Pairwise and incremental multi-stage alignment of metagenomes: A new proposal

Traditional comparisons between metagenomes are often performed using reference databases as intermediary templates from which to obtain distance metrics. However, in order to fully exploit the potential of the information contained within metagenomes, it becomes of interest to remove any intermediate agent that is prone to introduce errors or biased results. In this work, we perform an analysis over the state of the art methods and deduce that it is necessary to employ fine-grained methods in order to assess similarity between metagenomes. In addition, we propose our developed method for accurate and fast matching of reads.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Okara: A nutritionally valuable by-product able to stabilize lactobacillus plantarum during freeze-drying, spray-drying, and storage

Okara is a nutritionally valuable by-product produced in large quantities as result of soymilk elaboration. This work proposes its use as both culture and dehydration medium during freeze-drying, spray-drying, and storage of Lactobacillus plantarum CIDCA 83114. Whole and defatted okara were employed as culture media for L. plantarum CIDCA 83114. The growth kinetics were followed by plate counting and compared with those of bacteria grown in MRS broth (control). No significant differences in plate counting were observed in the three media. The fatty acid composition of bacteria grown in whole and defatted okara showed a noticeable increase in the unsaturated/saturated (U/S) fatty acid ratio, with regard to bacteria grown in MRS. This change was mainly due to the increase in polyunsaturated fatty acids, namely C18:2. For dehydration assays, cultures in the stationary phase were neutralized and freeze-dried (with or without the addition of 250 mM sucrose) or spray-dried. Bacteria were plate counted immediately after freeze-drying or spray-drying and during storage at 4°C for 90 days. Freeze-drying in whole okara conducted to the highest bacterial recovery. Regarding storage, spray-dried bacteria previously grown in whole and defatted okara showed higher plate counts than those grown in MRS. On the contrary, freeze-dried bacteria previously grown in all the three culture media were those with the lowest plate counts. The addition of sucrose to the dehydration media improved their recovery. The higher recovery of microorganisms grown in okara after freeze-drying and spray-drying processes and during storage was ascribed to both the presence of fiber and proteins in the dehydration media, and the increase in U/S fatty acids ratio in bacterial membranes. The obtained results support for the first time the use of okara as an innovative matrix to deliver L. plantarum. Considering that okara is an agro-waste obtained in large quantities, these results represent an innovative strategy to add it value, providing a symbiotic ingredient with promising industrial applications in the development of novel functional foods and feeds.Fil: Quintana, Gabriel Sebastian. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos; ArgentinaFil: Gerbino, Oscar Esteban. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos; ArgentinaFil: Gomez Zavaglia, Andrea. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Centro de Investigación y Desarrollo en Criotecnología de Alimentos; Argentin

Auditory environmental context affects visual distance perception

In this article, we show that visual distance perception (VDP) is influenced by the auditory environmental context through reverberation-related cues. We performed two VDP experiments in two dark rooms with extremely different reverberation times: an anechoic chamber and a reverberant room. Subjects assigned to the reverberant room perceived the targets farther than subjects assigned to the anechoic chamber. Also, we found a positive correlation between the maximum perceived distance and the auditorily perceived room size. We next performed a second experiment in which the same subjects of Experiment 1 were interchanged between rooms. We found that subjects preserved the responses from the previous experiment provided they were compatible with the present perception of the environment; if not, perceived distance was biased towards the auditorily perceived boundaries of the room. Results of both experiments show that the auditory environment can influence VDP, presumably through reverberation cues related to the perception of room size.Fil: Etchemendy, Pablo Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Acústica y Percepción Sonora; ArgentinaFil: Abregú, Ezequiel Lucas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Acústica y Percepción Sonora; ArgentinaFil: Calcagno, Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Acústica y Percepción Sonora; ArgentinaFil: Eguia, Manuel Camilo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Acústica y Percepción Sonora; ArgentinaFil: Vechiatti, Nilda. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Acústica y Percepción Sonora; ArgentinaFil: Iasi, Federico. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Acústica y Percepción Sonora; ArgentinaFil: Vergara, Ramiro Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Acústica y Percepción Sonora; Argentin

Field trials of an improved cost-effective device for detecting peridomestic populations of Triatoma infestans (Hemiptera: Reduviidae) in rural Argentina

An improved device for detecting peridomestic Triatoma infestans consisting of one-liter recycled Tetra Brik milk boxes with a central structure was tested using a matched-pair study design in two rural areas in Argentina. In Olta (La Rioja), the boxes were installed beneath the thatched roofs and on the vertical wooden posts of each peridomestic structure. After a 5-month exposure, at least one of the recovered boxes detected 88% of the 24 T. infestans-positive sites, and 86% of the 7 negative sites by timed manual collections at baseline. In Amamá (Santiago del Estero), the boxes were paired with the best performing prototype tested before (shelter unit). After 3 months, some evidence of infestation was detected in 89% (boxes) and 79% (shelters) of 18-19 sites positive by timed collections, whereas 19% and 16% of 32 negative sites were positive, respectively. Neither device differed significantly in the qualitative or quantitative collection of every sign of infestation. The installation site did not modify significantly the boxes' sampling efficiency in both study areas. As the total cost of each box was half as expensive as each shelter unit, the boxes are thus the most cost-effective and easy-to-use tool for detecting peridomestic T. infestans currently available.Fil: Vazquez Prokopec, Gonzalo Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución; ArgentinaFil: Ceballos, Leonardo A.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución; ArgentinaFil: Salomón, Oscar Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Institutos de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud. Centro Nacional de Diagnóstico e Investigaciones Endemo-epidémicas; ArgentinaFil: Gurtler, Ricardo Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución; Argentin

Make-or-buy configurational approaches in product-service ecosystems and performance

This research examines firm boundary configurations for manufacturers' product-service offerings. We argue that the building of a product-service ecosystem through collaboration with service providers in certain types of business services can increase performance as a result of the superior knowledge-based resources coming from specialized partners. By using fuzzy set qualitative analysis on a sample of 370 multinational manufacturing enterprises (MMNEs), the results reveal that effective servitization is heterogeneous across manufacturing industries and across business service offerings. The findings indicate that most industries achieve their highest performance through collaborations with value-added service providers in two out of three of the service continuum stages (Base and Intermediate services); while keeping the development of Advanced services in-house. The results help to contextualize the best practices for implementing service business models in MMNEs by detailing which service capabilities should be retained in-house and which should be outsourced to specialized partners in various industrial contexts.Peer ReviewedPreprin

Focus error detection device for thermal expansion-recovery microscopy (ThERM)

An innovative focus error detectionmethod is presented that is only sensitive to surface curvature variations, canceling both thermoreflectance and photodefelection effects. The detection scheme consists of an astigmatic probe laser and a four-quadrant detector. Nonlinear curve fitting of the defocusing signal allows the retrieval of a cutoff frequency, which only depends on the thermal diffusivity of the sample and the pump beam size. Therefore, a straightforward retrieval of the thermal diffusivity of the sample is possible with microscopic lateral resolution and high axial resolution (∼100 pm).Fil: Domené, Esteban Alejo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Física. Laboratorio de Electrónica Cuántica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Martínez, Oscar Eduardo. Empresa Tolket Srl; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Human interaction dynamics for its use in mobile robotics: Impedance control for leader-follower formation

A complete characterization of the behavior in human-robot interactions (HRI) includes both: the behavioral dynamics and the control laws that characterize how the behavior is regulated with the perception data. In this way, this work proposes a leader-follower coordinate control based on an impedance control that allows to establish a dynamic relation between social forces and motion error. For this, a scheme is presented to identify the impedance based on fictitious social forces, which are described by distance-based potential fields. As part of the validation procedure, we present an experimental comparison to select the better of two different fictitious force structures. The criteria are determined by two qualities: least impedance errors during the validation procedure and least parameter variance during the recursive estimation procedure. Finally, with the best fictitious force and its identified impedance, an impedance control is designed for a mobile robot Pioneer 3AT, which is programmed to follow a human in a structured scenario. According to results, and under the hypothesis that moving like humans will be acceptable by humans, it is believed that the proposed control improves the social acceptance of the robot for this kind of interaction.Fil: Herrera Anda, Daniel Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Juan. Instituto de Automática. Universidad Nacional de San Juan. Facultad de Ingeniería. Instituto de Automática; ArgentinaFil: Roberti, Flavio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Juan. Instituto de Automática. Universidad Nacional de San Juan. Facultad de Ingeniería. Instituto de Automática; ArgentinaFil: Toibero, Juan Marcos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Juan. Instituto de Automática. Universidad Nacional de San Juan. Facultad de Ingeniería. Instituto de Automática; ArgentinaFil: Carelli Albarracin, Ricardo Oscar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Juan. Instituto de Automática. Universidad Nacional de San Juan. Facultad de Ingeniería. Instituto de Automática; Argentin

Structural and functional characterization of a cold-adapted stand-alone TPM domain reveals a relationship between dynamics and phosphatase activity

The TPM domain constitutes a family of recently characterized protein domains that are present in most living organisms. Although some progress has been made in understanding the cellular role of TPM-containing proteins, the relationship between structure and function is not clear yet. We have recently solved the solution and crystal structure of one TPM domain (BA42) from the Antarctic bacterium Bizionia argentinensis. In this work, we demonstrate that BA42 has phosphoric-monoester hydrolase activity. The activity of BA42 is strictly dependent on the binding of divalent metals and retains nearly 70% of the maximum at 4 °C, a typical characteristic of cold-adapted enzymes. From HSQC, 15 N relaxation measurements, and molecular dynamics studies, we determine that the flexibility of the crossing loops was associated to the protein activity. Thermal unfolding experiments showed that the local increment in flexibility of Mg2+ -bound BA42, when compared with Ca2+ -bound BA42, is associated to a decrease in global protein stability. Finally, through mutagenesis experiments, we unambiguously demonstrate that the region comprising the metal-binding site participates in the catalytic mechanism. The results shown here contribute to the understanding of the relationship between structure and function of this new family of TPM domains providing important cues on the regulatory role of Mg2+ and Ca2+ and the molecular mechanism underlying enzyme activity at low temperatures.Fil: Pellizza, Leonardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Smal, Clara. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Ithuralde, Raúl Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Turjanski, Adrian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Cicero, Daniel Oscar. Universita Tor Vergata; Italia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; ArgentinaFil: Aran, Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentin

Validación, caracterización y aplicación clínica en neuroimagen multimodalidad de técnicas de registro basadas en Teoría de la Información

La correcta validación y evaluación de cualquier algoritmo de registro incluido en la línea de procesamiento de cualquier aplicación clínica, es fundamental para asegurar la calidad y fiabilidad de los resultados obtenidos con ellas. Ambas características son imprescindibles, además, cuando dicha aplicación se encuentra en el área de la planificación quirúrgica, en la que las decisiones médicas influyen claramente en la invasividad sobre el paciente. El registro de imágenes es un proceso de alineamiento entre dos o más de éstas de forma que las características comunes se encuentren en el mismo punto del espacio. Este proceso, por tanto, se hace imprescindible en aquellas aplicaciones en las que existe la necesidad de combinar la información disponible en diferentes modalidades (fusión de imágenes) o bien la comparación de imágenes intra-modalidad tomadas de diferentes pacientes o en diferentes momentos. En el presente Trabajo Fin de Máster, se desarrolla un conjunto de herramientas para la evaluación de algoritmos de registro y se evalúan en la aplicación sobre imágenes multimodalidad a través de dos metodologías: 1) el uso de imágenes cuya alineación se conoce a priori a través de unos marcadores fiables (fiducial markers) eliminados de las imágenes antes del proceso de validación; y 2) el uso de imágenes sintetizadas con las propiedades de cierta modalidad de interés, generadas en base a otra modalidad objetivo y cuya des-alineación es controlada y conocida a priori. Para la primera de las metodologías, se hizo uso de un proyecto (RIRE – Retrospective Image Registration Evaluation Project) ampliamente conocido y que asegura la fiabilidad de la validación al realizarse por terceros. En la segunda, se propone la utilización de una metodología de simulación de imágenes SPECT (Single Photon Emission Computed Tomography) a partir de imágenes de Resonancia Magnética (que es la referencia anatómica). Finalmente, se realiza la modularización del algoritmo de registro validado en la herramienta FocusDET, para la localización del Foco Epileptógeno (FE) en Epilepsia parcial intratable, sustituyendo a la versión anterior en la que el proceso de registro se encontraba embebido en dicho software, dificultando enormemente cualquier tarea de revisión, validación o evaluación

Evaluación y mejoramiento del proceso de recuperación de solvente en la producción de carboximetilcelulosa

El proyecto “Evaluación y mejoramiento del proceso de recuperación de solvente en la producción de carboximetilcelulosa”, pretende analizar el estado actual de las etapas de recuperación de solvente (equipo recuperador CGT) y purificación de solvente (torre de destilación) en la empresa Química AMTEX S.A., y plantear posibles mejoras para el funcionamiento de estos equipos.102 P.Contenido parcial: Generalidades de la CMC -- Proceso productivo -- Molienda de celulosa -- Análisis del proceso -- Etapa de recuperación de solvente -- Etapa de purificación del solvente (Torre destilación) -- Comparación de resultados con la fase 1 del proyecto