On the Use of Suffix Arrays for Memory-Efficient Lempel-Ziv Data Compression

Much research has been devoted to optimizing algorithms of the Lempel-Ziv (LZ) 77 family, both in terms of speed and memory requirements. Binary search trees and suffix trees (ST) are data structures that have been often used for this purpose, as they allow fast searches at the expense of memory usage. In recent years, there has been interest on suffix arrays (SA), due to their simplicity and low memory requirements. One key issue is that an SA can solve the sub-string problem almost as efficiently as an ST, using less memory. This paper proposes two new SA-based algorithms for LZ encoding, which require no modifications on the decoder side. Experimental results on standard benchmarks show that our algorithms, though not faster, use 3 to 5 times less memory than the ST counterparts. Another important feature of our SA-based algorithms is that the amount of memory is independent of the text to search, thus the memory that has to be allocated can be defined a priori. These features of low and predictable memory requirements are of the utmost importance in several scenarios, such as embedded systems, where memory is at a premium and speed is not critical. Finally, we point out that the new algorithms are general, in the sense that they are adequate for applications other than LZ compression, such as text retrieval and forward/backward sub-string search.Comment: 10 pages, submited to IEEE - Data Compression Conference 200

Adjuvant endocrine therapy for the treatment of early breast cancer : real world effectiveness, tolerability and adherence

O tratamento hormonal adjuvante de doentes com carcinoma da mama melhora a sobrevivência global. O uso em contexto de mundo real, efetividade, tolerabilidade e adesão a inovações recentes da terapia hormonal adjuvante de cancro da mama não está bem caracterizado. Para abordar estes pontos e assim apoiar a tomada de decisão de doentes-médicos e a investigação clínica futura desenvolvemos uma série de projetos com o propósito de: 1) descrever a implementação na prática clínica de mundo real de inovações recentes no campo da terapia hormonal adjuvante de cancro da mama e sumarizar a sua efetividade, 2) quantificar o impacto da terapia hormonal adjuvante na qualidade de vida das doentes e 3) quantificar a adesão e persistência das doentes à terapia hormonal adjuvante. Para concluir estas tarefas utilizámos diferentes estudos de coorte e aplicámos métodos padrão e inovadores de análise de dados. Fazendo recurso de duas coortes retrospetivas derivadas do Registo Oncológico Regional do Sul, a primeira com ~1300 mulheres pós-menopáusicas e a segunda com ~1700 mulheres pré-menopáusicas, identificámos que quer os inibidores da aromatase (IA) quer a supressão da função ovárica (SFO) foram introduzidos com sucesso na prática clínica após publicações científicas de referência em 2005 e 2014, respetivamente. Na coorte pós-menopáusica, 41% das doentes receberam um IA (16% em monoterapia e 25% em sequência) e 59% tamoxifeno com diferenças por centro. Após um acompanhamento mediano de 6.3 anos, os IA associaram-se a melhor sobrevivência global (SG) quando comparados com tamoxifeno (HR-ajustado 0.5, IC 95% 0.37-0.81). Fazendo recurso complementar de uma coorte retrospetiva estado-unidense de ~800 mulheres pós-menopáusicas com tumores lobulares, registámos resultados semelhantes e não foi identificada heterogeneidade de eficácia por tipo histológico, em específico quando comparando carcinomas lobulares puros a carcinomas ductais e lobulares mistos. Na coorte pré-menopáusica, 17% das doentes foram tratadas com SFO com um crescimento substancial do uso de 2014 em diante (16% vs. 25% após 2014), particularmente para a combinação com IA (0.4% vs. 8% após 2014). Após um acompanhamento mediano de ~3 anos, doentes tratadas com SFO tiveram melhor SG que doentes não tratadas com SFO (HR-ajustado 0.44, IC 95% 0.19-0.96). Fazendo recurso de uma sub-coorte de ~4300 doentes com cancro da mama com resultados reportados por doente (patient reported outcomes) disponíveis do estudo CANTO, uma coorte prospetiva francesa, descrevemos um impacto substancial do tratamento na qualidade de vida (QdV) 2 anos após o diagnóstico. Usando o C30 summary score da EORTC, um resultado compósito de várias funções e sintomas, a terapia hormonal, mas não a quimioterapia, teve um impacto persistente na QdV 2 anos após o diagnóstico com diferenças nos domínios impactados. Adicionalmente, expusemos um efeito diferencial do tratamento por estado menopausico: em doentes pré-menopáusicas a quimioterapia parece ser o promotor principal da deterioração de domínios de QdV, enquanto que em doentes pós-menopáusicas foi a terapia hormonal o promotor principal da deterioração da QdV. Finalmente, fazendo recurso de uma segunda sub-coorte de ~1200 derivada do estudo CANTO e de doentes que estavam a tomar tamoxifeno e com avaliação sérica do tamoxifeno, identificámos que 1 em cada 6 mulheres (16%) eram não-aderentes ao tratamento, i.e. tinham os valores séricos de tamoxifeno abaixo da linha de corte de adesão. Esta proporção foi maior que aquela auto-reportada (12.3%). Após um acompanhamento mediano de 2 anos após a avaliação do tamoxifeno sérico, doentes não aderentes quando avaliadas por via bioquímica tiveram uma sobrevivência livre de recidiva à distância mais curta (HR-ajustado de 2.31, IC 95% 1.05-5.06). Este trabalho detalhou a cinética de introdução na prática clínica de inovações recentes na terapia hormonal adjuvante. Adicionalmente, revelou evidência de mundo real da efetividade de IA e SFO adjuvantes. Estes dados sugeriram porém que para uma proporção substancial de doentes a terapia hormonal leva a um impacto persistente e negativo na QdV, especialmente em mulheres pós-menopáusicas, tal como a uma proporção alarmante de não-adesão ao tratamento, até certo ponto relacionada com questões de tolerabilidade.Adjuvant endocrine therapy leads to substantial gains in breast cancer survival outcomes. The real-world use, effectiveness, tolerability and adherence to recent innovations in the field of adjuvant endocrine therapy for breast cancer is not well characterized. To tackle these concerns and hence help patient-physician decision making and future clinical research we developed a series of projects aiming to: 1) describe the implementation in real-world practice of recent innovations in the field of adjuvant endocrine therapy for breast cancer and summarize its effectiveness, 2) quantify adjuvant endocrine therapy impact on patients’ quality of life and 3) quantify patients adherence and persistence to adjuvant endocrine therapy. To do this, we used different cohort studies and applied standard and novel statistical methods. Using two retrospective cohorts from Southern Portugal Cancer Registry, one of ~1300 postmenopausal women and the other of ~1700 premenopausal women, we identified that both aromatase inhibitors (AI) and ovarian function suppression (OFS) were successfully introduced in clinical practice after landmark publication in 2005 and 2014, respectively. In the postmenopausal cohort, 41% of patients received an AI (16% as monotherapy, 25% as sequential therapy) and 59% tamoxifen with differences by center. After a median follow-up of 6.3 years, AI use was associated with a better overall survival (OS) when compared with tamoxifen (adjusted-HR 0.55, 95% CI 0.37-0.81). Using a complementary retrospective US cohort of ~800 postmenopausal women with lobular tumors, similar findings were registered and no heterogeneity in efficacy was recorded by histology, in specific comparing pure lobular carcinomas to mixed ductal and lobular carcinomas. In the premenopausal cohort, 17% of patients were treated with OFS with a substantial increase of its use from 2014 onward (16% vs. 25% after 2014), particularly for the combination with AI (0.4% vs. 8% after 2014). After a median follow-up of ~3 years, patients treated with OFS had a better OS than those not treated with OFS (adjusted-HR 0.44, 95% CI 0.19-0.96). Using a sub-cohort of ~4300 breast cancer patients with available patient reported outcomes from CANTO, a nationwide French prospective cohort, we described a substantial impact of treatment on QoL 2 years after diagnosis. Using the EORTC C30 summary score, a composite score of several functions and symptoms, endocrine therapy but not chemotherapy had a persistent impact on QoL 2 years after diagnosis with differences by specific domains. In addition, we uncovered a differential effect of treatment by menopausal status: in premenopausal patients CT seems to be the predominant driver of QoL domains deterioration, whereas in postmenopausal patients it was ET the predominant driver of QoL deterioration. Finally, using a second sub-cohort of ~1200 patients from CANTO that were taking adjuvant tamoxifen and with serum assessment of tamoxifen, we identified that 1 in every 6 women (16%) were non-adherent, i.e. had serum tamoxifen levels were below the adherence threshold. This proportion was higher than the self-reported rate of non-adherence (12.3%). After a median follow-up time of 2 years from tamoxifen serum assessment, biochemically defined non-adherent patients had a shorter DDFS (adjusted-HR of 2.31, 95% CI 1.05-5.06). This work detailed the kinetics of introduction in clinical practice of recent adjuvant endocrine treatment innovations. In addition, it provides real-world evidence of the effectiveness of adjuvant AIs and OFS. Nevertheless, it suggests that for a substantial number of patients endocrine therapy leads to a persistent negative impact on QoL, especially in postmenopausal women, and to an alarming proportion of non-adherence to treatment, to a certain extent related to tolerability issues

Gas mass-flow meters: Principles and applications

Gas mass-flow meters (GMFM) for original equipment manufacturers (OEM) applications are presently found in a relatively easy and cheap way. GMFM may be applied in a number of different situations but technical formation concerning its principles of measurement and applications are still misleading. In this paper, the principles of GMFM measurement are discussed and the operating parameters are clarified. A concept of gas mass-flow response factor is introduced and further used in a model for gas mass-flow measurement that is suitable to any gas mixture of known composition. In addition, a model for the application of GMFM to dynamic volumetric methods of dilution is presented and generalized

The influence of menopausal status on bone turnover and disease control in breast cancer patients with metastatic bone disease treated with chemotherapy plus zoledronic acid : an exploratory retrospective cohort study

RESUMO: Introdução: Uma meta-análise recente demonstrou que uso adjuvante de ácido zoledrónico (AZ) em mulheres pós-menopáusicas com cancro da mama precoce (CM) conduz a redução do risco de morte por CM em 17%. Investigámos o efeito do estado hormonal (pré [PrM] vs pós-menopausa tardia [PoM]) na remodelação óssea e controlo de doença em mulheres com CM e metástases ósseas (MO) tratadas com AZ e quimioterapia (QT). Métodos: Neste estudo de coorte retrospetivo, colhemos variáveis clinico-patológicas e quantificámos o telopéptido N-terminal (NTX) urinário e marcadores tumorais (MT) séricos em mulheres com CM e MO tratadas com QT e AZ. As doentes foram divididas em PrM (60 anos). Endpoints do estudo: variação do NTX, CA15.3 e CEA nos meses 3, 6 e 9, tempo até falência de QT de primeira-linha e sobrevivência. Quando apropriado foram usados os testes de Wilcoxon rank-sum, modelo de efeitos lineares mistos, teste log-rank e modelo de Cox. Resultados: Quarenta doentes foram elegíveis para análise (8 PrM e 32 PoM). Depois da introdução de AZ e QT, os níveis de NTX e MT caíram no coorte global. O perfil de resposta não diferiu entre grupos no mês 3 ou em tempos posteriores (valor-p para interação tempo-estado hormonal no mês 3=0.957). Ademais, o perfil de resposta dos MT também não diferiu entre grupos. O tempo mediano até falência de primeira-linha de QT em PrM e PoM foi de 15.2 e 17.4 meses, respetivamente. Não foi identificada diferença significativa entre grupos, quer em análise univariada quer após controlo para envolvimento visceral (p=0.399 e 0.469, respetivamente). Igualmente, não houve diferenças em termos de sobrevivência. Conclusões: Neste coorte, não foram identificadas diferenças no controlo de NTX ou MT em função do estado menopausico. Igualmente, não foi identificada diferença no tempo até falência de primeira-linha de CT ou sobrevivência.----------- ABSTRACT: Background: A recent meta-analysis showed that the adjuvant use of zoledronic acid (ZA) in postmenopausal women with early breast cancer (BC) leads to a reduction in the risk of breast cancer death by 17%. We investigated the effect of the hormonal status (pre [PrM] vs late post menopause [PoM]) on bone turnover and disease control among women with BC and boné metastases (BM) treated with ZA and chemotherapy (CT). Methods: In this retrospective cohort study, we collected clinicopathologic variables, urinary Nterminal telopeptide (NTX) and serum tumor marker levels from women with BC and BM treated with CT and ZA. Patients were divided in PrM (60 years). Study endpoints were NTX, CA15.3 and CEA variation at 3, 6 and 9 months, and time to first-line CT failure and survival. We performed multilevel mixed-effects linear regression models to assess the variation of repeated measures and cox regression models for time to event outcomes. Results: Forty patients were eligible for analysis (8 PrM and 32 PoM). After introduction of ZA and CT, NTX and tumor markers declined in the overall cohort. Response profile was similar between menopausal groups at month 3 and at later time points (p-value for time-hormonal status interaction at month 3=0.957). Furthermore, tumor markers response profile was also equal between groups. Median time to first-line CT failure in PrM and PoM women was 15.2 and 17.4 months, respectively. No significant difference between groups was found, either using a univariate analysis or after controlling for visceral disease involvement (p=0.399 and 0.469, respectively). Likewise, no differences in survival were found. Conclusions: In this cohort, no differences were found in terms of NTX or tumor markers control according to menopausal status. Similarly, no difference in time to first-line CT failure or survival was found

Fractura frágil e dúctil de juntas soldadas

Neste trabalho foi avaliado o efeito da energia de soldadura sobre os valores de tenacidade de juntas soldadas de aços. Foram realizadas soldaduras num aço estrutural de alta resistência, temperado e revenido (RQT 601 – British Steel Corporation). As soldaduras foram realizadas em chapas com 25 mm de espessura; para o efeito foi considerada a preparação de junta em K. A utilização desta preparação de junta teve como objectivo criar uma zona afectada pelo calor aproximadamente normal à superfície da chapa. O binário utilizado nas soldaduras foi o OK Flux 10.61/ OK Autrod 13.43 (ESAB). Foi usado um eléctrodo de 4 mm e energias específicas de 4 kJ/mm e 6.5 kJ/mm. Das soldaduras foram retirados provetes para análise química, para análise metalográfica e para o estudo da tenacidade, na zona fundida (ZF), na zona afectada pelo calor (ZAC) e no metal de base (MB). Os provetes Charpy foram retirados com orientação Y-X (entalhe segundo a direcção da soldadura). A ZF apresenta uma tenacidade superior à do MB, para qualquer das energias testadas. A ZAC apresenta, em qualquer dos casos, os valores mais baixos de tenacidade. Foi observada uma queda de tenacidade, nas zonas fundidas e zonas afectadas pelo calor, com o aumento da energia específica de soldadura

LEMPEL-ZIV SLIDING WINDOW UPDATE WITH SUFFIX ARRAYS

The sliding window dictionary-based algorithms of the Lempel-Ziv (LZ) 77 family are widely used for universal lossless data compression. The encoding component of these algorithms performs repeated substring search. Data structures, such as hash tables, binary search trees, and suffix trees have been used to speedup these searches, at the expense of memory usage. Previous work has shown how suffix arrays (SA) can be used for dictionary representation and LZ77 decomposition. In this paper, we improve over that work by proposing a new efficient algorithm to update the sliding window each time a token is produced at the output. The proposed algorithm toggles between two SA on consecutive tokens. The resulting SA-based encoder requires less memory than the conventional tree-based encoders. In comparing our SA-based technique against tree-based encoders, on a large set of benchmark files, we find that, in some compression settings, our encoder is also faster than tree-based encoders

Bone remodeling markers and bone metastases: from cancer research to clinical implications

© 2015 International Bone & Mineral Society All rights reserved.Bone metastasis is a frequent finding in the natural history of several types of cancers. However, its anticipated risk, diagnosis and response to therapy are still challenging to assess in clinical practice. Markers of bone metabolism are biochemical by-products that provide insight into the tumor-bone interaction, with potential to enhance the clinical management of patients with bone metastases. In fact, these markers had a cornerstone role in the development of bone-targeted agents; however, its translation to routine practice is still unclear, as reflected by current international guidelines. In this review, we aimed to capture several of the research and clinical translational challenges regarding the use of bone metabolism markers that we consider relevant for future research in bone metastasis.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

A colza pode dinamizar o setor arvense de sequeiro

Portugal necessita de incorporar 10% de biocombustíveis nos combustíveis convencionais até 2020. Tudo indica que se estas metas forem atingidas, sê-lo-ão à custa da importação das matérias- primas. A colza pode ajudar a mitigar o problema, na medida em que atinge produtividades interessantes em sequeiro. A técnica cultural é muito semelhante à dos cereais de inverno, o que facilita a sua inclusão nos sistemas de cultivo. Os produtores de cereais devem começar a equacionar a inclusão da colza nas suas rotações de sequeiro

Optimização de métodos de núcleo utilizando algoritimos de enxame

Os métodos de núcleo, que incluem as máquinas de vectores de suporte, têm obtido sucesso assinalável em inúmeras áreas de aplicação. Este sucesso está, no entanto, dependente do núcleo e parâmetros definidos para cada problema. Estas questões têm sido abordadas utilizando diversas técnicas analíticas, algébricas, heurísticas e, mais recentemente, vários métodos evolucionários. Nesta dissertação apresentamos uma abordagem baseada em inteligência de enxame à optimização das máquinas de vectores de suporte. As contribuições deste trabalho incluem a análise de anteriores abordagens evolucionárias; a proposta de um algoritmo de enxame para treino de máquinas de vectores de suporte, superior à melhor abordagem evolucionária conhecida e aos métodos clássicos quando são utilizados núcleos indefinidos; e a apresentação de um algoritmo de enxame capaz de optimizar simultaneamente vários aspectos da abordagem, reduzindo substancialmente a intervenção do utilizador. Adicionalmente, desenvolvemos novos algoritmos e metodologias de utilidade genérica na área da inteligência de enxame; ### Optimizing Kernel Methods Using Swarm Intelligence Algorithms Abstract: Kernel methods, which include support vector machines, have achieved remarkable success in many application areas. This success is, however, dependent on the kernel and parameters defined for each problem. These issues have been addressed using various analytical, algebraic and heuristic techniques. More recently, various evolutionary methods have also been used. In this thesis we present an approach based on swarm intelligence for the optimization of support vector machines. The contributions of this work include the analysis of previous evolutionary approaches; the proposal of a swarm algorithm to train support vector machines that presents better performance than the best previously known evolutionary approach and can overcome the classical methods when indefinite kernels are used; and the presentation of a swarm algorithm able to simultaneously optimize several aspects of the approach, substantially reducing user intervention. Additionally, we developed new algorithms and methodologies of general utility in the area of swarm intelligence