A Poglut1 mutation causes a muscular dystrophy with reduced Notch signaling and satellite cell loss

Skeletal muscle regeneration by muscle satellite cells is a physiological mechanism activated upon muscle damage and regulated by Notch signaling. In a family with autosomal recessive limbgirdle muscular dystrophy, we identified a missense mutation in POGLUT1 (protein O-glucosyltransferase 1), an enzyme involved in Notch posttranslational modification and function. In vitro and in vivo experiments demonstrated that the mutation reduces Oglucosyltransferase activity on Notch and impairs muscle development. Muscles from patients revealed decreased Notch signaling, dramatic reduction in satellite cell pool and a muscle-specific adystroglycan hypoglycosylation not present in patients’ fibroblasts. Primary myoblasts from patients showed slow proliferation, facilitated differentiation, and a decreased pool of quiescent PAX7+ cells. A robust rescue of the myogenesis was demonstrated by increasing Notch signaling. None of these alterations were found in muscles from secondary dystroglycanopathy patients. These data suggest that a key pathomechanism for this novel form of muscular dystrophy is Notch-dependent loss of satellite cells.Junta de Andalucía PI-0017-201

Las bases epistemológicas de la ciencia moderna convencional

Dentro de diferentes campos académicos, como los de corte ecologista o posmoderno, se han hecho fuertes críticas a las bases epistemológicas de la ciencia moderna convencional. Sin embargo, dichas bases se encuentran esparcidas en la literatura con pocos intentos de presentarlas de manera sistemática y relativamente completa. En consecuencia, el presente artículo pretende recoger las diversas bases epistemológicas de la ciencia moderna convencional que se encuentran dispersas y hacer una caracterización general y más amplia de la que se suele encontrar en la literatura

El camarón como una fuente de alérgenos

Allergy to shellfish is one of the most prevalent food allergies in several countries, especially the one induced by consuming or having contact with shrimp. Several shrimp species are known to induce allergy diseases. However, the whole spectrum of allergens they contain is unknown and few of them have been completely characterized.This study was done in order to know the recent advances in the characterization of shrimp allergens and its relationship with allergens from other arthropods of importance in allergic diseases. We emphasize the species Litopenaeus vannamei, the most consumed shrimp in Colombia. Well characterized shrimp allergens are named following an official classification; nevertheless, they are better known according to the biological function associated with them.Tropomiosin, the main and most studied allergen in different shrimp species, is involved in cross reactivityamong shrimp and other arthropods like domestic mites. The other characterized allergens seem to have a minor participation in this cross-reactivity. The allergenic potential of L. vannamei is not well known and few of its allergens have been characterized, whilst others that were recently identified such as the hemocyanin and the fatty acid binding proteins are beginning to be studied. Preliminary results suggest that these allergens are involved in the cross-reactivity between shrimp and domestic mites, which deserves further evaluation. The molecular and immunological characterization of all allergens present in shrimp would help understanding its allergenic role. doi: http://dx.doi.org/10.7705/biomedica.v33i2.795La alergia a los mariscos es una de las alergias alimentarias de mayor prevalencia en muchos países, especialmente la inducida por el consumo o contacto con los camarones. A varias especies de camarón se les conoce la capacidad de inducir alergias; sin embargo, el conjunto de alérgenos que producen no se conoce y pocos de ellos se han caracterizado completamente.Este trabajo se llevó a cabo para conocer los avances recientes en la caracterización de los alérgenos del camarón y su relación con alérgenos de otros artrópodos de importancia en las alergias. Se hace énfasis en la especie Litopenaeus vannamei, la de mayor consumo en Colombia. A los alérgenos de los camarones mayormente caracterizados se les nombra según la nomenclatura oficial, aunque se les conoce más por la función biológica asociada.La tropomiosina, el alérgeno principal y más estudiado en diferentes especies de camarón, participa en la reacción cruzada entre el camarón y otros artrópodos, como los ácaros domésticos. Los otros alérgenos caracterizados parecen contribuir poco en este tipo de reacción. El potencial alergénicodel camarón L. vannamei no está completamente dilucidado y unos pocos de sus alérgenos se han caracterizado, mientras que otros recientemente identificados, como la hemocianina y las proteínas de unión a ácidos grasos, se empiezan a investigar. Los resultados preliminares sugieren que participanen la reacción cruzada entre el camarón y los ácaros. La caracterización molecular e inmunológica del conjunto de alérgenos presentes en el camarón, ayudaría a conocer mejor su papel alergénico. doi: http://dx.doi.org/10.7705/biomedica.v33i2.795

Virtual screening of plants extracts with anti-chagasic activity guided by Omics data

Chagas disease is caused by the protozoan parasite Trypanosoma cruzi and their treatment consists in the use of two nitro heterocyclic compounds that both present high toxicity and low effectiveness during the chronic phase.Cymbopogon citratus extracts have been shown to alleviate the chronic phase symptoms of the disease, reducing amastigote nests and inflammatory infiltrates in the heart tissue of infected mice.In this work we used bioinformatics tools to mine public functional genomics databases along with chemoinformatics tools and molecular docking to understand the action mechanism at the molecular level of C. citratus extract in chagasic cardiomyopathy. The GSE41089 dataset from NCBI GEO contains 14154 genes that were processed for analysis. Genes with log Fold Change > 1 and adjusted p-value < 0.05 were considered over-expressed, resulting in 1465 that met the conditions for further analysis.Functional gene enrichment analysis prioritized Gene Ontology terms associated with innate immune response and the most significatives biological pathways affected were those relationed to release of cytokines. Genes in the top-enriched pathways that are known to be affected by the C. citratus ingredients, were selected as potential protein targets, resulting in 6 candidates.Molecular docking of active plant ingredients were performed on the candidate targets to identify potential inhibitors. Promising results were found particularly for one of the candidate targets, Ptgs2 (prostaglandin-endoperoxide synthase 2). Compounds such as Nerolidol, Farnesol and Oleic Acid show quite similar binding modes and comparable anchoring strength than that of the enzyme substrate. The results show that the combination of omics analysis with molecular docking is a promising strategy to understand the action mechanisms of plants extracts against chagas disease. The information obtained will allow us to search for healthier and less harmful treatments against T. cruzi.Fil: Gómez Chávez, José Leonardo. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Conti, German Andres. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; ArgentinaFil: Angelina, Emilio Luis. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Peruchena, Nelida Maria. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaXI Congreso Argentino de Bioinformática y Biología ComputacionalBuenos AiresArgentinaAsociacion Argentina de Bioinformática y Biología Computaciona

Evaluación de un método para la determinación de humedad en un medio poroso empleando ultrasonido

Se desarrolló un método que emplea ultrasonido con una frecuencia de 40 KHz para la toma de medidas de contenido de humedad en sitios porosos, tales como granos biológicos y suelos agrícolas, en forma no destructiva y en tiempo real. El método se basa en el empleo de un sistema de transductores de ultrasonido de tipo piezoeléctrico, conformado por transductor emisor y transductor receptor enfrentados, ubicados en el interior del medio poroso con una separación de 10cm. El método se evaluó en un medio inerte, arena gruesa, y un medio biológico, arroz paddy variedad Fedearroz 50, con el objetivo de estudiar la respuesta del sistema en dos medios con características distintas y diferentes capacidades de retención de humedad. Se hizo énfasis en los aspectos ingenieriles del método para la propagación acústica en medios porosos, en el desarrollo de circuitos electrónicos, de sistemas de aquisición de datos y de software en C++ OOP y Matlab, para la administración de la información.A method to measure water content in porous media, such as solis and grains, was developed as a real time nondestructive test. The method was based on piezoelectric ultrasonic transducers as a sensor system. Transmiters and receivers was developed to administrate the sensors system and ultrasonic signal. Transmiters and receivers are placed facing each other and located inside the porous media 10 cm apart. The method was evaluated in two porous meda, namely a column 30 cm coarse sand and a paddy rice variety Fedearroz 50, in order to evaluate the sensors system performance in two different porous media with different water holder capacity. Tools were developed for data acquisition, capacity of 16 analog signal, 12 bits resolution. Electronic circuits, C++ OPP programming and Matlab were used. The results showed a monotonically increment of millivolts as a response of the transducer as the water content was decreasin

Drug repurposing to find inhibitors of SARS-CoV-2 main protease

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the strain of coronavirus that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19), the respiratory illness responsible for the COVID-19 pandemic. As of October 2021, with about 6 billion doses of COVID-19 vaccines administered globally, the world is slowly returning back to normality. However, there is still a need for novel therapeutics for people that contracted the disease either because they were not vaccinated or because the vaccine was not effective for them. Drug repurposing is a strategy for identifying new uses for approved drugs that has the advantage, over conventional approaches that attempt to develop a drug from scratch, that the time frame of the overall process can be significantly reduced because of the few number of clinical trials required. In this work, a structure-based virtual screening of FDA-approved drugs was performed for repositioning as potential inhibitors of the main protease Mpro of SARS-CoV-2. 12 drugs were prioritized from the Virtual Screening campaigns as potential inhibitors of the Mpro enzyme. Some of the selected compounds turned out to be antiviral drugs already being tested in COVID-19 clinical trials or used to alleviate symptoms of the disease. Curiously, the most promising candidate is the naturally occurring broad spectrum antibiotic Oxytetracycline (OTC). This drug has largely outperformed the remaining selected candidates along all filtering steps of the virtual screening workflow. The closely related tetracycline-derived drug Doxycycline (DOX) recently has proven to reduce the viral load in Vero cells infected with SARS-CoV-2. Since OTC but not DOX surpassed the more stringent filters in the late stages of our virtual screening pipeline, we suspect that OTC will show even higher antiviral activity than DOX in viral replication experiments.Considering our computational findings together with the proven antiviral properties of DOX, we believe it is worth testing OTC in prospective viral replication studies. We encourage the scientific community working on COVID-19 projects to include this repurposing candidate on their experimental screening pipelines.Fil: Conti, German Andres. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; ArgentinaFil: Gómez Chávez, José Leonardo. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Angelina, Emilio Luis. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Peruchena, Nelida Maria. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y Agrimensura. Departamento de Química. Laboratorio de Estructura Molecular y Propiedades; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaXI Congreso Argentino de Bioinformática y Biología ComputacionalBuenos AiresArgentinaAsociacion Argentina de Bioinformática y Biología Computaciona

Autopsy of Ethereum's post-merge reward system

Like most modern blockchain networks, Ethereum has relied on economic incentives to promote honest participation in the chain's consensus. The distributed character of the platform, together with the "randomness" or "luck" factor that both proof of work (PoW) and proof of stake (PoS) provide when electing the next block proposer, pushed the industry to model and improve the reward system of the system. With several improvements to predict PoW block proposal rewards and to maximize the extractable rewards of the same ones, the ultimate Ethereum's transition to PoS applied in the Paris Hard-Fork, more generally known as "The Merge", has meant a significant modification on the reward system in the platform. In this paper, we aim to break down both theoretically and empirically the new reward system in this post-merge era. We present a highly detailed description of the different rewards and their share among validators' rewards. Ultimately, we offer a study that uses the presented reward model to analyze the performance of the network during this transition.This work has been supported by the Lido Ecosystem Grant Organization (LEGO), the Ethereum Foundation under the Research Grant FY21-0356, and Protocol Labs under its Ph.D. Fellowship Program FY22-P2P.Peer ReviewedPostprint (author's final draft

análisis de estabilidad de tensión en el sistema de transmisión regional (STR)

El presente trabajo recopila información relacionada con un estudio de estabilidad de voltaje que fue realizado al sistema eléctrico de la ciudad de Pereira para efectos académicos, el análisis se realizó a por medio del simulador Neplan haciendo uso del módulo de estabilidad de voltaje. Las metodologías utilizadas jugaron un papel importante a la hora de presentarse diversos mecanismos para interpretar los elementos y nodos que son más susceptibles al colapso de voltaje en el sistema. Metodologías como Análisis Modal, Análisis de Sensibilidad y la interpretación de las curvas V-Q y P-V en las cuales se puede observar los diversos márgenes de potencia reactiva y activa. El estudio de estabilidad de voltaje se hizo para tres casos de prueba: Cargabilidad máxima, Demanda máxima del sistema y demanda mínima del sistema; al finalizar el análisis se identificaron los nodos críticos y las zonas de mayor vulnerabilidad respecto a la estabilidad de voltaje del STR

Aplicación de la nefelometría espectral a la medida simultánea del color y la turbidez en aceites de oliva obtenidos por distinto grado de clarificación

Se ha estudiado la utilidad de la nefelometría espectral en la medida simultánea del color y turbidez en aceites de oliva virgen extra. Se han considerado 25 aceites, cada uno de ellos con 6 niveles de turbidez diferente, sobre los que se han realizado medidas nefelométricas y gonioespectrofotométricas (0º, 30º, 60º y 90º). Los resultados ponen de manifiesto dificultades en las medidas por transmisión a ángulos superiores a 30º. Se concluye que existe una fuerte dependencia entre la turbidez y la variación de claridad L*10 entre 0º y 30º, que no pudo ser confirmada para el ángulo de tono hab,10 ni para el croma C*ab,10.Consejería de Innovación, Ciencia y Empresa de la Junta de Andalucía: proyectos IAC07-I-1664 y P06-AGR-01744Ministerio de Educación y Ciencia (España): Proyecto FIS2007-6426

Combining Charge Density Analysis with Machine Learning Tools To Investigate the Cruzain Inhibition Mechanism

Trypanosoma cruzi, a flagellate protozoan parasite, is responsible for Chagas disease. The parasite major cysteine protease, cruzain (Cz), plays a vital role at every stage of its life cycle and the active-site region of the enzyme, similar to those of other members of the papain superfamily, is well characterized. Taking advantage of structural information available in public databases about Cz bound to known covalent inhibitors, along with their corresponding activity annotations, in this work, we performed a deep analysis of the molecular interactions at the Cz binding cleft, in order to investigate the enzyme inhibition mechanism. Our toolbox for performing this study consisted of the charge density topological analysis of the complexes to extract the molecular interactions and machine learning classification models to relate the interactions with biological activity. More precisely, such a combination was useful for the classification of molecular interactions as "active-like" or "inactive-like" according to whether they are prevalent in the most active or less active complexes, respectively. Further analysis of interactions with the help of unsupervised learning tools also allowed the understanding of how these interactions come into play together to trigger the enzyme into a particular conformational state. Most active inhibitors induce some conformational changes within the enzyme that lead to an overall better fit of the inhibitor into the binding cleft. Curiously, some of these conformational changes can be considered as a hallmark of the substrate recognition event, which means that most active inhibitors are likely recognized by the enzyme as if they were its own substrate so that the catalytic machinery is arranged as if it is about to break the substrate scissile bond. Overall, these results contribute to a better understanding of the enzyme inhibition mechanism. Moreover, the information about main interactions extracted through this work is already being used in our lab to guide docking solutions in ongoing prospective virtual screening campaigns to search for novel noncovalent cruzain inhibitors.Fil: Luchi, Adriano Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Villafañe, Roxana Noelia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Gómez Chávez, José Leonardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Bogado, María Lucrecia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Angelina, Emilio Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; ArgentinaFil: Peruchena, Nelida Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Exactas Naturales y Agrimensura. Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino; Argentin