Healthcare workers hospitalized due to COVID-19 have no higher risk of death than general population. Data from the Spanish SEMI-COVID-19 Registry

Aim To determine whether healthcare workers (HCW) hospitalized in Spain due to COVID-19 have a worse prognosis than non-healthcare workers (NHCW). Methods Observational cohort study based on the SEMI-COVID-19 Registry, a nationwide registry that collects sociodemographic, clinical, laboratory, and treatment data on patients hospitalised with COVID-19 in Spain. Patients aged 20-65 years were selected. A multivariate logistic regression model was performed to identify factors associated with mortality. Results As of 22 May 2020, 4393 patients were included, of whom 419 (9.5%) were HCW. Median (interquartile range) age of HCW was 52 (15) years and 62.4% were women. Prevalence of comorbidities and severe radiological findings upon admission were less frequent in HCW. There were no difference in need of respiratory support and admission to intensive care unit, but occurrence of sepsis and in-hospital mortality was lower in HCW (1.7% vs. 3.9%; p = 0.024 and 0.7% vs. 4.8%; p<0.001 respectively). Age, male sex and comorbidity, were independently associated with higher in-hospital mortality and healthcare working with lower mortality (OR 0.211, 95%CI 0.067-0.667, p = 0.008). 30-days survival was higher in HCW (0.968 vs. 0.851 p<0.001). Conclusions Hospitalized COVID-19 HCW had fewer comorbidities and a better prognosis than NHCW. Our results suggest that professional exposure to COVID-19 in HCW does not carry more clinical severity nor mortality

Genética Mitocondrial y Riesgo de Diabetes Post Trasplante

Tras la realización de un trasplante de órgano sólido, una de las complicaciones que pueden surgir es la aparición de la diabetes de novo post trasplante. Esto puede ser debido a varios factores, entre los que se encuentra el tratamiento inmunosupresor, ya que éste induce a la aparición de diabetes. Las mitocondrias, y variaciones que se producen en el ADN mitocondrial juegan un papel importante en el riesgo de desarrollar diabetes. En el ADN mitocondrial existen una serie de polimorfismos que determinan los haplogrupos mitocondriales, por los cuales se pueden dividir las poblaciones. La hipótesis era comprobar si alguno de los haplogrupos mitocondriales se encontraba asociado al riesgo de padecer diabetes de novo post trasplante, y paralelamente estudiar las variaciones en 3 de los genes del ADN mitocondrial para buscar alguna mutación que estuviera asociada a la enfermedad. Encontramos un haplogrupo, el H, asociado a la enfermedad, y una mayor frecuencia de mutaciones raras en los 3 genes estudiados entre los pacientes que habían desarrollado diabetes de novo post trasplante comparados con los que no, que vienen a corroborar otros estudios que postulan el papel crítico que juegan las mitocondrias a la hora de desarrollar diabetes

Miocardiopatía hipertrófica: Identificación de nuevos genes mediante técnicas de secuenciación masiva

La Miocardiopatía Hipertrtófica (MCH) es la enfermedad cardiaca hereditaria más común, con una indicencia de 1/500. Está causada mayoritariamente por variantes patológicas de la secuencia del ADN en los genes que codifican proteínas del sarcómero, la unidad funcional contráctil del músculo, entre las que destacan los genes de la cadena pesada de la beta miosina (MYH7) y de la proteína C de unión a la beta miosina (MYBPC3). Entre las dos son responsables de aproximadamente el 50% de los casos de MCH en los que se han hallado mutaciones causales. Sin embargo, en un 30-60% de los casos la variante genética causal no es identificada, por lo que deben existir otros genes relacionados con la patología, aún no descritos. La secuenciación masiva o de nueva generación, next generation sequencing (NGS) en sus siglas en Inglés, ha revolucionado el campo de la Genética. Dichas técnicas presentan tres ventajas fundamentales respecto al método de secuenciación tradicional, o método de Sanger: la creación de las librerías se lleva a cabo sin la necesidad de clonación bacteriana (es decir, es un sistema libre de células), la realización de múltiples de reacciones de secuenciación en paralelo, y sin necesidad de llevar a cabo una electroforesis para visualizar las secuencias. Estas tres características han supuesto una drástica disminución en los costes y el tiempo de estudio, a la vez que se producía un aumento exponencial del número de lecturas de pares de bases secuenciadas por experimento. Dentro de las numerosas aplicaciones de la NGS, la secuenciación de todas la región codificante del ADN o exoma, ha supuesto una avance muy significativo a la hora de identificar nuevos genes asociados a diversas patologías. Con estos antecedentes, nos propusimos los objetivos de desarrollar un protocolo de secuenciación masiva mediante chips semiconductores (NGS Ion Torrent Personal Genome Machine, PGM) para el cribado de los principales genes asociados a la MCH, de tal manera que pudiéramos aumentar la cantidad de genes estudiados a la vez que disminuíamos los costes y el tiempo necesario para ello. El protocolo sería extensible a cualquier laboratorio para facilitar el diagnóstico genético de la enfermedad. A partir de las familias sin mutación sarcomérica identificada, nos propusimos como segundo objetivo la búsqueda de nuevos genes candidatos mediante análisis del exoma y posterior validación con estudios funcionales. 1. Diseñamos un panel (software Ion Ampliseq Designer) que contuviera la secuencia codificante y al menos las 5 pares de bases intrónicas flanqueantes de los principales genes asociados a la MCH: MYH7, MYBPC3, TNNT2, TNNI3, TPM1, MYL2, MYL3, ACTC1, y TNNC1. Para la validación de dicho protocolo, secuenciamos muestras “control” que ya sabíamos que eran portadores de alguna variante patogénica. Identificamos todas estas variantes, por lo que concluimos que nuestro protocolo de secuenciación masiva era válido para el cribado de los principales genes asociados a la MCH, y como tal definimos el espectro mutaciones de los 9 genes en una cohorte de más de 500 pacientes. 2. A continuación seleccionamos una serie de pacientes sin mutación en los principales genes asociados a la MCH, y secuenciamos su exoma. Tras el análisis bioinformático identificamos al gen de la filamina C (FLNC) como el mejor candidato, por lo que analizamos su secuencia en una cohorte de 448 pacientes y 450 controles. Entre los pacientes había 168 portadores de una posible mutación en los principales genes sarcoméricos. Identificamos un total de 38 variantes con posible efecto funcional (incluyendo una variante sin sentido) en el gen FLNC en la cohorte de MCHs, frente a sólo 22 variantes entre los controles. De todas estas, 25 estaban presentes solo en los pacientes frente a solo 9 en solo los controles (p<0.05). A su vez, 13 de las variantes identificadas en los pacientes no estaban descritas en las bases de datos del exoma, por solo una de las halladas en los controles (p<0.05). De las 38 variantes de la cohorte de MCHs seleccionamos 20 en 22 portadores para realizar estudios de co-segregación familiar. De ellas, 4 pacientes eran a su vez portadores de variantes en los genes MYH7 ó MYBPC3, por 18 que eran portadores sólo de variantes en FLNC, resultando en diferencias estadísticamente significativas entre ambos grupos. Pudimos realizar dichos estudios en 15 variantes, pertenecientes a 16 familias. Entre los pacientes de MCH sin variación causal identificada en los principales genes sarcoméricos, en 11 familias de las estudiadas había al menos un segundo familiar con signos de MCH y todos ellos eran portadores de la correspondiente variante en FLNC. En total, en estas familias identificamos un total de 36 portadores de variantes en FLNC, mostrando 27 de ellos signos de MCH. 3. Además, realizamos estudios funcionales en tejido cardiaco de dos de las variantes en FLNC, observando la formación de agregados de filamina c. Mediante mutagénesis dirigida se transfectaron en células cardiacas de rata los ADNc de 4 de las variantes, y se comprobó que resultaban en la formación de agregados de flnc. Por tanto, basándonos en la frecuencia poblacional de variantes candidatas (enfermos y controles), los predictores bioinformáticos, la segregación familiar, y los estudios funcionales clasificamos a las variantes en FLNC como probablemente patogénicas (n=6), posiblemente patogénicas (n=3), de significado incierto (n=7), y probablemente benignas (n=4). En resumen, el protocolo de secuenciación masiva mediante chips semiconductores es un método válido para el cribado de los principales genes asociados a la Miocardiopatía hipertrófica, con una reducción importante de coste y tiempo de trabajo. Es trasladable a la práctica clínica (cribado genético) con resultados similares a los descritos para otras técnicas de NGS. Por otro lado, presentamos evidencias de que el gen FLNC estaría implicado en el desarrollo de un número significativo de casos de MCH, que podría llegar al 2% del total en nuestra población. Sin embargo, la penetrancia incompleta y el carácter benigno de la mayoría de las variantes identificadas resulta a menudo en una clasificación como de significado patogénico incierto, lo que puede dificultar su empleo como predictoras del riesgo de desarrollar la enfermedad entre los portadores y, por tanto, limitar el consejo genético familia

Method to detect malfunctioning traffic count stations

"This paper is a postprint of a paper submitted to and accepted for publication in IET Intelligent Transport Systems and is subject to Institution of Engineering and Technology Copyright. The copy of record is available at IET Digital Library"This study presents a method for the automatic detection of malfunctioning traffic count stations (TCS) in a transport system. First, double linear optimisation is used to detect inadmissible errors in the recordings of a series of TCS and next, the TCS that are most likely to be failing are identified. The method has been applied to an urban traffic network showing success rates up to 93% in identifying the TCS that are failing.TRYSE Research Group, Department of Civil Engineering, University of Granada, Spai

Genetic variants in the NF-κB signaling pathway (NFKB1, NFKBIA, NFKBIZ) and risk of critical outcome among COVID-19 patients.

The NF-κB signaling pathway is a key regulator of inflammation in the response to SARS-CoV-2 infection. This pathway has been implicated in the hyperinflammatory state that characterizes the severe forms of COVID-19. The genetic variation of the NF-κB components might thus explain the predisposition to critical outcomes of this viral disease. We aimed to study the role of the common NFKB1 rs28362491, NFKBIA rs696 and NFKBIZ rs3217713 variants in the risk of developing severe COVID-19 with ICU admission. A total of 470 Spanish patients requiring respiratory support in the ICU were studied (99 deceased and 371 survivors). Compared to healthy population controls (N = 300), the NFKBIA rs696 GG genotype was increased in the patients (p = 0.045; OR = 1.37). The NFKBIZ rs3217713 insertion homozygosis was associated with a significant risk of death (p = 0.02; OR = 1.76) and was also related to increased D-dimer values (p = 0.0078, OR = 1.96). This gene has been implicated in sepsis in mice and rats. Moreover, we found a trend toward lower expression of the NFKBIZ transcript in total blood from II patients. In conclusion, variants in the NF-κB genes might be associated with the risk of developing severe COVID-19, with a significant effect of the NFKBIZ gene on mortality. Our results were based on a limited number of patients and require validation in larger cohorts from other populations

Leap motion controlled video game-based therapy for upper limb rehabilitation in patients with Parkinson's disease: a feasibility study

Background:Non-immersive video games are currently being used as technological rehabilitation tools for individuals with Parkinson's disease (PD). The aim of this feasibility study was to evaluate the effectiveness of the Leap Motion Controller® (LMC) system used with serious games designed for the upper limb (UL), as well as the levels of satisfaction and compliance among patients in mild-to-moderate stages of the disease. Methods: A non-probabilistic sampling of non-consecutive cases was performed. 23 PD patients, in stages II-IV of the Hoehn & Yahr scale, were randomized into two groups: an experimental group (n = 12) who received treatment based on serious games designed by the research team using the LMC system for the UL, and a control group (n = 11) who received a specific intervention for the UL. Grip muscle strength, coordination, speed of movements, fine and gross UL dexterity, as well as satisfaction and compliance, were assessed in both groups pre-treatment and post-treatment. Results: Within the experimental group, significant improvements were observed in all post-treatment assessments, except for Box and Blocks test for the less affected side. Clinical improvements were observed for all assessments in the control group. Statistical intergroup analysis showed significant improvements in coordination, speed of movements and fine motor dexterity scores on the more affected side of patients in the experimental group. Conclusions: The LMC system and the serious games designed may be a feasible rehabilitation tool for the improvement of coordination, speed of movements and fine UL dexterity in PD patients. Further studies are needed to confirm these preliminary findings.The research leading to these results has received funding from the ROBOHEALTH-A project (DPI2013–47944-C4–1-R) funded by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness