Laboratory Soft X-Ray Cryo Microscopy: Source, System and Bio Applications

Soft x-ray microscopes routinely perform high-resolution 3D imaging of biological cells in their near-native environment with short exposure times at synchrotron radiation facilities. Some laboratory-sized microscopes are aiming to make this imaging technique more accessible to a wider scientific community. However, these systems have been hampered by source instabilities hindering routine imaging of biological samples with short exposure times. This Thesis presents work performed on the Stockholm laboratory x-ray microscope. A novel heat control system has been implemented, improving the stability of the laser-produced plasma source. In combination with recent upgrades to the imaging system and an improved cryofixation method, the microscope now has the capability to routinely produce images with 10-second exposure time of cryofixed biological samples. This has allowed for tomographic imaging of cell autophagy and cell-cell interactions. Furthermore, a numerical 3D image formation model is presented as well as a novel reconstruction approach dealing with the limited depth of focus in x-ray microscopes.QC 20170505</p

Fallet Lisa : En kvalitativ studie av tre svenska tidningars rapportering av en stor dramatisk händelse.

Problemformulering och syfte: Den 17-åriga flickan Lisa Holms försvinnande den 7 juni 2015 var ett fall som gavs enorm publicitet i svensk media och denna nyhetshändelse engagerade hela Sverige. Den stora uppmärksamhet som dramatiska händelser väcker i svensk media kan förklaras av att en händelses sensationella karaktär har inverkan på nyhetsvärdet. Konkurrensen mellan medier och jakten efter att fånga publikens uppmärksamhet gör att de använder sig av olika journalistiska grepp och berättartekniker när de rapporterar om stora dramatiska händelser. Syftet med den här studien har varit att, utifrån fallet Lisa Holm, se hur tre svenska tidningar använder sig av medielogik, samt hur de gestaltar och berättar narrativt om en dramatisk händelse i nyhetsrapporteringen. Metod och material: Med narrativ innehållsanalys och teorierna medielogik, gestaltning och framing narrative och våra frågeställningar har vi undersökt nyhetsrapporteringen om fallet Lisa Holm i tidningarna Nya Lidköpings-tidningen, Aftonbladet och Dagens Nyheter från 9 juni till 15 juni 2015. Till hjälp i arbetet att analysera artiklarna från respektive tidning har vi använt oss av en frågemall från Anna Johanssons bok Narrativ teori och metod – med livsberättelsen i fokus. Huvudresultat: Medielogikens journalistiska grepp är mest framträdande i Aftonbladet. Alla tre tidningarna har dock ett stort fokus på personliga berättelser. Det finns skillnader i hur Aftonbladet, NLT och DN väljer att gestalta fallet, men berättelsens poäng blir densamma för alla tre tidningar. Narrativt berättande och dramaturgi ser vi exempel på genom hur de tre tidningarna presenterar berättelsens händelseförlopp och uppbyggnad

Media 1: 3D simulation of the image formation in soft x-ray microscopes

Originally published in Optics Express on 15 December 2014 (oe-22-25-30756

Quantitative conversion of biomass in giant DNA virus infection

Bioconversion of organic materials is the foundation of many applications in chemical engineering, microbiology and biochemistry. Herein, we introduce a new methodology to quantitatively determine conversion of biomass in viral infections while simultaneously imaging morphological changes of the host cell. As proof of concept, the viral replication of an unidentified giant DNA virus and the cellular response of an amoebal host are studied using soft X-ray microscopy, titration dilution measurements and thermal gravimetric analysis. We find that virions produced inside the cell are visible from 18 h post infection and their numbers increase gradually to a burst size of 280-660 virions. Due to the large size of the virion and its strong X-ray absorption contrast, we estimate that the burst size corresponds to a conversion of 6-12% of carbonaceous biomass from amoebal host to virus. The occurrence of virion production correlates with the appearance of a possible viral factory and morphological changes in the phagosomes and contractile vacuole complex of the amoeba, whereas the nucleus and nucleolus appear unaffected throughout most of the replication cycle