Effects of environment and genetic backgroung on transposable element activity in Drosophila melanogaster

Tese de mestrado em Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2015Os transposões são sequência de ADN repetitivas que se replicam de forma independente e que são capazes de alterar a sua posição dentro do genoma hospedeiro. Estão presentes em todos os eucariotas estudados até à data e em cerca de 80% dos procariotas (Touchon et al. 2007), constituindo uma porção variável dos genomas, desde 1%, como no fungo Fusarium graminearum (Cuomo et al. 2007), até cerca de 85%, como nas espécies de milho Zea mays e Zea luxurians (Tenaillon et al. 2011, SanMiguel et al. 1996). Em humanos, os transposões constituem cerca 50% do genoma (Mills et al. 2007) e em Drosophila melanogaster cerca de 20% (Mukamel et al. 2013, Barr et al. 2014). Os transposões são geralmente classificados de acordo com o seu mecanismo de transposição, ou seja, como se movem dentro do genoma hospedeiro. Wicker et al. (2007) propuseram um sistema de classificação que se tornou consensual e no qual os transposões são divididos em duas classes. A Classe I compreende os retrotransposões, semelhantes a retrovírus e que transpõem através de um intermediário de ARN, são reconvertidos em ADN pela enzima Transcriptase Reversa e são reintegrados novamente no genoma, num mecanismo ao qual se designou transposição de copiar-e-colar. Os membros desta classe dividem-se em duas ordens – os LTRs, que possuem longas repetições terminais (long terminal repeats) e os não-LTRs, que não possuem essas sequências. A Classe II inclui os transposões de ADN, que utilizam um mecanismo de cortar-e-colar, não passando por um intermediário de ARN, e que possuem, na sua maioria, repetições terminais invertidas (TIRs, terminal inverted repeats)(Pray 2008). Quando se movem dentro do genoma, os transposões podem causar mutações que contribuem para a criação de novos variantes genéticos que podem servir de matéria prima para a evolução (Wagner et al. 2005). A transposição pode afetar a regulação de genes fornecendo, por exemplo, promotores novos, locais de splicing e sinais de poliadenilação (Cowley et al. 2013). Há dados que indicam um papel dos transposões na adaptação em populações naturais (González et al. 2008) e de laboratório (Sousa et al. 2013) e na evolução de caracteres novos (Bourque et al. 2008). Apesar de serem uma fonte de variação genética e inovação, a amplificação e mobilização de transposões tem geralmente efeitos prejudiciais ao hospedeiro, ao se inserirem em genes que codificam proteínas, alterando redes de regulação de transcrição e causando quebra de cromossomas e rearranjos genómicos a grande escala (McClintock 1951, Hedges et al. 2007). Para evitar estes efeitos, os organismos evoluíram mecanismos para reprimir e silenciar transposões, como os piARNs na linha germinal (Klattenhoff et al. 2007) e mecanismos epigenéticos como metilação e modificação da cromatina nas células somáticas (Slotkin et al. 2007). Drosophila melanogaster, também conhecida por mosca da fruta ou mosca do vinagre, é um sistema laboratorial modelo para estudos de genética e é também muito usada em investigação na área da biologia evolutiva e do desenvolvimento (Arbuthnoot et al. 2014, Campos et al. 2014, Tiwari et al. 2015). Existem várias ferramentas genéticas disponíveis para este organismo, inclusivamente para o estudo dos transposões que se encontram inseridos no seu genoma. Um desses recursos é o Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel (DGRP) (Mackay et al. 2012, Huang et al. 2014), que consiste num conjunto de cerca de 200 linhas isogénicas completamente sequenciadas, provenientes de uma única população natural. Através de anotação in silico das sequências genómicas, conhece-se a posição e identidade dos transposões inseridos nessas linhas. Apesar dos grandes avanços que têm sido feitos no sentido de caracterizar transposões e de se descobrirem mecanismos que os silenciem e/ou controlem a sua expressão, tanto nas células da linha germinal como em tecidos unicamente somáticos, ainda não se sabe ao certo o que aciona e altera a transposição dos transposões. No entanto, é reconhecido que, como em muitos outros processos biológicos, a ativação destes elementos pode ser afetada por fatores genéticos e ambientais (Capi et al. 2000). A temperatura é um fator ambiental importante que afeta o fitness do organismo a nível de fecundidade, viabilidade e sobrevivência (Allen et al. 2011, Stoks et al. 2011, Ciota et al. 2014). Em plantas, sabe-se que o aumento da temperatura pode levar a um aumento da expressão dos transposões (Grandbastien et al. 2005). Por outro lado, em Drosophila melanogaster, os estudos têm sido inconclusivos, havendo experiências onde o aumento de temperatura afeta e amplifica a expressão dos transposões (Zabanov et al. 1990, Vasilyeva et al. 1999, Bubenshchikova et al. 2002) e outras onde não se vê qualquer efeito (Arnault et al. 1997, Alonso-González et al. 2006, Vázquez et al. 2007). Um outro fator ambiental potencialmente relevante é a presença da bactéria Wolbachia, maternalmente transmitida e presente em muitas espécies de insetos, crustáceos e nematodes filamentosos (Stouthamer et al. 1999). Este simbionte confere resistência a vírus em Drosophila melanogaster (Teixeira et al. 2008, Hedges et al. 2008) e, tendo em conta que muitos transposões possuem características semelhantes às dos vírus (Schaack et al. 2010, Xiong and Eickbush, 1988), é possível que este simbionte confira também alguma proteção contra transposões. Nesta dissertação, utilizámos linhas DGRP para estudar potenciais efeitos do genótipo e dos fatores ambientais acima descritos na atividade dos transposões de Drosophila melanogaster. Focámos o estudo na expressão de transposões nos ovários, pois é na linha germinal que alterações na atividade destes elementos poderão ser herdadas pela geração seguinte e contribuir para a variação genética da população. O nosso primeiro objetivo foi validar as previsões feitas in silico para as linhas do DGRP relativamente à localização e identidade das inserções de transposões. Para isso, sequenciámos várias inserções do painel e confirmámos a posição e identidade para a maioria dessas inserções. Isto nunca tinha sido testado e os nossos resultados conferem alguma robustez às previsões in silico feitas para o painel para que possam ser usadas com maior confiança em estudos futuros. De seguida, procurámos verificar se haveria alguma associação entre a expressão dos transposões e o número de cópias desses elementos, dentro de várias linhas do DGRP, questionando se o número de cópias poderia explicar níveis de expressão. Observámos diferenças evidentes entre genótipos na expressão de alguns mas não todos os transposões. Também observámos que as diferenças entre os genótipos para um mesmo transposão não podiam ser explicadas pelo número de inserções. Finalmente, testámos os efeitos da temperatura e Wolbachia, em várias linhas DGRP, na expressão de transposões e concluímos que ambos os fatores ambientais afetam a expressão destes elementos, embora a forma como são afetados varie de acordo com o transposão e com o genótipo. A temperatura poderá estar a afetar transposões que se encontrem sob o efeito de enhancers ou fatores de transcrição sensíveis a temperatura ou a afetar os mecanismos de repressão dos transposões, como os piARNs. Tal podia ser testado procurando-se enhancers e fatores de transcrição cujas sequências estejam anotadas em bases de dados. Podia-se também sequenciar piARNs de uma linha do DGRP após ter sido sujeita a diferentes condições de temperatura e verificar se quando há efeito da temperatura também há alteração nos piARNs. Não se sabe ainda como é que Wolbachia confere resistência a vírus e, consequentemente, como poderá estar a afetar a expressão dos transposões. Para testar se o efeito de Wolbachia está relacionado com os mecanismos de repressão dos transposões poder-se-iam comparar piARNs de ovários de uma linha infetada com Wolbachia e piRNAs da mesma linha mas na qual Wolbachia fora removida. Tendo em conta que as observações feitas neste estudo foram focadas em ovários, seria também interessante testar tecidos da linha germinal masculina (testículos) e em tecidos unicamente somáticos (como os dos tóraxes) para compreendermos se os efeitos ambientais sobre os transposões são específicos de um tecido ou se é um efeito geral, afetando todo o corpo do organismo. Pensamos que é de esperar o favorecimento de um mecanismo que beneficie a geração de variabilidade genética na descendência, em caso de perturbação ambiental, pois alguns desses variantes genéticos poderão ter melhor capacidade de sobrevivência e reprodução nas novas condições ambientais.Transposable elements (TEs) are repetitive DNA sequences capable of changing their position within the genome, potentially causing mutations (Wagner et al. 2005). They play an important role in the evolution of novel gene regulation (Cowley et al. 2013) and novel traits (Bourque et al. 2008). TE mobilization, however, can also be harmful to the host, by disrupting protein-coding genes, altering transcriptional regulatory networks and causing chromosomal breakage and genomic rearrangements (Hedges et al. 2007). Great advances have been made in characterizing TEs and in finding repression mechanisms to control their activity. However, what triggers and changes the transposition that leads to new insertions in natural populations is still largely unexplored. Still, it is recognized that it can be affected by both genetic and environmental factors (Capi et al. 2000). Drosophila melanogaster is a genetic model vastly used for biological research, including in evolution and developmental biology (Arbuthnoot et al. 2014, Tiwari et al. 2015). There are available genetic tools and information on TEs for this species, including the Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel (DGRP) (Mackay et al. 2012), which contains fully sequenced isogenic lines and in silico predictions about TE insertions. In this study, we used DGRP lines to test the effects of genotype and of environmental perturbations, namely temperature and Wolbachia, on TE expression. We first aimed at validating in silico predictions for TE insertions and identity in DGRPs, by sequencing insertions described in the panel. We confirmed most of the tested sites. We then searched for associations between TE expression and copy number, finding clear effects of genetic background on TE expression, albeit not the same for all TEs. Lastly, we checked for an effect of temperature and Wolbachia on TE expression and found that these factors affect TE expression in a different way for different TEs and genotypes

Social and environmental accounting: a case study on a Portuguese cement company

The aim of this thesis is to study Social and Environmental Accounting (SEA) in the light of the results of an intensive case study of a Portuguese cement company (Secil), that although operating in an environmental sensitive industry, has been recognised for being socially responsible. The evidence collected through an in-depth qualitative case study is treated in four studies, which compose this thesis, and each is developed as an independent contribution. Firstly we analysed the recent developments in social and environmental accounting research (SEAR). This paper seeks to analyse 6 years of publications in SEAR in the 19 top accounting journals, allowing us to conclude about content, methodologies, research questions, data, industry type and countries of domicile which are nowadays more frequent in SEAR. Following that we analyse the environmental accounting regulation as a reasons for the increase of environmental disclosures by the companies, to confirm if legitimacy theory explains Secil’s environmental disclosures, exploring the regulation proxy. In paper 3 we examine the use of the Internet for social responsibility information disclosure by Secil and compare and contrast corporate social responsibility (CSR) disclosure practices on Secil’s web page and on its annual report. We also conclude if Secil uses a legitimacy strategy to communicate with its stakeholders through these media. Finally, the last study is focused on the sustainability topic, in particular to investigate the legitimacy strategies employed by Secil to defend and downplay its sustainability performance and activities related to media pressure. Media pressure was analysed as well as sustainability practices in order to conclude about the repair legitimacy strategies used. Several conclusions have emerged over the different studies, alerting us to the fact that companies are already on a path towards sustainability and giving importance to the theme of social environmental accounting but that there is still a long way to go.Esta tese pretende abordar temas relativos à Contabilidade Social e Ambiental (SEA) como resultado de um intensivo estudo de caso da empresa Secil – Companhia Geral de Cal e Cimento. A evidência recolhida nesta análise qualitativa está organizada por 4 estudos independentes, tendo todos eles como “pano de fundo” a contabilidade social e ambiental nas várias vertentes. Começáramos por uma abordagem aos desenvolvimentos recentes desta área como linha de investigação. A análise de 6 anos de publicações em 19 journals de contabilidade permitiram concluir sobre os tópicos mais investigados, as metodologias aplicadas, o tipo de dados considerados, a influência (ou não) do tipo de indústria e os principais países envolvidos em estudos sobre contabilidade social e ambiental. Analisamos a regulamentação em contabilidade ambiental como factor que contribuiu para a maior divulgação de informação nesta área pelas empresas e como factor legitimador das suas actividades. Procedemos a uma análise dos meios de divulgação utilizados para divulgar informação social e ambiental, com enfoque nas páginas Web, comparando essa informação com a divulgada no relatório e contas. Foi também nosso objectivo concluir se a teoria da legitimidade explica a divulgação de informação social e ambiental nestes 2 meios de comunicação para os stakeholders. Por fim, no último estudo, aborda-se o tópico da sustentabilidade nas empresas, com enfoque nas estratégias de legitimidade utilizadas pelas empresas como resposta à pressão pública. Para o caso em estudo foram analisadas as questões de “pressão “ dos media, as práticas de relato de sustentabilidade e por fim concluir-se sobre as estratégias de “reparar” a legitimidade utilizadas. Várias conclusões foram surgindo ao longo dos diferentes estudos, alertando-nos para o facto de as empresas estarem já num caminho rumo à sustentabilidade e dando importância à temática da contabilidade social ambiental, mas percebendo que há ainda um longo caminho a percorrer

Análise Longitudional da investigação em contabilidade sobre Relato Ambiental

Resumo Este estudo pretende contribuir para uma revisão da investigação em Contabilidade sobre a temática do Relato Ambiental, através da análise dos artigos publicados em 20 accounting top journals, entre 2006 e 2011. Foram identificados 130 artigos, tendo a maioria sido publicados no: Accounting, Auditing & Accountability Journal, Accounting Forum, Accounting, Organizations and Society e Critical Perspectives on Accounting. Do universo dos estudos identificados, foram analisados 62 artigos. Para cada artigo optamos por analisar as seguintes dimensões: os objetivos e resultados obtidos, as metodologias adotadas, a origem dos dados, os setores de atividade e países em estudo. Os estudos procuram compreender as práticas e identificar os fatores que influenciam o relato ambiental, analisar o impacto da regulamentação sobre o relato ambiental, identificar uma «teoria social», estudar os sistemas de contabilidade ambiental e analisar a relação entre o relato ambiental e o desempenho ambiental e económico. Constatámos que a maioria dos estudos apresenta uma abordagem longitudinal e utiliza preferencialmente como metodologia a análise de conteúdo. Palavras-chave: contabilidade social e ambiental; relato ambiental; revistas de contabilidade; investigação

The Financial Performance of Family versus Non-Family Firms Operating in Nautical Tourism

This article analyses the financial performance of family versus non-family firms operating in nautical tourism, in 2015–2019. The sample of 39 Portuguese companies was collected from the SABI database. We use a regression of financial performance, measured by three alternative proxies: return on assets, return on equity and operating profit margin, on liquidity, leverage, turnover of assets, asset structure, company size and age. The regressions are performed across Nuts II regions on mainland and across types of firms (family and non-family). The results uncover several patterns. First, family firms are larger and older, make higher investments and therefore are less liquid. Second, liquidity, leverage and investment in tangible assets impact negatively and significantly the corporate financial performance, while the turnover of assets, size and age impacts positively and significantly. Third, the sign of the impacts depends on the measure of performance. Finally, firms in the Northern region show superior performance, which can be explained by the higher share of family firms. These findings can serve as a roadmap for managers when selecting strategies to improve performance. Additionally, they will contribute to the understanding of tourism destination dynamics and competitiveness.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

ANÁLISE LONGITUDINAL DA INVESTIGAÇÃO EM CONTABILIDADE SOBRE RELATO AMBIENTAL

Este estudo pretende contribuir para uma revisão da investigação em Contabilidade sobre a temática do Relato Ambiental, através da análise longitudinal dos artigos publicados em 20 accounting top journals, entre 2006 e 2011. Foram identificados 130 artigos, tendo a maioria sido publicados nos journals Accounting, Organizations and Society (AOS), Accounting, Auditing & Accountability Journal (AAAJ), Critical Perspectives on Accounting (CPA) e Accounting Forum (AF). Do universo dos estudos identificados, foram analisados 60 artigos. Para cada artigo optamos por analisar as seguintes dimensões: os objetivos e resultados obtidos, as metodologias adotadas, a origem dos dados, os sectores de atividade e países em estudo. Os estudos procuram compreender as práticas e identificar os fatores que influenciam o relato ambiental de um determinado espaço geográfico, analisar o impacto da regulamentação sobre o relato ambiental, validar uma “teoria social”, caso das teorias da legitimidade e dos stakeholders, estudar os sistemas de contabilidade ambiental e analisar a relação entre o relato ambiental e o desempenho ambiental e económico. Constatámos que a maioria dos estudos apresenta uma abordagem longitudinal e utiliza preferencialmente como metodologias a análise de conteúdo. Os dados são recolhidos principalmente do relatório e contas mas a tendência é recorrer a uma análise conjunta dos relatórios de sustentabilidade ou ambientais, os web sites, press releases, entre outros documentos. Importa salientar que a maioria dos estudos selecionam empresas cotadas do Reino Unido, Estados Unidos e Austrália de sectores mais sensíveis a riscos ambientais, tais como: o sector químico, as petrolíferas, a indústria de celulose e papel, a metalomecânica e a indústria extrativa

Sustainability strategies of the company TimorL: extending the applicability of legitimacy theory

Purpose This study aims to identify the legitimacy strategies employed by one of the largest Portuguese cement companies to defend and downplay its sustainability performance and activities related to two major controversies involving the company: co‐incineration and the location of the Outão plant. Design/methodology/approach A single case study methodology is employed for the empirical research. Sustainability reports were analysed in order to identify TimorL's sustainability disclosure practices, and semi‐structured interviews were conducted to complement the case analysis. This paper emphasises legitimacy theory and legitimacy repair strategies that were identified by Suchman. Findings Legitimacy strategies, including “don’t panic”; “create monitors”; “justify”; “disassociate” and “explain”, were identified in the actions TimorL took after the above‐mentioned controversies. The company initiated a series of actions to respond to the company's “crisis”. The conclusions of the study support the argument that sustainability strategies remain a powerful legitimacy tool. Originality/value The paper adds to the scarce research available on the sustainability disclosure and practices of companies by providing new empirical data. It contributes to a better understanding of how companies behave when they are faced with legitimacy gaps and how they act to restore their legitimacy.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Relato não financeiro no setor das águas minerais naturais: relação ODS e métricas

Trabalho vencedor do Prémio de Contabilidade Luiz Chaves de Almeida, atribuído pela Associação Portuguesa de Técnicos de Contabilidade (APOTEC).Este estudo pretende analisar de que forma as empresas europeias do setor de produtos alimentares e bebidas (na categoria das águas minerais) contribuem para o desenvolvimento e implementação dos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável (ODS) publicados pela ONU em Setembro de 2015. Pretende também identificar as métricas publicadas pelas empresas deste setor. Recorre à análise documental de diversas fontes e à técnica da análise de conteúdo de relatórios não financeiros (relatórios integrados, relatórios de sustentabilidade e outros). Pela elaboração deste estudo ficou presente que casos como a Nestlé e a Heineken podem servir como modelo a outras empresas do setor como um relato que alinha os compromissos da empresas com os ODS e que opta pela publicação de um vasto número de métricas tendo em conta os diferentes capitais: humano, natural, intelectual e social e de relacionamento. Este estudo contribui para o recente debate sobre a implementação dos ODS nomeadamente sobre o papel que as empresas podem desempenhar para a sua concretização. Palavras-chave: Relato não financeiro, Relato integrado, Setor das águas minerais, Objetivos de desenvolvimento sustentável, Métricas.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Circular Economy for Cities and Sustainable Development: The Case of the Portuguese City of Leiria

Funding: This research is financed by National Funds of the FCT - Portuguese Foundation for Science and Technology within the project «UIDB/04928/2020» and, under the Scientific Employment Stimulus-Institutional Call CEECINST/00051/2018.The principles of the circular economy play a central role in the global economy, and its application is suggested in the context of business and urban development for creating cities capable of reinventing themselves in the long term. The main objective of this study is to assess the perception of the inhabitants of the city of Leiria (Portugal) regarding the concept of the circular economy and the acceptance of circular actions and projects, gathering their opinions and motivations, and understanding the challenges they perceive for implementing the circular economy. This study is relevant because, to date, no work has analyzed the circular practices of citizens and consequent projects for a city. The adopted methodology consisted of a mixed qualitative and quantitative approach, which was materialized in the administration of an online questionnaire to the inhabitants, workers, or students of the Municipality of Leiria. We obtained a sample of 547 answers. These results underwent statistical analysis, and it was concluded that the familiarization of study participants with the circular economy is low, but that they have a positive predisposition to engage in rental, reuse, article repair, and recycling activities. The municipality should continue to invest in the extension and promotion of circular economy initiatives in the city, since there is a predisposition of respondents towards using them, which may lead to the conclusion that they would support their implementation. This is an initial step that should promote further research into understanding the perception of citizens regarding circular economy initiatives and actions, followed by how it might be supported to achieve its full potential in cities.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

The impact of media pressure on corporate sustainability in the cement industry : a portuguese case study

In this study we examine the sustainability reporting practices and sustainability strategies of a leading Portuguese cement company. The Portuguese cement industry had to deal since 1997 with scrutiny and pressure because of its involvement in co-incineration of hazardous industrial waste. Grounded on a lens of analysis combining legitimacy theory and media agenda-setting theory and based on a content analysis of sustainability reports and semi-structured interviews, we analyse the strategies used by the company to deal with said scrutiny and pressure and present its sustainability performance. Media pressure does seem to have impacted sustainability reporting and sustainability strategies as tools for the company to restore its legitimacy. Findings generally suggest that strategies of communication designed to legitimate the company actions were used. In particular, we suggest that the company managed its legitimacy by using simultaneously two sustainability reporting strategies: one of image enhancement and other of avoidance of threatening topics.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Non-Financial Reporting and Assurance: A New Opportunity for Auditors? Evidence from Portugal

Research on auditing professionals’ perceptions of non-financial reporting and its assurance is relatively scarce, and the majority of the existing studies pay little attention to the assurance aspect. Our study contributes to strengthening this type of research by investigating Portuguese audit professionals’ perceptions of non-financial reporting and its assurance. The purpose of the current paper is to identify the perceptions of Portuguese audit professionals about non-financial reporting, particularly the responsibility for its preparation, its mandatory or voluntary natures, and how to improve non-financial reporting and its assurance. We also analyze whether these perceptions are associated with sex and work experience. The perceptions of statutory auditors were surveyed by using a questionnaire. Results allow us to conclude that Portuguese statutory auditors agree that non-financial reporting assurance is an important practice, and that company management should be responsible for the preparation and publication of non-financial reports. They consider that assurance of these reports should be conducted by a statutory auditor and think that the Institute of Portuguese Statutory Auditors should have a more active role in this matter. Notwithstanding, very few of the respondents have experience with this type of assurance, which may explain their acknowledgment of the importance of additional training. Work experience and sex do not influence the perceptions of the auditors. Findings suggest the existence of a positive attitude towards non-financial reporting and its assurance associated with the acknowledgement of its underdevelopment in Portugal. As far as we are aware, our study is the first to focus exclusively on Portuguese auditing professionals’ perceptions concerning non-financial reporting and assurance.Funding: This research is financed by National Funds of the FCT—Portuguese Foundation for Science and Technology within the project «UIDB/04928/2020» and, under the Scientific Employment Stimulus—Institutional Call CEECINST/00051/2018.info:eu-repo/semantics/publishedVersio