Análisis de los proteomas de dos micoplasmas : Mycoplasma penetrans y Microplasma genitalium /

Consultable des del TDXTítol obtingut de la portada digitalitzadaLa memòria que es presenta està composta per dos treballs d'investigació que tot i estar relacionats, formen cadascun un capítol independent. En la primera part del treball s'ha realitzat l'estudi del proteoma de Mycoplasma penetrans mitjançant electroforesis bidimensional i espectrometria de masses. S'ha generat un mapa de referència del proteoma d'aquest patogen humà, que compren els rangs de pH de 4 a 11 en tres finestres, de 4 a 7, de 6 a 9 i de 7 a 11NL (No lineal). Mitjançant tinció especifica s'ha obtingut el fosfoproteoma d'aquest organisme en el rang de pH de 4 a 7, i també s'han determinat els llocs específics de fosforilació de dos proteïnes, un transportador ABC i el Factor de elongació Tu. En la segona part del treball s'ha realitzat l'anàlisi del proteoma de Mycoplasma genitalium, ampliant la informació ja existent sobre el proteoma d'aquest patogen humà. S'ha analitzat el proteoma d'aquest organisme en fase de creixement estacionaria final utilitzant gradients estrets de pH. Per aquest micoplasma també s'ha generat una imatge del fosfoproteoma en el rang de pH de 4 a7, i s'ha pogut, també, determinar el lloc específic de fosforilació d'una proteïna implicada en l'adhesió d'aquest micoplasma, la proteïna P110.La memoria que se presenta está formada por dos trabajos de investigación que todo y estar relacionados entre si, forman cada uno un capítulo independiente. En la primera parte del trabajo se ha realizado un estudio del proteoma de Mycoplasma penetrans mediante electroforesis bidimensional y espectrometría de masas. Se ha generado un mapa de referencia del proteoma de este patógeno humano, que comprende el rango de pH de 4 a 11 en tres ventanas, de 4 a 7 de 6 a 9 y de 7 a 11NL (no lineal). Mediante tinción específica se ha obtenido el fosfoproteoma de este organismo en el rango de pH de 4 a 7, y también se han determinado los sitios específicos de fosforilación de dos proteínas, un transportador ABC y el Factor de elongación Tu. En la segunda parte del trabajo se ha realizado un análisis del proteoma de Mycoplasma genitalium, ampliando la información ya existente sobre el proteoma de este patógeno humano. Se ha analizado el proteoma de este organismo en la fase de crecimiento estacionaria final utilizando gradientes estrechos de pH. Para este micoplasma también se ha generado una imagen del fosfoproteoma en el rango de pH de 4 a 7, y se ha podido determinar también, el sitio específico de fosforilación de una proteína implicada en la adhesión de este micoplasma, la proteína P110.The report herein presented is composed of two research works that although they are related, they form an independent chapter. In the first part of this research the proteome of Mycoplasma penetrans has been analyzed using the combination of two-dimensional electrophoresis and mass spectrometry. A proteome reference map of this human pathogen has been constructed including the pH ranges of 4 to 11 in three windows, from 4 to 7, from 6 to 9 and from 7 to 11NL (Non lineal). With a specific phosphoprotein staining method, the phosphoproteome of this microorganism has been obtained in the pH range of 4 to 7. The specific phosphorylation sites have been characterized for two proteins, an ABC transporter and the Elongation Factor Tu. In the second part of this research, the proteome of Mycoplasma genitalium has been analyzed, extending the previous information of the proteome of this human pathogen. The proteome of this microorganism has been analyzed in the final stationary growth phase using narrow pH gradients. The phosphoproteome has been also analyzed for this microorganism using the specific phosphoprotein staining in the pH range of 4 to 7. The specific phosphorylation site has been characterized in a protein involved in adhesion, the protein P110

Main specifications of CFD codes for WUIVIEW activities

CFD simulations will be the core activity of the WUVIEW performance based fire safety analysis. The purpose of this document is to provide WUIVIEW partners with a general overview of the CFD codes to be used in the Action. The general simulation framework is described, particularly highlighting data inputs and scenario description requirements, to be developed in subsequent WUIVIEW WPs. This TN provides the technical foundations and main specifications of the databases to be designed within the WUIVIEW working program (ongoing action by UPC).Postprint (updated version

Changed expression of cytoskeleton proteins during lung injury in a mouse model of Streptococcus pneumoniae infection

Infections by Streptococcus pneumoniae are a major cause of morbidity and mortality worldwide, often causing community-acquired pneumonia, otitis media and also bacteremia and meningitis. Studies on S. pneumoniae are mainly focused on its virulence or capacity to evade the host immune system, but little is known about the injury caused in lungs during a pneumococcal infection. Herein we investigated this issue comparing the proteome profile of lungs from S. pneumoniae-infected mice with control mice by means of difference gel electrophoresis (DIGE) technology. In order to obtain reliable results three biological replicas were used, and four technical replicas were carried out in each biological replica. Proteomic comparison was performed at two time points: 24 and 48 h post infection. A total of 91 proteins were identified with different abundance. We found important changes in the protein profiles during pneumococcal infection mainly associated with regulation of vesicle-mediated transport, wound healing, and cytoskeleton organization. In conclusion, the results obtained show that the cytoskeleton of the host cell is modified in S. pneumoniae infection

Caracterización de un proteoma mínimo: Mycoplasma genitalium

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Triclosan-induced genes Rv1686c-Rv1687c and Rv3161c are not involved in triclosan resistance in Mycobacterium tuberculosis

A key issue towards developing new chemotherapeutic approaches to fight Mycobacterium tuberculosis is to understand the mechanisms underlying drug resistance. Previous studies have shown that genes Rv1686c-Rv1687c and Rv3161c, predicted to encode an ATP-binding cassette transporter and a dioxygenase respectively, are induced in the presence of triclosan and other antimicrobial compounds. Therefore a possible role in drug resistance has been suggested for the products of these genes although no functional studies have been done. The aim of the present study was to clarify the role of Rv1686c-Rv1687c and Rv3161c in M. tuberculosis resistance to triclosan and other drugs. To this end, deficient mutants and overproducing strains for both systems were constructed and their minimal inhibitory concentration (MIC) against over 20 compounds, including triclosan, was evaluated. Unexpectedly, no differences between the MIC of these strains and the wild-type H37Rv were observed for any of the compounds tested. Moreover the MIC of triclosan was not affected by efflux pump inhibitors that inhibit the activity of transporters similar to the one encoded by Rv1686c-Rv1687c. These results suggest that none of the two systems is directly involved in M. tuberculosis resistance to triclosan or to any of the antimicrobials tested

Comparative proteomic analysis of collection and clinical-isolate strains of Stenotrophomonas maltophilia

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Comparación de dos técnicas Proteómicas aplicadas al análisis de las proteínas de membrana de Mycoplasma genitalium

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Comparative proteomic analysis of collection and clinical-isolate strains of psudomonas aeruginosa

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Detección de resistencia a agentes antibacterianos mediante MALDI-TOF espectrometría de masas

En la última década hemos asistido a un notable incremento en el número de cepas aisladas en el medio hospitalario que son productoras de β-lactamasas de espectro extendido (BLEE) o, más recientemente, de carbapenemasas. Esta situación hace patente la necesidad de disponer de un sistema de detección rápida de estos mecanismos de resistencia que permita seleccionar de forma precoz el antibiótico más adecuado para poder mejorar la asistencia al paciente. Estudios recientes avalan la posibilidad de usar sistemas de espectrometría de masas (MS), específicamente sistemas MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization, Time-Of-Flight) para identificar determinados mecanismos de resistencia ya que su empleo ofrece diversas ventajas. En primer lugar, el coste económico de cada determinación es claramente inferior al de las técnicas moleculares clásicas de detección de genes de resistencia. En segundo lugar, la detección de resistencias mediante MALDI-TOF permite reducir el tiempo de obtención de resultados en comparación con los métodos de rutina actualmente empleados. Por último, cabe la posibilidad de que nos permita detectar enzimas no descritas previamente, de las que no se dispone de información acerca de los genes que las codifican. Por todo ello, creemos que ésta puede ser una metodología muy útil para implementar en los laboratorios de microbiología clínica. En esta revisión se pretende exponer los últimos avances en esta área

Extended proteome and membrane subproteome of mycoplasma genitalium

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