Small mammals of the Estação Ecológica de Bananal, southeastern Atlantic Forest, Brazil, with description of a new species of Brucepattersonius (Rodentia, Sigmodontinae)

The Atlantic Forest harbors an impressive diversity of nonvolant small mammals. Despite having been the target of many ecological and taxonomical studies in the last decades, this group is still poorly known in several aspects – basic information on intrapopulational morphologic variation and proper diagnoses are lacking for many species, even for common taxa. This is related to the fact that large series of specimens from a single locality are extremely rare in scientific collections. A consistent sampling effort was conducted at Estação Ecológica de Bananal, northeastern São Paulo State, throughout seven field expeditions between 2003 and 2011, under the coordination of the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo, resulting in extensive series of nonvolant small mammals. We studied in detail the external and cranio-dental morphology of this sample (575 specimens), that we assigned to 31 known species besides one new species to science. Most species belong to order Rodentia (26 species) from the families Cricetidae (22 species) and Echimyidae (four species); the remaining (six species) are marsupials from the order Didelphimorphia, family Didelphidae. This is one of the most diverse assemblages ever recorded in this biome, and includes some of the rarest endemic rodents of the Atlantic Forest, such as Abrawayaomys ruschii, Blarinomys breviceps, Drymoreomys albimaculatus, Phaenomys ferrugineus, Phyllomys kerri and Rhagomys rufescens. This outstanding richness can be explained by the extensive sampling effort performed for a long period of time. Also, the capture success of the third expedition (8.25%) is among the highest rates obtained in the Atlantic Forest and the extensive use of pitfall traps was fundamental for trapping this high number of species. Herein, we provide an annotated list of nonvolant small mammals occurring at Estação Ecológica de Bananal, with comprehensive analyses of morphological variation and detailed diagnoses that will allow their proper identification, and will provide a sound basis for a better comprehension of the geographic variation of these taxa across the biome. We also present a formal description for a new species of Brucepattersonius from the mountain ranges along the Paraíba do Sul valley. For five species of sigmodontine rodents, we investigate the levels of ontogenetic and sexual variation, and while the first is accentuate in all analyzed species the second does not contribute significantly to intrapopulation variation

UTILIZAÇÃO DE UM PROTOCOLO DE AVALIAÇÃO RÁPIDA DE IMPACTO AMBIENTAL EM SISTEMAS LÓTICOS DO SUL DO BRASIL

O objetivo principal deste trabalho foi aplicar o protocolo de avaliação rápida da diversidade de habitats proposto por Callisto et al. (2002), para trechos de bacias no Parque Nacional da Serra do Cipó, MG, e Parque Nacional da Bocaína, RJ, na sub-bacia do Rio Pardinho, RS, visando desenvolver um protocolo de avaliação rápida de impacto ambiental, eficiente, de fácil utilização, capaz de refletir o impacto ambiental local. A avaliação teve como critério de comparação a precisão das respostas para cada pergunta do protocolo, medida em termos do desvio-padrão. Desta forma, houve um comparativo entre os resultados obtidos a partir da aplicação do protocolo original e após modificações terem sido incorporadas no novo protocolo. Os resultados da aplicação do protocolo original demonstraram que houve uma alta variabilidade nas respostas para cada uma das 22 questões, o que pode ser explicado considerando o fato de este protocolo ter sido desenvolvido para bacias hidrográficas com características distintas da sub-bacia do Rio Pardinho. Desta forma, reformulou-se o protocolo original, modificando, incluindo ou retirando questões que não se aplicavam à situação local. Assim, dos 22 tópicos do protocolo original, um total de 12 questões foram elaboradas, visando atender as características dos cursos d´água da região. Comparando os resultados, verificou-se que houve uma redução significativa (91,3%) do desvio-padrão médio antes e depois das modificações, passando de uma média igual a 6,9 pontos para 0,6 pontos. Estes resultados demonstram que o aumento significativo na precisão deste novo protocolo vem garantir a eficiência na avaliação rápida do impacto ambiental predominante na bacia

Diversidade de mamíferos do baixo Rio Jufari, Roraima, Brasil

Faunal inventories are essential to directly access the diversity of a region. Although the Amazon rainforest exhibit large estimates of mammal species richness, the region still exhibits large sampling gaps. Aiming to fill a sampling gap on the mammalian diversity in the Brazilian Amazon rainforest, we conducted an inventory of non-volant mammals at “terra firme” forest near the mouth of Rio Jufari, an affluent of north bank of Rio Negro, near its confluence with Rio Branco. To sample small mammals, we applied a total effort of 3,673 live trap nights, and 2,700 pitfall trap nights. For large mammals we performed unstandardized line transect census, and included, as well, records from occasional encounters and material donated by Caicubi community members. The pitfall traps proved to be extremely valuable for the small mammals sampling. We observed a low mammalian diversity when compared to other inventories throughout the Amazon basin. We recorded 27 species belonging to 25 genera, 16 families and nine orders of the Class Mammalia. The majority of recorded species is known from Guianan subregion. However, we present: extension on the known distribution records for Marmosops bishopi; taxonomic comments on the marsupial Monodelphis brevicaudata; and new collection record for species of the genera Oecomys and Makalata. It is remarkable the extremely low number of species from the order Primates. Data based on interviews suggested that this small number of primate specimens is historical, and areas closer to Rio Negro and Rio Branco exhibit higher diversity. Our samples showed that Rio Negro-Rio Branco confluence do not present an endemic mammalian fauna, once the region shares its mammalian composition with other confluence areas in the Amazon basin, especially with those on the northeastern Amazon region

Filogenômica, diversificação e biogeografia dos esquilos Neotropicais (Sciurillinae e Sciurinae: Sciurini)

Squirrels are conspicuous inhabitants of most Neotropical forests, where they play ecologically crucial roles as seed predators and dispersers. Two distinct radiations are found in this region: the subfamily Sciurillinae, represented exclusively by the Neotropical pygmy squirrel (Sciurillus pusillus); and the tribe Sciurini (subfamily Sciurinae), a speciose group composed of about 45 species of tree squirrels that also occur throughout the Nearctic and Palearctic regions. Despite their unquestionable importance to ecosystems dynamics and representing a substantial portion of the diversity of rodents in the Neotropics, squirrels have been largely neglected by taxonomists and systematists. As a result, basic information on number of genera and species is still ambiguous for the group, and also most aspects of their evolution and diversification remains unclear. In the present thesis, I employed mitochondrial genomes and Ultraconserved Elements to undertake the molecular systematics and the evolutionary history of the two radiations of Neotropical squirrels. In the Chapter 1, I used mitogenomic data sequenced from 232 historical and modern museum specimens to provide the first comprehensive phylogeny of tree squirrels. I contrasted the phylogenetic results with generic arrangements proposed for the tribe Sciurini, discussed the taxonomic implications, and suggested a tentative new classification at genus level employing 13 generic names used by previous authors. I also found evidence that the diversity of Neotropical tree squirrels is underestimated, with at least six lineages that represent taxa to be named or revalidated. In the Chapter 2, my main objective was to test current hypotheses on the tempo and mode of diversification of tree squirrels, employing the mitogenomic dataset including 43 of the 46 putative species of Sciurini. I estimated the date of origin of the tribe Sciurini around 14 Mya and suggested that its ancestral area was most likely in North America. The origin of the Neotropical radiation was estimated to have occurred around 6 Mya in northwestern South America, in the Pacific dominion. The majority of Neotropical cladogenetic events occurred along the Pliocene--right after the South American invasion. A fairly constant speciation rate was estimated for tree squirrels, which contrasts with the peak of lineage accumulation observed in the Pliocene. In the Chapter 3, I provided a nuclear genome-wide perspective of the Neotropical squirrels (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini) phylogeny, employing over 3,700 Ultraconserved Elements sequenced from 184 historical and modern samples. Phylogenetic analyzes estimated with strong support the relationship among the five subfamilies of Sciuridae, and also provided consistent and well-supported results for the relationships among the deepest branches of Sciurini. For the Neotropical radiation, which experienced a rapid diversification, conflicting relationships at both genus- and species-level were estimated upon data filtering and inference method. Inconsistences were also recovered with regards to the mitogenomic hypothesis. Finally, in both chapters 1 and 3, I took advantage of the large sampling across a diverse lineage of mammals to investigate how distinct aspects of historical samples might influence the recovery of genomic data, providing useful information for future genetic studies sampling from historical specimens.Os esquilos são habitantes conspícuos da maioria das florestas Neotropicais, onde desempenham funções ecológicas cruciais na predação e dispersão de sementes. Duas radiações ocorrem nesta região: a subfamília Sciurillinae, representada exclusivamente pelo quatipuruzinho (Sciurillus pusillus); e a tribo Sciurini (subfamília Sciurinae), um grupo especioso e composto por cerca de 45 espécies de esquilos arborícolas, que ocorrem também nas regiões Neártica e Paleártica. Apesar da inquestionável importância dos esquilos nas dinâmicas dos ecossistemas e de representarem uma parte significativa da diversidade de roedores nos Neotrópicos, eles têm sido amplamente negligenciados por taxonomistas e sistematas. Como resultado, informações básicas acerca do número de gêneros e espécies ainda é controverso para o grupo e muitos aspetos da evolução e diversificação dos esquilos permanecem desconhecidos. Na presente tese, utilizei genomas mitocondriais e Elementos Ultra-conservados (UCEs) a fim de investigar a sistemática molecular e a história evolutiva das duas radiações de esquilos Neotropicais. No Capítulo 1, foram empregados mitogenomas sequenciados a partir de 232 espécimes históricos e modernos, para inferir uma hipótese filogenética robusta para os esquilos arborícolas. Os resultados filogenéticos foram contrastados com os arranjos genéricos propostos para a tribo Sciurini, foram discutidas as implicações taxonômicas e, por fim, uma nova classificação supraespecífica foi proposta com o reconhecimento de 13 gêneros, empregados previamente por outros autores. Também foi constatada que a diversidade de espécies de esquilos arborícolas Neotropicais está subestimada, com o reconhecimento de ao menos seis linhagens representando espécies a serem descritas ou revalidadas. O Capítulo 2 teve como objetivo principal testar as hipóteses vigentes de tempo e modo de diversificação dos esquilos arborícolas, utilizando o banco de dados mitogenômico que incluiu 43 das 46 espécies de Sciurini. A data de origem da tribo foi estimada ao redor de 14 Ma e a sua área ancestral foi inferida com maior probabilidade para a América do Norte. A origem da radiação Neotropical ocorreu cerca de 6 Ma no noroeste da América do Sul, no domínio Pacífico. A maioria dos eventos cladogenéticos nos Neotrópicos ocorreram durante o Plioceno--logo depois da invasão Sul-Americana. Uma taxa de especiação predominantemente constante foi estimada para o grupo, o que contrastou com um pico no acúmulo de linhagens observado no Plioceno. No Capítulo 3, forneço uma perspectiva genômica nuclear da filogenia dos esquilos Neotropicais (Sciurillinae and Sciurinae: Sciurini), empregando mais de 3.700 UCEs sequenciados a partir de 184 amostras históricas e modernas. As análises filogenéticas inferiram com alto suporte as relações entre as cinco subfamílias de Sciuridae e também recuperaram de forma consistente as relações entre os ramos mais internos de Sciurini. Para a radiação Neotropical, a qual sofreu uma rápida diversificação, relações ambíguas em níveis supragenérico e interespecífico foram estimadas, dependendo da filtragem dos dados e do método de inferência. Também foram observadas inconsistências filogenéticas comparando os resultados de UCEs e mitogenomas. Por fim, nos capítulos 1 e 3 investiguei como alguns aspetos das amostras históricas podem influenciar a obtenção de dados genômicos, disponibilizando informações úteis para futuros estudos utilizando amostras antigas de museus

Nonvolant small mammals of Estação Ecológica de Bananal, SP

A Floresta Atlântica comparada a outros biomas brasileiros é proporcionalmente o mais diverso em espécies de mamíferos e com a maior taxa de endemismo. Dentre todos os mamíferos do Bioma, os pequenos não voadores constituem o grupo mais diversificado, representando acima de um terço da diversidade total, com cerca de 105 espécies. Contudo, ainda estamos longe da compreensão ideal de diversos aspectos que acercam a delimitação de grande parte destas espécies, como a amplitude da variação morfológica, suas relações filogenéticas e suas características biogeográficas. Em parte, isto se deve a falta de estudos que integram estas questões, por exemplo, através da descrição detalhada de faunas locais, como tem ocorrido para a região Amazônica. Neste contexto, o presente estudo teve por objetivo reconhecer a fauna de pequenos mamíferos não voadores da Estação Ecológica de Bananal (EEB), região nordeste do Estado de São Paulo, e apresentá-la através de uma lista comentada; além de discutir alguns aspectos biogeográficos do grupo no Bioma. Para isto foram examinados cerca de 550 espécimes colecionados nos anos de 2003, 2004 e 2011 na EEB e depositados no Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (MZUSP); foram examinados ainda, para fins comparativos, espécimes provenientes de outras localidades da Floresta Atlântica e depositados em coleções científicas do Brasil e do exterior. Os espécimes foram analisados sob aspectos morfológicos, através de analises qualitativas e quantitativas de morfologia externa e crânio-dentária, e moleculares, através do sequenciamento do gene mitocondrial do citocromo b. Compõem a lista comentada de pequenos mamíferos não voadores da EEB um total de 31 espécies, sendo seis marsupiais didelfídeos, 22 roedores sigmodontíneos e três roedores equimídeos. Para estes, são apresentadas informações padronizadas, como localidade tipo; distribuição geográfica atualizada; identificação, com informações de variação morfológica; comentários taxonômicos; posicionamento filogenético; e observações de campo. A EEB destaca-se como uma das localidades mais ricas da Floresta Atlântica, sendo local de ocorrência de algumas das mais raras espécies de pequenos mamíferos não voadores do Bioma, como: Drymoreomys albimaculatus, Rhagomys rufescens e Phaenomys ferrugineus. Uma análise de similaridade entre localidades da Floresta Atlântica, baseada na riqueza de espécies do grupo em questão, demostrou que o mesmo pode ser dividido em cinco regiões faunísticas distintas. Neste cenário, a EEB foi inserida na região \"Sudeste-serrana\", apresentando alta similaridade com a R.F do Morro Grande e com o P.E. Intervales. Filogeograficamente, as espécies da EEB apresentam diferentes níveis de estruturação e, em geral, exibem uma maior proximidade aos espécimes provenientes de localidades entre o sul de São Paulo e o sul da Bahia. Com este estudo, comprova-se a importância da região sudeste da Floresta Atlântica em termos de diversidade e ocorrência de espécies raras; demostrou-se que o as espécies de pequenos mamíferos não estão homogeneamente distribuídas no Bioma, existindo consistentes regionalizações; e corroborou-se a relevância da região sudeste, nos processos de diversificação das espécies.Compared to other Brazilian biomes, the Atlantic Forest is proportionally the most diverse in species of mammals, exhibiting the highest rate of endemism. Among all Atlantic Forest mammals, the nonvolant small mammals are the most diversified group and represents more than a third of total richness, with nearly 105 species. However, we are still far from understanding many aspects involved on the delimitation of most species, such as the magnitude of morphological variation, phylogenetic relationships and biogeographic history. This is a consequence of the lack of studies integrating these issues, for instance, through detailed description of local faunas, as has been occurred in the Amazon region in the last few years. In this context, the main objective here was to inventory the nonvolant small mammals fauna of Estação Ecológica de Bananal (EEB), northeast of São Paulo State, and present it in a detailed and commented list; I also aimed to discuss some biogeographic aspects of the group in Atlantic Forest. I analyzed about 550 specimens collected in the years 2003, 2004 and 2011 and deposited in the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (MZUSP); as well as specimens from others localities in Atlantic Forest and deposited in scientific collections in Brazil and abroad, to compare with EEB specimens. The specimens were analyzed through morphological features, such as qualitative and quantitative analysis of external and cranial morphology, and through molecular traits, with mitochondrial cytochrome b gene sequencing. The EEB nonvolant small mammals list comprised 31 species, among them six didelphid marsupials, 22 sigmodontine rodents and three echimyid rodents. For all species, I present the following itens: type locality; geographic distribution; identification, with information about morphological variation; taxonomic remarks; phylogenetic relationships; and field observations. The EEB stands out as one of the richest localities in the Atlantic Forest, where occur some of the rarest species of nonvolant small mammals of the Atlantic forest Biome, such as Drymoreomys albimaculatus, Rhagomys rufescens and Phaenomys ferrugineus. A cluster analysis between Atlantic Forest localities, based on species richness (species presence or absence), showed us that the Biome can be divided in five distinctive faunal regions. The EEB was placed in a region named \"Sudesteserrana\", displaying high similarity with R.F. do Morro Grande and P.E. Intervales. Regarding the phylogeography approach, EEB species exhibited different levels of structure, exhibiting greater genetic proximity to specimens from localities across south of São Paulo and southern Bahia. As the main conclusion, this study demonstrated the importance of the southeastern Atlantic Forest in terms of diversity and occurrence of rare species; it also showed that species of nonvolant small mammals are not homogeneously distributed in the Biome, as a consequence of the consistent regionalization found across them; and it corroborated the relevance of the southeastern portion of Biome in the species diversification process

DIVERSIDADE DE MAMÍFEROS DO BAIXO RIO JUFARI, RORAIMA, BRASIL

RESUMO Inventários faunísticos são fundamentais para acessar diretamente a diversidade de uma determinada região. Embora a Amazônia exiba estimativas de grande riqueza de espécies de mamíferos, a região ainda apresenta grandes lacunas de amostragem. Com o objetivo de preencher essas lacunas amostrais foi realizado o inventário da fauna de mamíferos não voadores em uma área de terra firme na região do baixo Rio Jufari, próximo ao interflúvio Rio Negro-Rio Branco. Armadilhas do tipo live trap e armadilhas de queda (pitfall trap) foram utilizadas na amostragem dos pequenos mamíferos, perfazendo um esforço total de 3.673 armadilhas-noite e 2.700 baldes-noite, respectivamente. Para amostrar os mamíferos de médio e grande porte foram realizados censos diurnos e noturnos ao longo dos transectos lineares, além de encontros ocasionais e doação de material pela comunidade Caicubi. A utilização de armadilhas de interceptação e queda se mostrou de suma importância para a amostragem dos pequenos mamíferos. Em termos gerais, a diversidade encontrada na área foi pequena quando comparada a outros inventários na bacia amazônica. Foram registradas 27 espécies pertencentes a 25 gêneros, 16 famílias e nove ordens da Classe Mammalia. A grande maioria das espécies registradas é conhecida para a região das Guianas, porém apresentamos: ampliação de distribuição para a espécie Marmosops bishopi; comentários taxonômicos para Monodelphis brevicaudata; novos registros para espécies do gênero Oecomys e Makalata. Também é digna de nota a baixíssima diversidade de espécies da ordem Primates. Dados de entrevistas sugerem que essa baixa diversidade é histórica e que áreas próximas nos rios Negro e Branco apresentam maior diversidade. Nossa amostragem demostrou que o interflúvio Rio Negro-Rio Branco não apresenta elementos faunísticos exclusivos, uma vez que todas as espécies documentadas nesta região também ocorrem em outros interflúvios, em especial aqueles da porção nordeste da bacia Amazônica