Analysis of Clinical Phenotypes through Machine Learning of First-Line H. pylori Treatment in Europe during the Period 2013–2022: Data from the European Registry on H. pylori Management (Hp-EuReg)

The segmentation of patients into homogeneous groups could help to improve eradication therapy effectiveness. Our aim was to determine the most important treatment strategies used in Europe, to evaluate first-line treatment effectiveness according to year and country. Data collection: All first-line empirical treatments registered at AEGREDCap in the European Registry on Helicobacter pylori management (Hp-EuReg) from June 2013 to November 2022. A Boruta method determined the “most important” variables related to treatment effectiveness. Data clustering was performed through multi-correspondence analysis of the resulting six most important variables for every year in the 2013–2022 period. Based on 35,852 patients, the average overall treatment effectiveness increased from 87% in 2013 to 93% in 2022. The lowest effectiveness (80%) was obtained in 2016 in cluster #3 encompassing Slovenia, Lithuania, Latvia, and Russia, treated with 7-day triple therapy with amoxicillin–clarithromycin (92% of cases). The highest effectiveness (95%) was achieved in 2022, mostly in Spain (81%), with the bismuth–quadruple therapy, including the single-capsule (64%) and the concomitant treatment with clarithromycin–amoxicillin–metronidazole/tinidazole (34%) with 10 (69%) and 14 (32%) days. Cluster analysis allowed for the identification of patients in homogeneous treatment groups assessing the effectiveness of different first-line treatments depending on therapy scheme, adherence, country, and prescription year

A standardised model for stool banking for faecal microbiota transplantation: a consensus report from a multidisciplinary UEG working group

Background Faecal microbiota transplantation is an emerging therapeutic option, particularly for the treatment of recurrent Clostridioides difficile infection. Stool banks that organise recruitment and screening of faeces donors are being embedded within the regulatory frameworks described in the European Union Tissue and Cells Directive and the technical guide to the quality and safety of tissue and cells for human application, published by the European Council.Objective Several European and international consensus statements concerning faecal microbiota transplantation have been issued. While these documents provide overall guidance, we aim to provide a detailed description of all processes that relate to the collection, handling and clinical application of human donor stool in this document.Methods Collaborative subgroups of experts on stool banking drafted concepts for all domains pertaining to stool banking. During a working group meeting in the United European Gastroenterology Week 2019 in Barcelona, these concepts were discussed and finalised to be included in our overall guidance document about faecal microbiota transplantation.Results A guidance document for all domains pertaining to stool banking was created. This document includes standard operating manuals for several processes involved with stool banking, such as handling of donor material, storage and donor screening.Conclusion The implementation of faecal microbiota transplantation by stool banks in concordance with our guidance document will enable quality assurance and guarantee the availability of donor faeces preparations for patients.Molecular basis of bacterial pathogenesis, virulence factors and antibiotic resistanc

Синдром обструктивного апное/гіпопное сну та неалкогольна жирова хвороба печінки: роль гіпоксії

Sleep disorders is one of the topical issues of our times, affecting about half of the adult population. It has been determined that the most common sleep problems are obstructive sleep apnea/hypopnea syndrome — according to the WHO, its prevalence is comparable to the prevalence of diabetes. The data on the prevalence of obstructive sleep apnea/hypopnea syndrome in patients with metabolic syndrome are presented. Attention is drawn to the importance of overweight and obesity in the occurrence of obstructive sleep apnea/hypopnea syndrome and their relationship with the severity of the latter. The main mechanisms of obstructive sleep apnea/hypopnea sleep syndrome in obesity and the main links in the pathogenesis of progression of non-alcoholic fatty liver disease are described. The role of oxidative stress in the occurrence of inflammation and liver fibrosis is emphasized. The role of hypoxia in the pathogenesis of progression of nonalcoholic fatty liver disease in its combination with obstructive sleep apnea/hypopnea syndrome and its correlation with inflammatory and fibrosing processes has been shown. The unique place of a liver in a homeostasis of oxygen in an organism is noted. The history of the discovery and distribution of the family of hypoxia-induced factors is described. It is emphasized that all alpha subunits of the GIF complex act simultaneously, affecting both common and different molecular targets, which causes their special biological effects. The role of hypoxia-induced factors in the regulation of various processes in the body is shown. The advantage of studying hypoxia-induced factor-2a in the combined course of obstructive sleep apnea/hypopnea syndrome and non-alcoholic fatty liver disease is substantiated. The role of hypoxia-induced factor-2 alpha in the development and progression of nonalcoholic fatty liver disease has been shown.Нарушения сна являются актуальной проблемой современности, поскольку касаются около половины взрослого населения. Установлено, что одной из наиболее распространенных проблем сна является синдром обструктивного апноэ/гипопноэ сна. По данным ВОЗ, его распространенность сопоставима с таковой сахарного диабета. Приведены данные о распространенности синдрома обструктивного апноэ/гипопноэ сна у пациентов с метаболическим синдромом. Обращено внимание на значимость избыточной массы тела и ожирения в возникновении синдрома обструктивного апноэ/гипопноэ сна и их связь с тяжестью течения последнего. Описаны механизмы возникновения синдрома обструктивного апноэ/гипопноэ сна при ожирении и основные звенья патогенеза прогрессирования неалкогольной жировой болезни печени. Подчеркнуто значение оксидантного стресса в возникновении воспаления и фиброза печени. Показана роль гипоксии в патогенезе прогрессирования неалкогольной жировой болезни печени при ее сочетании с синдромом обструктивного апноэ/гипопноэ сна и его связь с воспалительными и фиброзирующими процессами. Печень имеет важное значение в гомеостазе кислорода в организме. Описана история открытия семейства индуцированных гипоксией факторов. Подчеркнуто, что все α-субъединицы комплекса индуцированных гипоксией факторов действуют одновременно, поражая как общие, так и разные молекулярные цели, что обуславливает их особые биологические эффекты. Показана роль индуцированных гипоксией факторов в регулировании разных процессов в организме. Обосновано преимущество изучения индуцированного гипоксией фактора-2α при совместном течении синдрома обструктивного апноэ/гипопноэ сна и неалкогольной жировой болезни печени. Показана роль индуцированного гипоксией фактора-2α в развитии и прогрессировании неалкогольной жировой болезни печени.Порушення сну є актуальною проблемою сьогодення, оскільки стосуються близько половини дорослого населення. Встановлено, що однією з найпоширеніших проблем сну є синдром обструктивного апное/гіпопное сну. За даними ВООЗ, його поширеність порівнянна з такою цукрового діабету. Наведено дані про поширеність синдрому обструктивного апное/гіпопное сну у пацієнтів з метаболічним синдромом. Звернуто увагу на значущість надлишкової маси тіла та ожиріння у виникненні синдрому обструктивного апное/гіпопное сну та їх зв’язок з тяжкістю перебігу останнього. Описано механізми виникнення синдрому обструктивного апное/гіпопное сну при ожирінні та основні ланки патогенезу прогресування неалкогольної жирової хвороби печінки. Наголошено на значенні оксидантного стресу у виникненні запалення і фіброзу печінки. Показано роль гіпоксії в патогенезі прогресування неалкогольної жирової хвороби печінки при її поєднанні із синдромом обструктивного апное/гіпопное сну і його зв’язок із запальними та фіброзними процесами. Печінка має важливе значення в гомеостазі кисню в організмі. Описано історію відкриття сімейства індукованих гіпоксією факторів. Наголошено, що всі α-субодиниці комплексу індукованих гіпоксією факторів діють одночасно, вражаючи як загальні, так і різні молекулярні цілі, що зумовлює їх особливі біологічні ефекти. Показано роль індукованих гіпоксією факторів у регулюванні різних процесів в організмі. Обґрунтовано перевагу вивчення індукованого гіпоксією фактора-2α при спільному перебігу синдрому обструктивного апное/гіпопное сну і неалкогольної жирової хвороби печінки. Показано роль індукованого гіпоксією фактора-2α в розвитку і прогресуванні неалкогольної жирової хвороби печінки

Akkermansia mucinifila — роль у порушенні метаболізму

The article emphasizes the importance of the part that the intestinal microbiome plays in regulation of the host metabolism. The modern ideas about the role of one of the representatives of the human intestinal microbiome, the phylum Verrucomicrobia — Akkermansia muciniphila, in the pathogenetic mechanisms of chronic non-infectious diseases associated with metabolic disorders are presented. The age and anatomical features of the level of Akkermansia muciniphila colonization are shown. Its mucine-degrading properties and their role in production of short-chain fatty acids are described. The ability of Akkermansia muciniphila to create metabolic cross-interactions in the intestinal ecosystem, that influences significantly the intestinal microbiome composition, is shown separately. Abilities of Akkermansia muciniphila to produce extracellular vesicles, their effect on the immune responses in the host organism and the intestinal barrier function, as well as the dependence of the level of their production on body weight and glucose tolerance, are disclosed. The facts of Akkermansia muciniphila outer membrane proteins participation in modulation of immune responses are also presented. Special attention is paid to the influencing ability of these outer membrane proteins even in pasteurized Akkermansia muciniphila, wherein it is more pronounced than in living bacteria, that opens a prospect for development of new medicinal compounds based on them. It is also shown that autoclaving deprives these surface membrane proteins of their effect on the human body. The results of defining changes in the level of Akkermansia muciniphila colonization both in animals and in humans with metabolically associated diseases are shown. The results of studying use of Akkermansia muciniphila in experimental models for treatment of metabolically associated diseases are described and its prospects as a new-level probiotic product are laid out. The data on safety of its use are given. The part of polyphenols in potentiating enhancement of Akkermansia muciniphila colonization is featured.Подчеркнута важность роли кишечного микробиома в регуляции метаболизма хозяина. Приведены современные представления о роли одного из представителей кишечного микробиома человека — Akkermansia muciniphila (фил Verrucomicrobia) в патогенетических механизмах хронических неинфекционных заболеваний, ассоциированных с нарушениями метаболизма. Показаны возрастные и анатомические особенности уровня колонизации Akkermansia muciniphila. Описаны ее муциндеградирующие свойства и их роль в продукции короткоцепочечных жирных кислот. Показана возможность Akkermansia muciniphila создавать в экосистеме кишечника метаболические перекрестные взаимодействия, что оказывает значительное влияние на состав микробиома кишечника. Этот микроорганизм вырабатывает экстрацеллюлярные везикулы, которые влияют на иммунные реакции в организме хозяина и барьерную функцию кишечника. Продемонстрирована связь уровня их выработки с массой тела и толерантностью к глюкозе. Приведены факты участия белков наружной мембраны Akkermansia muciniphila в модуляции иммунных реакций. Обращено внимание на способность влияния белков наружной мембраны на имунные реакции даже у пастеризованных Akkermansia muciniphila, которое более выражено, чем у живых бактерий, что открывает перспективы для разработки новых лекарственных средств на их основе. Показано, что автоклавирование устраняет влияние на организм белков поверхностной мембраны. Приведены данные об изменении уровня колонизации Akkermansia muciniphila при наличии метаболически ассоциированных заболеваний как у животных, так и у людей. Описаны результаты исследований применения Akkermansia muciniphila в экспериментальных моделях для лечения метаболически ассоциированных заболеваний и перспективы ее использования в качестве пробиотического препарата нового уровня. Приведены данные о безопасности ее применения. Показана роль полифенолов в потенцировании усиления колонизации Akkermansia muciniphila.Наголошено на важливості ролі кишкового мікробіому в регуляції метаболізму хазяїна. Наведено сучасні уявлення про роль одного з представників кишкового мікробіому людини –Akkermansia muciniphila (філ Verrucomicrobia) у патогенетичних механізмах хронічних неінфекційних захворювань, які асоціюються з порушеннями метаболізму. Показано вікові і анатомічні особливості рівня колонізації Akkermansia muciniphila. Описано її муциндеградирувальні властивості та їх роль у продукції коротколанцюгових жирних кислот. Показано можливість Akkermansia muciniphila створювати в екосистемі кишечника метаболічні перехресні взаємодії, що значно впливає на склад мікробіому кишечника. Цей мікроорганізм виробляє екстрацелюлярні везикули, які впливають на імунні реакції в організмі хазяїна та бар’єрну функцію кишечника. Продемонстровано зв’язок між рівнем їх вироблення і масою тіла та толерантністю до глюкози. Наведено факти участі білків зовнішньої мембрани Akkermansia muciniphila в модуляції імунних реакцій. Звернено увагу на здатність впливу білків зовнішньої мембрани на імунні реакції навіть у пастеризованих Akkermansia muciniphila, яка більше виражена, ніж у живих бактерій, що відкриває перспективи для розроблення нових лікарських засобів на їх основі. Показано, що автоклавування усуває вплив на організм білків поверхневої мембрани. Наведено дані щодо зміни рівня колонізації Akkermansia muciniphila за наявності метаболічно асоційованих захворювань як у тварин, так і у людей. Описано результати досліджень застосування Akkermansia muciniphila в експериментальних моделях для лікування метаболічно асоційованих захворювань і перспективи її використання як пробіотичного препарату нового рівня. Наведено дані щодо безпечності її застосування. Показано роль поліфенолів у потенціюванні посилення колонізації Akkermansia muciniphila

Stool for fecal microbiota transplantation should be classified as a transplant product and not as a drug

Molecular basis of bacterial pathogenesis, virulence factors and antibiotic resistanc

A standardised model for stool banking for faecal microbiota transplantation: a consensus report from a multidisciplinary UEG working group

Background: Faecal microbiota transplantation is an emerging therapeutic option, particularly for the treatment of recurrent Clostridioides difficile infection. Stool banks that organise recruitment and screening of faeces donors are being embedded within the regulatory frameworks described in the European Union Tissue and Cells Directive and the technical guide to the quality and safety of tissue and cells for human application, published by the European Council. Objective: Several European and international consensus statements concerning faecal microbiota transplantation have been issued. While these documents provide overall guidance, we aim to provide a detailed description of all processes that relate to the collection, handling and clinical application of human donor stool in this document. Methods: Collaborative subgroups of experts on stool banking drafted concepts for all domains pertaining to stool banking. During a working group meeting in the United European Gastroenterology Week 2019 in Barcelona, these concepts were discussed and finalised to be included in our overall guidance document about faecal microbiota transplantation. Results: A guidance document for all domains pertaining to stool banking was created. This document includes standard operating manuals for several processes involved with stool banking, such as handling of donor material, storage and donor screening. Conclusion: The implementation of faecal microbiota transplantation by stool banks in concordance with our guidance document will enable quality assurance and guarantee the availability of donor faeces preparations for patients

Empirical Second-Line Therapy in 5000 Patients of the European Registry on Helicobacter pylori Management (Hp-EuReg)

Background & Aims: After a first Helicobacter pylori eradication attempt, approximately 20% of patients will remain infected. The aim of the current study was to assess the effectiveness and safety of second-line empiric treatment in Europe. Methods: This international, multicenter, prospective, non-interventional registry aimed to evaluate the decisions and outcomes of H pylori management by European gastroenterologists. All infected adult cases with a previous eradication treatment attempt were registered with the Spanish Association of Gastroenterology–Research Electronic Data Capture until February 2021. Patients allergic to penicillin and those who received susceptibility-guided therapy were excluded. Data monitoring was performed to ensure data quality. Results: Overall, 5055 patients received empiric second-line treatment. Triple therapy with amoxicillin and levofloxacin was prescribed most commonly (33%). The overall effectiveness was 82% by modified intention-to-treat analysis and 83% in the per-protocol population. After failure of first-line clarithromycin-containing treatment, optimal eradication (>90%) was obtained with moxifloxacin-containing triple therapy or levofloxacin-containing quadruple therapy (with bismuth). In patients receiving triple therapy containing levofloxacin or moxifloxacin, and levofloxacin–bismuth quadruple treatment, cure rates were optimized with 14-day regimens using high doses of proton pump inhibitors. However, 3-in-1 single capsule or levofloxacin–bismuth quadruple therapy produced reliable eradication rates regardless of proton pump inhibitor dose, duration of therapy, or previous first-line treatment. The overall incidence of adverse events was 28%, and most (85%) were mild. Three patients developed serious adverse events (0.3%) requiring hospitalization. Conclusions: Empiric second-line regimens including 14-day quinolone triple therapies, 14-day levofloxacin–bismuth quadruple therapy, 14-day tetracycline–bismuth classic quadruple therapy, and 10-day bismuth quadruple therapy (as a single capsule) provided optimal effectiveness. However, many other second-line treatments evaluated reported low eradication rates. ClincialTrials.gov number: NCT02328131