O objetivo principal deste trabalho foi aplicar o protocolo de avaliação rápida da diversidade de habitats proposto por Callisto et al. (2002), para trechos de bacias no Parque Nacional da Serra do Cipó, MG, e Parque Nacional da Bocaína, RJ, na sub-bacia do Rio Pardinho, RS, visando desenvolver um protocolo de avaliação rápida de impacto ambiental, eficiente, de fácil utilização, capaz de refletir o impacto ambiental local. A avaliação teve como critério de comparação a precisão das respostas para cada pergunta do protocolo, medida em termos do desvio-padrão. Desta forma, houve um comparativo entre os resultados obtidos a partir da aplicação do protocolo original e após modificações terem sido incorporadas no novo protocolo. Os resultados da aplicação do protocolo original demonstraram que houve uma alta variabilidade nas respostas para cada uma das 22 questões, o que pode ser explicado considerando o fato de este protocolo ter sido desenvolvido para bacias hidrográficas com características distintas da sub-bacia do Rio Pardinho. Desta forma, reformulou-se o protocolo original, modificando, incluindo ou retirando questões que não se aplicavam à situação local. Assim, dos 22 tópicos do protocolo original, um total de 12 questões foram elaboradas, visando atender as características dos cursos d´água da região. Comparando os resultados, verificou-se que houve uma redução significativa (91,3%) do desvio-padrão médio antes e depois das modificações, passando de uma média igual a 6,9 pontos para 0,6 pontos. Estes resultados demonstram que o aumento significativo na precisão deste novo protocolo vem garantir a eficiência na avaliação rápida do impacto ambiental predominante na bacia