Genes with Relevance for Early to Late Progression of Colon Carcinoma Based on Combined Genomic and Transcriptomic Information from the Same Patients

Background: Genetic and epigenetic alterations in colorectal cancer are numerous. However, it is difficult to judge whether such changes are primary or secondary to the appearance and progression of tumors. Therefore, the aim of the present study was to identify altered DNA regions with significant covariation to transcription alterations along colon cancer progression. Methods: Tumor and normal colon tissue were obtained at primary operations from 24 patients selected by chance. DNA, RNA and microRNAs were extracted from the same biopsy material in all individuals and analyzed by oligo-nucleotide array-based comparative genomic hybridization (CGH), mRNA- and microRNA oligo-arrays. Statistical analyses were performed to assess statistical interactions (correlations, co-variations) between DNA copy number changes and significant alterations in gene and microRNA expression using appropriate parametric and non-parametric statistics. Results: Main DNA alterations were located on chromosome 7, 8, 13 and 20. Tumor DNA copy number gain increased with tumor progression, significantly related to increased gene expression. Copy number loss was not observed in Dukes A tumors. There was no significant relationship between expressed genes and tumor progression across Dukes A–D tumors; and no relationship between tumor stage and the number of microRNAs with significantly altered expression. Interaction analyses identified overall 41 genes, which discriminated early Dukes A plus B tumors from late Dukes C plus D tumor; 28 of these genes remained with correlations between genomic and transcriptomic alterations in Dukes C plus D tumors and 17 in Dukes D. One microRNA (microR-663) showed interactions with DNA alterations in all Dukes A-D tumors. Conclusions: Our modeling confirms that colon cancer progression is related to genomic instability and altered gene expression. How- ever, early invasive tumor growth seemed rather related to transcriptomic alterations, where changes in microRNA may be an early phenomenon, and less to DNA copy number changes

En fråga om tjänstemannarollens påverkan, förutsättningar samt divergens mellan beslut och genomförande.

Denna uppsats visar på hur tjänstemän på mellannivå kan påverka glappet mellan beslut och verkställda politiska mål, i ett fall som handlar om mänskliga rättigheter för personer med funktionsnedsättning. Utgångspunkten är Lennart Lundquists ”Vilja, Kunna, Förstå” som kompletteras med begreppet ”Bistås” ifrån ”Divergensteorin”, för att tillsammans belysa ”Hur tjänstemännen på mellannivå kan påverka divergensen mellan beslut och verkställd politik?”. Tillvägagångssättet är en form av kvalitativ fallstudie, genom samtalsintervjuer med tjänstemän inom bolaget Västtrafik AB, som ansvarar för tillgänglighetsarbetet inom Västra Götalandsregionens kollektivtrafik. Tillgänglighetsfrågan aktualiseras som problem i samband med att nya grunder tillförs diskrimineringslagen från och med 2015.01.01. Därmed är det som studien visar viktigt med insikter bland tjänstemännen, i fråga om vilka policys och riktlinjer som begränsar dess handlingsutrymme