuun 2018 loppuun.The public social and heath care is going to be re-organized in the social welfare and health care reform. The new provincial model is going to be managed by the government and mu-nicipalities and the model will become valid in 1.1.2020. One of the governments key projects is “Improved home care for older persons and enhanced informal care in all age groups 20171-2018” which is a cooperative project in Central Finland. The goal of the project is to create client-orientated and cost-effective home care every time of the day. The goal in the Municipality of Laukaa is to build up model for the 24/7 home care which will provide the help and care for the customers of home care also at night time. The model was piloted 4.9.-5.11.2017. The purpose of this thesis is to represent the process and the results accomplished during the pilot project, do conclusions from the results and take into account the things that emerge from the results, so that it would be possible to create a working 24/7 care model which would be possible execute in the future. The research model in this thesis was exploratory research model. The material was collected by RAVa-indicator, effica statistics, customer enquiry and interviewing various oper-ators and three nights nurses. The quantitative material is presented as average values and amounts of incidents. The interviews were analyzed by theming. During the pilot project there were 783 nights visits done by the night time nurses and the average duration of a night visits was 11,3 minutes. From the interviews it occurred that 24/7 home care among other things precipitated discharging from the ward and supported home care customers to stay at their own home longer. The essential developing object is to expand the 24/7 home care to the whole region of the Municipality of Laukaa. The conclusion of this thesis is that way that 24/7 home care was executed during the pilot project was cost-effective way to execute 24/7 home care. 24/7 home care will continue in Laukaa home care at least until 28th of February

From aesthetes to reporters : The paradigm shift in arts journalism in Finland

The crisis of cultural journalism has recently been a topical issue in many countries. In Finland, too, it has been claimed that arts pages, previously dominated by aestheticallyoriented critics, have been shrinking and become more news-oriented and entertaining. In the article, we will explore the change of structures, values and ideals of arts reporting as friction between two opposing paradigms, the aesthetic and the journalistic, and analyse how the changes are reflected in the contents of the cultural pages and in the self-image of arts journalists. The research data of this case study consists of the arts pages of the biggest national newspaper, Helsingin Sanomat, and of various internal planning documents related to its management. In addition to a longitudinal content analysis, we also employed theme interviews with and observation of cultural journalists. The results show a change of paradigm in arts journalism, with the consequence that the previously autonomous department has become an inseparable part of the news organization, increasingly adapted to meet the challenges of news journalism

Liquid modern journalism with a difference : The changing professional ethos of cultural journalism

Reflecting a change from high to liquid modern culture, journalism is said to be encountering a transformation from high toward liquid modernity. Cultural journalism, however, has been found to be "journalism with a difference". Due to this distinctive character, the principles of general journalism do not directly apply to cultural journalism. Consequently, the manifestations and consequences of the high and liquid modern ethos appear differently in cultural journalism. Proposing a theoretical framework of the core aspects of journalism – (1) knowledge, (2) audience, (3) power, (4) time, and (5) ethics – this article argues that cultural journalists differ from other journalists in their responses to the recent transformations in the professional values, working practices and the status of journalists

1H, 13C, and 15N NMR chemical shift assignment of the complex formed by the first EPEC EspF repeat and N-WASP GTPase binding domain

LEE-encoded effector EspF (EspF) is an effector protein part of enteropathogenic Escherichia coli’s (EPEC’s) arsenal for intestinal infection. This intrinsically disordered protein contains three highly conserved repeats which together compose over half of the protein’s complete amino acid sequence. EPEC uses EspF to hijack host proteins in order to promote infection. In the attack EspF is translocated, together with other effector proteins, to host cell via type III secretion system. Inside host EspF stimulates actin polymerization by interacting with Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein (N-WASP), a regulator in actin polymerization machinery. It is presumed that EspF acts by disrupting the autoinhibitory state of N-WASP GTPase binding domain. In this NMR spectroscopy study, we report the 1H, 13C, and 15N resonance assignments for the complex formed by the first 47-residue repeat of EspF and N-WASP GTPase binding domain. These near-complete resonance assignments provide the basis for further studies which aim to characterize structure, interactions, and dynamics between these two proteins in solution.peerReviewe