Associação entre variantes nos genes TNF, IL6 e IL1B e gravidade da Covid-19

A Covid-19 (doença do coronavírus 2019), é uma doença infecciosa causada pelo Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2 (SARS-CoV-2) é transmitida principalmente pelo contato direto do indivíduo infectado. Em março de 2020, a Organização Mundial da Saúde declarou a Covid-19 como uma pandemia. É observado um grande espectro das manifestações clínicas da doença, mas de forma geral a mediana de idade dos pacientes de Covid-19 internados é de 58 anos (IQR: 44-72), e os homens compõem a maior parcela de casos graves. As comorbidades mais comuns relatadas são doenças cardíacas, diabetes, hipertensão e obesidade. Os pacientes de Covid-19 podem ser classificados de acordo com a gravidade de seus sintomas, enquanto os sintomáticos leves apresentam sintomas gripais (tosse, falta de ar, febre e fadiga), alguns pacientes desenvolvem Covid-19 grave, e necessitam de internação em unidade de terapia intensiva (UTI) e ventilação mecânica. Foi observado que concentrações mais altas de interleucina (IL)-6, IL-1β e Fator de Necrose Tumoral alfa (TNF-α), se correlacionaram com a gravidade da doença. Vários estudos mostraram aumento de IL-6 em pacientes hospitalizados com Covid-19 e sua associação com gravidade e mortalidade. A IL-1β é um mediador essencial da resposta inflamatória e, assim como a IL-6, está envolvida em vários processos celulares durante a resposta imune, como proliferação, diferenciação e apoptose celular. Níveis elevados de IL- 1β no tecido pulmonar têm sido associados a desfechos graves de Covid-19, incluindo ventilação mecânica invasiva. Alguns estudos também relacionam o TNF- alfa como biomarcador de gravidade. Os níveis dessas citocinas são regulados por diferentes fatores, incluindo variantes genéticas, e é bem conhecido que variantes genéticas do hospedeiro desempenham um papel fundamental na suscetibilidade ou gravidade de diferentes infecções virais. Assim, este estudo teve como objetivo avaliar variantes genéticas funcionais nos genes TNF (rs1799964, rs1800630, rs1799724, rs1800629 e rs361525), IL6 (rs2069832, rs2069840, rs2069845 e rs1800795), e IL1B (rs4848306, rs1143623, rs16944 e rs1143627), e correlacioná- las aos desfechos da Covid-19. Avaliamos uma amostra de 439 indivíduos com teste RT-PCR positivo para SARS-Cov-2, coletados de abril de 2020 a março de 2021, diagnosticando pelo Laboratório Central do Rio Grande do Sul (LACEN). Dados clínicos e demográficos da amostra foram obtidos a partir do registro do Sistema de Notificações de Síndromes Respiratórias Agudas Graves (SIVEP- GRIPE) e o DNA do hospedeiro foi extraído a partir de swabs nasofaríngeos coletados para diagnóstico. A extração do DNA ocorreu por uma metodologia de salting out desenvolvida in house e a genotipagem das variantes foi realizada por PCR em tempo real com ensaios TaqMan. As análises descritivas das características clínico-demográficas da amostra foram apresentadas como frequências absolutas e relativas, assim como medianas e intervalos interquartil. As comparações entre as frequências alélicas e genotípicas para pacientes hospitalizados e não hospitalizados foi realizada através do teste de qui-quadrado e a avaliação do risco do alelo ou genótipo nos desfechos foi analisada por regressão de Poisson com variâncias robustas. O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa do Hospital de Clínicas de Porto Alegre. O número total de pacientes analisados foi de 439 indivíduos, sendo que 217 (49,4%) foram hospitalizados e o número de indivíduos que não necessitam de internação foi de 210 (47,8%). Os homens representaram 56,6% dos pacientes com necessidade de internação, e a mediana de idade geral da amostra foi de 53 anos (IQR 36,0- 69,0). Em relação aos sintomas da Covid-19, febre, e tosse foram registradas com maior frequência entre todos os pacientes. Fadiga, dificuldade para respirar e saturação de oxigênio C (rs1799964), -863C>A (rs1800630), -857C>T (rs1799724) mostraram-se estatisticamente diferentes entre hospitalizados e não hospitalizados. Embora nenhuma variante de IL1B tenha se mostrado estatisticamente diferente entre os grupos, um modelo de regressão de Poisson foi analisado considerando a variante -511 de IL1B (rs16944) que apresentou uma diferença genotípica entre grupos com um valor de p=0,15. Neste modelo, o genótipo AG de IL1B -511 (rs16944) foi associado a um caráter protetor em relação a desfechos mais graves da Covid-19 (RR 0.75, 95% CI 0.62-0.91, p C (rs1799964) foi a única que permaneceu estatisticamente significativa no modelo multivariado de regressão de Poisson. O genótipo CT apresentou um caráter protetor para a gravidade da Covid-19 (RR 0,74, IC 95% 0,61-0,91, p C (rs1799964), - 863C>A (rs1800630), and -857C>T (rs1799724), allelic and genotypic frequencies were different between the groups analyzed. Although statistical differences were not encountered for IL1B variants, a Poisson regression model was performed comprising the -511 variant of IL1B (rs16944), which presented a genotypic difference between groups, with a P-Value = 0,15. In this model, the genotype AG of IL1B -511 (rs16944) was associated with a protective character, when compared to the severe outcomes of Covid-19 (RR 0.75, 95% CI 0.62-0.91, p C (rs1799964) of TNF was the only statistically significant one considering the multivariate Poisson regression model. Genotype CT presented a protective character regarding Covid-19 severity (RR 0,74, IC 95% 0,61-0,91, p < 0,001). Although we have not encountered other studies evaluating specifically the impact of these variants in Covid-19, we can hypothesize the presence of both these genes’ alleles (heterozygous genotype) might benefit the patient because of the balance in the cytokine’s expression, since both variants are functional and impact the genes expression. This is the first study to encounter associations between the IL1B and TNF variants regarding Covid-19 outcomes in the Brazilian population. The analyses and results here obtained might contribute to the understanding of the host’s immunogenetics variability and the different outcomes of Covid-19

EVALUASI KEMAMPUAN LAHAN DI DESA SUNGAI JELAYAN KECAMATAN KENDAWANGAN KABUPATEN KETAPANG

ABSTRAKDesa Sungai Jelayan merupakan salah satu Desa yang ada di Kecamatan Kendawangan Kabupaten Ketapang yang masih mempunyai potensi untuk dilakukan pengelolaan berkelanjutan. Evaluasi Kemampuan lahan merupakan salah satu upaya untuk mengatasi penurunan degradasi lahan. Kemampuan lahan adalah penilaian atas satuan lahan untuk penggunaan tertentu yang dinilai dari masing-masing faktor penghambat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik lahan sesuai parameter kemampuan lahan, menilai sub kelas kemampuan lahan dan memberikan saran penggunaan lahan berdasarkan sub kelas kemampuan lahan di Desa Sungai Jelayan. Tahapan penelitian dimulai dari persiapan, survei pendahuluan, penentuan lokasi penelitian berdasarkan satuan lahan yang terdiri dari jenis tanah, kelas lereng, penggunaan lahan dan terdapat 9 satuan lahan, dan  penentuan titik pengamatan, serta pengamatan dilapangan dan pengambilan sampel tanah, analisis laboratorium, pengolahan data dan penyajian hasil. Hasil penelitian diperoleh 2 ordo tanah yaitu Entisols dan Inceptisols. Hasil evaluasi kemampuan lahan terbagi menjadi lima kelas kemampuan lahan dan sub kelas yaitu kelas II-s, III-s, IV-w, V-w dan VIII-es. Usaha perbaikan atau upaya penggunaan lahan secara lestari dapat dilakukan dengan 5 upaya yaitu garapan intensif, garapan sedang, garapan terbatas, cagar alam/hutan lindung, dan pengembalaan intensif.Kata Kunci: Degradasi Lahan, Kemampuan Lahan, Sub Kelas

IDENTIFIKASI BEBERAPA SIFAT KIMIA TANAH DI LAHAN PASANG SURUT UNTUK TANAMAN PADI DI DESA SUNGAI ITIK KABUPATEN KUBU RAYA

ABSTRAK     Tanaman padi (Oryza sativa L.) merupakan satu diantara makanan pokok di Indonesia. Sekitar 90 % masyarakat Indonesia mengkonsumsi beras yang merupakan hasil olahan padi sebagai makanan utamanya, oleh karena itu padi menjadi tanaman pangan yang banyak diusahakan di Indonesia. Namun, dalam pengembangan pertanian di lahan pasang surut memiliki berbagai kendala seperti sulitnya pengendalian tata air (drainase buruk), kemasaman yang tinggi, teroksidasinya pirit, ketersediaan unsur hara yang rendah dan intrusi air asin. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi beberapa sifat kimia tanah di lahan pasang surut dan saran pemupukan pada tanaman padi di Desa Sungai Itik, Kabupaten Kubu Raya. sampel tanah pada setiap lahan diambil 5 titik di kedalaman 0-30 cm kemudian sampel tanah kemudian dikopositkan. Jumlah sampel tanah yang dianalisis 4 sampel. Hasil penelitian ini menunjukan analisis sifat kimia tanah pada, Lahan sawah 1 dengan nilai pH tanah 3,85 sangat masam, C-Organik 5,29 sangat tinggi, N-Total 0,76 Tinggi, P-Tersedia 2,48  sangat rendah, K-dd 0,19 sangat rendah, Ca-dd 3,09 rendah, Mg-dd 0,65 rendah, Na-dd 0,30 rendah, KTK 29,42 rendah, KB  23,15 rendah dan bobot isi 0,63 rendah. Lahan sawah 2 dengan nilai pH tanah 3,89 sangat masam, C-Organik 6,65 sangat tinggi, N-Total 0,95 sangat tinggi, P-Tersedia 2,90 sangat rendah, K-dd 0,20 sangat rendah, Ca-dd 3,53 rendah, Mg-dd 0,49 rendah, Na-dd 0,33 rendah, KTK 36, 99 rendah, KB 20,41 rendah dan bobot isi 0,76 rendah. lahan sawah 3 dengan nilai pH tanah 3,93 sangat masam, C-Organik 5,95 sangat tinggi, N-Total 0,83 sangat tinggi, P-Tersedia 2,49 sangat rendah, K-dd 0,19 sangat rendah, Ca-dd 3,36 rendah, Mg-dd 0,60 rendah, Na-dd 0,31 rendah, KTK 33,03 rendah, KB 22,56 rendah dan bobot isi 0,49 rendah. lahan sawah 4 dengan nilai pH tanah 3,98 sangat masam, C-Organik 7,03sangat tinggi, N-Total 1,00 sangat tinggi, P-Tersedia 4,14 sangat rendah, K-dd 0,28 rendah, Ca-dd  3,70 rendah, Mg-dd 0,85 rendah, Na-dd 0,46 sedang, KTK 39,07 rendah, KB 21,01 rendah dan bobot isi 0,54 rendah. Kata Kunci: Lahan Pasang Surut , Sifat Kimia Tanah , Tanaman Padi

Microlearning – Based and Collaboration Skills - Integrated Learning Materials of English for Seventh Graders of Mild Intellectual Disable Students

Dewasa ini, penggunaan teknologi telah berkembang dalam dunia pendidikan. Selain itu guru dan siswa dapat Mengintegrasikan teknologi ke dalam kegiatan belajar-mengajar mereka. Salah satu caranya adalah dengan menerapkan microlearning. Studi terbaru menunjukkan bahwa berbagai materi berbasis microlearning dapat meningkatkan motivasi siswa. Namun, belum ada bahan ajar berbasis microlearning yang dirancang untuk mengajar siswa tunagrahita ringan khususnya untuk mengajari mereka cara menulis dalam bahasa Inggris. Selain itu, keterampilan kolaboratif diperlukan untuk mendukung pendidikan di abad ke-21. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk merancang Bahan Pembelajaran Bahasa Inggris Terpadu Berbasis Microlearning dan Collaboration Skills untuk Siswa Kelas VII Penyandang Disabilitas Intelektual Ringan. Metode penelitian dari penelitian ini. Penelitian ini menggunakan Design and Development Research (DDR), dan penelitian ini menghasilkan kesimpulan sebagai berikut: (1) bahan ajar yang terintegrasi antara keterampilan dan microlearning yang ada, (2) prosedur dalam merancang produk, dan (3) bahan ajar naskah kolaborasi keterampilan terintegrasi dan menulis bahasa Inggris berbasis microlearning untuk siswa kelas VII tunagrahita ringan.(4) pendapat guru tentang bahan ajar yang dirancang untuk mengajarkan menulis kepada siswa tunagrahita. Temuan terakhir adalah desain skrip menulis bahasa Inggris berbasis pembelajaran kolaboratif terintegrasi dan microlearning untuk siswa kelas tujuh dengan siswa tunagrahita ringan Nowadays, the use of technology has developed in the educational world. Moreover teachers and students can Integrate technology into their teaching-learning activities. One way to do it is by implementing microlearning. Recent studies indicated that a variety of microlearning-based materials can increase student motivation. But, there is no microlearning-based instructional material designed to teach students with mild intellectual disabilities especially to teach them how to write in English. In addition, collaborative skills are required to support education in the 21st century. Therefore, this research aims to design Microlearning – Based and CollaborationSkills Integrated Learning Materials of English for Seventh Graders of Mild Intellectual Disable Students. The Research method of this research The research used Design and Development Research (DDR, and the research reached the following conclusions: (1) the existing collaboration -skill and microlearning- integrated learning materials, (2) the procedures in designing the products, and (3) the learning materials scripts of collaboration skills-integrated and microlearning-based English writing for seventh-grade students with mild intellectual disabilities. (4) the teacher’s opinion about the designed learning materials to teach writing to students with intellectual disability. The final finding is the design of collaborative learning-integrated and microlearning- based English-writing scripts for seventh graders with mild intellectual disable student

Gambaran Histopatologi dan Kemampuan regenerasi Korteks Ginjal Tikus Putih Jantan Dewasa setelah Penghentian Pajanan Monosodium Glutamat

Latar Belakang. Monosodium glutamat (MSG) merupakan bahan tambahan pada berbagai jenis makanan. Ginjal berperan penting dalam mempertahankan homeostasis dengan mengatur konsentrasi berbagai konstituen plasma dan mengeliminasi semua sampah metabolik. Beberapa penelitian sebelumnya menyebutkan bahwa terjadi kerusakan akibat MSG pada korteks ginjal, disertai adanya kemampuan korteks ginjal untuk beregenerasi. Metode. Penelitian ini merupakan studi in vivo dengan pendekatan eksperimental murni. Kelompok kontrol (K) 1,2,3 diberikan aquades selama 28 hari; kelompok perlakuan satu (P1) 1,2,3 diberikan MSG dosis 4g/KgBB/hari selama 28 hari; kelompok perlakuan (P2) 1,2,3 diberikan MSG dosis 6 g/KgBB/hari selama 28 hari kemudian pajanan dihentikan dan dibiarkan selama 1 hari, 28 hari dan 56 hari. Berikutnya dilakukan pembuatan preparat organ ginjal dengan pewarnaan Haematoxylin-Eosin. Variabel yang diukur adalah jumlah korpuskulum ginjal dan tubulus proksimal normal, diamati dengan perbesaran lensa objektif 40x. Data dianalisa dengan menggunakan uji One-Way ANOVA dengan uji Post-Hoc LSD, serta uji Kruskal-Wallis dan uji Mann Whitney. Hasil. Terdapat perbedaan bermakna (p0,05) pada penghentian pajanan MSG hari ke-56 antara kelompok kontrol dengan kelompok perlakuan dosis 4 g/KgBB dan 6 g/KgBB menunjukkan terjadi regenerasi pada korpuskulum ginjal dan tubulus proksimal. Kesimpulan. Penghentian pajanan MSG dosis 4 g/KgBB dan 6 g/KgBB pada hari ke-56 menunjukkan adanya regenerasi pada korpuskulum ginjal dan tubulus proksimal

Análise secundária de genes diferencialmente expressos antes e após a exposição de amostras de mieloma múltiplo a imunomoduladores

O Mieloma Múltiplo (MM) é uma doença hematológica maligna, do grupo de gamopatias monoclonais, caracterizada por um crescimento patológico da população de plasmócitos clonais. O MM é responsável por 1% de todos os cânceres, e corresponde a 10% das neoplasias hematológicas, sendo a segunda mais comum desse tipo de câncer. O perfil de incidência mais frequente está no grupo de indivíduos do sexo masculino, com idade entre 55-65 anos. A média de idade do paciente no momento do diagnóstico, no Brasil, é de 70 anos. Existem diferentes esquemas de tratamento com diferentes fármacos. Estudos já avaliaram o uso da talidomida em pacientes de MM recém-diagnosticados, após o transplante autólogo e em pacientes refratários, sendo que em todas as etapas de tratamento a talidomida levou a um aumento no tempo de sobrevida livre de progressão. A talidomida é um fármaco imunomudulador, anti-inflamatório e antiangiogênico, porém é um potente teratógeno. Atualmente, a dispensação da talidomida é feita unicamente pelo Sistema Único de Saúde (SUS). Existem dois análogos estruturais da droga, a lenalidomida e a pomalidomida. A lenalidomida tem maior atividade imunomoduladora do que a talidomida, enquanto a talidomida tem maior atividade antiangiogênica. Pomalidomida, por sua vez, possui uma potência antiproliferativa distinta e elevada em comparação com a lenalidomida. O MM ainda é considerado uma doença incurável, porém os recentes avanços terapêuticos, principalmente a inclusão de imunomoduladores (IMiDs) ao tratamento, melhoraram significativamente a taxa de sobrevida dos pacientes. Estudos já publicados correlacionaram as respostas ao tratamento com IMiDs a fatores genéticos, como mutações ou expressão diferencial. Genes diferencialmente expressos relacionados a diferentes tratamentos para MM podem configurar potenciais biomarcadores, colaborando com a aplicação de terapias moleculares, o que pode tornar sua avaliação bastante relevante. Uma alternativa que vem sendo bastante utilizada para a análise de expressão gênica é o uso de dados secundários a partir de repositórios públicos. Além de ser uma estratégia de baixo custo, permite o levantamento de hipóteses que podem ser adequadamente testadas em diferentes contextos, abrangendo um número maior e mais detalhado de respostas, e a partir dessa estratégia, novos preditores para futuras pesquisas de biomarcadores de resposta ao tratamento de IMiDs podem ser sugeridos. O objetivo desse trabalho foi analisar a expressão gênica diferencial em amostras de Mieloma Múltiplo em humanos, relacionada ao tratamento com imunomoduladores e à progressão tumoral, a partir de dados secundários provenientes de ensaios experimentais depositados em bancos de dados públicos. Ao todo, foram utilizados sete estudos depositados no banco de dados GEO (GSE6691, GSE8546, GSE38627, GSE58133, GSE68871, GSE37302 e GSE75084). Os dados brutos de todas as amostras analisadas foram normalizados no software RStudio Desktop v.1.0.1. em linguagem R (v.3.5.1), assim como as analises de genes diferencialmente expressos. As análises de expressão gênica diferencial revelaram potenciais novos alvos para o tratamento de MM, sendo os genes hiperexpressos COPS2, UBE2G1 e SPR, e os genes hipoexpressos BCAT1 e PSAT1. As redes de vias sobrepostas dos genes COPS2 e UBE2G1 estavam intimamente relacionadas ao processo de nedilação, que foi previamente relatado como envolvido em mecanismos dos imunomoduladores. Tanto o tratamento com lenalidomida quanto com pomalidomida apontaram na diminuição da taxa de expressão de genes relacionados à proliferação celular e oncogenes, como BCAT1 e PSAT1. SPR é uma enzima envolvida na rota de biossíntese de eNOS, desequilíbrios na síntese de NO estão associados a malformações congênitas associadas à exposição a teratógenos como a talidomida. A expressão gênica diferencial foi analisada no contexto de conjuntos de genes para identificar assinaturas moleculares associadas ao MM e IMiDs. Observamos ainda que nem todos os genes com níveis de expressão alterados apareceram nas vias significativas. Isso demonstra que tanto a expressão diferencial quanto a análise da via são importantes na extração de informações com relevância biológica. Porém, utilizamos apenas abordagens de bioinformática, portanto, dados experimentais são necessários para validar esses achados em estudos posteriores