Research in progress: report on the ICAIL 2017 doctoral consortium

This paper arose out of the 2017 international conference on AI and law doctoral consortium. There were five students who presented their Ph.D. work, and each of them has contributed a section to this paper. The paper offers a view of what topics are currently engaging students, and shows the diversity of their interests and influences

Quantitative analysis of HER family proteins using mass spectrometry as a predictive tool of response to anti-HER therapies in breast cancer

Premi Extraordinari de Doctorat concedit pels programes de doctorat de la UAB per curs acadèmic 2017-2018Introducción: La expresión desregulada y la actividad de los miembros de la familia HER es frecuente en el cáncer de mama (CM). Hasta el 25% de CM sobreexpresan HER2. Los altos niveles de este oncogén, casi invariablemente como consecuencia de la amplificación genómica, conllevan una enfermedad agresiva y es una importante diana terapéutica. Los anticuerpos monoclonales y las pequeñas moléculas inhibidoras de quinasa son las principales estrategias dirigidas contra HER2 en CM. Aunque el tratamiento con trastuzumab se asocia con importantes beneficios en términos de supervivencia, un número significativo de pacientes con CM HER2-positivo no se benefician de ella o se vuelven resistentes. Otros fármacos anti-HER2 (por ejemplo, lapatinib, pertuzumab y T-DM1) han sido aprobados para el tratamiento de CM metastásico HER2-positivo después de la progresión a trastuzumab. Estos nuevos fármacos anti-HER2 están siendo probados en el tratamiento adyuvante, solo o en regímenes de anticuerpos duales sin quimioterapia concomitante o secuencial. Identificar qué pacientes con CM tienen más probabilidades de beneficiarse de una u otra forma de terapia dirigida anti-HER es crucial. Los métodos actuales para la determinación del estado de HER2 (IHC y FISH) son semicuantitativos, sufren de problemas de reproducibilidad, y no predicen la respuesta al trastuzumab. El objetivo principal de este proyecto fue investigar si el análisis cuantitativo de la proteína HER2 por espectrometría de masas (MS) puede mejorar la predicción actual de respuesta o resistencia a los medicamentos dirigidos contra HER. Métodos: Hemos cuantificado mediante MS los niveles de proteína HER2 en muestras de tejido, fijados en formol e incluidos en parafina que habían sido clasificadas como negativas (HER2 0, 1+), equívoca (2+) o positiva (3+) por inmunohistoquímica (IHC). Las curvas ROC (Característica Operativa del Receptor) se construyeron mediante el cálculo de la sensibilidad y especificidad de cantidades crecientes de HER2 (por MS) en la predicción de positividad de HER2 (por IHC/ISH combinado) y de beneficio en la supervivencia después de tratamiento con anti-HER2. El análisis de supervivencia se llevo a cabo con el método de Kaplan-Meier y las curvas se compararon mediante el test del Log-Rank. Para el análisis multivariable se utilizó la regresión de Cox ajustado por el estado de los receptores hormonales, el estadío del tumor, los ganglios linfáticos y los niveles de HER2 por MS. Los resultados se consideraron significativos cuando los valores de p (p) fueron menos de 0,05. Resultados: Los niveles absolutos de HER2 (amol/μg) se correlacionaron significativamente con HER2 por IHC y el estado de la amplificación por ISH (p 0,0001). Dentro de la categoría de IHC-positivos (3+), se observó un amplio rango dinámico de la expresión de la proteína HER2 (de 163,7 a 17,446.7 amol/μg). Utilizando el punto de corte de 740 amol/μg, la tasa de correlación entre HER2 por MS y estándar IHC/ISH fue del 94% (p 2200 mg amol/μg obtienen un beneficio más grande tras el tratamiento con la terapia anti-HER2 que los pacientes con bajos niveles de expresión de HER2

SITE-DIRECTED MUTAGENESIS AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF 2 PHOSPHOLIPASE-A2 MUTANTS - Y52F AND Y73F

Tyr52 and Tyr73 are conserved amino acid residues throughout all vertebrate phospholipases A2. They are part of an extended hydrogen bonding system that links the N-terminal alpha-NH+-group to the catalytic residues His48 and Asp99. These tyrosines were replaced by phenylalanines in a porcine pancreatic phospholipase A2 mutant, in which residues 62 - 66 had been deleted (DELTA62 - 66PLA2). The mutations did not affect the catalytic properties of the enzyme, nor the folding kinetics. The stability against denaturation by guanidine hydrochloride was decreased, however. To analyse how the enzyme compensates for the loss of the tyrosine hydroxyl group, the X-ray structures of the DELTAY52F and DELTAY73F mutants were determined. After crystallographic refinement the final crystallographic R-factors were 18.1% for the DELTAY52F mutant (data between 7 and 2.3 angstrom resolution) and 19.1% for the DELTAY73F mutant (data between 7 and 2.4 angstrom resolution). No conformational changes occurred in the mutants compared with the DELTA62 - 66PLA2, but an empty cavity formed at the site of the hydroxyl group of the former tyrosine. In both mutants the Asp99 side chain loses one of its hydrogen bonds and this might explain the observed destabilization

Crashing NASH in Patients Listed for Bariatric Surgery

status: publishe