Synthesis of glucuronoxylan in higher and lower plants

The hemicellulose glucuronoxylan (GX) is the second most abundant polysaccharide after cellulose in the secondary cell walls of angiosperms and contributes significantly to the properties of wood as raw materials. Despite this, very little is known about the biosynthesis of hemicellulose. The thesis is based on studies performed in Physcomitrella patens, Arabidopsis thaliana, and Populus plants with the aim to increase the understanding of glucuronoxylan synthesis, and with main focus on the role of the IRX10 gene family. A number of genes have proven to be involved in GX biosynthesis in Arabidopsis, namely IRREGULAR XYLEM (IRX) 9, IRX14, IRX8, FRAGILE FIBER (FRA) 8 and PARVUS. This thesis presents two new genes, IRX10 and its close homolog IRX10- LIKE (L), which can now be added to the group of presumed GX biosynthesis genes. In addition, identification and characterisation of three homologs (IRX9-L, IRX14-L and F8H) of previously identified GX synthesis genes is described. Complementation experiments and morphological studies confirmed redundancy between the IRX9 and IRX9-L, IRX14 and IRX14-L, and the FRA8 and F8H pairs of genes in Arabidopsis. A bioinformatics based approach has led to the identification of four putative homologs in Populus trichocarpa (PtGT47A-1, PtGT47A-2, PtGT47D-1, and PtGT47D-4) of AtIRX10, and one putative homolog from Physcomitrella (PpGT47D). Experiments further confirmed functional conservation between the Arabidopsis (IRX10) and Populus GT47A proteins, and partial functional conservation between the Populus GT47D, the Physcomitrella GT47D and Arabidopsis IRX10 proteins. The work supports the existence of an Arabidopsis GX backbone biosynthesis complex in which AtIRX10 and AtIRX10-L form an essential component together with AtIRX9 and AtIRX14. It also suggests that parts of the GX biosynthesis machinery are conserved across embryophytes. Finally, work presented in this thesis indicates that the IRX10 gene family has gone through a subfunctionalisation event during the evolution

Impaired Spleen Formation Perturbs Morphogenesis of the Gastric Lobe of the Pancreas

Despite the extensive use of the mouse as a model for studies of pancreas development and disease, the development of the gastric pancreatic lobe has been largely overlooked. In this study we use optical projection tomography to provide a detailed three-dimensional and quantitative description of pancreatic growth dynamics in the mouse. Hereby, we describe the epithelial and mesenchymal events leading to the formation of the gastric lobe of the pancreas. We show that this structure forms by perpendicular growth from the dorsal pancreatic epithelium into a distinct lateral domain of the dorsal pancreatic mesenchyme. Our data support a role for spleen organogenesis in the establishment of this mesenchymal domain and in mice displaying perturbed spleen development, including Dh +/−, Bapx1−/− and Sox11−/−, gastric lobe development is disturbed. We further show that the expression profile of markers for multipotent progenitors is delayed in the gastric lobe as compared to the splenic and duodenal pancreatic lobes. Altogether, this study provides new information regarding the developmental dynamics underlying the formation of the gastric lobe of the pancreas and recognizes lobular heterogeneities regarding the time course of pancreatic cellular differentiation. Collectively, these data are likely to constitute important elements in future interpretations of the developing and/or diseased pancreas

Utility of Pathology Imagebase for Standardization of Prostate Cancer Grading

Aims: Despite efforts to standardise grading of prostate cancer, even among experts there is still a considerable variation in grading practices. In this study we describe the use of Pathology Imagebase, a novel reference image library, for setting an international standard in prostate cancer grading. Methods and results: The International Society of Urological Pathology (ISUP) recently launched a reference image database supervised by experts. A panel of 24 international experts in prostate pathology reviewed independently microphotographs of 90 cases of prostate needle biopsies with cancer. A linear weighted kappa of 0.67 (95% confidence interval = 0.62-0.72) and consensus was reached in 50 cases. The interobserver weighted kappa varied from 0.48 to 0.89. The highest level of agreement was seen for Gleason score (GS) 3 + 3 = 6 (ISUP grade 1), while higher grades and particularly GS 4 + 3 = 7 (ISUP grade 3) showed considerable disagreement. Once a two-thirds majority was reached, images were moved automatically into a public database available for all ISUP members at www.isupweb.org. Non-members are able to access a limited number of cases. Conclusions: It is anticipated that the database will assist pathologists to calibrate their grading and, hence, decrease interobserver variability. It will also help to identify instances where definitions of grades need to be clarified

Imaging the pancreas : new aspects on lobular development and adult constitution

The mouse pancreas is a mixed exocrine and endocrine glandconsisting of three lobular compartments: the splenic, duodenal and gastric lobes. During embryogenesis, the pancreas forms from two progenitor populations located on the dorsal and ventral side of the primitive gut tube. These anlagen are brought in close proximity as the gut elongates and rotates, and fuse to form a single organ. The splenic and duodenal lobes develop from the dorsal and ventral anlagen, respectively. In the adult pancreas, exocrine tissue secretes digestive enzymes intothe gut lumen to support nutrient uptake. The endocrine Islets of Langerhans are scattered throughout the exocrine tissue and aid in regulation of energy homeostasis through the secretion of hormones. One of the key players in energy homeostasis is the pancreatic ß-cell, which is the most abundant cell type of the islets. The β-cells regulates blood glucose levels through the action of insulin. Conditions where this regulation does not function properly are gathered under the common name of Diabetes mellitus. Type 1 diabetes (T1D) is characterized by insulin deficiency due to autoimmune destruction of the ß-cells. Using recently developed protocols for optical projection tomography (OPT) whole-organ imaging, we have revealed new spatial and quantitative aspects on ß-cell mass dynamics and immune infiltration during the course of T1D development in the non-obese diabetic (NOD) mouse model. We show that although immune infiltration appears to occur asynchronously throughout the organ, smaller islets, mainly located in the periphery of the organ, preferentially loose their ß-cells during early stages of disease progression. Larger islets appear more resistant to the autoimmune attack and our data indicate the existence of a compensatory proliferative capacity within these islets. We also report the appearance of structures resembling tertiary lymphoid organs (TLOs) in association with the remaining islets during later phases of T1D progression. OPT has already proven to be a useful tool for assessments of ß-cellmass in the adult mouse pancreas. However, as with other techniques, previous protocols have relied on a tedious degree of manual postivacquisition editing. To further refine OPT-based assessment of pancreatic ß-cell mass distribution in the murine pancreas, we implemented a computational statistical approach, Contrast-Limited Adaptive Histogram Normalisation (CLAHE), to the OPT projection data of pancreata from C57Bl/6 mice. This methodology provided increased islet detection sensitivity, improved islet morphology and diminished subjectivity in thresholding for reconstruction and quantification. Using this approach, we could report a substantially higher number of islets than previously described for this strain and provide evidence of significant differences in islet mass distribution between the pancreatic lobes. The gastric lobe stood out in particular and contained a 75% higher islet density as compared to the splenic lobe. Although the development of the early pancreatic buds has been relatively well studied, later morphogenetic events are less clear and information regarding the formation of the gastric lobe has largely been missing. Using OPT we have generated a quantitative three-dimensional road map of pancreatic morphogenesis in the mouse. We show that the gastric lobe forms as a perpendicular outgrowth fromthe stem of the dorsal pancreas at around embryonic day (e) 13.5, which grows into a mesenchymal domain overlaying the pyloric sphincter and proximal part of the glandular stomach. By analyzing mutant mice with aberrant spleen development, we further demonstrate that proper formation of the gastric lobe is dependent on the initial formation of the closely positioned spleen, indicating a close interplay between pancreatic and splenic mesenchyme during development. Additionally, we show that the expression profile of markers for pancreatic multipotent progenitors within the pancreas is heterogenous with regards to lobular origin. Altogether, our studies regarding the morphogenesis and adult constitution of the mouse pancreas recognize lobular heterogeneities that add important information for future interpretations of this organ

The City as a Resource in History Teaching : A Thematic Analysis of how Students Perceive the Importance of Place when Learning Local History

I de skandinaviska länderna är det många lärare som använder närmiljön i undervisningen, men trots detta finns det lite forskningsbaserad kunskap om det praktiska genomförandet. Den forskning som finns är till största del inriktad på miljö, vetenskapliga och geografiska ämnen och få mot historieämnet. Malmö Stad har gjort en satsning att ta fram lektionsmaterial till skolorna där platsbaserat lärande är kopplat till historieundervisningen. Den här studien handlar om elever, som använt sig av lektionsmaterialet, uppfattar att platser som inkluderas i undervisningen påverkar deras lärande. Studiens frågeställningar: På viket sätt inkluderar eleverna ett historiskt perspektiv i sina berättelser om den valda platsen? På vilket sätt beskriver eleverna att platsmedveten undervisning påverkar deras lärande? I den här kvalitativa studien med abduktiv ansats undersöks om den enskilda eleven upplever att de fysiska platser i staden som inkluderas i historieundervisningen ses som en läranderesurs. Detta har gjorts genom semistrukturerade intervju för att ge var och en av respondenterna möjlighet att utveckla sina svar till så stor del som möjligt, men även att kunna ge relevanta följdfrågor. Respondenternas berättelser har sedan analyserats utifrån analysmetoden tematisk analys. Tematisk analys är en metod för att identifiera, analysera och presentera mönster i förhållande till forskningsfrågorna och är inte knutet till ett specifikt teoretiskt ramverk. Forskaren utgår från tidigare forskning där resultaten har visat att platsbaserat lärande och utomhuspedagogik har positiva effekter på elevernas lärande. I studien ingår 16 elever, två från språkintroduktionen, nio från årskurs 5 och fem från årskurs 8. Utifrån elevernas berättelser dras slutsatsen att de positiva effekter som lärarna planerade för, att förstärka och fördjupa klassrumsundervisningen, aktivera olika sinnen, ökad autenticitet, erfarenheter, konkretisering av abstrakt innehåll och variation för att möta olika elevers behov, kunde utläsas i 14 av de 16 respondenternas svar. Eleverna inkluderade ett historiskt perspektiv i sina berättelser. Varje individ har sin uppfattning om lärande och när man lär. Med olika exempel beskrev 14 av de 16 respondenterna att platserna på något sätt ökat deras lärande, men att det är en pusselbit av flera

En kartläggning av arbetet med slutdokumentation : En fallstudie

Byggprocessen är komplex, stor och väldigt omfattande. Det innefattar många delar och samarbeten mellan flera olika aktörer. Inom byggbranschen så tittas det hela tiden på hur det kan optimeras genom att förbättra logistiklösningar, minska slöseri och fler lösningar för att spara på både pengar och miljö. Det finns flera delar i byggprocessen och en del är slutskedet/överlämnandet, vilken är den avslutande delen av projekten där beställaren övertar slutprodukten från den utförande entreprenören. Slutskedet innefattar bland annat slutbesiktning och överlämnande av slutdokumentation/slutpärm. Just upprättandet och överlämnandet av slutdokumentationen är ett arbete som inte undersökts mycket och upplevs ej i byggbranschen som ett uppskattat arbete och hamnar ofta i kläm och utförs i sista sekund med bristande kvalitet. Den här rapporten är det avslutande arbetet för en Civilingenjörsexamen inom Väg- och Vattenbyggnad och avhandlar en studie kring just slutdokumentationsprocessen. Studien har genomförts i samarbete med Skanska Sverige AB och har fokuserat på att kartlägga organisationens arbete kring slutdokumentation, samt att identifiera förbättringsmöjligheter inom området. Det är en generell kartläggning och är inte specificerad på något specifikt projekt och är begränsad till att endast undersöka entreprenörens arbete med slut-dokumentation.Syftet med studien är att öka förståelsen för slutdokumentationsupprättandet och att undersöka hur organisationen tycker arbetet fungerar idag, vilka för och nackdelar det finns med dagens metoder samt hur de önskar att det ska fungera i framtiden. Det är ett komplext ämne, slutdokumentation, därför har en kvalitativ metod i form av en intervjustudie utförts. Utöver intervjustudie har också en litteraturstudie utförts samt ett fokusgrupptillfälle för upprättande av processkartläggning via SIPOC (suppliers, inputs, process, outputs, customers) och BPMN (business process modeling notation). Sex stycken intervjuer hölls och ett fokusgrupptillfälle med fyra medarbetare, medarbetarna från både intervjuerna och fokusgruppen hade blandade befattningar och olika lång arbetserfarenhet. Resultatet mynnade ut i processkartläggningar på hur processen ser ut idag, både med avseende på externa beroenden och de interna processerna. Intervjustudien visade på att många delar av processen beror av hur insatt beställaren av projektet är samt hur engagerad den är kring slutdokumentation. Ett ytterligare ”problem” som identifierades var att syftet med slutdokumentation är väldigt splittrat bland organisationen. Det finns en otydlighet kring vad syftet med arbetet är. Intervjustudien visar på att vissa av medarbetarna ser på slutdokumentationen endast som en ”pappersprodukt”. De förbättringsmöjligheter som identifierats är att medarbetarna önskar att det finns bättre rutiner kring slutdokumentationsprocessen. Det visade även på en stor önskan att få lyfta in arbetet med slutdokumentation tidigt i projektet för att inte behöva sitta med arbetet i slutet av projektet och stressa ihop det. Ett standardiserat arbete inom organisationen önskas.The construction process is complex and very substantial. It involves many different parts and interaction between different working parties. Within the construction industry they always seem to be looking for improvements in logistics, how to decrease waste and more solutions on how to lower costs and the environmental impacts. There are several parts in the construction process, one is the final stage/delivery, which is the part where the entrepreneur hands over the project to the customer. The final stage includes, amongst other, final inspection and delivery of the final project documents. The establishment and delivery of the final project documents is a work not appreciated by the industry and is often overlooked and comes in second hand with low quality. This report is the final work at the Civil engineering program and includes a study especially on the work for the final project documents. The study has been completed together with Skanska Sweden AB and have been focused on mapping out how the work is accomplished today, also to look at possibilities of improvement in this work area. It is a general mapping which is not specified on one specific project, it is also only focused on the entrepreneurs’ perspective of the process. The purpose of the study is to increase the knowledge of the final project documents establishment, and to investigate how the organization experience the process today. It focuses on what the advantages and disadvantages are today and on how the workers want it to be in the future. It is considered a complex subject, final project documents establishment, that is why a qualitative method has been used, in form of a study with interviews. Addition to the interviews a literature study and a focus group study has been accomplished. The focus group study is used for establishing a process map via SIPOC (suppliers, inputs, process, outputs, customers) and BPMN (business process modeling notation). Six interviews and one focus group including four workers was accomplished. The workers in both the interviews and the focus group includes people with different work positions and years of work experience. The result fell into process mapping of how the work is done today both depending on the external forces and the internal processes. The interview study showed that a lot in the process is dependent on how the customer acts. Another identified “problem” is how the purpose of the final project documents is unknown within the organization. There is a vagueness in what it really is. The study shows that some of the workers sees the final project documents only as papers that are delivered to the customers, barely nothing else. The improvements that were identified was the fact that the workers want the beginning of the establishment of these documents to start earlier in the construction process. They also want better routines considering the process. They want a standardized way on establishing the final project documents, within the organization

En kartläggning av arbetet med slutdokumentation : En fallstudie

Byggprocessen är komplex, stor och väldigt omfattande. Det innefattar många delar och samarbeten mellan flera olika aktörer. Inom byggbranschen så tittas det hela tiden på hur det kan optimeras genom att förbättra logistiklösningar, minska slöseri och fler lösningar för att spara på både pengar och miljö. Det finns flera delar i byggprocessen och en del är slutskedet/överlämnandet, vilken är den avslutande delen av projekten där beställaren övertar slutprodukten från den utförande entreprenören. Slutskedet innefattar bland annat slutbesiktning och överlämnande av slutdokumentation/slutpärm. Just upprättandet och överlämnandet av slutdokumentationen är ett arbete som inte undersökts mycket och upplevs ej i byggbranschen som ett uppskattat arbete och hamnar ofta i kläm och utförs i sista sekund med bristande kvalitet. Den här rapporten är det avslutande arbetet för en Civilingenjörsexamen inom Väg- och Vattenbyggnad och avhandlar en studie kring just slutdokumentationsprocessen. Studien har genomförts i samarbete med Skanska Sverige AB och har fokuserat på att kartlägga organisationens arbete kring slutdokumentation, samt att identifiera förbättringsmöjligheter inom området. Det är en generell kartläggning och är inte specificerad på något specifikt projekt och är begränsad till att endast undersöka entreprenörens arbete med slut-dokumentation.Syftet med studien är att öka förståelsen för slutdokumentationsupprättandet och att undersöka hur organisationen tycker arbetet fungerar idag, vilka för och nackdelar det finns med dagens metoder samt hur de önskar att det ska fungera i framtiden. Det är ett komplext ämne, slutdokumentation, därför har en kvalitativ metod i form av en intervjustudie utförts. Utöver intervjustudie har också en litteraturstudie utförts samt ett fokusgrupptillfälle för upprättande av processkartläggning via SIPOC (suppliers, inputs, process, outputs, customers) och BPMN (business process modeling notation). Sex stycken intervjuer hölls och ett fokusgrupptillfälle med fyra medarbetare, medarbetarna från både intervjuerna och fokusgruppen hade blandade befattningar och olika lång arbetserfarenhet. Resultatet mynnade ut i processkartläggningar på hur processen ser ut idag, både med avseende på externa beroenden och de interna processerna. Intervjustudien visade på att många delar av processen beror av hur insatt beställaren av projektet är samt hur engagerad den är kring slutdokumentation. Ett ytterligare ”problem” som identifierades var att syftet med slutdokumentation är väldigt splittrat bland organisationen. Det finns en otydlighet kring vad syftet med arbetet är. Intervjustudien visar på att vissa av medarbetarna ser på slutdokumentationen endast som en ”pappersprodukt”. De förbättringsmöjligheter som identifierats är att medarbetarna önskar att det finns bättre rutiner kring slutdokumentationsprocessen. Det visade även på en stor önskan att få lyfta in arbetet med slutdokumentation tidigt i projektet för att inte behöva sitta med arbetet i slutet av projektet och stressa ihop det. Ett standardiserat arbete inom organisationen önskas.The construction process is complex and very substantial. It involves many different parts and interaction between different working parties. Within the construction industry they always seem to be looking for improvements in logistics, how to decrease waste and more solutions on how to lower costs and the environmental impacts. There are several parts in the construction process, one is the final stage/delivery, which is the part where the entrepreneur hands over the project to the customer. The final stage includes, amongst other, final inspection and delivery of the final project documents. The establishment and delivery of the final project documents is a work not appreciated by the industry and is often overlooked and comes in second hand with low quality. This report is the final work at the Civil engineering program and includes a study especially on the work for the final project documents. The study has been completed together with Skanska Sweden AB and have been focused on mapping out how the work is accomplished today, also to look at possibilities of improvement in this work area. It is a general mapping which is not specified on one specific project, it is also only focused on the entrepreneurs’ perspective of the process. The purpose of the study is to increase the knowledge of the final project documents establishment, and to investigate how the organization experience the process today. It focuses on what the advantages and disadvantages are today and on how the workers want it to be in the future. It is considered a complex subject, final project documents establishment, that is why a qualitative method has been used, in form of a study with interviews. Addition to the interviews a literature study and a focus group study has been accomplished. The focus group study is used for establishing a process map via SIPOC (suppliers, inputs, process, outputs, customers) and BPMN (business process modeling notation). Six interviews and one focus group including four workers was accomplished. The workers in both the interviews and the focus group includes people with different work positions and years of work experience. The result fell into process mapping of how the work is done today both depending on the external forces and the internal processes. The interview study showed that a lot in the process is dependent on how the customer acts. Another identified “problem” is how the purpose of the final project documents is unknown within the organization. There is a vagueness in what it really is. The study shows that some of the workers sees the final project documents only as papers that are delivered to the customers, barely nothing else. The improvements that were identified was the fact that the workers want the beginning of the establishment of these documents to start earlier in the construction process. They also want better routines considering the process. They want a standardized way on establishing the final project documents, within the organization

Laborations for Intregration and To Learn Natural Science? : Aspects on an Investigatory Session.

I den här studien har en naturvetenskaplig laboration genomförts som en gemensam aktivitet för en gymnasieklass som läser Biologi 1 och en språkintroduktionsklass som läser NO. Aktiviteten har sedan utvärderats med avseende på elevernas tillägnande av det naturvetenskapliga innehållet, deras användande av naturvetenskapligt språk, vilka kommunikationsvägar som uppstod, elevernas försök till samarbete, samt elevernas och lärarnas subjektiva upplevelser. Studien visade att den här typen av aktiviteter är genomförbara på ett mycket heterogent elevunderlag avseende både etniska-, sociala och förkunskapsmässiga faktorer. De naturvetenskapliga laborationerna har därmed en potential i att fungera som verktyg både i ämnesinlärning och som arena för integration. Vidare visade studien på behovet av kommunikationsverktyg utöver listor med ämnesspecifika ord och begrepp både för elever med svenska som andraspråk och med svenska som modersmål. För utveckling av det naturvetenskapliga språket föreslås en utförligare uppföljning av laborationsaktiviteten än den som gjordes inom ramen för den här studien