Diversidade genética de estirpes de Paenibacillus polymyxa isoladas da rizosfera de diferentes cultivares de milho plantados em solo de cerrado

Um solo tropical brasileiro (cerrado) foi plantado com quatro cultivares de milho (CMS04, CMS11, CMS22 e CMS36) e a diversidade das populações de Paenibacillus polymyxa presentes nessas rizosferas foi determinada 90 dias após o plantio. Para isso, 67 isolados identificados como P. polymyxa por testes bioquímicos clássicos foram analisados por métodos moleculares como “Arbitraliry Primed-PCR” (AP-PCR) e a amplificação de seqüências repetitivas do DNA (rep-PCR). Os padrões de amplificação obtidos usando três ”primers” arbitrários e o ”primer” BOXA1R foram usados em separado para a construção de dendrogramas baseados no método “unweight pair groups method with arithmetic means” (UPGMA). Cinqüenta e quatro grupos genotípicos foram formados quando os dados das diferentes amplificações por AP-PCR e rep-PCR foram combinados, mostrando um alto nível de polimorfismo genético entre as estirpes de P. polymyxa isoladas. Além disso, quando os dados obtidos em todos os experimentos de PCR foram utilizados na construção de um dendrograma baseado no critério de variância-mínima (Ward) e na distância Euclidiana, foi demonstrado que as estirpes de P. polymyxa podiam ser divididas em dois grupos principais. Um grupo foi formado predominantemente por estirpes dos cultivares de milho CMS04 e CMS36 enquanto o outro grupo foi formado predominantemente por estirpes isoladas dos cultivares de milho CMS11 e CMS22. A análise da variância (MANOVA) permitiu estabelecer a correlação entre a estrutura genética das populações de P. polymyxa e os diferentes cultivares de milho estudados. Os resultados mostraram que as estirpes isoladas das rizosferas dos diferentes cultivares de milho foram significativamente diferentes

Swarm-based Descriptor Combination and its Application for Image Classification

In this paper, we deal with the descriptor combination problem in image classification tasks. This problem refers to the definition of an appropriate combination of image content descriptors that characterize different visual properties, such as color, shape and texture. In this paper, we propose to model the descriptor combination as a swarm-based optimization problem, which finds out the set of parameters that maximizes the classification accuracy of the Optimum-Path Forest (OPF) classifier. In our model, a descriptor is seen as a pair composed of a feature extraction algorithm and a suitable distance function. Our strategy here is to combine distance scores defined by different descriptors, as well as to employ them to weight OPF edges, which connect samples in the feature space. An extensive evaluation of several swarm-based optimization techniques was performed. Experimental results have demonstrated the robustness of the proposed combination approach

LEVANTAMENTO DA MASTOFAUNA TERRESTRE DE MÉDIO E GRANDE PORTE EM REMANESCENTES FLORESTAIS DE CERRADO DA MICROBACIA DO CÓRREGO URUBU, DISTRITO FEDERAL

A conservação dos fragmentos de vegetação nativa associados ao conhecimento da distribuição e da localização da mastofauna é indispensável para a sua preservação. O desenvolvimento de estudos com levantamentos de espécies utilizando armadilhas fotográficas como ferramenta de coleta de dados é fundamental para subsidiar propostas de manejo e conservação dos mamíferos de médio e grande porte, bem como para o controle dos ecossistemas. O presente estudo foi realizado como o objetivo de inventariar e avaliar a abundância e a diversidade de mamíferos terrestres presentes na Estação Experimental de Agroecologia – Chácara Delfim, localizado na Microbacia do Córrego Urubu do Distrito Federal. A microbacia do Córrego Urubu é uma área considerada de proteção ambiental, caracterizada como um fragmento de cerrado, que se situa em área de recarga da sub-bacia Norte do Lago Paranoá, que concentra importantes nascentes da Área de Proteção Ambiental – APA do Planalto Central, e que vê sua área diminuída com o avanço da urbanização promovida inadvertidamente pela especulação imobiliária. Trata-se um dos poucos fragmentos de cerrado existentes na região e ainda margeado por propriedades rurais. A área de estudo está localizada em um fragmento de mata de galeria e savana de aproximadamente 10 hectares, onde ocorre um vale que apresenta bordas de mudança brusca de declividade evidente. O entorno do fragmento apresenta características urbanas bem definidas, como condomínios residências de alto padrão (Setor habitacional Taquari etapa I) e um bairro de baixa renda (Varjão), apesar de estar localizado em área rural. O estudo ocorreu durante nove meses consecutivos, entre novembro de 2016 e agosto de 2017, com a utilização de duas armadilhas fotográficas e a busca de rastros, pegadas e vestígios de fezes. Durante o trabalho, foram observadas oito espécies de mamíferos terrestres, incluindo duas espécies exóticas que ocorrem na região. Apesar de o estudo ter sido conduzido em um fragmento de cerrado obtiveram-se registros de dois mamíferos de grande porte como o Mazama gouazoupira e Chrysocyon brachyurus. As armadilhas fotográficas apresentaram um esforço amostral de 458 armadilhas-dias e exposição de 10.992 horas de amostragem. As espécies que apresentaram maior número de registros foram aquelas que mais se adaptam a ambientes modificado

Hábitos alimentares de estudantes de uma universidade pública no sudoeste goiano – um estudo transversal / Eating habits of students at a public university in southwestern Goiania - a cross-sectional study

Introdução A alimentação contemporânea passa por um momento de transição, no qual a mudança no estilo de vida induz cada vez mais escolhas de baixo valor nutricional. No grupo dos estudantes universitários, essa realidade mostra-se intensificada, na medida em que diversos fatores relacionados à vida acadêmica impõem um ritmo alimentar pautado em alimentos hipercalóricos e de baixo teor nutritivo. Objetivos Descrever o panorama epidemiológico acerca dos hábitos alimentares de estudantes da Universidade Federal de Jataí (UFJ) por meio da análise e interpretação de dados coletados. Material e Métodos Elaboração de um questionário por meio da plataforma "Google formulários", contendo 24 perguntas a respeito dos hábitos alimentares de estudantes da UFJ, com divulgação por meio de redes sociais e análise das respostas por planilha na plataforma Excel. Resultados Foram obtidas 277 respostas, com uma presença majoritária (71,8%) de público feminino, com faixa etária predominante de 17 a 41 anos. A maior quantidade de entrevistados foi proveniente de cursos das áreas de Ciências da Saúde e Ciências Agrárias, sendo que todos os alunos responderam a questões sobre sua procedência, composição do núcleo de moradia, número de refeições diárias, frequência e composição do café da manhã, local de almoço, jantar e lanches, grupos alimentares consumidos frequentemente, uso de serviços de entrega de comida, alterações de peso, realização de atividade física, horas de sono diárias, uso de bebida alcoólica, consumo de café e ingesta de água. Discussões Entre as 277 respostas obtidas, as variáveis “sexo” e “áreas dos cursos” não apresentaram significado expressivo no contexto da pesquisa, tendo em vista aspectos da própria universidade e a influência de proximidade entre cursos específicos e o curso dos pesquisadores. Quanto à procedência dos discentes, a quantidade expressiva de alunos procedentes de outros municípios (72,6%) justifica-se pelo sistema atual de ingresso em universidades públicas no país. Em relação ao aspecto alimentar, o café da manhã mostrou-se uma refeição negligenciada em parte (44,4%) ou totalmente (13,7%) pelos participantes, sendo que, quando realizada, vai de encontro às indicações nutricionais do Ministério da Saúde, prevalecendo alimentos de baixo valor nutritivo. O distanciamento do câmpus universitário em relação à cidade somado ao predomínio de período integral da maioria dos cursos corrobora para grande número de estudantes que almoçam no restaurante universitário (73,6%) e jantam em casa (71,5%). Consequentemente, o cardápio nutricionalmente equilibrado oferecido no restaurante universitário corrobora para a alta ingesta de frutas, verduras e legumes (76,9%) referida na pesquisa. Contudo, ainda é crítico o frequente consumo de alimentos altamente calóricos e não saudáveis, como refrigerantes (30,3%) e bolachas (26,7%), por exemplo. Ademais, pode-se inferir certa influência do perfil alimentar dos universitários, atrelada a não prática de atividade física regular (53,1%) e restrição de horas de sono, com aumento de peso ao longo da graduação (52%). Conclusão Observa-se um cenário de alimentação inadequada por grande parte dos estudantes universitários, evidenciado por fatores como ausência de café da manhã, alto consumo de alimentos hipercalóricos ao longo do dia, baixa ingesta de frutas, entre outros. Tal comportamento está diretamente relacionado à grande porcentagem de ganho de peso relatada na pesquisa, e serve de alerta para autoridades da universidade e para os próprios alunos a respeito da necessidade de se implementarem hábitos alimentares mais saudáveis

Genomic and phylogenomic insights into the family Streptomycetaceae lead to the proposal of six novel genera

The family Streptomycetaceae is a large and diverse family within the phylum Actinomycetota . The members of the family are known for their ability to produce medically important secondary metabolites, notably antibiotics. In this study, 19 type strains showing low 16S rRNA gene similarity (<97.3 %) to other members of the family Streptomycetaceae were identified and their high genetic diversity was reflected in a phylogenomic analysis using conserved universal proteins. This analysis resulted in the identification of six distinct genus-level clades, with two separated from the genus Streptacidiphilus and four separated from the genus Streptomyces . Compared with members of the genera Streptacidiphilus and Streptomyces , average amino acid identity (AAI) analysis of the novel genera identified gave values within the range of 63.9–71.3 %, as has been previously observed for comparisons of related but distinct bacterial genera. The whole-genome phylogeny was reconstructed using PhyloPhlAn 3.0 based on an optimized subset of conserved universal proteins, the results of AAI and percentage of conserved proteins (POCP) analyses indicated that these phylogenetically distinct taxa may be assigned to six novel genera, namely Actinacidiphila gen. nov., Mangrovactinospora gen. nov., Peterkaempfera gen. nov., Phaeacidiphilus gen. nov., Streptantibioticus gen. nov. and Wenjunlia gen. nov

ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest

Epiphytes are hyper-diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non-vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published sources (comprising peer-reviewed articles, books, and theses), unpublished data, and herbarium data. We compiled a data set composed of 2,095 species, from 89,270 holo/hemiepiphyte records, in the Atlantic Forest of Brazil, Argentina, Paraguay, and Uruguay, recorded from 1824 to early 2018. Most of the records were from qualitative data (occurrence only, 88%), well distributed throughout the Atlantic Forest. For quantitative records, the most common sampling method was individual trees (71%), followed by plot sampling (19%), and transect sampling (10%). Angiosperms (81%) were the most frequently registered group, and Bromeliaceae and Orchidaceae were the families with the greatest number of records (27,272 and 21,945, respectively). Ferns and Lycophytes presented fewer records than Angiosperms, and Polypodiaceae were the most recorded family, and more concentrated in the Southern and Southeastern regions. Data on non-vascular plants and lichens were scarce, with a few disjunct records concentrated in the Northeastern region of the Atlantic Forest. For all non-vascular plant records, Lejeuneaceae, a family of liverworts, was the most recorded family. We hope that our effort to organize scattered epiphyte data help advance the knowledge of epiphyte ecology, as well as our understanding of macroecological and biogeographical patterns in the Atlantic Forest. No copyright restrictions are associated with the data set. Please cite this Ecology Data Paper if the data are used in publication and teaching events. © 2019 The Authors. Ecology © 2019 The Ecological Society of Americ

Whole-Genome Sequence of Rummeliibacillus stabekisii Strain PP9 Isolated from Antarctic Soil

Submitted by sandra infurna ([email protected]) on 2016-07-03T20:58:34Z No. of bitstreams: 1 fabio_mota_etal_IOC_2016.pdf: 142051 bytes, checksum: 4e3c1cc47174651eb6ca5fd6f7587608 (MD5)Approved for entry into archive by sandra infurna ([email protected]) on 2016-07-03T21:07:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fabio_mota_etal_IOC_2016.pdf: 142051 bytes, checksum: 4e3c1cc47174651eb6ca5fd6f7587608 (MD5)Made available in DSpace on 2016-07-03T21:07:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fabio_mota_etal_IOC_2016.pdf: 142051 bytes, checksum: 4e3c1cc47174651eb6ca5fd6f7587608 (MD5) Previous issue date: 2016Made available in DSpace on 2016-07-14T19:05:35Z (GMT). No. of bitstreams: 3 fabio_mota_etal_IOC_2016.pdf.txt: 6708 bytes, checksum: b14cbaa12e78f7b4b01c4cf614529c12 (MD5) fabio_mota_etal_IOC_2016.pdf: 142051 bytes, checksum: 4e3c1cc47174651eb6ca5fd6f7587608 (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) Previous issue date: 2016Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Biologia Computacional e Sistemas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Instituto de Microbiologia Paulo de Góes. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.The whole genome of Rummeliibacillus stabekisii PP9, isolated from a soil sample from Antarctica, consists of a circular chromosome of 3,412,092 bp and a circular plasmid of 8,647 bp, with 3,244 protein-coding genes, 12 copies of the 16S-23S-5S rRNA operon, 101 tRNA genes, and 6 noncoding RNAs (ncRNAs)