SARS-CoV-2 introductions and early dynamics of the epidemic in Portugal

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Portugal was rapidly implemented by the National Institute of Health in the early stages of the COVID-19 epidemic, in collaboration with more than 50 laboratories distributed nationwide. Methods By applying recent phylodynamic models that allow integration of individual-based travel history, we reconstructed and characterized the spatio-temporal dynamics of SARSCoV-2 introductions and early dissemination in Portugal. Results We detected at least 277 independent SARS-CoV-2 introductions, mostly from European countries (namely the United Kingdom, Spain, France, Italy, and Switzerland), which were consistent with the countries with the highest connectivity with Portugal. Although most introductions were estimated to have occurred during early March 2020, it is likely that SARS-CoV-2 was silently circulating in Portugal throughout February, before the first cases were confirmed. Conclusions Here we conclude that the earlier implementation of measures could have minimized the number of introductions and subsequent virus expansion in Portugal. This study lays the foundation for genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Portugal, and highlights the need for systematic and geographically-representative genomic surveillance.We gratefully acknowledge to Sara Hill and Nuno Faria (University of Oxford) and Joshua Quick and Nick Loman (University of Birmingham) for kindly providing us with the initial sets of Artic Network primers for NGS; Rafael Mamede (MRamirez team, IMM, Lisbon) for developing and sharing a bioinformatics script for sequence curation (https://github.com/rfm-targa/BioinfUtils); Philippe Lemey (KU Leuven) for providing guidance on the implementation of the phylodynamic models; Joshua L. Cherry (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health) for providing guidance with the subsampling strategies; and all authors, originating and submitting laboratories who have contributed genome data on GISAID (https://www.gisaid.org/) on which part of this research is based. The opinions expressed in this article are those of the authors and do not reflect the view of the National Institutes of Health, the Department of Health and Human Services, or the United States government. This study is co-funded by Fundação para a Ciência e Tecnologia and Agência de Investigação Clínica e Inovação Biomédica (234_596874175) on behalf of the Research 4 COVID-19 call. Some infrastructural resources used in this study come from the GenomePT project (POCI-01-0145-FEDER-022184), supported by COMPETE 2020 - Operational Programme for Competitiveness and Internationalisation (POCI), Lisboa Portugal Regional Operational Programme (Lisboa2020), Algarve Portugal Regional Operational Programme (CRESC Algarve2020), under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF), and by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Métodos de pesquisa de beta-lactamases em amostras clínicas: estudo de revisão

Trabalho apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas.As beta-lactamases são enzimas bacterianas que hidrolisam antibióticos beta-lactâmicos. Nos últimos anos muitos antibióticos beta-lactâmicos foram desenvolvidos e especificamente preparados para serem resistentes a esta acção hidrolítica das beta-lactamases; no entanto, com o passar do tempo, novas enzimas surgiram pela pressão selectiva do uso e abuso dos novos antibióticos. O aumento da prevalência de bactérias produzindo beta-lactamases criou a necessidade de métodos rápidos que identifiquem a presença destas enzimas no microrganismo isolado, condição importante para o tratamento do paciente, pois permite ao médico seleccionar o antibiótico adequado evitando medicamentos ineficazes e de alto custo. O objectivo deste estudo é a pesquisa blibliográfica dos vários métodos de detecção de beta-lactamases, em isolados clínicos de bactérias Gram negativo e Gram positivo, realizando um estudo comparativo. The beta-lactamases are bacterial enzymes that hydrolyze beta-lactam antibiotics.In recent years many beta-lactam antibiotics were developed and prepared specifically to be resistant to this hydrolytic action of beta-lactamases, however, over time, new enzymes arose through selective pressure of use and abuse of new antibiotics. The increasing prevalence of beta-lactamase leading the research for rapid and new method to identify the presence of these enzymes in the isolated microorganism, an important condition for the treatment of the patient. It allows the physician to select the appropriate antibiotic avoiding ineffective and expensive drugs. The aim of this study is to search various methods of detection of beta-lactamases in clinical isolates of Gram negative and Gram positive, conducting a comparative study

[Relatório de estágio: Serviço de Patologia Clínica do Hospital Sousa Martins da Unidade Local de Saúde da Guarda]

Tese de mestrado, Análises Clínicas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2019Relatório de estágio de mestrado, Análises Clínicas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2019O presente relatório refere-se ao estágio decorrido entre Novembro de 2018 e Maio de 2019 no Serviço de Patologia Clínica do Hospital Sousa Martins da Unidade Local de Saúde da Guarda, no âmbito do curso de Mestrado em Análises Clínicas da Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa. O Serviço de Patologia Clínica desta Unidade Local de Saúde é um serviço constituído por 6 unidades laboratoriais, Microbiologia, Micobacteriologia, Bioquímica, Hematologia, Biologia Molecular e Imunologia, que prima pela competência técnica e pela qualidade dos resultados. Apesar das inúmeras áreas que compõem um laboratório de análises clínicas, este relatório visa uma abordagem mais profunda sobre as áreas de Microbiologia, Micobacteriologia e Bioquímica Clínica. Na área de Microbiologia e Micobacteriologia tive a oportunidade de realizar técnicas que permitiam isolar os microrganismos, tornando-os viáveis, e posteriormente semeá-los em meios de cultura que permitam o crescimento desse mesmo agente patogénico. Observei vários exames microscópicos diretos que permitem de forma rápida, através das características morfológicas dos microrganismos, fazer um diagnóstico presuntivo que pode ser dado ao clínico como provisório até ser obtido um diagnóstico final. Na área da Bioquímica Clínica tive a oportunidade de proceder à determinação de vários parâmetros químicos, em amostras de plasma, soro, urina e outros produtos biológicos, com recurso a aparelhos automatizados e à realização de técnicas manuais. Durante o presente estágio também foram observadas as fases pré e pós-analítica através da assistência de colheitas de amostras biológicas e através da visualização, validação e interpretação de boletins de resultados. O relatório tem como objetivo descrever a organização e funcionamento, como as tecnologias e metodologias analíticas aplicadas, evidenciando a utilidade de cada parâmetro no diagnóstico clínico e monitorização da doença. Além disso, a necessidade de trabalhar segundo um Sistema de Gestão de Qualidade (SGQ) interno e externo é um fator diferenciador de um serviço de excelência e como forma de garantia de qualidade analítica.Nos últimos anos tem surgido bactérias altamente resistentes, em especial as resistentes aos “antibióticos de última linha”, como os carbapenemos. Em primeiro plano temos a as Enterobacterales, nomeadamente a espécie Klebsiella pneumoniae e Escherichia coli,, seguida das estirpes de Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter spp., como um dos exemplos mais problemático de resistência aos carbapenemos. Estas resistências constituem um problema grave para a saúde pública e uma ameaça às economias da Europa e do mundo pondo em causa a segurança dos doentes. Nenhum consenso ainda foi alcançado sobre o método de deteção ideal devido aos diferentes mecanismos de resistência entre os diferentes tipos de carbapenemases. O uso de métodos fenotípicos conjugados com métodos moleculares, a utilizar quando possível, pode melhorar bastante a deteção de estirpes produtoras de carbapenemases em comparação com o uso de um único método. O tratamento mais apropriado para tratar estirpes resistentes aos carbapenemos ainda é discutível. Na maioria dos estudos defende-se a terapia combinada em vez da monoterapia. É essencial a formação em boas práticas de prevenção e controlo da infeção, nomeadamente aos profissionais de saúde, assim como sensibilizar as pessoas de modo a usarem os antibióticos apenas quando estritamente necessário para diminuir a taxa de resistências. Uma implementação concertada de medidas em todo o mundo, incluindo melhorias no controlo e na prevenção de infeções em hospitais e outras instituições de saúde e a utilização mais prudente de antibióticos pode oferecer uma solução a longo prazo. O objetivo da presente dissertação inclui uma revisão do grupo de carbapenemos e seus mecanismos de resistência, analisar a situação epidemiológica e fatores de risco das infeções por bactérias produtoras de carbapenemases em Portugal e na Unidade Local de Saúde da Guarda e rever os métodos de deteção e os fármacos utilizados no tratamento de bactérias produtoras de carbapenemases. Pretende-se também destacar medidas de prevenção e uso racional de antibióticos.This report refers to the internship that took place between November 2018 and May 2019 at the Clinical Pathology Service of Hospital Sousa Martins - ULS Guarda, within the Master's degree course in Clinical Analysis, Faculty of Pharmacy, University of Lisbon. The Clinical Pathology Service of this Local Health Unit is a service consisting of 6 laboratory units, Microbiology, Mycobacteriology, Biochemistry, Hematology, Molecular Biology and Immunology, that strives for technical competence and quality of results. Despite the numerous areas that make up a clinical analysis laboratory, this report aims at a deeper approach to the areas of Microbiology, Mycobacteriology, and Clinical Biochemistry. In the area of Microbiology and Mycobacteriology I had the opportunity to perform techniques that allowed the isolation of microorganisms, making them viable, and subsequently sowing them in culture media that allow the growth of the same pathogen. I have observed several direct microscopic examinations that allow quickly, through the morphological characteristics of microorganisms, to make a presumptive diagnosis that can be given to the clinician as provisional until a final diagnosis is obtained. In the area of Clinical Biochemistry I had the opportunity to determine various chemical parameters in samples of plasma, serum, urine and other biological products, using automated devices and performing manual techniques. During the present stage, the pre and post-analytical phases were also observed through the assistance of biological sample collections and through the visualization, validation and interpretation of results bulletins. The report aims to describe the organization and operation, as the applied technologies and analytical methodologies, highlighting the usefulness of each parameter in the clinical diagnosis and monitoring of the disease. In addition, the need to work according to an internal and external Quality Management System is a differentiating factor of a service of excellence and as a form of analytical quality assurance. In recent years, highly resistant bacteria have emerged, especially those resistant to "last-line antibiotics" such as carbapenems. In the foreground we have the Enterobacterales, namely Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli, followed by the strains of Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp., as one of the most problematic examples of resistance to carbapenems. Such resistance is a serious problem for public health and a threat to the economies of Europe and the world and put at risk patient safety. No consensus has yet been reached on the optimal detection method due to the different resistance mechanisms between carbapenemases. The use of phenotypic methods combined with molecular methods, when possible, can greatly improve the detection of carbapenemase producing strains compared to the use of a single method. The most appropriate treatment for treating carbapenem resistant strains is still debatable. In most studies it advocates combination therapy rather than monotherapy. Training of good infection prevention and control practices, particularly for health professionals, is essential, as well as sensitizing people to use antibiotics only when necessary to reduce the rate of resistance. A concerted implementation of measures around the world, including improvements in the control and prevention of infections in hospitals and other health institutions, and the more prudent use of antibiotics may offer a long-term solution. The objective of the present monograph includes a review of the carbapenem group and its resistance mechanisms, to analyze the epidemiological situation and risk factors of the infections caused by carbapenemases bacteria in Portugal and the Guarda Local Health Unit and to review the methods of detection and the drugs used in the treatment of carbapenemase-producing bacteria. It is also intended to highlight measures of prevention and rational use of antibiotics.Nos últimos anos tem surgido bactérias altamente resistentes, em especial as resistentes aos “antibióticos de última linha”, como os carbapenemos. Em primeiro plano temos a as Enterobacterales, nomeadamente a espécie Klebsiella pneumoniae e Escherichia coli,, seguida das estirpes de Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter spp., como um dos exemplos mais problemático de resistência aos carbapenemos. Estas resistências constituem um problema grave para a saúde pública e uma ameaça às economias da Europa e do mundo pondo em causa a segurança dos doentes. Nenhum consenso ainda foi alcançado sobre o método de deteção ideal devido aos diferentes mecanismos de resistência entre os diferentes tipos de carbapenemases. O uso de métodos fenotípicos conjugados com métodos moleculares, a utilizar quando possível, pode melhorar bastante a deteção de estirpes produtoras de carbapenemases em comparação com o uso de um único método. O tratamento mais apropriado para tratar estirpes resistentes aos carbapenemos ainda é discutível. Na maioria dos estudos defende-se a terapia combinada em vez da monoterapia. É essencial a formação em boas práticas de prevenção e controlo da infeção, nomeadamente aos profissionais de saúde, assim como sensibilizar as pessoas de modo a usarem os antibióticos apenas quando estritamente necessário para diminuir a taxa de resistências. Uma implementação concertada de medidas em todo o mundo, incluindo melhorias no controlo e na prevenção de infeções em hospitais e outras instituições de saúde e a utilização mais prudente de antibióticos pode oferecer uma solução a longo prazo. O objetivo da presente dissertação inclui uma revisão do grupo de carbapenemos e seus mecanismos de resistência, analisar a situação epidemiológica e fatores de risco das infeções por bactérias produtoras de carbapenemases em Portugal e na Unidade Local de Saúde da Guarda e rever os métodos de deteção e os fármacos utilizados no tratamento de bactérias produtoras de carbapenemases. Pretende-se também destacar medidas de prevenção e uso racional de antibióticos.In recent years, highly resistant bacteria have emerged, especially those resistant to "last-line antibiotics" such as carbapenems. In the foreground we have the Enterobacterales, namely Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli, followed by the strains of Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp., as one of the most problematic examples of resistance to carbapenems. Such resistance is a serious problem for public health and a threat to the economies of Europe and the world and put at risk patient safety. No consensus has yet been reached on the optimal detection method due to the different resistance mechanisms between carbapenemases. The use of phenotypic methods combined with molecular methods, when possible, can greatly improve the detection of carbapenemase producing strains compared to the use of a single method. The most appropriate treatment for treating carbapenem resistant strains is still debatable. In most studies it advocates combination therapy rather than monotherapy. Training of good infection prevention and control practices, particularly for health professionals, is essential, as well as sensitizing people to use antibiotics only when necessary to reduce the rate of resistance. A concerted implementation of measures around the world, including improvements in the control and prevention of infections in hospitals and other health institutions, and the more prudent use of antibiotics may offer a long-term solution. The objective of the present monograph includes a review of the carbapenem group and its resistance mechanisms, to analyze the epidemiological situation and risk factors of the infections caused by carbapenemases bacteria in Portugal and the Guarda Local Health Unit and to review the methods of detection and the drugs used in the treatment of carbapenemase-producing bacteria. It is also intended to highlight measures of prevention and rational use of antibiotics.Serviço de Patologia Clínica do Hospital Sousa Martins da Unidade Local de Saúde da Guard

Período reprodutivo de fêmeas de Hypostomus commersoni Valenciennes, 1836, em uma barragem na bacia do rio Uruguai

http://dx.doi.org/10.5007/2175-7925.2014v27n2p87O cascudo Hypostomus commersoni, nativo da Bacia do Rio Uruguai, pertencente à família Loricariidae, é encontrado habitualmente em ambientes lênticos e tem sua biologia ainda pouco conhecida na região do Pampa Brasileiro. Foi verificado o período reprodutivo pela análise da variação mensal do índice gonadossomático (IGS), do índice hepatossomático (IHS), e o fator de condição gonadal (∆K), além da observação macroscópica do estádio de desenvolvimento gonadal. Após a análise dos resultados pode se concluir que a espécie em estudo tem seu período reprodutivo de setembro estendendo-se a janeiro, atingindo seu pico de reprodução em novembro. Os indicadores IHS e ∆K apresentaram-se mais elevados no mês de outubro, demonstrando uma melhor condição gonadal e o IHS revelou um acúmulo de reservas lipídicas para fornecer energia na vitelogênese, no mês antecedente ao pico de reprodução, sendo desta forma, bons indicadores que corroboram com o período de reprodução determinado