Leaf closures of Riemannian foliations: a survey on topological and geometric aspects of Killing foliations

A smooth foliation is Riemannian when its leaves are locally equidistant. The closures of the leaves of a Riemannian foliation on a simply connected manifold, or more generally of a Killing foliation, are described by flows of transverse Killing vector fields. This offers significant technical advantages in the study of this class of foliations, which nonetheless includes other important classes, such as those given by the orbits of isometric Lie group actions. Aiming at a broad audience, in this survey we introduce Killing foliations from the very basics, starting with a brief revision of the main objects appearing in this theory, such as pseudogroups, sheaves, holonomy and basic cohomology. We then review Molino's structural theory for Riemannian foliations and present its transverse counterpart in the theory of complete pseudogroups of isometries, emphasizing the connections between these topics. We also survey some classical results and recent developments in the theory of Killing foliations. Finally, we review some topics in the theory of singular Riemannian foliations and discuss singular Killing foliations, also proposing a new approach to them via holonomy metric pseudogroups and the theory of blow-ups, which possibly opens up a new area of interest.Comment: 45 pages, 9 figures. Small corrections and addition

Oncogenic transcription factors in T-cell acute lymphoblastic leukemia : a review and identification of a novel player : CASZ1

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2022A Leucemia Linfoblástica Aguda de células-T (LLA-T) corresponde a uma linhagem do mais comum cancro da infância – LLA. A sobrevivência das crianças com LLA-T ronda os 80%, ainda 10% atrás da LLA-B. Isto é explicado pelo facto de que a LLA-B tem uma classificação com implicações prognósticas e terapêuticas bem definidas; pelo contrário, a LLA-T, carece de uma classificação genómica com validade prognóstica que leva a uma maior quimiorresistência e pior sobrevivência dos doentes. O objetivo do presente trabalho é rever sistematicamente a literatura no que toca aos vários subgrupos de LLA-T baseada em fatores de transcrição (FT) oncogénicos específicos. Estes subgrupos são baseados na desregulação de FT cruciais na LLA-T, sendo estes - TAL1, TAL2, TLX1, TLX3, HOXA, LMO1/LMO2, LMO2/LYL1 e NKX2-1. Ao rever-se o diferente panorama genético de cada um destes subgrupos, novas terapêuticas poderão ser desenhadas por forma a reverter as anomalias genéticas que os caraterizam, como por exemplo – inibição da via PI3k em TAL1+; inibição de JAK-STAT em HOXA+; e inibição da proteína de fusão NUP214-ABL em TLX1+. O laboratório, onde o trabalho experimental foi desenvolvido, identificou um novo FT (CASZ1) alvo de TAL1 que também se comporta como um oncogene. Este gene provou mediar a ação oncogénica de TAL1 ao aumentar a viabilidade e crescimento celular através da via PI3K. O meu contributo para este trabalho está aqui incluído. Deste modo, a revisão e trabalho experimental estão alinhados no foco dado aos fatores de transcrição como sendo relevantes para a biologia de LLA-T e na evidência que propõe a inibição da via PI3K em T-ALL do subgrupo TAL1+.T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) corresponds to a lineage of the commonest childhood cancer – ALL. Childhood T-ALL 5-year overall survival is around 80%, still 10% behind B-ALL’s. This is explained by the fact that B-ALL has a classification with well-defined prognostic and therapeutic implications; on the contrary, T-ALL still lacks a comprehensive genomic classification, which ultimately lead to increased chemoresistance and worse survival. The objective of the current work is to systematically review the literature in what regards the known T-ALL subgroups, which are based on the enrichment for particular oncogenic transcription factors. These T-ALL subgroups are based on deregulated transcription factor (TF) genes, a hallmark of T-ALL, with these being - TAL1, TAL2, TLX1, TLX3, HOXA, LMO1/LMO2, LMO2/LYL1 and NKX2-1. By reviewing the different genetic background of each subgroup, new therapeutics can be tailored to specific genetic abnormalities that characterize a determined groups – e.g. inhibition of PI3k pathway in TAL1+; inhibition of JAK-STAT pathway in HOXA+; and inhibition of the fusion protein NUP214-ABL1 in TLX1+, for instance. In addition, the host laboratory identified a new transcription factor with impact on T-ALL (CASZ1), which is a TAL1 target and also behaves as an oncogene. CASZ1 has been shown to mediate its oncogenic action by increasing cell growth and viability through the PI3K pathway. My contribution to this work is also included in the present work. The literature review and scientific experiments reported herein are aligned in their focus on transcription factors with relevance for the biology of T-ALL and in the evidence proposing the tackling of PI3K pathway in TAL1+ T-ALL cases. Keywords T-cell acute lymphoblastic leukemia; Transcription Factors; Oncogenic Pathways; TAL1; CASZ1 5 Resumo A Leucemia Linfoblástica Aguda de células-T (LLA-T) corresponde a uma linhagem do mais comum cancro da infância – LLA. A sobrevivência das crianças com LLA-T ronda os 80%, ainda 10% atrás da LLA-B. Isto é explicado pelo facto de que a LLA-B tem uma classificação com implicações prognósticas e terapêuticas bem definidas; pelo contrário, a LLA-T, carece de uma classificação genómica com validade prognóstica que leva a uma maior quimiorresistência e pior sobrevivência dos doentes. O objetivo do presente trabalho é rever sistematicamente a literatura no que toca aos vários subgrupos de LLA-T baseada em fatores de transcrição (FT) oncogénicos específicos. Estes subgrupos são baseados na desregulação de FT cruciais na LLA-T, sendo estes - TAL1, TAL2, TLX1, TLX3, HOXA, LMO1/LMO2, LMO2/LYL1 e NKX2-1. Ao rever-se o diferente panorama genético de cada um destes subgrupos, novas terapêuticas poderão ser desenhadas por forma a reverter as anomalias genéticas que os caraterizam, como por exemplo – inibição da via PI3k em TAL1+; inibição de JAK-STAT em HOXA+; e inibição da proteína de fusão NUP214-ABL em TLX1+. O laboratório, onde o trabalho experimental foi desenvolvido, identificou um novo FT (CASZ1) alvo de TAL1 que também se comporta como um oncogene. Este gene provou mediar a ação oncogénica de TAL1 ao aumentar a viabilidade e crescimento celular através da via PI3K. O meu contributo para este trabalho está aqui incluído. Deste modo, a revisão e trabalho experimental estão alinhados no foco dado aos fatores de transcrição como sendo relevantes para a biologia de LLA-T e na evidência que propõe a inibição da via PI3K em T-ALL do subgrupo TAL1+

IMPACTO DO VÍRUS DA DIARREIA VIRAL BOVINA SOBRE A REPRODUÇÃO

The bovine viral diarrhea virus (BVDV) is one of the major pathogens of cattle with a major impact on the economy, it is a single stranded RNA of the family Flaviviridae of the genus Pestivirus, are small envelopes. This virus can infect several animals for being of the genus genus Pestivirus and can affect swine, sheep, other ruminants such as buffalo, where the bovine is more sensitive and is the focus of the present study. This is one of the most studied animals with this pathology. From an epidemiological point of view, animals carrying the virus should be discarded, and about 80% of these animals could be positive for the virus, which would cause a major economic impact if all were discarded. BVDV causes significant changes in animal reproduction and thus has a relevant impact on the economy. Hence, this review paper aims to discuss the main impacts that the BVDV causes on bovine reproduction. The bovine viral diarrhea virus is a major problem on farms, with very high reproductive impact given the possible embryonic losses and births of persistently infected calves, as well as causing significant damage to the dairy economy.O vírus da diarreia viral bovina (BVDV) e um dos principais patógenos de bovinos com um grande impacto sobre a economia, é um RNA fita simples da família Flaviviridae do gênero Pestivirus, são pequenos envelopados. Este vírus pode infectar diversos animais por serem do gênero Pestivirus e podem acometer suínos, ovinos, outros ruminantes como bubalinos, onde o bovino é mais sensível e é o foco do presente estudo, e este é um dos animais mais estudados com esta patologia. Do ponto de vista epidemiológico os animais portadores do vírus devem ser descartados, sendo que cerca de 80% destes animais podem ser positivos para o vírus, onde se teria um grande impacto da economia se todos fossem descartados. O BVDV causa alterações significativas sobre a reprodução animal e assim como consequência relevante impacto na economia. Desta forma, este trabalho de revisão se propõe a discutir sobre os principais impactos que o vírus da diarreia viral bovina (BVDV) causa sobre a reprodução bovina. O vírus da diarreia viral bovina é um grande problema nas fazendas, com impacto reprodutivo bastante elevado, tendo em vista as possíveis perdas embrionárias e nascimentos de bezerros persistentemente infectados, assim como também causa prejuízos significativos na economia leiteira

LEVANTAMENTO DO POTENCIAL DE ARBORIZAÇÃO E PROPOSTA PARA TRÊS BAIRROS NO MUNICÍPIO DE PIRACICABA/SP, BRASIL.

A maioria dos municípios do Brasil apresenta grande déficit de indivíduos arbóreos urbanos, o que acarreta problemas ambientais diversos. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o potencial e propor desenhos alternativos de arborização urbana para três bairros com situação de cobertura arbórea crítica na cidade de Piracicaba/SP. Cada bairro foi avaliado pelo processamento, com uso do software TNT Mips 7.2, de imagens aéreas obtidas por videografia multiespectral e pelo reconhecimento em campo. Com base nas informações geradas e considerando a baixa ocorrência de indivíduos arbóreos, foram selecionadas, de forma sistemática, 10 quadras de cada bairro, para a realização das propostas de intervenção. As alternativas de desenho propostas, para os três bairros, foram arborização de: (i) calçadas, sempre que as condições de fiação, rede de esgoto e entrada de garagem permitissem, (ii) canteiros centrais em ruas com leito carroçável largo, situação comumente encontrada nos bairros, (iii) rotatórias e (iv) praças e áreas verdes. Os bairros estudados apresentaram condições de intervenção paisagística e implementação de arborização (novas árvores), o que proporcionaria uma melhoria das condições ambientais futuras, com a previsão de um efetivo aumento da cobertura arbórea destes bairros e, conseqüentemente, do bem estar de sua comunidade

Comparative ecology of the European eel, Anguilla anguilla (L.1758), in a large Iberian river

A total of 1,816 eels were sampled in 1988, from seven sampling areas. Four areas were located in brackish water and the remaining three were located in freshwater reaches of the Tagus river basin. Eels were more abundant in the middle estuary and decreased both in the upstream and in the downstream directions, with a predominance of males in higher density areas. Smaller individuals preferred more peripheral areas, such as margins and upper reaches in the brackish water zone, and the tributaries of the freshwater habitats. It was assumed that this distribution pattern resulted from three main factors: (i) the dominance of larger specimens; (ii) the need to avoid predators and; (iii) the search for better trophic conditions. The condition of the individuals generally decreased toward the upper reaches, apparently due to a corresponding decrease in feeding intensity. The presence of the Belver dam in the main river, 158 km upstream from the sea, seemed to impose major alterations to the described patterns. The concentration of specimens below this impassable obstacle yielded a reduction in the proportion of females and a decrease in the condition and survival of the eels, contributing to a reduction in the spawning success of this population. Suggestions to diminish the effects of the dam, and to preserve the fishery are also presente