Genotipificación, niveles de expresión y estado físico del virus del papiloma humano en pacientes colombianos con cáncer de células escamosas en la cavidad oral

Introduction: One of the risk factors for squamous cell oropharyngeal carcinoma is infection with the human papilloma virus (HPV), with prevalences that vary depending on the geographical region. Objective: To identify the most frequent HPV viral types in oropharyngeal cancer, the levels of expression and the physical condition of the viral genome. Materials and methods: Forty-six patients were included in the study from among those attending head and neck surgical services in the cities of Bogotá, Manizales and Bucaramanga. In the histopathological report all study samples were characterized as oropharyngeal squamous cell carcinoma. DNA extraction was subsequently performed for HPV genotyping and to determine the physical state of the viral genome, as well as RNA to determine viral transcripts using real-time PCR. Results: HPV prevalence in tumors was 21.74% (n=10) and the most common viral type was HPV-16 (nine cases). Viral expression for HPV-16 was low (one of 11 copies) and the predominant physical state of the virus was mixed (eight cases), with disruption observed at the E1 - E2 binding site (2525 – 3720 nucleotides). Conclusion: The prevalence of HPV associated with oropharyngeal carcinoma among the Colombian study population was 21.7%, which is relatively low. The most frequent viral type was HPV-16, found in a mixed form and with low expression of E7, possibly indicating a poor prognosis for these patients.Introducción. Uno de los factores de riesgo del carcinoma de células escamosas en la cavidad oral es la infección por el virus del papiloma humano (HPV), cuyas prevalencias dependen de la región geográfica.Objetivo. Identificar los tipos del virus del papiloma humano más frecuentes en el cáncer de la cavidad bucal, sus niveles de expresión y el estado físico del genoma viral.Materiales y métodos. Se seleccionaron 46 pacientes que asistían a los servicios de cirugía de cabeza y cuello en Bogotá, Manizales y Bucaramanga. El examen histopatológico de las muestras incluidas en el estudio demostró la presencia de carcinoma de células escamosas en la cavidad oral en todas ellas. Se extrajo el ADN para genotipificar el virus y determinar el estado físico de su genoma, y el ARN para determinar los transcritos virales mediante reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real.Resultados. La prevalencia del virus del papiloma humano en los tumores fue de 21,74% (n=10) y el tipo viral más frecuente fue el HPV-16 (nueve casos). La expresión viral del HPV-16 fue baja (una de 11 copias) y el estado físico predominante fue el mixto (ocho casos), con prevalencia de la disrupción en el sitio de unión de E1 y E2 (2525 a 3720 nucleótidos).Conclusión. En los pacientes con carcinoma de cavidad oral incluidos en este trabajo, la frecuencia del virus del papiloma humano fue relativamente baja (21,7 %) y el tipo viral más frecuente fue el HPV-16, el cual se encontró en forma mixta y con baja expresión de E7, lo cual puede ser indicativo de un mal pronóstico para el paciente

Human papillomavirus, Epstein–Barr virus, and Candida albicans co-infection in oral leukoplakia with different degrees of dysplasia

Objetivos: identificar el virus del papiloma humano (VPH), el virus de Epstein-Barr (EBV) y Candida albicans en la leucoplasia oral con diferentes grados de displasia. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional, transversal, descriptivo, utilizando 30 tejidos fijados en formol e incluidos en parafina de pacientes con sospecha clínica de leucoplasia y diagnóstico confirmado de displasia oral. histológico Los análisis fueron realizados por dos patólogos (interobservador) y las displasias fueron clasificados como leves, moderados o severos. Se utilizó PCR convencional para detectar VPH y virus EBV y C. albicans. Para determinar la asociación entre cada microorganismo con diferentes grados de displasia se empleó la prueba de Chi-cuadrado. Resultados: La lengua fue el sitio más común de leucoplasia (71,4%) en mujeres con una edad media de 50 años (rango de 30 a 50 años; 57,1%). EBV era el más frecuentemente detectado (73,3%), seguido del VPH (43,3%), principalmente del tipo 16 (40%) y C. albicans (23,3%). Se observaron diferencias significativas entre grados de displasia y presencia de VPH (p = 0,005). En lesiones positivas para HPV, EBV, y C. albicans los cambios histológicos más frecuentes fueron hiperqueratosis, irregular crestas interpapilares y pérdida de la polaridad celular del estrato basal. Conclusión: coinfección por virus del papiloma humano, virus de Epstein Barr y Candida albicans en la leucoplasia oral podría estar asociada con cambios displásicosObjectives: To identify human papillomavirus (HPV), Epstein–Barr virus (EBV), and Candida albicans in oral leukoplakia with different degrees of dysplasia. Materials and methods: An observational, cross-sectional, descriptive study was per formed using 30 formalin-fixed and paraffin-embedded tissues from patients with clinical suspicion of leukoplakia and confirmed diagnosis of oral dysplasia. Histological analyses were performed by two pathologists (interobserver) and dysplasias were classified as mild, moderate, or severe. Conventional PCR was used to detect HPV and EBV viruses and C. albicans. To determine the association between each microor ganism with different degrees of dysplasia a Chi-square test was employed. Results: The tongue was the most common site for leukoplakias (71.4%) in females with a mean age of 50 years (ranging between 30 to 50 years old; 57.1%). EBV was the most frequently detected (73.3%), followed by HPV (43.3%), mainly of type 16 (40%), and C. albicans (23.3%). Significant differences were observed between degrees of dysplasia and HPV presence (p = 0.005). In lesions positive for HPV, EBV, and C. albicans the most frequent histological changes were hyperkeratosis, irregular interpapillary ridges, and loss of basal stratum cell polarity. Conclusion: Co-infection with human papillomavirus, Epstein Barr virus, and Candida albicans in oral leukoplakia could be associated with dysplastic changeshttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000000074https://scholar.google.com/citations?user=67OqbSEAAAAJ&hl=esGIOBUCC0000-0003-1509-563

Differential Regulation of the EGFR/PI3K/AKT/PTEN Pathway between Low- and High-Grade Gliomas

Gliomas represent 70% of all central system nervous tumors and are classified according to the degree of malignancy as low- or high-grade. The permanent activation of the EGFR/PI3K/AKT pathway by various genetic or post-translational alterations of EGFR, PI3KCA, and PTEN has been associated with increased proliferation and resistance to apoptosis. The present study aimed to analyze the molecular/genetic changes in the EGFR/PI3K/AKT/PTEN pathway between low-grade and high-grade gliomas in a sample of Colombian patients. A total of 30 samples were tested for PI3K and PTEN mutations, EGFR, PI3K, and AKT gene amplification, AKT, PI3K, BAX, Bcl2 expression levels, and phosphorylation of AKT and PTEN, EGFR and/or PI3K gene amplification was found in 50% of low-grade and 45% of high-grade ones. AKT amplification was found in 25% of the low-grade and 13.6% of the high-grade. The expression of PI3K, AKT, Bcl2, and BAX was increased particularly to a high degree. AKT phosphorylation was found in 66% of low-grade and 31.8% of high-grade. Increased phosphorylation of PTEN was found in 77% low-grade and 66% high-grade. Our results indicate that alterations in the EGFR/PI3K/AKT/PTEN pathway could be important in the initiation and malignant progression of this type of tumor

Human papillomavirus, Epstein–Barr virus, and Candida albicans co-infection in oral leukoplakia with different degrees of dysplasia

Objetivos: identificar el virus del papiloma humano (VPH), el virus de Epstein-Barr (EBV) y Candida albicans en la leucoplasia oral con diferentes grados de displasia. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional, transversal, descriptivo, utilizando 30 tejidos fijados en formol e incluidos en parafina de pacientes con sospecha clínica de leucoplasia y diagnóstico confirmado de displasia oral. histológico Los análisis fueron realizados por dos patólogos (interobservador) y las displasias fueron clasificados como leves, moderados o severos. Se utilizó PCR convencional para detectar VPH y virus EBV y C. albicans. Para determinar la asociación entre cada microorganismo con diferentes grados de displasia se empleó la prueba de Chi-cuadrado. Resultados: La lengua fue el sitio más común de leucoplasia (71,4%) en mujeres con una edad media de 50 años (rango de 30 a 50 años; 57,1%). EBV era el más frecuentemente detectado (73,3%), seguido del VPH (43,3%), principalmente del tipo 16 (40%) y C. albicans (23,3%). Se observaron diferencias significativas entre grados de displasia y presencia de VPH (p = 0,005). En lesiones positivas para HPV, EBV, y C. albicans los cambios histológicos más frecuentes fueron hiperqueratosis, irregular crestas interpapilares y pérdida de la polaridad celular del estrato basal. Conclusión: coinfección por virus del papiloma humano, virus de Epstein Barr y Candida albicans en la leucoplasia oral podría estar asociada con cambios displásicosObjectives: To identify human papillomavirus (HPV), Epstein–Barr virus (EBV), and Candida albicans in oral leukoplakia with different degrees of dysplasia. Materials and methods: An observational, cross-sectional, descriptive study was per formed using 30 formalin-fixed and paraffin-embedded tissues from patients with clinical suspicion of leukoplakia and confirmed diagnosis of oral dysplasia. Histological analyses were performed by two pathologists (interobserver) and dysplasias were classified as mild, moderate, or severe. Conventional PCR was used to detect HPV and EBV viruses and C. albicans. To determine the association between each microor ganism with different degrees of dysplasia a Chi-square test was employed. Results: The tongue was the most common site for leukoplakias (71.4%) in females with a mean age of 50 years (ranging between 30 to 50 years old; 57.1%). EBV was the most frequently detected (73.3%), followed by HPV (43.3%), mainly of type 16 (40%), and C. albicans (23.3%). Significant differences were observed between degrees of dysplasia and HPV presence (p = 0.005). In lesions positive for HPV, EBV, and C. albicans the most frequent histological changes were hyperkeratosis, irregular interpapillary ridges, and loss of basal stratum cell polarity. Conclusion: Co-infection with human papillomavirus, Epstein Barr virus, and Candida albicans in oral leukoplakia could be associated with dysplastic changeshttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=00000000740000-0003-1509-5631GIOBUCCalveiro.erira@campusucc.edu.cohttps://scholar.google.com/citations?user=67OqbSEAAAAJ&hl=e

Characterization of the bacterial microbiome present in the dental plate, saliva and tumoral tissue of patients with and without oral scamocellular carcinoma : integrative study of the metagenome and metatranscriptome

Se ha descrito en la literatura el papel que tienen las bacterias en el desarrollo del carcinoma oral de células escamosas (por sus siglas en ingles OSCC). Sin embargo, la mayoría de los estudios han identificado bacterias con base en la secuenciación del gen ARNr 16S, lo cual ha generado diferencias significativas en diversidad y abundancia de algunos géneros bacterianos. Por lo tanto, existe la necesidad de avanzar en la implementación de nuevas herramientas tecnológicas para estudios metagenómicos complementados con estudios metatranscriptómicos que permitan describir con mayor precisión la composición, interacción y actividad de la comunidad bacteriana en distintos microambientes orales de pacientes con y sin OSCC. Por lo cual, en este estudio se caracterizó y se integró el metagenoma con el transcriptoma bacteriano de placa dental, saliva y tejido tumoral en pacientes con y sin OSCC. Para cumplir con este objetivo, se realizó un estudio descriptivo analítico caso control, en tres fases. 1. Se recolectaron 30 muestras orales previo a la cirugía (10 de tejido tumoral, 10 de saliva y 10 de placa bacteriana) de 10 pacientes diagnosticados de OSCC y 20 muestras orales (10 de saliva y 10 de placa bacteriana) de 10 donantes sanos (controles) que asistieron al servicio odontológico en la facultad de odontología; todos los participantes cumplieron con los criterios de selección y firmaron consentimiento informado. Posteriormente, de cada muestra se realizó extracción de ADN y ARN, se evaluó la cantidad y calidad, y se envió al servicio de secuenciación por tecnología MiSeq y HiSeq Illumina®. Con el fin de obtener lecturas de mayor calidad, se realizó la remoción de secuencias de baja calidad mediante el uso del software Trimmomatic. La calidad de las secuencias fue evaluada mediante el uso del software FastQC. Para el análisis del metagenoma se utilizó la base de datos de kraken que incluye secuencias de bacterias en Refseq y el programa Kraken Aligner V1.0. Se realizaron análisis de componentes principales, binomiales, diversidad alfa y beta, y ANOVA, así como también comparaciones inter e intragrupo, análisis de frecuencia (número de veces que la bacteria ocurre en las muestras estudiadas), promedio, desviación estándar, Chi cuadrado. 2. Se describió el metagenoma bacteriano presente en pacientes con OSCC y controles, se encontró un total de 30 filos (compartidos por ambos grupos), 611 géneros (334 compartidos por ambos grupos, 273 solo en pacientes con OSCC y 4 solo en controles). Además, 1.269 especies (1.231 compartidas por ambos grupos, 17 solo se encuentran en pacientes con OSCC y 21 solo en controles). Los resultados indicaron la presencia de un grupo de especies bacterianas únicamente en pacientes con OSCC (estas bacterias se consideraron asociadas a disbiosis) y otro grupo de especies bacterianas presentes únicamente en personas sanas (estas bacterias se consideraron asociadas a eubiosis); por lo cual un análisis posterior se enfocó en las especies bacterianas que pudieran estar relacionadas con procesos de eubiosis y disbiosis. De un grupo de 45 especies bacterianas fueron identificadas: 20 compatibles con eubiosis en saliva, 14 compatibles eubiosis en placa dental, 5 compatibles con disbiosis en saliva y 6 compatibles con disbiosis en placa dental. Esto permitió proponer a Aerococcus urinae, Brachyspira intermedia, Chromobacterium violaceum, Enterobacter asburiae, Lactobacillus helveticus, Mycobacterium chubuense, Mycoplasma penetrans, Streptococcus infantarius, y Streptococcus pasteurianus como las especies de bacterias asociadas a estados de eubiosis; y a Legionella pneumophila, Mycoplasma hominis, Gardnerella vaginalis Capnocytophaga canimorsus, Mycoplasma conjunctivae y Providencia stuartii, como bacterias asociadas a estados de dibiosis. 3. Para el estudio del transcriptoma se realizaron análisis de calidad y selección de secuencias mediante el uso de herramientas bioinformáticas como Trimmomatic y FastQC, SortmRNA, Trinity. Para la identificación de los transcritos y clasificación taxonómica se utilizó Kraken Aligner V1.0 y PATRIC, bases de datos como CARD, Drug Bank, VICTORS, TCBD y TTD. Se realizó un análisis de carga funcional mediante el estudio de perfiles de expresión de los transcriptomas en 40 especies bacterianas en total, 30 especies compatibles con eubiosis y 10 especies compatibles con disbiosis; 5 especies bacterianas fueron excluidas debido a que no se encontraron los genomas completos. Se evaluaron procesos biológicos relacionados con procesamiento de ADN, ARN y proteínas, metabolismo, respiración, fermentación, energía, ciclo celular, división y muerte. Adicionalmente se estudiaron vías de señalización y genes relacionados con respuesta al estrés, defensa y virulencia, resistencia a antibióticos y compuestos tóxicos. Los resultados relacionados con sistemas biológicos mostraron diferencias significativas entre los dos grupos de bacterias únicamente en biogénesis de ribosomas (p=0,005), mientras que, en los sistemas relacionados con procesamiento y síntesis de proteínas, respuesta al estrés, defensa y virulencia, resistencia a antibióticos y compuestos tóxicos, y metabolismo no se encontraron diferencias significativas (p>0,005). En relación con las vías se señalización de mayor actividad, en el grupo de bacterias asociadas a estados de eubiosis se encontró que fueron: metabolismo de carbohidratos, nucleótidos, aminoácidos y energía; mientras que en el grupo relacionado con estado de disbiosis fueron metabolismo de nucleótidos, aminoácidos, carbohidratos y energía. Al evaluar la expresión de genes relacionados con las vías anteriormente descritas, el grupo de bacterias asociadas a estados de eubiosis expresaron 169 genes en total, cuya función está relacionada con resistencia a antibióticos, factores de virulencia, blancos de medicamentos y transporte. Por su parte, el grupo de bacterias asociadas a estados de disbiosis expresaron 76 genes en total relacionados con resistencia a antibióticos, factores de virulencia y blancos de medicamentos.Pontificia Universidad JaverianaThe role of bacteria in the development of oral squamous cell carcinoma (OSCC) has been described in the literature. However, most studies have identified bacteria based on the 16S rRNA gene sequencing, which has generated significant differences in diversity and abundance of some bacterial genera. Therefore, there is a need to advance in the implementation of new technological tools for metagenomic studies complemented with metatranscriptomic studies that allow the composition, interaction and activity of the bacterial community in different oral microenvironments of patients with and without OSCC to be described with greater precision. Therefore, in this study the metagenome was characterized and integrated with the bacterial transcriptome of dental plaque, saliva and tumor tissue in patients with and without OSCC. To meet this objective, a descriptive analytical case control study was carried out in three phases. 1. 30 oral samples were collected prior to surgery (10 from tumor tissue, 10 from saliva and 10 from bacterial plaque) from 10 patients diagnosed with OSCC and 20 oral samples (10 from saliva and 10 from bacterial plaque) from 10 healthy donors (controls) who attended the dental service at the dental school; all participants met the selection criteria and signed informed consent. Subsequently, DNA and RNA were extracted from each sample, the quantity and quality were evaluated, and it was sent to the sequencing service using MiSeq and HiSeq Illumina® technology. In order to obtain higher quality reads, low quality sequences were removed using Trimmomatic software. The quality of the sequences was evaluated using FastQC software. For the metagenome analysis, the kraken database was used, which includes sequences of bacteria in Refseq and the Kraken Aligner V1.0 program. Principal component, binomial, alpha and beta diversity, and ANOVA analyzes were performed, as well as inter and intragroup comparisons, frequency analysis (number of times the bacteria occur in the studied samples), mean, standard deviation, and Chi square. 2. The bacterial metagenome present in patients with OSCC and controls was described, a total of 30 phyla were found (shared by both groups), 611 genera (334 shared by both groups, 273 only in patients with OSCC and 4 only in controls). In addition, 1,269 species (1,231 shared by both groups, 17 are only found in patients with OSCC and 21 only in controls). The results indicated the presence of a group of bacterial species only in patients with OSCC (these bacteria were considered associated with dysbiosis) and another group of bacterial species present only in healthy people (these bacteria were considered associated with eubiosis); Therefore, a later analysis focused on the bacterial species that could be related to eubiosis and dysbiosis processes. From a group of 45 bacterial species were identified: 20 compatible with eubiosis in saliva, 14 compatible with eubiosis in dental plaque, 5 compatible with dysbiosis in saliva and 6 compatible with dysbiosis in dental plaque. This made it possible to propose Aerococcus urinae, Brachyspira intermedia, Chromobacterium violaceum, Enterobacter asburiae, Lactobacillus helveticus, Mycobacterium chubuense, Mycoplasma penetrans, Streptococcus infantarius, and Streptococcus pasteurianus as the species of bacteria associated with eubic states; and Legionella pneumophila, Mycoplasma hominis, Gardnerella vaginalis Capnocytophaga canimorsus, Mycoplasma conjunctivae and Providencia stuartii, as bacteria associated with dibiosis states. 3. For the study of the transcriptome, quality analysis and sequence selection were performed using bioinformatics tools such as Trimmomatic and FastQC, SortmRNA, Trinity. For the identification of the transcripts and taxonomic classification, Kraken Aligner V1.0 and PATRIC, databases such as CARD, Drug Bank, VICTORS, TCBD and TTD were used. A functional load analysis was performed by studying the expression profiles of the transcriptomes in a total of 40 bacterial species, 30 species compatible with eubiosis and 10 species compatible with dysbiosis; 5 bacterial species were excluded because complete genomes were not found. Biological processes related to DNA, RNA and protein processing, metabolism, respiration, fermentation, energy, cell cycle, division and death were evaluated. Additionally, signaling pathways and genes related to stress response, defense and virulence, resistance to antibiotics and toxic compounds were studied. The results related to biological systems showed significant differences between the two groups of bacteria only in ribosome biogenesis (p = 0.005), while, in systems related to protein processing and synthesis, stress response, defense and virulence, resistance to antibiotics and toxic compounds, and metabolism, no significant differences were found (p> 0.005). In relation to the signaling pathways of greater activity, in the group of bacteria associated with eubiosis states it was found that they were: metabolism of carbohydrates, nucleotides, amino acids and energy; while in the group related to the state of dysbiosis were nucleotide metabolism, amino acids, carbohydrates and energy. When evaluating the expression of genes related to the previously described pathways, the group of bacteria associated with eubiosis states expressed 169 genes in total, whose function is related to antibiotic resistance, virulence factors, drug targets and transport. For its part, the group of bacteria associated with dysbiosis states expressed 76 genes in total related to antibiotic resistance, virulence factors and drug targets.Doctor en Ciencias BiológicasDoctorado0000-0003-1509-5631https://scholar.google.com/citations?user=67OqbSEAAAAJ&hl=eshttps://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/EnRecursoHumano/inicio.d

Differential Regulation of the EGFR/PI3K/AKT/PTEN Pathway between Low- and High-Grade Gliomas

Gliomas represent 70% of all central system nervous tumors and are classified according to the degree of malignancy as low- or high-grade. The permanent activation of the EGFR/PI3K/AKT pathway by various genetic or post-translational alterations of EGFR, PI3KCA, and PTEN has been associated with increased proliferation and resistance to apoptosis. The present study aimed to analyze the molecular/genetic changes in the EGFR/PI3K/AKT/PTEN pathway between low-grade and high-grade gliomas in a sample of Colombian patients. A total of 30 samples were tested for PI3K and PTEN mutations, EGFR, PI3K, and AKT gene amplification, AKT, PI3K, BAX, Bcl2 expression levels, and phosphorylation of AKT and PTEN, EGFR and/or PI3K gene amplification was found in 50% of low-grade and 45% of high-grade ones. AKT amplification was found in 25% of the low-grade and 13.6% of the high-grade. The expression of PI3K, AKT, Bcl2, and BAX was increased particularly to a high degree. AKT phosphorylation was found in 66% of low-grade and 31.8% of high-grade. Increased phosphorylation of PTEN was found in 77% low-grade and 66% high-grade. Our results indicate that alterations in the EGFR/PI3K/AKT/PTEN pathway could be important in the initiation and malignant progression of this type of tumor

Caracterización transcriptómica de bacterias relacionadas con eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin carcinoma escamocelular oral

Objetivo. Caracterizar la expresión génica de 40 especies bacterianas compatibles con procesos de eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin OSCC Material y Método. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal en muestras de placa y saliva de 10 pacientes con OSCC y 10 sin OSCC con géneros y edades similares, mínimo 4 dientes en boca. ARN total fue extraído y secuenciado mediante HiSeq™ 2500 de Illumina. Se analizaron secuencias con herramientas bioinformáticas (trimmomatic, SortMeRNA, BMTagger, RNA-Seq, bowtie2 y kraken2) y bases de datos (PATRIC, CARD, VICTORS). Resultados. El grupo de eubiosis S. macedonicus, S. lutetiensis, S. infantarius, S. parauberis, L. helveticus, T. intermedia, S. novella y E. asburiae expresaron 169 genes, y el grupo de disbiosis L. pneumophila, M. hominis, M. conjunctivae, G. vaginalis, C. canimorsus, P. stuartii expresaron 76 genes, la actividad transcripcional se relacionó con metabolismo de carbohidratos, nucleótidos, aminoácidos y energía, que a su vez se asoció con resistencia a antibióticos, factores de virulencia, blancos de medicamentos y transporte. Conclusión. La actividad transcripcional de S. macedonicus, S. infantarius, S. lutetiensis, S.pasteurianus, S. parauberis, C. violaceum y S. novella se asocia con procesos de eubiosis y T. intermedia y P. stuartii con procesos de disbiosis.Objetive. Characterize the gene expression of 40 bacterial species compatible with eubiosis and dysbiosis processes in patients with and without OSCC. Material and method. A descriptive cross-sectional study was carried out on plaque and saliva samples from 10 patients with OSCC and 10 without OSCC with similar genders and ages, minimum of 4 teeth in the mouth. Total RNA was extracted and sequenced using Illumina HiSeq™ 2500. Sequences were analyzed with bioinformatic tools (trimmomatic, SortMeRNA, BMTagger, RNA-Seq, bowtie2, and kraken2) and databases (PATRIC, CARD, VICTORS). Results. The eubiosis group S. macedonicus, S. lutetiensis, S. infantarius, S. parauberis, L. helveticus, T. intermedia, S. novella, and E. asburiae expressed 169 genes, and the dysbiosis group L. pneumophila, M. hominis, M. conjunctivae, G. vaginalis, C. canimorsus, P. stuartii expressed 76 genes, transcriptional activity was related to the metabolism of carbohydrates, nucleotides, amino acids and energy, which in turn was associated with resistance to antibiotics, factors of virulence, drug targets and transport. Conclusion. The transcriptional activity of S. macedonicus, S. infantarius, S. lutetiensis, S. pasteurianus, S. parauberis, C. violaceum, and S. novella is associated with processes of eubiosis and T. intermedia and P. stuartii with processes of dysbiosisHERLINTO ALVEIRO TUPAZ0000-0003-1509-5631GIOBUCCalveiro.erira@campusucc.edu.cohttps://scholar.google.com/citations?user=67OqbSEAAAAJ&hl=e

Bacteriome Identified by Next-Generation Sequencing in Saliva, Dental Plaque, and Tumor Tissue of Patients with Oral Squamous Cell Carcinoma

Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is the sixth most common cancer in the world, and the bacterial microbiome has been considered a risk factor that could play an important role in carcinogenesis. Objective: A bacteriome study was performed by next-generation sequencing in dental plaque, saliva, and tumor samples of 10 OSCC patients and compared with bacteriome in dental plaque and saliva of 10 patients without OSCC. Methods: DNA was extracted from all samples and sequenced by Illumina technology MiSeq™. Bioinformatic analyzes were performed for evaluated sequence quality, alpha and beta diversity, bidirectional analysis of variance (p <0.05), and principal component analysis. After establishing bacterial profiles associated with each sample and population, intragroup and intergroup comparisons were carried out. For bacteria identification compatible with eubiosis and dysbiosis processes, a screening was performed based on the frequency of appearance in all patient samples with and without OSCC. Lastly, frequency, average, standard deviation, Chi-square, and Mann Whitney test were calculated. Results: Out of the identified 1,231 bacteria in the populations under study, 45 bacterial species were selected, of which 34 were compatible with eubiosis, and 11 were compatible with dysbiosis. Among the bacteria compatible with eubiosis were species of Lactobacillus and Streptococcus, Chromobacterium violaceum, Enterobacter asburiae, Mycobacterium chubuense, Mycoplasma penetrans, and Brachyspira intermedia. Among the species associated with dysbiosis,  Providencia stuartii, Capnocytophaga canimorsus, Legionella pneumophila, and Mycoplasma hominis were notable. Conclusion: Thirty-four bacterial species may be associated with eubiosis or healthy states and 11 bacterial species could be associated with dysbiosis or pathogenic state, OSCC.El carcinoma oral de células escamosas (OSCC) es el sexto cáncer más común en el mundo, y el microbioma bacteriano se ha considerado un riesgo factor que podría desempeñar un papel importante en la carcinogénesis. Objetivo: Se realizó un estudio de bacterioma mediante secuenciación de próxima generación en muestras de placa dental, saliva y tumor de 10 pacientes con OSCC y se comparó con bacterioma en placa dental y saliva de 10 pacientes sin COCE. Métodos: El ADN se extrajo de todas las muestras y se secuenció con la tecnología MiSeq™ de Illumina. Se realizaron análisis bioinformáticos para evaluar calidad de secuencia, diversidad alfa y beta, análisis de varianza bidireccional (p <0,05) y análisis de componentes principales. Después de establecer Se realizaron perfiles bacterianos asociados a cada muestra y población, comparaciones intragrupo e intergrupo. Para la identificación de bacterias compatibles con procesos de eubiosis y disbiosis, se realizó un cribado en función de la frecuencia de aparición en todas las muestras de pacientes con y sin OSCC. Por último, se calcularon la frecuencia, la media, la desviación estándar, la Chi-cuadrado y la prueba de Mann Whitney. Resultados: De las 1.231 bacterias identificadas en las poblaciones objeto de estudio, se seleccionaron 45 especies bacterianas, de las cuales 34 eran compatibles con eubiosis, y 11 eran compatibles con disbiosis. Entre las bacterias compatibles con la eubiosis se encontraban especies de Lactobacillus y Streptococcus, Chromobacterium violaceum, Enterobacter asburiae, Mycobacterium chubuense, Mycoplasma penetrans y Brachyspira intermedia. Entre la especies asociadas con disbiosis, Providencia stuartii, Capnocytophaga canimorsus, Legionella pneumophila y Mycoplasma hominis fueron Incapaz. Conclusión: Treinta y cuatro especies bacterianas pueden estar asociadas con eubiosis o estados saludables y 11 especies bacterianas podrían estar asociadas con disbiosis o estado patógeno, OSCC.https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=00000000740000-0003-1509-5631GIOBUCCalveiro.erira@campusucc.edu.cohttps://scholar.google.com/citations?user=67OqbSEAAAAJ&hl=e

Efecto antimicrobiano del aceite esencial de Citrus reticulata sobre Fusobacterium nucleatum asociada a enfermedad periodontal

La clorhexidina como tratamiento de la enfermedad periodontal ha logrado efectos bactericidas sobre periodontopatógenos y biopelícula oral. Su uso genera efectos adversos, por lo tanto se presentan alternativas naturales con efecto antimicrobiano [email protected]

Efecto antimicrobiano del aceite esencial de Citrus reticulata sobre Fusobacterium nucleatum asociada a enfermedad periodontal

Chlorhexidine as a treatment of periodontal disease has achieved bactericidal effects over periodontopathogens and oral biofilm. Its use generates adverse effects; therefore natural alternatives are presented with a similar antimicrobial effect. Essential oils have proved effective in controlling dental plaque without the adverse effects of chlorhexidine. The aim of this study was to determine the bacteriostatic and bactericidal effect of essential oil of tangerine against Fusobacterium nucleatum. The extraction of the essential oil was performed by expression of tangerine peels (Arrayana and Oneco varieties). Concentrations at 20%, 40%, 60%, 80% and 100% of the essential oil diluted in 0,02% Tween were evaluated. The bacteriostatic and bactericidal effect was determined by antimicrobial susceptibility testing by disk diffusion. As a positive control 0,2% chlorhexidine and water as negative control were used. Inhibition zone (mm) was measured and presence or absence of bacterial growth was determined from colony forming units. To compare proportions of bacteriostatic and bactericidal activity, Fisher and T student test (95% CI p = 0,05) were performed. The 100% concentration zone of inhibition showed a similar behavior as chlorhexidine (p 0,05). The use of essential oils of tangerine could be a complementary alternative to treatment of periodontal disease.La clorhexidina como tratamiento de la enfermedad periodontal ha logrado efectos bactericidas sobre periodontopatógenos y biopelícula oral. Su uso genera efectos adversos, por lo tanto se presentan alternativas naturales con efecto antimicrobiano similar. Los aceites esenciales han demostrado efectividad en el control de la placa dental, sin los efectos adversos de la clorhexidina. El objetivo de este estudio fue determinar el efecto bacteriostático y bactericida del aceite esencial de mandarina contra Fusobacterium nucleatum. Se realizó extracción por expresión del aceite esencial de cáscaras de mandarina (variedades Arrayana y Oneco). Se evaluaron concentraciones al 20%, 40%, 60%, 80% y 100% del aceite esencial diluido en Tween al 0,02%. El efecto bacteriostático y bactericida se determinó por pruebas de sensibilidad antimicrobiana por difusión en disco. Como control positivo se utilizó Clorhexidina 0,2% y agua como control negativo. Se midió halo de inhibición (mm) y se determinó ausencia o presencia de crecimiento bacteriano a partir de unidades formadoras de colonias. Para comparación de proporciones de la actividad bacteriostática y bactericida, se realizó prueba de Fisher y T student (IC 95% p = 0,05). El halo de inhibición a una concentración del 100% mostró comportamiento similar a clorhexidina (p0,05). El uso de aceites esenciales de mandarina podría ser una alternativa complementaria al tratamiento de la enfermedad periodontal