UNVEILING THE ROLE OF DPS, ENDOIII AND PPK FOR DNA PROTECTION AND REPAIR IN DEINOCOCCUS RADIODURANS UPON EXPOSURE TO GENOTOXIC STRESSure t

Deinococcus radiodurans (Dr) is known for showing great resistance to ionizing radiation, and desiccation amongst other extreme conditions. This bacterium possesses different groups of proteins which are involved in the response to several stress agents by either protecting the DNA from suffering damage, repairing efficiently the damaged DNA or even being involved in the metabolism small antioxidant molecules, capable of protecting the proteome so that it can continue working under stress conditions. In this work we focused on two DNA binding protein under starved conditions (Dps1 and Dps2) present in Dr, which are able to bind and protect DNA against damage, on three Endonuclease III proteins (EndoIII-1, EndoIII-2 and EndoIII-3) which remove oxidation damaged bases in DNA through the Base Excision Repair (BER) pathway and on two Polyphosphate kinases (PPK1 and PPK2) that are responsible for the metabolism of inorganic polyphosphate (PolyP) which is involved in the defense against oxidative stress. To understand the role of these proteins and their possible interplay, we constructed and studied the resistance to stress of both single, double and triple knockout mutants, of each of these proteins, through the Tripartite Ligation Method, using Overlap PCR. The induced stress was exposure to UV-C radiation, hydrogen peroxide and methyl viologen. The stress response was compared with the wild type bacterium. Moreover, a single amino acid mutation of EndoIII-2 was generated in order to attempt its crystallization, to understand its structure and the molecular mechanisms involved in its activity.Deinococcus radiodurans (Dr) é uma bactéria conhecida por demonstrar uma extraordinária resistência a radiação ionizante, desidratação extrema, stress oxidativo entre outras condições extremas. Esta bactéria possui diferentes famílias de proteínas que estão envolvidas na resposta a diferentes agentes de stress quer através de proteger diretamente o DNA, reparar eficientemente o DNA danificado ou ainda através de estarem envolvidas no metabolismo de moléculas antioxidantes de pequenas dimensões que estão envolvidos na proteção do proteoma em caso de dano severo. Este trabalho focou-se em 2 Dps (DNA binding protein under starved conditions) presentes em Dr (Dps1 e Dps2), que se ligam ao DNA protegendo- o de dano, em 3 Endonucleases III (EndoIII-1, EndoIII-2 e EndoIII-3) que são responsáveis por reparar o DNA danificado através do mecanismo de reparação por excisão de base e ainda em 2 cinases polifosfatases (PPK1 e PPK2) que são responsáveis pelo metabolismo de polifosfato inorgânico que está envolvido na defesa contra stress oxidativo. Com o intuito de compreender o papel de cada uma destas proteínas e estudar uma possível cooperação entre elas, foram construídos mutantes de deleção simples, duplos e triplos, através do método de ligação tripartido, usando PCR de fusão. O stress induzido foi a exposição a radiação ultravioleta-C, peróxido de hidrogénio e metil viologénio e a resposta a estas condições foi comparada com a resposta obtida pela bactéria nativa. Adicionalmente, uma alteração de um aminoácido na sequência da EndoIII-2 foi construída de maneira a tentar proceder à sua cristalização de maneira a compreender a sua estrutura e os mecanismos moleculares envolvidos na sua atividade

Determinantes dos padrões de ocupação da raposavermelha (Vulpes vulpes) em paisagens dominadas por Eucalyptus

The transition of natural areas to forestry plantations is a growing worldwide phenomenon with direct consequences to biodiversity and entire ecosystems by changing forest’s composition and structure. Production plantations are often composed by fast-growing exotic species, aiming economic profit, often at the expense of well-suited habitats for wildlife and ecosystems’ functionality. In the Mediterranean region, production forests composed by Eucalyptus spp. are widely distributed, forming monospecific landscapes with impactful changes in many taxa and altering important ecological dynamics. Given the extension of these production forests, it is important to understand how and in what extent this forest transition influences the ecological dynamics of native biodiversity. In this study, and based on camera trapping data, we evaluate the influence of Eucalyptus globulus production forests in the occupancy patterns of mesocarnivores, using as species-model the red fox (Vulpes vulpes) in Central Portugal region. Based on a single-season analysis, best-fitted model for red fox detection probability shows a negative influence of tree cover. The occupancy analysis revealed a positive influence of tree cover in red fox occupancy, showing a preference this canid for well-developed forests with a mature tree cover. Also, natural and semi-natural forests showed higher red fox occupancy in comparison with Eucalyptus production forests. The results of this study unravel relevant insights on the influence of production forests in red fox ecology and thus, may contribute to more integrative measures aiming mesocarnivores conservancy in forestry plantations, in the line with a sustainable exploitation of these plantations.A transição de áreas naturais para florestas de produção é um fenómeno global crescente com consequências diretas nos níveis de biodiversidade e funcionalidade dos ecossistemas, associadas às alterações da composição e estrutura das florestas naturais. As florestas de produção são frequentemente constituídas por espécies exóticas e de rápido crescimento, usadas com o objetivo de obter rendimento económico, muitas vezes em prejuízo de habitats para a vida selvagem e do bom funcionamento dos ecossistemas. Na região mediterrânica, as florestas de produção compostas por diferentes espécies do género Eucalyptus estão amplamente distribuídas, formando paisagens monoespecíficas com impactos em muitos taxa e alternando importantes dinâmicas ecológicas. Dada a extensão destas florestas, é importante perceber como e em que medida estas plantações florestais influenciam as dinâmicas ecológicas da biodiversidade nativa. Neste estudo, e baseado em dados recolhidos por armadilhagem fotográfica, avaliámos a influência das florestas de produção de Eucalyptus globulus nos padrões de ocupação de mesocarnívoros, usando como espécie-modelo a raposa-vermelha (Vulpes vulpes) na região centro de Portugal Continental. A análise uni-sazonal demonstrou que o modelo mais suportado para a probabilidade de deteção da raposa demonstra uma influência negativa da cobertura arbórea. A análise dos padrões de ocupação revela uma influência positiva da cobertura arbórea na ocupação da raposa, mostrando a preferência da raposa por florestas maduras com um substrato arbóreo bem desenvolvido. Áreas naturais demonstram ter uma maior ocupação pela raposa comparativamente a áreas de produção de eucalipto. Os resultados deste estudo evidenciam padrões importantes sobre a influências das florestas de produção de eucalipto na ecologia da raposa e, por isso, são uma importante para a definição de medidas integrativas de conservação de mesocarnívoros em florestas de produção, em consonância com uma exploração sustentável destas plantações.This work was also financially supported by the project POCI-01-0145-FEDER-028204 funded by FEDER, through COMPETE2020 - Programa Operacional Competitividade e Internacionalização (POCI), and by national funds (OE), through FCT/MCTES.Mestrado em Ecologia Aplicad

Economic Determinants of Driver's Behavior in Minas Gerais

The aim of the paper is to evaluate the behavior of drivers when they face a safe-traffic environment. Some studies suggest that the laws that demand auto makers to produce safer vehicles also stimulate their drivers to drive carelessly, since the cost of driving carefully decreases. Likewise, a safer traffic environment or less dangerous surroundings can stimulate drivers to drive more aggressively and less carefully. This study tries to test whether the undesirable behavior described by Peltzman (1975) is observed on the highways and roads of the State of Minas Gerais, Brazil. Estimates based on data found in the Brazilian Federal Road Police's accident report databank confirm drivers'' lack of attention in safer environments. The results suggest that careless behavior in traffic increases when safer conditions prevail.

Cutaneous adverse reactions to chemotherapy with taxanes: The dermatologist's point of view

Taxanos são drogas quimioterápicas cada vez mais utilizadas no tratamento adjuvante de um grande número de cânceres, principalmente câncer de mama e de pulmão. Os efeitos colaterais não cutâneos mais importantes e limitantes do uso destas drogas são neutropenia e mucosite. Os efeitos colaterais cutäneos, além de muito frequente, interfere de forma importante na qualidade de vida dos doentes. Não existem tratamentos totalmente eficazes, mas algumas orientações podem diminuir os sintomas e prevenir recidivas em novas sessões de quimioterapiaChemotherapy with taxanes has recently become part of the treatment for many advanced neoplastic diseases, specially breast and lung cancer. Their main noncutaneous adverse reactions include neutropenia and mucositis, which eventually lead to drug discontinuation. Cutaneous adverse reactions are frequent and significantly interfere with the patient's quality of life. Treatments are poorly effective, but special recommendations may improve symptoms and prevent relapses requiring drug rechalleng

Erratum:Estimating the cooperativity of PROTAC-induced ternary complexes using ¹⁹F NMR displacement assay (RSC Med. Chem. (2021) 12 (1765-1770) DOI: 10.1039/D1MD00215E)

Correction for ‘Estimating the cooperativity of PROTAC-induced ternary complexes using (19)F NMR displacement assay’ by Guilherme Vieira de Castro et al., RSC Med. Chem., 2021, 12, 1765–1770, DOI: 10.1039/D1MD00215E

5-aza-2cdr promove desmetilação do MGMT e modifica expressão de diferentes genes nas células SCC-9

Orientador: Ana Paula de SouzaDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de PiracicabaResumo: O câncer de cabeça e pescoço é a sexta neoplasia mais frequente no mundo sendo que mais de 90% são do tipo carcinoma escamoso. O carcinoma escamoso oral surge de uma desdiferenciação maligna das células do estrato espinhoso do epitélio da mucosa oral e é geralmente associada ao consumo de cigarro e/ou bebidas alcoólicas. O surgimento dessa neoplasia pode estar associado com a presença de mutações genéticas, bem como, com a presença de eventos epigenéticos, como a metilação do DNA. Na tentativa de reverter a metilação do DNA, a droga desmetilante 5-aza-2¿-deoxycitidina (5-aza-2CdR), formulada em 1968, foi inicialmente utilizada no tratamento de leucemias e de síndromes mielodisplásicas. No entanto, o uso dessa substância em tumores sólidos passou a ser liberado em meados de 2015 e, assim, pouco ainda se sabe sobre sua ação no carcinoma oral. A fim de abordar essa questão, investigamos o efeito do agente desmetilante 5-aza-2CdR em células da linhagem SCC-9 como também seu efeito sobre a expressão dos genes supressores tumorais MGMT, APC e BRCA1 e dos oncogenes cMYC e hTERT. Para isso, células SCC-9 foram tratadas com 5-aza-2CdR na concentração de 0,3µM ou 2µM, durante 24 horas ou 48 horas. Foi realizado o teste MTT para análise da citotoxicidade das doses empregadas e observamos que, em ambos tempos, a concentração de 2?M foi citotóxica. Usando a técnica de análise de melting (MS-HRM), nossos resultados mostraram que 5-aza-2CdR provocou uma desmetilação parcial no promotor do gene MGMT após 48 horas de tratamento o que não foi observado para o gene hTERT que se manteve hipermetilado. Os demais genes analisados BRCA1, APC e cMYC foram observados originalmente desmetilados na região analisada em células SCC-9. Quanto à transcrição que foi analisada por PCR tempo real, os genes supressores de tumores MGMT, APC e BRCA1 foi positivamente regulada enquanto a expressão do gene cMYC foi negativamente regulada nas células expostas à droga por 48h. Em contrapartida, o gene hTERT mostrou uma diminuição da expressão que foi seguida por uma recuperação na expressão no tempo de 48horas. Os resultados também mostraram que a expressão gênica dos genes supressores tumorais sofreu aumento ainda mais significante quando as células foram expostas à dose menor da droga (0,3µM). Dessa forma, concluímos que a aplicação do agente desmetilante 5-aza-2cdr em baixa concentração aumentou a expressão dos genes supressores tumorais (MGMT, APC e BRCA1 ) e diminuiu a expressão do proto-oncogene cMYC em células de carcinoma espinocelular de oralAbstract: Head and neck cancer is the sixth most frequent neoplasm in the world, with more than 90% representing squamous cell carcinoma. Oral squamous cell carcinoma arises from a malignant dedifferentiation of epithelium cells generally associated with the consumption of cigarettes and alcoholic beverages. This tumor is characterized by an accumulation of mutations and epigenetic alterations, including DNA methylation. To reverse DNA methylation, 5-aza-2'-deoxycytidine was formulated in 1968, and initially it was used in leukemias and myelodysplastic syndrome treatment. The use in solid tumors was released in 2015 and, therefore, little is known about its action in oral cancer. In order to address this issue, we investigated the effect of demethylating agent 5-aza-2'-deoxycytidine in SCC9 cells as well as the effects on transcription the tumor suppressor genes MGMT, APC and BRCA1 and oncogenes cMYC and hTERT. SCC-9 cells were exposed to 5-aza-2'-deoxycytidine at concentrations of 0.3 µM or 2 µM during 24 hours or 48 hours. After, high resolution melting analysis (MS-HRM) was performed in order to determinate genes methylation pattern. Results showed partial demethylation of the MGMT gene after 48 hours of 5-aza-CdR treatment. No difference was observed in hTERT gene that remained hypermethylated. The other genes BRCA1, APC and cMYC were found orinally demethylated in the analyzed region. Tumor suppressor genes MGMT, APC and BRCA1 were up regulated and oncogene cMYC was down regulated after 48h of 5-aza-2CdR treatment. Our results also showed that transcription of tumor suppressors genes was significantly increased in cells exposed to lower dose of drug (0.3µM). Thus, we concluded that the low concentration of 5-aza-2cdr demethylating agent increased the expression of tumor suppressor genes (MGMT, APC and BRCA1) and decreased cMYC proto-oncogene expression in oral squamous cell carcinoma cellsMestradoHistologia e EmbriologiaMestre em Biologia Buco-Dental2015/24749-6FAPES