Análise da expressão gênica diferencial em ostras-do-pacífico Crassostrea gigas expostas a esgoto doméstico in situ

Dissertação (mestrado) - Univesidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2009Nas últimas décadas, a contaminação dos ecossistemas marinhos tem aumentado como consequência da atividade humana, expondo os organismos a uma variedade de contaminantes oriundos da atividade industrial, agricultura e efluentes urbanos. O despejo de esgoto doméstico é a principal fonte de contaminação em ambientes costeiros e é considerado como uma das principais causas da diminuição da qualidade destes ecossistemas. Estudos que vêm sendo desenvolvidos no Laboratório de Biomarcadores de Contaminação Aquática e Imunoquímica visam a identificação e validação de novos biomarcadores de exposição ao esgoto doméstico em ostras para que possam ser futuramente utilizadas em programas de avaliação e biomonitoramento dos efeitos tóxicos causados por estes contaminantes. Este trabalho está dividido em dois capítulos. No primeiro capítulo são apresentados os resultados de experimentos realizados com ostras Crassostrea gigas expostas em um ambiente contaminado por esgoto doméstico. Foram analisadas a expressão de alguns genes previamente identificados em uma biblioteca subtrativa supressiva de cDNA em brânquias de C. gigas expostas a esgoto doméstico em condições de laboratório. A expressão do gene FABP apresentou uma indução significativa (28x) após 24 h de exposição, enquanto o gene GSTO obteve um aumento significativo na expressão após 1, 2 e 7 dias de exposição (8, 3.5 e 3.3x respectivamente). No segundo capítulo estão apresentados os resultados e uma discussão sobre os genes ativados e identificados em uma biblioteca subtrativa supressiva de cDNA em glândula digestiva de ostras C. gigas expostas por 24h no ambiente, sob condições de exposição real ao esgoto doméstico não tratado. Genes de diferentes categorias de função biológica foram encontrados após buscas no GenBank, incluindo alguns relacionados a resposta ao estresse, classe tipicamente utilizada em programas de biomonitoramento como biomarcadores moleculares de exposição. Também foram identificados genes relacionados com a o citoesqueleto, cadeia respiratória, desenvolvimento e diferenciação, divisão celular, metabolismo básico, maquinaria transcricional e traducional, transporte e armazenamento. Ambos trabalhos complementam os estudos em andamento no laboratório, ajudando na viabilização de metodologias práticas para o monitoramento de recursos marinhos utilizando organismos sentinela

De Novo Transcriptome Assembly For The Tropical Grass Panicum Maximum Jacq.

Guinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcriptome of P. maximum using high-throughput sequencing. The biological information provided here will aid in gene expression studies and marker-assisted selection-based breeding research in tropical grasses.8e7078

O Uso do Sequenciamento Total do Exoma no Diagnóstico do Adenocarcinoma Ductal Pancreático

  Introdução: O adenocarcinoma ductal pancreático (PDAC) é uma doença agressiva responsável no Brasil por 2% das neoplasias e 5% das mortes por câncer. A análise do exoma – parte do DNA que codifica as proteínas – permite identificar as variantes somáticas do tumor e as germinativas do paciente. Essa informação é necessária para implementar a terapia-alvo para o PDAC, pois fornece evidência para selecionar, ou excluir, tratamentos para a doença. Objetivo: Identificar as variantes de interesse clínico e farmacológico presentes no PDAC de quatro pacientes, por meio da técnica de sequenciamento total do exoma (WES). Método: Foram utilizados dados públicos de quatro amostras de pares tumor-normal de PDAC, localizados na cabeça do pâncreas de pacientes caucasianos, estádio T3N1M0, sequenciadas e publicizadas pelo Texas Cancer Research Biobank. Para identificar as variações somáticas e germinativas, utilizou-se o software GATK. As consequências clínicas e farmacológicas dessas variações foram anotadas por meio do software VEP e analisadas mediante o software estatístico R. Resultados: Dos quatro tumores, um possui variante estrutural com duplicação do gene AKT2; outro, variantes nos genes da via das ciclinas CDK14 e CDKN2C, o que altera o regime quimioterápico; na linhagem germinativa, um paciente tem variantes no gene XRCC1, que sugere aumento da resposta à platina. Conclusão: Embora a patologia classifique todos os tumores como PDAC, cada paciente – bem como o respectivo tumor – apresenta especificidades que afetam o diagnóstico e as possibilidades terapêuticas. O WES permite identificá-las a um custo baixo, o que amplia as possibilidades de tratamento do PDAC

Visão do acadêmico pibidiano no acompanhamento do conselho de classe no Cólegio Estadual 31 de Março

Anais do II Seminário Seminário Estadual PIBID do Paraná: tecendo saberes / organizado por Dulcyene Maria Ribeiro e Catarina Costa Fernandes — Foz do Iguaçu: Unioeste; Unila, 2014O Programa de Bolsa de Iniciação à Docência (PIBID), subprojeto da Matemática/Ensino Médio, vinculado a Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG) ocasiona aos acadêmicos participantes, além da oportunidade de frequentar as aulas e participar dos processos de sua elaboração e aperfeiçoamento, a vivência de outros acontecimentos escolares de grande relevância para sua formação, tal como o conselho de classe, enfoque principal deste trabalho. O objetivo é expor a visão do acadêmico de primeira série do curso de licenciatura em Matemática a respeito do conselho de classe, suas expectativas, a realidade notada no evento e conclusões acerca do processo de aprovação e reprovação, contribuindo desta forma com a valorização deste acontecimento escolar. Incluindo ainda, uma comparativa entre aspectos distintos do conselhos escolar dos ensinos Fundamental II e Médi

Sobre pesquisaformação, itinerários e diálogos

O presente texto tematiza a noção de pesquisaformação como modo de viver-pesquisar-narrar-formar que emerge na interface entre as pesquisas narrativas (auto)biográficas em educação, as pesquisas nosdoscom os cotidianos escolares e as concepções-ações de formação humana. Defende a indissociabilidade entre a produção do conhecimento científico e os movimentos de (trans)formação que atravessam os envolvidos na pesquisa. Inicialmente retomamos sentidos da expressão pesquisa-formação, no contexto da corrente das Histórias de Vida em Formação, contextualizamos os desafios da formação e os movimentos vividos no Brasil. A seguir, partilhamos a forma como essa abordagem vem sendo permanentemente reinventada em três grupos de pesquisa apontando para a dimensão instituinte da pesquisaformação, a articulação entre ensino, pesquisa e extensão e a inexistência de protocolos fechados, em uma sempre nova aventura

Biosafety in Dental Practices Versus COVID-19 Outbreak

Objective: To evaluate the dentists' knowledge about biosafety considering the SARS-CoV-2 and the risks of increasing the COVID-19 outbreak by dental practices during the pandemic in Brazil. Material and Methods: A cross-sectional study was performed by internet-based snowball sampling technique. A questionnaire with questions about different content was applied, and then analyzed the following two parameters: participants’ Brazilian region and professional’s specialty. Results: A total of 413 e-questionnaires from all Brazilian regions were considered valid. There were no significant differences among biosafety measures adopted by participants from different Brazilian regions (p≥0.05), except for those from North region, which have applied less previous oral antisepsis, temperature screening, and specific anamnesis tracking COVID-19 symptoms (p<0.05). The unique use of N95 mask was positively associated with North region (p<0.05). Expert participants of Groups 2 (oral surgery and correlate areas) and 4 (orthodontics, oral radiology and facial jaw orthopedics) were more updated than other ones (p<0.05). Conclusion: The biosafety protocols applied by participants were not adequate for the epidemiologic status of COVID-19 in each region of Brazil, from 13th May to 17th June 2020. Specialties linked to microbiology area or structured social networks have better applied preventive measures for COVID-19

Biosafety in Dental Practices Versus COVID-19 Outbreak

Objective: To evaluate the dentists' knowledge about biosafety considering the SARS-CoV-2 and the risks of increasing the COVID-19 outbreak by dental practices during the pandemic in Brazil. Material and Methods: A cross-sectional study was performed by internet-based snowball sampling technique. A questionnaire with questions about different content was applied, and then analyzed the following two parameters: participants’ Brazilian region and professional’s specialty. Results: A total of 413 e-questionnaires from all Brazilian regions were considered valid. There were no significant differences among biosafety measures adopted by participants from different Brazilian regions (p≥0.05), except for those from North region, which have applied less previous oral antisepsis, temperature screening, and specific anamnesis tracking COVID-19 symptoms (p<0.05). The unique use of N95 mask was positively associated with North region (p<0.05). Expert participants of Groups 2 (oral surgery and correlate areas) and 4 (orthodontics, oral radiology and facial jaw orthopedics) were more updated than other ones (p<0.05). Conclusion: The biosafety protocols applied by participants were not adequate for the epidemiologic status of COVID-19 in each region of Brazil, from 13th May to 17th June 2020. Specialties linked to microbiology area or structured social networks have better applied preventive measures for COVID-19