AmpC, oprD Expression Analysis in β-lactam Resistant Pseudomonas aeruginosa Clinical Isolates 1 from a Tertiary Level Hospital in Ecuador

Innate and acquired antibiotic resistance mechanisms in Pseudomonas present a challenge for clini- cians looking for timely and effective chemotherapy. This is particularly  important in critical care hospital settings. This study is aimed at achieving a deeper understanding of two of the most important drug resistance mechanisms in Pseudomonas aeruginosa at the molecular  level. One hundred clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa were obtained from a tertiary level hospital in Quito, Ecuador. Expression of ampC and oprD was analysed through quan- titative real-time PCR  assays. A comparison  between the ampC and oprD expression  profiles and the phenotypes in antimicrobial susceptibility testing (AST) was conducted,  with more than 50% of the isolates having concordant profiles for both ampC and oprD expression. Our results suggest that ampC and oprD expression might provide useful information about molecular resistance mechanisms in strains which are circulating in Ecuador. However, larger scale studies could clarify drug resistance mechanisms in order to guide targeted treatment.Los mecanismos innatos y adquiridos de resistencia a los antibióticos en Pseudomonas representan un reto para los médicos que buscan una quimioterapia oportuna y eficaz. Esto es par- ticularmente importante en las áreas de cuidados intesnsivos de los hospitales. Este estudio está dirigido a lograr una comprensión a nivel molecular de dos de los más importantes mecanismos de resistencia a los fármacos en Pseudomonas aeruginosa. Cien aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa se obtuvieron de un hospital de tercer nivel en Quito, Ecuador. Se analizó la expresión de ampC y oprD mediante PCR cuantitativa en tiempo real. Se realizó una comparación entre los perfiles de expresión ampC y oprD y los fenotipos obtenidos en la prueba de susceptibilidad antimicrobiana (AST), con más del 50% de los aislados con perfiles concordantes para la expresión ampC y oprD. Nuestros resultados sugieren que la expresión ampC y oprD podría proporcionar información útil sobre mecanismos de resistencia molecular en cepas que están circulando en Ecuador. Sin embargo, los estudios a mayor escala pueden aclarar los mecanismos de resistencia a los fármacos para establecer el tratamiento adecuado

Analysis of Efflux Pump Genes in β-lactam Resistant Clinical Isolates of Pseudomonas aeruginosa from a Tertiary Level Hospital in Ecuador

Pseudomonas aeruginosa is a nosocomial microorganism that causes a wide spectrum of infections and is known as one of the primary multi-resistant microorganisms against β-lactam antibiotics. One of the main resistance mechanisms found in P. aeruginosa is the efflux pumps. This study is aimed at characterizing this mechanism by analyzing the expression of four genes (mexA, mexX, oprJ and oprM) involved in antibiotic efflux pumps in Pseudomonas aeruginosa. Forty clinical isolates (20 resistant, 20 susceptible) were collected from the Bacteriology Laboratory at the Carlos Andrade Marin Hospital, in Quito-Ecuador. Expression levels for the selected genes were assessed by RT-qPCR assays using RpsL as a housekeeping gene for ΔΔCt adjusted relative quantitation analysis. The importance of efflux pumps as a resistance mechanism was corroborated through analysis of efflux pumps genes that showed overexpression in all phenotypically resistant isolates. Furthermore, phenotype/genotype analysis was performed comparing Antibiotic Susceptibility Testing (AST) results with expression profiles. Results for the mexA genotype showed correlation with the TPZ resistance phenotype and the mexX genotype with the IPM, MEM and FEP resistance phenotypes. In conclusion, the expression pattern of the efflux pump genes suggests resistance mechanisms that are due to horizontal transmission or pathogens spreading into the hospital environment.Pseudomonas aeruginosa es un microorganismo responsable de una amplia variedad de infecciones y es uno de los principales patógenos multiresistentes ante antibióticos β-lactámicos. Uno de los principales mecanismos de resistencia en P. aeruginosa constituyen las bombas de eflujo. El objetivo del presente estudio fue caracterizar el mecanismo de bombas de eflujo mediante el estudio de expresión de 4 genes (mexA, mexX, oprJ y oprM) involucrados en este mecanismo en Pseudomonas aeruginosa. Cuarenta aislados clínicos (20 resistentes y 20 sensibles) fueron recolectados en el Laboratorio de Bacteriología del Hospital “Carlos Andrade Marin” en Quito-Ecuador. Los niveles de expression de los genes seleccionados fueron evaluados por RT-qPCR usando RpsL como gen constitutivo para el análisis de cuantificación relativa basado en el método ΔΔCt ajustado. La importancia de las bombas de eflujo como mecanismos de resistencia fue confirmada ya que el estudio de expresión de los genes relacionados con bombas de eflujo mostró sobreexpresión de ellos en todos los aislados fenotípicamente resistentes. Se realizó además un análisis fenotipo/genotipo comparando los resultados del antibiograma (AST) con los perfiles de expresión. La sobreexpresión de mexA (genotipo) mostró correlación con el fenotipo de resistencia a TPZ, mientras que el genotipo mexX se correlacionó con los fenotipos de resistencia a IPM, MEM y FEP. En conclusion, los patrones de expression de los genes relacionados con bombas de eflujo sugieren la presencia de mecanismos de resistencia basados en transmisión horizontal que posibilitan la diseminación de patógenos en el ambiente hospitalario

Degradabilidad ruminal del rastrojo de arroz tratado con urea en rumiantes

Rice straw, both its leaves and stems, could be an important product of the harvest of rice to be used in animal nutrition because of its high availability. Increasing regulations and restrictions on the practice of burn rice straw have stimulated the exploration of other purposes for such straw, including animal feeding. The in-situ method has been widely used in the evaluation of the ruminal degradability rate of several animal feeds. The objective of this study was to evaluate the effect of urea addition on the dry matter (DM) degradability of rice straw. Six levels of urea addition were tested: 0, 5, 10, 20, 30 and 40 g kg DM-1. The rice straw was chopped to 2.0 cm long pieces or grinded to 2.0 mm particles and incubated in presence of urea for 10 days at a moisture content of 66% at a temperature of 40 °C to simulate optimum environmental conditions. Eight fistulated Holstein Friesian cows were used to study the Dry Matter Digestibility at 48 and 96 hours, and were separated into two groups: one fed with a High Ruminal Activity (AAR) diet based on 5 kg of lucerne (Medicago sativa L) hay, ad libitum forage mixture (made of Pennisetum clandestinum Hochst. ex Chiov, Lolium perenne L and Dactilys glomerata L) and 1.8 kg of concentrate, per day. While the other group received a Low Ruminal Activity (BAR) diet composed only of the ad libitum forage mix and the concentrate. Degradability data was analyzed using a Stepwise Multiple Regression. The results show that degradability of DM increases with higher levels of urea addition, the same as with the AAR diet and with higher ruminal incubation time. Different particle sizes didn’t show any difference. The conclusion is that this straw could be an important fiber source for ruminants if treated with urea, especially in the tropical region.El rastrojo de arroz constituido por tallos y hojas, puede ser un importante subproducto de cosecha del grano de arroz para ser utilizado en la dieta de rumiantes, en razón de su abundante disponibilidad. El aumento de las regulaciones y restricciones sobre la quema de rastrojos, ha estimulado el interés por usar para otros propósitos, incluyendo la alimentación del ganado. La técnica de degradación in situ ha sido ampliamente adoptada para evaluar la tasa de degradación de alimentos en el rumen. El objetivo del trabajo fue evaluar mediante la técnica de degradación ruminal in situ, la degradabilidad de la materia seca (MS) del rastrojo de arroz tratado con seis niveles de urea: 0, 5, 10, 20, 30 y 40 g kg MS-1. Los sustratos secos fueron fragmentados en dos tamaños de partícula: una parte picada a 2 cm y otra parte molida a 2 mm, ambos tipos de sustratos fueron incubados en horno de aire forzado a 40 °C durante 10 días. Se utilizaron ocho vacas provistas de cánula ruminal para los ensayos de digestibilidad in situ, a 48 y 96 horas de incubación en rumen. Cuatro vacas recibieron una Dieta de Alta Actividad Ruminal (AAR) ajustada a consumo de 5 kg MS día-1 de heno de alfalfa (Medicago sativa L.) + heno de una mezcla forrajera (Pennisetum clandestinum Hochst. ex Chiov, Lolium perenne L. y Dactilys glomerata L.) ad libitum + 1.8 kg de concentrado, y cuatro vacas restantes recibieron una Dieta de Baja Actividad Ruminal (BAR) basada en heno de la misma mezcla forrajera y concentrado. Los datos fueron analizados mediante regresión múltiple por pasos sucesivos. Los resultados muestran aumentos en la degradabilidad de la MS con el incremento en el nivel de urea en dietas con AAR y a 96 horas de incubación. El tamaño de partícula no afectó la respuesta animal. Se concluye que este subproducto de cosecha tratado con urea puede ser una importante fuente de fibra para rumiantes en los trópico

Exploration for Triatoma virus (TrV) infection in laboratory-reared triatomines of Latin America: a collaborative study

Triatoma virus (TrV) is a small, non-enveloped virus that has a +ssRNA genome and is currently classified under the Cripavirus genus of the Dicistroviridae family. TrV infects haematophagous triatomine insects (Hemiptera: Reduviidae), which are vectors of American Trypanosomiasis (Chagas disease). TrV can be transmitted through the horizontal fecal-oral route, and its infection causes either deleterious sublethal effects or even death of laboratory insect colonies. Various species of triatomines from different regions of Latin America are currently being reared in research laboratories, with little or no awareness of the presence of TrV; therefore, any biological conclusion drawn from experiments on insects infected with this virus is inherently affected by the side effects of its infection. In this study, we developed a mathematical model to estimate the sample size required for detecting a TrV infection. We applied this model to screen the infection in feces of triatomines belonging to insectaries from 13 Latin American countries, carrying out the identification of TrV by using reverse transcriptase PCR. TrV was detected in samples coming from Argentina, which is the country where several years ago the virus was first isolated from Triatoma infestans (Hemiptera: Reduviidae). Interestingly, several colonies from Brazil were also found infected with the virus. This positive result widens the TrV?s host range to a total of 14 triatomine species. Our findings suggest that many triatomine species distributed over a large region of South America may be naturally infected with TrV.Fil: Marti, Gerardo Anibal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - la Plata. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Cs.naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores; ArgentinaFil: Echeverria, Maria Gabriela. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Microbiología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Susevich, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - la Plata. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Cs.naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores; ArgentinaFil: Ceccarelli, Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - la Plata. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Cs.naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores; ArgentinaFil: Balsalobre, Agustin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - la Plata. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Cs.naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores; ArgentinaFil: Canale, Delmi Margarita. Centro de Referencia de Vectores, Coordinación Nacional de Control de Vectores, Pabellón Rawson-Hospital Colonia; ArgentinaFil: Stariolo, Raúl Luis. Centro de Referencia de Vectores, Coordinación Nacional de Control de Vectores, Pabellón Rawson-Hospital Colonia; ArgentinaFil: Guérin, Diego M. A.. Universidad del País Vasco; España. Consejo Superior de Investigaciones Cientificas; España. Universidad Politécnica de Valencia; EspañaFil: González Cifuentes, Nadia L.. Universidad de Los Andes; ColombiaFil: Guhl, Felipe. Universidad de Los Andes; ColombiaFil: Bacigalupo, Antonella. Universidad de Chile; ChileFil: Cattan, Pedro E.. Universidad de Chile; ChileFil: Garcıa, Alejandro. Secretaria Regional Ministerial de Salud de Coquimbo; ChileFil: Villacis, Anita G.. Pontificia Universidad Catolica del Ecuador; EcuadorFil: Grijalva, Mario J.. Pontificia Universidad Catolica del Ecuador; Ecuador. Ohio University; Estados UnidosFil: Solorzano, Elizabeth. Universidad de San Carlos; GuatemalaFil: Monroy, Carlota. Universidad de San Carlos; GuatemalaFil: Espinoza Blanco, Yrma. Universidad Nacional Mayor de San Marcos; PerúFil: Cordova Benzaquen, Eleazar. Universidad Nacional San Agustín de Arequipa; PerúFil: Ruelas llerena, Nancy. Universidad Nacional San Agustín de Arequipa; PerúFil: Guzmán loayza, Miriam. Dirección Regional de Salud Moquegua; PerúFil: Caceres, Abraham G.. Universidad Nacional Mayor de San Marcos; PerúFil: Vences Blanco, Mauro O.. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Salazar Schettino, Paz María. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Martínez Martínez, Ignacio. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Espinoza Gutiérrez, Bertha. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Mojoli, Andrés. Centro para el Desarrollo de la Investigación Científica. Asunción; ParaguayFil: Rojas de Arias, Antonieta. Centro para el Desarrollo de la Investigación Científica. Asunción; ParaguayFil: Feliciangeli, M. Dora. Universidad de Carabobo Maracay; VenezuelaFil: Rivera Mendoza, Pedro. Fundación para el Desarrollo; NicaraguaFil: Rozas Dennis, Gabriela Susana. Universidad Nacional del Sur; ArgentinaFil: Sánchez Eugenia, Rubén. Unidad de Biofísica; EspañaFil: Aguirre, Jon. Unidad de Biofísica; España. Fundación Biofísica Bizkaia; EspañaFil: Viguera, Ana R.. Unidad de Biofísica; EspañaFil: Hernádez Suárez, Carlos M.. Universidad de Colima; México. Unidad Monterrey; MéxicoFil: Vilchez, Susana. Universidad de Granada; EspañaFil: Osuna, Antonio. Universidad de Granada; EspañaFil: Gorla, David Eladio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Regional de Investigaciones Científicas y Transferencia Tecnológica de La Rioja. - Universidad Nacional de La Rioja. Centro Regional de Investigaciones Científicas y Transferencia Tecnológica de La Rioja. - Universidad Nacional de Catamarca. Centro Regional de Investigaciones Científicas y Transferencia Tecnológica de la Rioja. - Secretaria de Industria y Minería. Servicio Geológico Minero Argentino. Centro Regional de Investigaciones Científicas y Transferencia Tecnológica de La Rioja. - Provincia de La Rioja. Centro Regional de Investigaciones Científicas y Transferencia Tecnológica de La Rioja; ArgentinaFil: Mougabure Cueto, Gastón Adolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones Científicas y Técnicas para la Defensa. Centro de Investigación de Plagas e Insecticidas; ArgentinaFil: Esteban, Lidia. Universidad Industrial Santander; ColombiaFil: Angulo, Vıctor M.. Universidad Industrial Santander; ColombiaFil: Querido, Jailson F. B. Unidad de Biofísica; España. Fundación Biofísica Bizkaia; España. Universidad Nova de Lisboa; PortugalFil: Silva, Marcelo S.. Universidad Nova de Lisboa; PortugalFil: Marques, Tatiane. Universidade Federal do Triangulo Mineiro; BrasilFil: Anhe, Ana Carolina B. M.. Universidade Federal do Triangulo Mineiro; BrasilFil: Gomez Hernandez, Cesar. Universidade Federal do Triangulo Mineiro; BrasilFil: Ramirez, Luis E.. Universidade Federal do Triangulo Mineiro; BrasilFil: Rabinovich, Jorge Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - la Plata. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Cs.naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores; ArgentinaFil: Diotaiuti, Liléia. Centro de Pesquisas Rene Rachou-FIOCRUZ; BrasilFil: Guerin Aguilar , Diego Marcelo. Universidad del País Vasco; España. Unidad de Biofísica; España. Fundación Biofísica Bizkaia; Españ