DPS-Like Peroxide Resistance Protein: Structural and Functional Studies on a Versatile Nanocontainer

Oxidative stress is a constant threat to almost all organisms. It damages a number of biomolecules and leads to the disruption of many crucial cellular functions. It is caused by reactive oxygen species (ROS), such as hydrogen peroxide (H2O2), superoxide (•O2 -), and hydroxyl radical (•OH). The most harmful of these compounds is •OH, which is only formed in cells in the presence of redox-cycling transition metals, such as iron and copper. Bacteria have developed a number of mechanisms to cope with ROS. One of the most widespread means employed by bacteria is the DNA-binding proteins from starved cells (Dps). Dps proteins protect the cells by binding and oxidizing Fe2+, thus greatly reducing the production of •OH. The oxidized iron is stored inside the protein as an iron core. In addition, Dps proteins bind directly to DNA forming a protective coating that shields DNA from harmful agents. Moreover, Dps proteins have been found to elicit other protective functions in cells and to participate in bacterial virulence. Dps proteins are of special importance to Streptococci owing to the lack of catalase in this genus of bacteria.This study was focused on structural and functional characterization of streptococcal Dpslike peroxide resistance (Dpr) proteins. Initially, crystal structures of Streptococcus pyogenes Dpr were determined. The data confirmed the presence of a di-metal ferroxidase center (FOC) in Dpr proteins and revealed the presence of a novel N-terminal helix as well as a surface metal-binding site. The crystal structures of Streptococcus suis Dpr complexed with transition metals demonstrated the metal specificity of the FOC. Solution binding studies also indicated the presence of a di-metal FOC. These results suggested a possible role for Dpr in the detoxification of various metals. Iron was found to mineralize inside the protein as ferrihydrite based on X-ray absorption spectroscopy data. The iron core was found to exhibit clear superparamagnetic behaviour using magnetic and Mössbauer measurements. The results from this study are expected to further increase our understanding on the binding, oxidation, and mineralization of iron and other metals in Dpr proteins. In particular, the structural and magnetic properties of the iron core can form a basis for potential new applications in nanotechnology. From the streptococcal viewpoint, the results would help in understanding better the complicated picture of bacterial pathogenesis. Dpr proteins may also provide a novel target for drug design due to their tight involvement in bacterial virulence.Siirretty Doriast

Information Mapping: Tapaustutkimus menetelmän soveltamisesta Metso Paper Oy:n käyttö- ja huolto-ohjeisiin ja sen vaikutuksesta käännösmuistiohjelman toimintaan.

Työn aiheena on Robert E. Hornin kehittämä Information Mapping (IM) -sisällöntuottomenetelmä. Tavoitteena on tutkia menetelmän vaikutusta käännösmuistiohjelman toimintaan. Tutkimukselle asetettiin kaksi tehtävää: selvittää, miten menetelmää voidaan soveltaa Metso Paper Oy:n Pituusleikkurit ja rullankäsittelyjärjestelmät -yksikön käyttö- ja huolto-ohjeiden laadintaan, ja testata, tehostaako sovellettu IM-menetelmä käännösmuistiohjelman toimintaa enemmän kuin yrityksessä käytössä oleva perinteinen menetelmä ja kontrolloitu kieli. Menetelmän soveltamista yrityksen käyttö- ja huolto-ohjeiden laadintaan selvitettiin ensin teoriassa kirjallisuudesta ja yrityksen dokumentaatiojärjestelmästä kerättyjen tietojen avulla. Tämän jälkeen soveltamista kokeiltiin käytännössä laatimalla perinteisellä menetelmällä ja kontrolloidulla kielellä kirjoitettu tutkimusaineisto uudelleen IM-menetelmää ja kontrolloidun kielen sääntöjä noudattaen. Menetelmän vaikutusta käännösmuistiohjelman toimintaan selvitettiin kääntämällä aineistot Trados Translator’s Workbench 2.2 -käännösmuistiohjelmalla ja analysoimalla aineistoja ja käännöstestistä saatuja tutkimustuloksia. Tutkimus osoitti, että menetelmä oli sovellettavissa yrityksen dokumentointiympäristöön pienin, rakenteisen tekstin, käännösmuistiohjelman ja kontrolloidun kielen asettamin rajoituksin. Tutkimukselle asetettu hypoteesi toteutui: IM-menetelmällä laadittu aineisto tuotti enemmän osumia kuin perinteisellä menetelmällä laadittu aineisto. IM-aineiston pituus kasvoi kuitenkin niin paljon, että se kompensoi osumien määrän kasvusta saadun hyödyn. Käännettävää tekstiä jäi perinteisellä menetelmällä laadittuun aineistoon vähemmän kuin IM-menetelmällä laadittuun aineistoon. Tutkimuksen perusteella voidaan tehdä se johtopäätös, että menetelmää kannattaa soveltaa yrityksen käyttö- ja huolto-ohjeiden laadintaan, jos sen katsotaan parantavan dokumenttien laatua riittävästi. Sovellettaessa kannattaa hyödyntää menetelmän kaikkia analysointityökaluja ja välttää dokumenttien pituuden kasvua. Avainsanat: Information Mapping, käännösmuistiohjelma, rakenteinen teksti, SGML, kontrolloitu kieli, käyttö- ja huolto-ohje, sisällöntuottoTiivistelmä ii Esipuhe iii Sisällys iv 1 JOHDANTO 1 1.1 Metso Paper Oy 2 1.2 Tutkimuksen tavoite 3 1.3 Tutkimusmenetelmä 4 1.4 Tutkimusaineisto 6 1.4.1 Käyttö- ja huolto-ohjeet 7 1.4.2 Tutkimusaineiston valinta 8 2 TUTKIMUSYMPÄRISTÖ 10 2.1 Rakenteinen teksti 10 2.1.1 Mikä rakenteinen teksti on? 10 2.1.2 Miksi SGML? 12 2.1.3 Metso Paper Oy:n SGML-dokumentaatiojärjestelmä 14 2.2 Käännösmuistiohjelma 16 2.2.1 Mikä käännösmuistiohjelma on? 16 2.2.2 Trados Translator’s Workbench 19 2.3 Kontrolloitu kieli 23 2.3.1 Mikä kontrolloitu kieli on? 24 2.3.2 Kontrolloitu kieli ja käännösmuistiohjelma 26 3 INFORMATION MAPPING -MENETELMÄ 28 3.1 Mikä Information Mapping -menetelmä on? 28 3.1.1 Menetelmän tausta 28 3.1.2 Menetelmää koskevat tutkimukset 30 3.1.3 Sovellusalueet ja vastaanotto 33 3.2 Menetelmän esittely 34 3.2.1 Informaatioyksiköt 34 3.2.2 Seitsemän periaatetta 36 3.2.3 Otsikkotyypit 41 3.2.4 Informaatiotyypit 43 3.2.5 Toimintaohje-informaatiotyyppi 45 4 MENETELMÄN SOVELTAMINEN TUTKIMUSYMPÄRISTÖÖN 53 4.1 Yhteensopivuus 53 4.1.1 Rakenteinen teksti ja Information Mapping 53 4.1.2 Käännösmuistiohjelma ja Information Mapping 55 4.1.3 Kontrolloitu kieli ja Information Mapping 57 4.2 Ongelmien ratkaisut 61 4.2.1 Kysymyslauseen muodossa olevat otsikot 61 4.2.2 Valintakysymykset ja päätöstaulukot 62 4.2.3 Luettelot 64 5 KÄÄNNÖSTESTI 65 5.1 Tarkasteltavat aineistot 65 5.1.1 Perinteisellä ja Information Mapping -menetelmällä laaditut aineistot 65 5.1.2 Aineistoanalyysi 66 5.2 Käännöstestin kulku 79 5.3 Tutkimustulokset 80 5.3.1 Osumat osumaprosenteittain 80 5.3.2 Osumat osumaprosenttiluokittain 83 5.3.3 Osumat tekstityypeittäin 86 5.3.4 Osumat valinta-askelten ehdoissa ja luetteloissa 93 6 JOHTOPÄÄTÖKSET 96 6.1 Tutkimustulosten arviointi 96 6.1.1 Information Mapping -menetelmän soveltaminen 97 6.1.2 Information Mapping -menetelmän vaikutus käännösmuistiohjelman toimintaan 99 6.2 Menetelmien arviointi 103 6.2.1 Information Mapping sisällöntuottomenetelmänä 103 6.2.2 Käännösmuistiohjelma tehokkuuden testausvälineenä 104 6.3 Information Mapping -menetelmän sovellusmahdollisuudet 105 6.4 Tutkimushaasteet 106 Lähteet 108 Liite 1: Information Mapping -menetelmän tehokkuutta mittaavat tutkimukset Liite 2: Yläterän irrotus Liite 3: Ylä- ja alaterän välisen raon tarkistus ja säätö Liite 4: Sisältöanalyysitaulukko Liite 5: Esimerkkejä etsityistä ja löydetyistä sumean osuman segmenteistä osumaprosenttiluokittain Русское резюме Приложение 1: Краткий глоссарий ключевых терминов метода Information Mappin

Yrityksen maine ja internet : verkon rooli maineenhallinnassa - verkon mahdollisuudet ja uhat

Only abstract. Paper copies of master’s theses are listed in the Helka database (http://www.helsinki.fi/helka). Electronic copies of master’s theses are either available as open access or only on thesis terminals in the Helsinki University Library.Vain tiivistelmä. Sidottujen gradujen saatavuuden voit tarkistaa Helka-tietokannasta (http://www.helsinki.fi/helka). Digitaaliset gradut voivat olla luettavissa avoimesti verkossa tai rajoitetusti kirjaston opinnäytekioskeilla.Endast sammandrag. Inbundna avhandlingar kan sökas i Helka-databasen (http://www.helsinki.fi/helka). Elektroniska kopior av avhandlingar finns antingen öppet på nätet eller endast tillgängliga i bibliotekets avhandlingsterminaler.Tutkimus käsittelee suomalaisyritysten maineenhallintaa verkossa. Painotus on kotimaisten tai Suomessa toimivien yritysten ja organisaatioiden viestinnässä ulkopuolisille tahoille kotisivujen välityksellä. Tutkimuksessa pohditaan myös sähköpostin, samoin kuin erilaisten verkkolehtien, uutisryhmien, keskustelu- ja chat-palstojen merkitystä maineenhallinnan näkökulmasta. Tutkimuskysymyksiä ovat seuraavat: mitkä tekijät vaikuttavat maineen muodostumiseen ja ylläpitoon verkossa? Miten tärkeä Internet on yrityksen maineelle, sen muodostumiselle ja hallinnalle? Mitkä ovat verkon, ennen kaikkea yrityksen kotisivujen, tuomat tärkeimmät mahdollisuudet maineenhallinnalle? Entä mitkä ovat verkon aiheuttamat uhkat? Kyseessä on laadullinen eli kvalitatiivinen tutkimus, johon on haastateltu teemahaastattelumenetelmällä viestinnän ja maineenhallinnan kokeneita asiantuntijoita. Yhteensä haastateltavia oli yhdeksän. Haastateltavista neljä toimi haastatteluhetkellä toimitusjohtajana viestintätoimistossa, yksi päätoimittajana maakuntalehdessä, yksi yliopistotutkijana, yksi tutkimusjohtajana julkisessa organisaatiossa ja kaksi organisaationsa verkkoviestinnästä vastaavina. Organisaatiot, joita kolme haastateltavista edustivat, ovat kaikki suuria, julkisia tai yksityisiä yrityksiä tai kuntayhtymiä. Tutkimuksen mukaan maine ei voi muodostua pelkästään verkon kautta, mutta verkko on siinä hyvä ja tärkeä apuväline. Useimmiten verkko koettiin välttämättömäksi viestintäkanavaksi, jossa jokaisen yrityksen on näyttävä jollain lailla julkisen kuvansa luomiseksi. Maineen rakentamiseen nähtiin tarvittavan henkilökohtaista kanssakäymistä ja vuorovaikutusta, jota verkko ei korvaa. Maineenhallinnan kannalta erityisen tärkeänä pidettiin yritysten www-sivustojen toimivuutta, ajantasaisuutta ja sen sisältämien tietojen luotettavuutta. Vältettävinä asioina viestinnässä pidettiin paikkansapitämättömien asioiden kertomista, totuuden suurentelua tai vääristelyä sekä itsestäänselvyyksien esittämistä. Myös tiedon nopea löytyminen koettiin tärkeäksi. Kotimaista verkko-osaamisen tasoa pidettiin yleisesti hyvänä tai erittäin hyvänä. Käytettävyyteen ja sisältöön tulisi kuitenkin kiinnittää tarkempaa huomiota. Erityisesti sisällön räätälöinti ja kohdentaminen eri käyttäjäryhmille vaativat kehittämistä. Verkon merkityksen arvioitiin lisääntyvän entisestään koko yrityksen liiketoiminnan, ei pelkästään viestinnän kannalta. Maineen arvioitiin muodostuvan yhä enemmän kohtaamisista verkossa, koska liiketoiminta siirtyy sinne enenevässä määrin. Myös ensikontaktin yritykseen nähtiin tapahtuvan useammin verkon kautta. Ratkaisevan tärkeäksi nähtiin verkon hyödyntäminen uudella tavalla niin, että erottautuu muista. Yrityksiltä toivottiin luovempaa ja rohkeampaa verkkoesiintymistä tekniikkaa ja muita medioita hyödyntäen. Keskustelupalstoilla ja blogeissa käytävää keskustelua olisi kyettävä seuraamaan jatkuvasti, ja siihen olisi myös tarvittaessa reagoitava nopeasti Tärkeimmät lähteet: - Aula, Pekka & Heinonen, Jouni (2002): Maine – Menestystekijä. WSOY, Helsinki. - Aula, Pekka & Mantere, Saku (2005): Hyvä yritys: Strateginen maineenhallinta. WSOY, Helsinki. - Heinonen, Jouni (2006): Mainejohtaja. WS Bookwell Oy, Helsinki. - Walsh, Terry (2002): E-commerce. The reputation vortex. Online reputation management. Spiro Business Guides, Rollinsford

Boreaaliset puut metaanin lähteenä kasvukauden alussa

Metaani (CH4) on yksi tärkeimmästä kasvihuonekaasusta. Sen ilmastoa lämmittävä vaikutus on 100 vuoden lämmi-tyspotentiaalina 28-kertainen hiilidioksidiin verrattuna. Lisäksi metaanin määrä ilmakehässä on yli kaksinkertaistunut esiteollisen ajan alun jälkeen ja sen lähteiden tuntemisessa on puutteita. Ilmakehän metaanista suurimman osan on arveltu olevan peräisin anaerobisissa olosuhteissa tapahtuvasta metanogeneesistä. Boreaaliset metsät on mielletty CH4-nieluiksi maan hapellisessa kerroksessa tapahtuvan metaaninsitoutumisen vuoksi. Myös puut toimivat CH4-lähteinä joko helpottamalla maassa anaerobisesti syntyneen metaanin pääsyä ilmakehään tai tuottamalla sitä itse. Vaikka ensimmäiset havainnot puiden CH4-päästöistä tehtiin jo lähes 20 vuotta sitten, on vasta viimeaikainen tutkimus osoittanut että puiden CH4-päästöt voivat vaikuttaa huomattavasti metsien CH4-taseeseen. Suurimpien arvioiden mu-kaan puiden vapauttaman metaanin osuus on jopa 10–40 % globaalista CH4-budjetista. Puiden CH4-päästöjen tutki-mus on tähän asti suuntautunut enimmäkseen trooppiselle ja temperaattiselle kasvillisuusvyöhykkeelle, mutta tutki-mus boreaalisella kasvillisuusvyöhykkeellä on jäänyt vähäiseksi. Tämän pro gradu -työn tavoitteena on arvioida boreaalisella havumetsävyöhykkeellä tavanomaisesti esiintyvien kah-den puulajin, hieskoivun (Betula pubescens) ja kuusen (Picea abies), CH4-vuota ja sen vaihtelua kasvukauden alussa. Työn aineistona on käytetty 28.4.–11.6.2015 Hyytiälässä kahdella eri koealalla havaittuja puiden ja metsänpohjan CH4-voita, jotka on mitattu hieskoivujen ja kuusien rungoista ja oksista käyttäen suljettua kammiomittausmenetelmää. Koealoina olivat soistunut alue (metsäkortekorpi), jolta valittiin 4 koepuuta (2 hieskoivua, 2 kuusta) ja kivennäismaa-alue (kuivahko kangas), jolta valittiin yksi koepuu (hieskoivu). Tutkimuksissa havaittiin, että sekä hieskoivut että kuuset toimivat CH4-lähteinä rungoista ja oksista, vaikka ne myös ajoittain sitoivat metaania. Havaitut CH4-vuot olivat suuruusluokaltaan hyvin vaihtelevia. Suurimmat CH4-päästöt ha-vaittiin soistuneella kasvupaikalla kasvavien hieskoivujen rungoista, joissa runkopinta-ala kohtaiset päästöt vähenivät eksponentiaalisesti puun pituusprofiilissa tyvestä latvaa, ja rungon tyveltä mitatut suurimmat päästöt myös kasvoivat kevään edetessä. Soistuneella koealalla puiden runkojen CH4-vuo korreloi maalämpötilojen kanssa sekä positiivisesti (hieskoivut) että negatiivisesti (kuuset). Sadekertymän havaittiin korreloivan negatiivisesti koivujen runkojen vuon kanssa. Muilla taustamuuttujilla (esim. ilman lämpötila, säteily, mahlan virtausnopeus) ei ollut havaittavaa yhteyttä puiden CH4-vuohon. Korrelaatioita ei myöskään havaittu kivennäismaakohteella olleen hieskoivun keskiarvoisten CH4-voiden ja taustamuuttujien välillä. Puiden CH4-vuosta tehtiin yleistys metsikkötasolle, mikä osoitti kuusien päästö-jen (6,15 g ha−1 vrk−1) olevan suurempia kuin hieskoivujen päästöt (5,82 g ha−1 vrk−1) johtuen kuusien oksiin sitoutu-neesta suuremmasta biomassan määrästä verrattuna hieskoivuihin. Tästä syystä kuuset voivat olla merkittävämpiä metaanin vapauttajia kuin hieskoivut. Työn tulokset vahvistavat aiempien tutkimusten havainnot puiden CH4-päästöistä ja osoittavat että myös boreaalisen kasvillisuusvyöhykkeen puilla voi olla merkittävä rooli globaalissa CH4-budjetissa, jossa puiden CH4-vuota ei ole tähän asti lainkaan huomioitu. Hieskoivujen ja kuusien erilainen vaste kasvukauden alkuun, maalämpötilaan ja sateisuuteen viittaa puulajien välisiin eroihin CH4-vuota säätelevissä tekijöissä tai metaanin kuljetukseen liittyvässä fysiologiassa

Tiedon vai keskustelun julkisuus? : Objektiivisuuden ja julkisen keskustelun argumentit yhdysvaltalaisessa kansalaisjournalismissa

Työ tarkastelee yhdysvaltalaista kansalaisjournalismi-liikettä ja siitä käytyä keskustelua 1990- ja 2000-luvuilla. Näkökulmana toimii journalistisen objektiivisuuden käsite. Pyrkimyksenä on luoda kriittinen katsaus kansalaisjournalismi-liikkeen, siitä käydyn keskustelun ja objektiivisuuden käsitteen suhteeseen. Aineistoksi on valittu Yhdysvalloista journalismin ja viestinnän alan tieteellisiä aikakauslehtiä sekä yksi sikäläinen journalistien ammattilehti. Kansalaisjournalismi (public journalism) on Yhdysvalloissa 1990-luvun alussa syntynyt liike, joka painottaa median tehtävää yhteiskunnallisen keskustelun synnyttäjänä ja ylläpitäjänä. Liikkeen mukaan median tulee sekä raportoida yhteisöllisistä ongelmista että samalla toimia aktiivisesti niiden ratkaisemiseksi. Yksi kansalaisjournalismi-keskustelun keskeinen kysymys on ollut, luopuuko toimittaja erillisyydestä ja puolueettomuudesta julkista keskustelua aktiivisesti luodessaan. Työn lähtökohtana on, että objektiivisuuden määrittely vaikuttaa käsitykseen journalistisen tiedon synnystä ja funktiosta. Perinteisen journalismin mukaan julkinen keskustelu perustuu tiedolle. Keskustelevuuden ideasta ammentaneet kansalaisjournalistit taas ajattelevat, että julkinen keskustelu voi tuottaa tietoa. Työ asettaa kaksi tutkimuskysymystä. Ensinnäkin selvitetään, miten objektiivisuuden ja julkisen keskustelun suhde on määritelty liikkeen sisällä sekä siitä käydyssä keskustelussa. Toiseksi analysoidaan, miten kansalaisjournalismin tavoite edistää julkista keskustelua rakentuu argumentatiivisesti liikkeestä käydyssä väittelyssä. Toiseen tutkimuskysymykseen vastataan uuden retoriikan perinteeseen kuuluvan Stephen Toulminin argumentaation analyysimallin avulla. Työn teoreettisena viitekehyksenä toimii keskustelevan julkisuuden teoria. Siihen sisällytetään yhdysvaltalainen filosofinen pragmatismi, lehdistön sosiaalisen vastuun teoria ja deliberatiivinen demokratiateoria. Objektiivisuuden käsitettä esitellään tietoteoreettisesti todellisuuden ja sanoman suhdetta kuvaavana ilmiönä sekä journalismin tutkimuksen näkökulmasta historiallisesti syntyneenä normina ja kritiikin kohteena. Tulos ensimmäiseen tutkimuskysymykseen on, että journalismin objektiivisuuden ja julkisen keskustelun suhde on määritelty kansalaisjournalismi-väittelyssä kolmen eri argumentaatioposition kautta. Nämä positiot ovat kansalaisjournalistien valitsema julkisen keskustelun edistäminen, traditionaalisen journalismin valitsema julkisuuden tarkkaileminen ja tutkijoiden konstruktionistisesta lähtökohdasta valitsema julkisuuden rakentaminen. Tuloksena toiseen tutkimuskysymykseen työ erittelee argumentatiivisia lähtötietoja, perusteita ja taustatukia kansalaisjournalismin päämäärälle edistää julkista keskustelua. Päätelmissä esitetään, että näistä argumentaation osista muodostuu keskustelussa kaksi jännitettä. Ensimmäinen on keskustelun edistämisen ja todellisuuden rakentamisen välinen jännite. Sen takia kansalaisjournalismin on päätettävä, ottaako se kantaa journalismin todellisuutta rakentavaan vaikutukseen julkisen keskustelun edistämisen prosessissa. Toinen jännite on konsensuksen ja jakaantuneiden julkisuuksien välinen. Se pakottaa liikkeen määrittelemään, mikä ja kuka on se kansalainen ja yhteisö, jonka keskustelua liike edistää. Tärkeimmät käytetyt lähteet ovat teoreettisen viitekehyksen osalta John Dewey, Walter Lippmann, James W. Carey ja Michael Schudson. Kansalaisjournalismin tärkeimmät lähteet ovat Jay Rosen, Davis Merritt, Heikki Heikkilä ja Risto Kunelius. Analyysimenetelmän osalta tärkein lähde on Stephen Toulmin

Bis[2-(1-imino­eth­yl)phenolato-κ2 N,O]nickel(II)

There are one and a half independent mol­ecules in the asymmetric unit of the title compound, [Ni(C8H8NO)2], one of which is situated on an inversion center. In both mol­ecules, the NiII ion is coordinated by two O and two N atoms from two Schiff base ligands in an approximate square-planar geometry. Inter­molecular N—H⋯O hydrogen bonds link three mol­ecules into centrosymmetric trimer. The crystal packing exhibits weak inter­molecular C—H⋯O hydrogen bonds and voids of 37 Å3

Notch-ligandi Jagged1 suojaa DNA:n eheyttä

Rintasyöpä on maailmanlaajuisesti naisten yleisin syöpätyyppi. Syövän tunnusmerkkejä ovat muun muassa kasvanut DNA-vaurioiden määrä sekä muutokset solujen normaalissa kasvussa ja ohjelmoidussa solukuolemassa. Osana Notch-soluviestintää Jagged1 osallistuu soluissa edellä mainittuihin prosesseihin. Jagged1:n korkea ilmentyminen on liitetty aggressiivisiin,huonon ennusteen rintasyöpiin, mikä tekee Jagged1:stä mielenkiintoisen ja potentiaalisen kohteen tulevaisuudessa kohdennetummille syöpähoidoille. Erikoistyön tavoitteena oli selvittää Jagged1:n vaikutus DNA:n eheyden suojaamiseen replikaatiostressin ja mitoosin aikana. DNA-vaurioita tutkittiin MDA-MB-231-rintasyöpäsoluissa, joista käytössä oli villityyppi (WT) sekä Jagged1-hiljennetty (Jag1KO) solulinja. Soluihin aiheutettiin replikaatiostressiä hydroksiureakäsittelyllä, ja sen vaikutusta soluihin seurattiin hyödyntämällä Western blot -menetelmää sekä immunofluoresenssivärjäystä. Lisäksi tutkimuksessa selvitettiin, onko Jagged1:n puuttumisella vaikutus mitoosiin. Osana projektia oli myös immunosaostuksen avulla varmistaa mitoottisista ihmisen alkion munuaissoluista (engl. human embryonic kidney cells, HEK; soluissa Jagged1 yli-ilmennetty) massaspektrometrialla saatu tulos Jagged1:n proteiini–proteiinivuorovaikutuksesta p53:n kanssa Jag1KO-soluissa havaittiin alentunut replikaatiostressivaste. Jag1KO-soluissa havaittiin enemmän katkoksia DNA:n kaksoissäikeessä verrattaessa WT-soluihin eli Jagged1:n puuttuminen aiheutti soluihin DNA-vaurioita. Proliferaatiokokeessa nähtiin myös, että Jag1KO-solut jakautuivat hitaammin kuin WT-solut. Tämän lisäksi Jag1KO-soluissa mitoosi oli hitaampaa. Massaspektrometriasta saatu tulos Jagged1:n ja p53:n välisestä vuorovaikutuksesta mitoottisissa HEK-soluissa saatiin varmennettu

Janus Kinases in Leukemia

Simple Summary Janus kinase/signal transducers and activators of transcription (JAK/STAT) pathway is a crucial cell signaling pathway that drives the development, differentiation, and function of immune cells and has an important role in blood cell formation. Mutations targeting this pathway can lead to overproduction of these cell types, giving rise to various hematological diseases. This review summarizes pathogenic JAK/STAT activation mechanisms and links known mutations and translocations to different leukemia. In addition, the review discusses the current therapeutic approaches used to inhibit constitutive, cytokine-independent activation of the pathway and the prospects of developing more specific potent JAK inhibitors. Janus kinases (JAKs) transduce signals from dozens of extracellular cytokines and function as critical regulators of cell growth, differentiation, gene expression, and immune responses. Deregulation of JAK/STAT signaling is a central component in several human diseases including various types of leukemia and other malignancies and autoimmune diseases. Different types of leukemia harbor genomic aberrations in all four JAKs (JAK1, JAK2, JAK3, and TYK2), most of which are activating somatic mutations and less frequently translocations resulting in constitutively active JAK fusion proteins. JAKs have become important therapeutic targets and currently, six JAK inhibitors have been approved by the FDA for the treatment of both autoimmune diseases and hematological malignancies. However, the efficacy of the current drugs is not optimal and the full potential of JAK modulators in leukemia is yet to be harnessed. This review discusses the deregulation of JAK-STAT signaling that underlie the pathogenesis of leukemia, i.e., mutations and other mechanisms causing hyperactive cytokine signaling, as well as JAK inhibitors used in clinic and under clinical development.Peer reviewe