Multivariate meta-analysis of proteomics data from human prostate and colon tumours

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>There is a vast need to find clinically applicable protein biomarkers as support in cancer diagnosis and tumour classification. In proteomics research, a number of methods can be used to obtain systemic information on protein and pathway level on cells and tissues. One fundamental tool in analysing protein expression has been two-dimensional gel electrophoresis (2DE). Several cancer 2DE studies have reported partially redundant lists of differently expressed proteins. To be able to further extract valuable information from existing 2DE data, the power of a multivariate meta-analysis will be evaluated in this work.</p> <p>Results</p> <p>We here demonstrate a multivariate meta-analysis of 2DE proteomics data from human prostate and colon tumours. We developed a bioinformatic workflow for identifying common patterns over two tumour types. This included dealing with pre-processing of data and handling of missing values followed by the development of a multivariate Partial Least Squares (PLS) model for prediction and variable selection. The variable selection was based on the variables performance in the PLS model in combination with stability in the validation. The PLS model development and variable selection was rigorously evaluated using a double cross-validation scheme. The most stable variables from a bootstrap validation gave a mean prediction success of 93% when predicting left out test sets on models discriminating between normal and tumour tissue, common for the two tumour types. The analysis conducted in this study identified 14 proteins with a common trend between the tumour types prostate and colon, i.e. the same expression profile between normal and tumour samples.</p> <p>Conclusions</p> <p>The workflow for meta-analysis developed in this study enabled the finding of a common protein profile for two malign tumour types, which was not possible to identify when analysing the data sets separately.</p

Logistik i samband med transport till slakt

Slakteribranschen i Sverige har problem med lönsamheten samtidigt som myndigheter och samhälle ställer höga krav på transportsystemet beträffande djurvälfärd och miljöprestanda. Transporter av djur från gård till slakt sker ofta på ett icke optimalt sätt, ur såväl transportekonomisk synvinkel som ur ett djurvälfärdsperspektiv. Detta leder bland annat till många övernattande djur på slakteri. Tidigare forskning pekar på att djurtransporter kan innebära en stor belastning på djuren vilken då kan få allvarliga följder för djurvälfärden. Syftet med denna förstudie har varit att, i småskalig slakt, studera förutsättningarna för att kunna förbättra effektiviteten i slakttransporterna, minska miljöpåverkan av dessa samt förbättra villkoren för djuren under transport i anslutning till slakt. Förstudien har utförts genom en kartläggning av slaktdjursleveranser via en fallstudie, vilken har följts av en analys med avseende på djurvälfärd samt simulering och optimering av transporterna varefter miljöberäkningar av transporterna utförts. Ur fallstudien kan konstateras att antalet transportörer per slakteri är relativt få och att det redan idag finns en koncentration av antalet transporter till ett fåtal som utför merparten av uppdragen. Det kan också konstateras att det för nöt sker ett stort antal hämtningar av enstaka djur. Detta är inte fallet på svinsidan, vilket förklaras av olika förutsättningar för uppfödning. Transportstudierna visar att hanteringstiderna vid hämtning i allmänhet är korta och att även restiderna i allmänhet är korta. Ibland förekommer dock långa transporttider när djur hämtas vid många gårdar på samma runda. Uppstallningstiden varierar mycket och blandning av djur är ofta förekommande. Andelen övernattande djur är betydande på såväl det medelstora som det lilla slakteriet som ingått i studien. Transportsimuleringarna och den ruttoptimering som utförts visar att det finns stor potential att minska den totala körsträckan vilket även skulle medföra en betydligt lägre miljöbelastning. Körsträckan för varje runda ökar dock, men inte i lika stor grad som den totala minskar. Studierna visar också på möjligheten att använda ruttoptimering för att nå uppställda mål om minskad övernattning, kortare transporter och minskad miljöbelastning. Beräkningarna av miljöeffekterna visar på stor potential att minska utsläppen. CO2 minskar i relation till minskad körsträcka varför det som är effektivast ur företagssynvinkel även minskar miljöbelastningen. För att ytterliggare minska utsläppen av hälsovådliga emissioner (NOx, HC och partiklar) är det framförallt utbyte av fordonsflottan som får störst effekt. Detta är på gång i den takt fordonen byts ut då de nya fordonen uppfyller de nya kraven. Ett sätt att öka på takten är antingen med subventioner eller med krav på samma sätt som för fordon i övriga branscher. Studierna av attityderna till förändring visar att; * man tror att en tidigarelagd upphämtning av djur på morgonen vore positivt för djurvälfärden genom att man då kan undvika övernattning av djur på slakteriet, * leverantörerna tror att djurvälfärden förbättras med möjlighet till småskalig slakt i mobila slakterier, * man är positiv till en indelning av upptagningsområden så att en åkare tilldelas alla upphämtningar i ett område oavsett mottagande slakteri, * man menar att utlastningsutrymme för djurupphämtningar vore positivt för både djurvälfärd och arbetssituation, * man är negativ till att fler transportörer tilldelas samma upptagningsområde för ökad flexibilitet. Med utgångspunkt i resultaten från pilotstudien kan konstateras att möjligheterna till en förbättrad djuromsorg med färre hämtningar per runda och en minskad andel övernattande djur är goda genom att optimerade transportsystem används som också har en god potential att ge en minskad miljöbelastning och tydligt minskade transportkostnade

Nytt ljus över svenska pengar 995-1290

Denna recension av två illustrerade numismatiska arbeten är penningteoretiskt och ekonomisk-historiskt inriktad. De två vetenskapliga verken bygger i huvudsak på numismatisk forskning. Enkelt uttryckt fördjupar de den tidigare bilden av ett i Väst-Europas utkant arkaiskt Sverige i ekonomiskt bakvatten 995-1290. Det gäller även vid vid en jämförelse med det samtida Norge och Danmark - två riken vars monetära system dessa intressanta arbeten också uppehåller sig vid.Granskade arbeten är:Brita Malmers Den svenska mynthistorien / Vikingatiden ca 995–1030, Kungl Myntkabinettet &amp; Svenska Numismatiska Föreningen, 2010, 348 sidor, ISBN 978-91-633571-6-9.Roger Svenssons Renovatio Monetae / Brakteater och myntningspolitik i högmedeltidens Europa, Svenska Numismatiska Föreningen, 2012, 320 sidor, ISBN 978-91- 979427-1-3.Järnet och riksbildningenVälfärdens förhistori

Emancipation och urbanisering i medeltidens Sverige : Trender mot ett mer fritt och rörligt feodalt samhälle cirka 1200–1527

In Medieval Sweden, we find that archaic compulsory institutions, such as slavery and serfdom, were not abolished until the middle of the fourteenth century. They, as well as other customs and rules, were a detriment to the development of more numerous and extensive markets. In spite of these signs of economic backwardness, we have good reason to believe that the trends, in the loose federation of provinces that preceded the Swedish nation-state, were in the direction of a greater degree of freedom and increased exchange of free will (i.e. labour and real property markets). The purpose of this study is to examine the Swedish charters by quantitative means, to see how these trends are mirrored by the representation of trading towns versus rural areas, and the percentage of the names of women that appear as first issuer of these charters. Other variables are also applied, e.g. geographical and prosopographic variables. A database (SDhk) published by the National Archives of Sweden contains summaries of more than 39,000 charters from, or attached to, Medieval Sweden, which have been converted into a so called relational database. The above mentioned trends generally point upwards. More and more charters were being drawn up in towns until the middle of the fourteenth century, ending with an average urban representation of more than 50%. Generally, the urbanization of early Swedish society seems to have been at its highest point in the last quarter of the thirteenth century. This period appears to parallel the most intense period of emancipation of Swedish slaves, reminding us that the many new towns in Western Europe were characterized by the use of free labour. In the Late Middle Ages, however, the rising urban trend is broken, which here is seen, as an indication that the densely populated towns were more severely hit by the Black Death in the years 1350-1450. The slight relative decrease in urban charters in the fifteenth century can be interpreted as a sign of a higher economic interest in agriculture among the upper strata of Swedish society. There are also interesting geographical differences, showing that Sweden in many ways was a typical feudal (i.e. decentralized) realm. The southern part of Sweden – Götaland – appears to have had an edge in development compared to the northern part of Sweden – Svealand – but the latter part seems to have diminished that gap from the late thirteenth century, up to the Swedish Reformation in the year 1527. Across the Middle Ages we find an increasing number of women among the first issuers of Swedish charters. The fact that there were some reversals in this rising trend, particularly in times of civil war, does not change the overall impression of a continually greater acceptance of Medieval Swedish women as active participants in public life. If the new protestant faith meant a step backwards in the process of emancipation, as some scholars have argued was the case in Western Europe, this study does not support the notion of a Medieval patriarchal forerunner.Regioner och marknader i medeltidens Sverig

Folkungatidens monetära system : Penningen mellan pest och patriarkat 1254-1370

The Monetary System of the Folkunga Era / The Swedish Pence between Pestilence and Patriarchate 1254–1370 This is an economic study of the Swedish monetary system in the transition from the High Middle to the Late Middle Age, i.e. as far back as written sources from market transitions are available. Archaic compulsory institutions – such as slavery and serfdom – were still in use in Sweden in the first half of the fourteenth century; and certainly this obstructed market development in many respects. The coins minted by the regents (1291–1370) appear to have often been valued at even less than the intrinsic value of the silver from which they were minted. In other words the seignorage for the minting regent was negative, a phenomenon that is almost impossible to explain in economic terms. That paradox is even more difficult to comprehend in light of the fact that the production of Swedish pences was considerable during the fourteenth century, and had been ongoing since the 1150s. Sweden is no exception in the European story of the Late Middle demographic and agricultural crises after a surge that had been going on at least since the year 1000. The devastation of farms in Sweden was extensive between 1350 and 1450. The source material prior to 1370 consist of roughly 10,000 charters, on the basis of which some 2,500 market transactions have been found and recorded in a relational database. In addition, approximately 39,000 individuals were mentioned by name in the Swedish charters from the eleventh century to 1375 and 1401–1420, and these names have also been downloaded into the database. Of those personal rows a great majority are from the upper strata; 9 % are women. However, after the outbreak of the Black Death in 1350 the percentage of women went below 10 % and stabilized around 8 %. I hypothesize that the downward trend was a sign that women were hit harder than men by the frequent outbreaks of the plague. There are clear signs of more market relations and fewer compulsory institutions between 1290 and 1370. Most of the market transactions were of two kinds: purchases of real property and loans in which the creditor’s claim was guaranteed in real property. Pawned property, as expected, had a lower value than property on the buying and selling market. Only half of those transactions are described in monetary units of value, with weighted silver being the second most frequent price tag. We find women active in those transactions from the thirteenth century, but the trend has a downward slope, especially in the role as buyer of landed property. This is in accordance with the view that the Reformation and the Counter-Reformation in the sixteenth century were preceded by a protracted period of increasing patriarchal trends. The many and severe outbreaks of the plagues in Sweden might have aggravated those tendencies. So while there was greater freedom thanks to bigger and new kinds of markets, there were also opposing forces of misogyny creating obstacles for women’s taking advantage of that freedom. The Swedish coins had very divergent contents of silver, and new coins generally had less intrinsic silver value than the older ones. Those factors make it more difficult to carry out price history on the period between 1290 and 1370 than on the fifteenth century, when Swedish pences were more stable. Southern Sweden was quicker to develop towards a more commercial society than the northern part of the country. Land prices in southeastern Sweden (Östergötland) seem to have fallen between 1300 and 1370. The deflation in this respect is even greater when monetary prices are converted into silver prices. In the same period, prices in the provinces around Lake Mälaren seem to have soared. In the north in the fourteenth century there was still a lot of land for reclamation and these opportunities might have attracted aristocratic investors with expectations of major profits in the future. The inflation of the land “bubble” in the north continued for two decades, even after the arrival of the Black Death. In spite of the clerical ban on usury at the time, I have been able to reconstruct a dozen rates of interests from the period 1322–1370. The average interest rate during these years was 5 %. Data from this study has been put into an international perspective about human wealth. Swedish Medieval grain prices in silver from 1291 to 1530 were distinctly lower and more volatile than the prices in the more advanced European economies such as England. Low grain prices are a sign of an underdeveloped and not very diversified economy, and the general volatility made any craft outside the agrarian sector a lot more risky an activity in Sweden than in most other countries. In the late Medieval Age there was a clear development in trade and mining, but the economic gap relative to the outside world around did not decrease. This underlines the impression of a primitive society on the periphery of Europe and lagging behind the economic times. One can hardly underestimate the positive role of money as a source of information and means of payment in the markets. From a classic point of view (Eli F. Heckscher), it is presumed that markets came first, money second. From an institutional point of view (C. A. E. Goodhart) money and markets are parallel. The Swedish empirical example gives us a third scenario, i.e. the existence of coins for many generations before markets of any magnitude were created. Key words: Microeconomics, Monetary Theory, Intrinsic Silver Value, Seignorage, Unit of Account, Means of Transactions, Compulsory Institutions, Commercialization, Market Institutions, Prosopography, Women Participation in Markets, Patriarchate, Inflation and Deflation.Ingår i projekt1?Ingår i projektOm publikationen ingår i ett projekt, ange projektets namn. För att ange flera projekt, klicka på Ytterligare projekt.

Recension av Julia Jäschke, Führungsgruppen in Lübeck im 13. Jahrhundert: : Social- und kulturwissenschaftliche Untersuchungen zu den Gruppen der ”burgenses”, ”consules” und ”maiores”.

Recensionen tar fasta på utvecklingen inom det högmedeltida Lübecks högre strata som föregångare och förebild i formeringen av ett svenskt borgerskap under senmedeltid.Den recenserade avhandlingen är författad på tyska.</p

Recension av Julia Jäschke, Führungsgruppen in Lübeck im 13. Jahrhundert: : Social- und kulturwissenschaftliche Untersuchungen zu den Gruppen der ”burgenses”, ”consules” und ”maiores”.

Recensionen tar fasta på utvecklingen inom det högmedeltida Lübecks högre strata som föregångare och förebild i formeringen av ett svenskt borgerskap under senmedeltid.Den recenserade avhandlingen är författad på tyska.</p

DET FEDERATIVA SVERIGE UNDER INBÖRDESKRIG 1356–1360 : Vad för slags frågor kan digitaliserade personindex kasta ljus över i det feodala Sverige?

Denna artikel redovisar några digitala experiment inom ett ekonomisk-historiskt medeltidsprojekt. Detta är inriktat på metodutveckling via studier av den svenska medeltida staten (kronan), ett föga väl definierat begrepp vars karaktäristika vårt projekt avser att modifiera. I fokus här ställs värdet av omsorgsfullt utarbetade index. Mer precist handlar det om personregister som urskiljer exakt vilka individer som uppträder i källorna. I digitaliserad form antas att dylika kan effektivisera våra studier även när källmaterialet är såväl sparsamt till omfånget som fragmentariskt till karaktären.             Det valda typfallet utgör de svenska breven 1356–1360. Dessa tillkom parallellt med såväl en demografiska kris i Digerdödens kölvatten som en djup politisk kris. En tudelning av regeringsmakten skedde i det svenska riket med inbördeskrig som följd 1356–1359. Lennart Sjöstedt (1954) har noga avhandlat dessa strider. En kvalificerad och strävsam forskarinsats av nordisten Per-Axel Wiktorsson har senare (1972) renderat oss ett synnerligen informationsrikt personindex över breven från perioden 1356–1360, vilket undertecknad digitaliserat och uppdaterat. I förgrunden står denna fråga: Hur kan detta personindex via test av hypoteser något vidga gränserna för vår kunskap om den svenska medeltida statens karaktäristika