Potenties voor herstel getijdenatuur in het Haringvliet, Hollands Diep en de Biesbosch

In verband met de verwachte positieve effecten op de natuur, met name het herstel van vismigratie, gaan vanaf 2018 de Haringvlietsluizen op een kier. Als gevolg van deze aanpassing kan er tijdens vloed zoutwater binnendringen in het westelijk deel van het Haringvliet. Het verder openzetten van de Haringvlietsluizen dan alleen op een kier, biedt ook de mogelijkheid voor meer getijdynamiek in het Haringvliet, maar ook verder landinwaarts, het Hollands Diep en de Biesbosch, waardoor er meer intergetijdengebied ontstaat. In deze studie is een verkenning gedaan naar de mogelijkheden van het herstel van getijdenatuur in het Haringvliet, Hollands Diep en de Biesbosch. In deze studie zijn vijf varianten doorgerekend: (1) Huidig beheer, (2) Kierbesluit, (3) 80 cm getij, (4) Stormvloedkering en (5) Klimaatscenario (met stormvloedkering)

Learning biophysically-motivated parameters for alpha helix prediction

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Our goal is to develop a state-of-the-art protein secondary structure predictor, with an intuitive and biophysically-motivated energy model. We treat structure prediction as an optimization problem, using parameterizable cost functions representing biological "pseudo-energies". Machine learning methods are applied to estimate the values of the parameters to correctly predict known protein structures.</p> <p>Results</p> <p>Focusing on the prediction of alpha helices in proteins, we show that a model with 302 parameters can achieve a Q_{<it>α </it>}value of 77.6% and an SOV_{<it>α </it>}value of 73.4%. Such performance numbers are among the best for techniques that do not rely on external databases (such as multiple sequence alignments). Further, it is easier to extract biological significance from a model with so few parameters.</p> <p>Conclusion</p> <p>The method presented shows promise for the prediction of protein secondary structure. Biophysically-motivated elementary free-energies can be learned using SVM techniques to construct an energy cost function whose predictive performance rivals state-of-the-art. This method is general and can be extended beyond the all-alpha case described here.</p

Implication et controle du meiobenthos dans des ecosystemes littoraux exploites (Bassin d'Arcachon)

CNRS T Bordereau / INIST-CNRS - Institut de l'Information Scientifique et TechniqueSIGLEFRFranc

Ruimtelijke patronen van het benthos in de buitendelta van de Westerschelde : Een studie i.h.k.v. een mogelijke pilotsuppletie

Als voorstudie van de door Rijkswaterstaat geplande pilotsuppletie in de Scheldemonding wordt een analyse uitgevoerd naar de ecologie en de relatie met abiotische factoren in de Scheldemonding. Het doel van deze studie is om, met behulp van beschikbare data en vier verschillende complementaire analyses, de relatie tussen bodemdiergemeenschappen en abiotiek in de huidige situatie in kaart te brengen

Monitoring bodemdieren in beoogde bestortingsgebieden bij de ontgrondingskuilen nabij de Oosterscheldekering

Deze studie onderzoekt de ecologische kwaliteit van de ontgrondingskuilen ter hoogte van de Oosterscheldekering. Deze ontgrondingskuilen tasten de bodembescherming van de kering aan en dienen versterkt te worden d.m.v. bestortingen. Het bestorten van de ontgrondingskuilen zal effecten hebben op het bodemleven dat hier voorkomt. In hoeverre het hier om rijke bodemdiergemeenschappen gaat met tevens het voorkomen van typische Natura 2000-soorten is echter onvoldoende bekend. De verwachting is dat in de ontgrondingskuilen, door het extreme dynamische karakter (zeer hoge stroomsnelheden), een vrij homogene zandige bodem voorkomt met weinig bodemleven, en de bodemdiergemeenschappen als verarmde versies van de gemiddelde bodemdiergemeenschappen horende bij dit ecotoop (hoogdynamisch, diep gelegen) beschouwd kunnen worden. Deze studie heeft aan de hand van bodemdierenmonsters onderzocht of deze veronderstelling bevestigd kan worden. De bodem van de ontgrondingskuilen bleek in de meeste gevallen grof van samenstelling te zijn, bestaande uit gruis, schelpen en stenen, met een grote variatie tussen de monsters. Dit bemoeilijkte de bemonstering, met tot gevolg een soms geringe hapdiepte (door de aanwezigheid van schelpen en stenen) en grote volumes monsters (door de grote hoeveelheid aan gruis en grind). Dit leidde tot aanpassingen in het aantal uitgewerkte monsters en het protocol voor de uitwerking van de monsters. Toch is het met de verzamelde informatie mogelijk gebleken de onderzoeksvraag te beantwoorden. In totaal zijn er 132 taxa onderscheiden in de 20 onderzochte monsters; 95 taxa zijn waargenomen in de monsters aan de Oosterscheldezijde van de kering, en 98 taxa aan de Voordeltazijde. In vergelijking met de MWTL en PMR-NCV monitoringsprogramma’s behoren de waargenomen waarden van soortenrijkdom tot representatieve niveaus voor respectievelijk de Oosterschelde en de Voordelta. Verschillende typische soorten van het habitattype H1160 (OS, grote baaien) en H1110 (VD, permanent overstroomde zandbanken) worden in de ontgrondingskuilen waargenomen. Vergeleken met het habitattype H1160 ontbreken aan de Oosterscheldezijde van de kering een aantal soorten, maar dit zijn eerder soorten van intergetijdengebieden en ondiepe sublitorale gebieden zoals de kokkel, zeeduizendpoot en wadpier. Vergeleken met het habitattype H1110 ontbreken aan de Voordeltazijde van de kering de zeeklit en de, vaak met de zeeklit geassocieerde, ovale zeeklitschelp. Deze organismen leven ingegraven in zandige tot slibrijke bodems, terwijl de ontgrondingskuilen eerder bestaan uit grovere bodems met gruis, schelpen en stenen. De bodemdiergemeenschap in de ontgrondingskuilen is zeer gevarieerd: de monsters variëren sterk in zowel het aantal taxa, de densiteit en de biomassa, met een aantal zeer rijke monsters met hoge aantallen en biomassa. Opvallend is de dominantie van een aantal epibentische soorten zoals zeeanemonen (Actiniaria), brokkelsterren (Ophiura, Ophiothrix), en zeesterren (Asterias rubens) die op de grovere bodem een geschikt habitat aantreffen. Daarnaast valt de aanwezigheid van kokerwormen op, zoals de schelpkokerworm Lanice conchilega en de pauwenstaart-viltkokerworm Sabella pavonina. De witte boormossel werd op één locatie, ingeboord in verharde klei, in hoge dichtheden en biomassa aangetroffen. In deze grovere bodems komen ook heel wat kleinere soorten wormen voor, zoals Oligochaeta en Mediomastus sp. Heel wat soorten die frequent voorkomen in de monitoringsprogramma’s in de Oosterschelde (MWTL) en de Voordelta (PMR-NCV) worden ook in de ontgrondingskuilen aangetroffen, maar verschillen vaak in frequentie van voorkomen; tezamen met de afwezigheid van sommige soorten wijst het op een typische bodemdiergemeenschap in de ontgrondingskuilen. Er kan dus gesteld worden dat de huidige locaties van de ontgrondingskuilen uiteenlopende leefhabitats tonen met, lokaal, hoge soortenrijkdom, aantallen en biomassa’s aan bodemdieren en met verschillende soorten die als typische soorten kwalificeren binnen de Natura 2000-habitats H1160 en H1110. Ook in de meest soortenarme stations komen kwalificerende soorten voor (zoals de zandzager Nephtys cirrosa). De ontgrondingskuilen herbergen een typische bodemdiergemeenschap, horende bij dit dynamische milieu. Ondanks de hoogdynamische omstandigheden, kunnen heel wat soorten zich vestigen in deze grovere bodems. Het gaat daarbij om zowel epibenthische soorten, als soorten die genieten van de bescherming van een eigen koker (kokerwormen). Kokerwormen vormen daarbij een leefgebied voor heel wat andere, kleinere soorten. De huidige bevindingen spreken dus de verwachting tegen dat de ontgrondingskuilen slechts verarmde bodemdiergemeenschappen zonder typische Natura 2000-soorten zouden herbergen