Finding New Cell Wall Regulatory Genes in Populus trichocarpa Using Multiple Lines of Evidence.

Understanding the regulatory network controlling cell wall biosynthesis is of great interest in Populus trichocarpa, both because of its status as a model woody perennial and its importance for lignocellulosic products. We searched for genes with putatively unknown roles in regulating cell wall biosynthesis using an extended network-based Lines of Evidence (LOE) pipeline to combine multiple omics data sets in P. trichocarpa, including gene coexpression, gene comethylation, population level pairwise SNP correlations, and two distinct SNP-metabolite Genome Wide Association Study (GWAS) layers. By incorporating validation, ranking, and filtering approaches we produced a list of nine high priority gene candidates for involvement in the regulation of cell wall biosynthesis. We subsequently performed a detailed investigation of candidate gene GROWTH-REGULATING FACTOR 9 (PtGRF9). To investigate the role of PtGRF9 in regulating cell wall biosynthesis, we assessed the genome-wide connections of PtGRF9 and a paralog across data layers with functional enrichment analyses, predictive transcription factor binding site analysis, and an independent comparison to eQTN data. Our findings indicate that PtGRF9 likely affects the cell wall by directly repressing genes involved in cell wall biosynthesis, such as PtCCoAOMT and PtMYB.41, and indirectly by regulating homeobox genes. Furthermore, evidence suggests that PtGRF9 paralogs may act as transcriptional co-regulators that direct the global energy usage of the plant. Using our extended pipeline, we show multiple lines of evidence implicating the involvement of these genes in cell wall regulatory functions and demonstrate the value of this method for prioritizing candidate genes for experimental validation

"Plantar pro gasto": a importância do autoconsumo entre famílias de agricultores do Rio Grande do Sul.

O artigo discute a valoração e importância da produção para o autoconsumo na reprodução social das unidades familiares e caracteriza os alimentos autoconsumidos. Vale-se da pesquisa "Agricultura Familiar, Desenvolvimento Local e Pluriatividade" (UFRGS/UFPel/ CNPq-2003) que propiciou a formação de um banco de dados com informações sobre a dinâmica da agricultura familiar em quatro regiões distintas da geografia gaúcha, suas fontes e tipos de renda, entre estas o autoconsumo. Trazer este debate significa retomar um tema pouco discutido até então, e que, embora marginalizado ou considerado sem importância, desenvolve importante papel como renda não monetária, fortalece a segurança alimentar e adentra esferas da sociabilidade e identidade social. Além da introdução, apresenta-se o papel do autoconsumo na agricultura familiar, o cálculo da produção para o autoconsumo, discussão dos objetivos e resultados, e considerações finais. Os resultados demonstram que a produção para o autoconsumo é uma estratégia recorrente pelas unidades familiares e se diferencia de acordo com a dinâmica da agricultura familiar. Diferença esta expressa em valores relativos (%) e no número de estabelecimentos pertencentes a estratos diferenciados de autoconsumo, e pouco nos tipos de alimentos produzidos para este fim, observando-se uma homogeneidade dos hábitos alimentares

Non-random distribution of microsatellite motifs and (TTAGGG)n repeats in the monkey frog Pithecopus rusticus (Anura, Phyllomedusidae) karyotype

The monkey frog, Pithecopus rusticus (Anura, Phyllomedusidae) is endemic to the grasslands of the Araucarias Plateau, southern Brazil. This species is known only from a small population found at the type locality. Here, we analyzed for the first time the chromosomal organization of the repetitive sequences, including seven microsatellite repeats and telomeric sequences (TTAGGG)n in the karyotype of the species by Fluorescence in situ Hybridization. The dinucleotide motifs had a pattern of distribution clearly distinct from those of the tri- and tetranucleotides. The dinucleotide motifs are abundant and widely distributed in the chromosomes, located primarily in the subterminal regions. The tri- and tetranucleotides, by contrast, tend to be clustered. with signals being observed together in the secondary constriction of the homologs of pair 9, which are associated with the nucleolus organizer region. As expected, the (TTAGGG)n probe was hybridized in all the telomeres, with hybridization signals being detected in the interstitial regions of some chromosome pairs. We demonstrated the variation in the abundance and distribution of the different microsatellite motifs and revealed their non-random distribution in the karyotype of P. rusticus. These data contribute to understand the role of repetitive sequences in the karyotype diversification and evolution of this taxon424COORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR - CAPESFUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA DO ESTADO DE SÃO PAULO - FAPESPsem informação2016/07717-

As múltiplas funções da agricultura familiar: um estudo no assentamento Monte Alegre, região de Araraquara (SP).

A partir da emergência da ideia de sustentabilidade, a agricultura adquiriu novas conotações, associadas não apenas ao aspecto produtivo, mas também à conservação dos recursos naturais e dos territórios rurais, em um reconhecimento de sua multifuncionalidade. Com base nesta noção, que valoriza as funções socioambientais desempenhadas pelas famílias rurais e pelas agriculturas praticadas, o presente artigo analisa um assentamento rural no estado de São Paulo, buscando identificar quais são e de que forma se expressam as funções para além da produção neste território particular. Por meio de uma metodologia de cunho quali-quantitativo, observou-se que, no assentamento em foco, a agricultura encerra em si questões de coesão territorial, manutenção da segurança alimentar, conservação da agrobiodiversidade e de fomento a outras atividades produtivas, sendo o elemento central da reconstrução de um modo de vida rural neste ambiente

Considerações sobre a amêndoa da castanha de caju: aspectos nutricionais e de mercado.

Nesse artigo apresentam-se informações relacionadas à composição da amêndoa de castanha de caju (ACC), à essencialidade dos diferentes tipos de ácidos graxos, às necessidades humanas diárias desses componentes e à contribuição da ACC no seu suprimento. São analisadas a produção, a importação e a exportação mundial nos últimos 20 anos, assim como a participação da ACC no agronegócio brasileiro e sua comercialização. A análise estatística evidencia uma clara desvantagem no mercado internacional para o Brasil, que se mantém como terceiro exportador mundial de ACC, porém com taxas de crescimento bastante abaixo de seus principais competidores. Com relação à produção, também ocorre o mesmo, desvantagem para o Brasil, com um parco crescimento da produção de castanha de caju, quando comparado com seus principais competidores. Com relação ao aspecto nutricional, destacam-se a importância dos ácidos graxos (ômega 6 e 9) que compõem a ACC para a nutrição humana e as recomendações diárias de ácidos graxos nas diferentes fases do crescimento humano

Finding New Cell Wall Regulatory Genes in Populus trichocarpa Using Multiple Lines of Evidence

Understanding the regulatory network controlling cell wall biosynthesis is of great interest in Populus trichocarpa, both because of its status as a model woody perennial and its importance for lignocellulosic products. We searched for genes with putatively unknown roles in regulating cell wall biosynthesis using an extended network-based Lines of Evidence (LOE) pipeline to combine multiple omics data sets in P. trichocarpa, including gene coexpression, gene comethylation, population level pairwise SNP correlations, and two distinct SNP-metabolite Genome Wide Association Study (GWAS) layers. By incorporating validation, ranking, and filtering approaches we produced a list of nine high priority gene candidates for involvement in the regulation of cell wall biosynthesis. We subsequently performed a detailed investigation of candidate gene GROWTH-REGULATING FACTOR 9 (PtGRF9). To investigate the role of PtGRF9 in regulating cell wall biosynthesis, we assessed the genome-wide connections of PtGRF9 and a paralog across data layers with functional enrichment analyses, predictive transcription factor binding site analysis, and an independent comparison to eQTN data. Our findings indicate that PtGRF9 likely affects the cell wall by directly repressing genes involved in cell wall biosynthesis, such as PtCCoAOMT and PtMYB.41, and indirectly by regulating homeobox genes. Furthermore, evidence suggests that PtGRF9 paralogs may act as transcriptional co-regulators that direct the global energy usage of the plant. Using our extended pipeline, we show multiple lines of evidence implicating the involvement of these genes in cell wall regulatory functions and demonstrate the value of this method for prioritizing candidate genes for experimental validation