Detection of linear trends in multi-sensor time series in the presence of autocorrelated noise: Application to the chlorophyll-a SeaWiFS and MERIS datasets and extrapolation to the incoming Sentinel 3-OLCI mission

The detection of long-term trends in geophysical time series is a key issue in climate change studies. This detection is affected by many factors: the size of the trend to be detected, the length of the available data sets, and the noise properties. Although the noise autocorrelation observed in geophysical time series does not bias the trend estimate, it affects the estimation of its uncertainty and consequently the ability to detect, or not, a significant trend. Ignoring the noise autocorrelation level typically leads to an overdetection of significant trends. Due to satellite lifetime, usually between 5 and 10 years, sea surface time series do not cover the same period and are acquired by different sensors with different characteristics. These differences lead to unknown level shifts (biases) between the datasets, which affect the trend detection. In this work, we develop a generic framework to detect and evaluate linear trends and level shifts in multisensor time series of satellite chlorophyll-a concentrations, as provided by the Medium Resolution Imaging Spectrometer instrument (MERIS) and sea-viewing wide field-of-view sensor (SeaWiFS) ocean-color missions. We also discuss the optimization of the observation networks, in terms of needed time overlap between successive time series to reduce the uncertainty on the detection of long-term trends. For the incoming Sentinel 3-Ocean and Land Color Instrument (3-OLCI)mission that should be launched at the end of 2014, we propose a global map of the number of months of observations to enhance the trend detection performed with the joint SeaWiFS-MERIS analysis

Predictive habitat suitability models to aid conservation of elasmobranch diversity in the central Mediterranean Sea

Commercial fisheries have dramatically impacted elasmobranch populations worldwide. With high capture and bycatch rates, the abundance of many species is rapidly declining and around a quarter of the world’s sharks and rays are threatened with extinction. At a regional scale this negative trend has also been evidenced in the central Mediterranean Sea, where bottom-trawl fisheries have affected the biomass of certain rays (e.g. Raja clavata) and sharks (e.g. Mustelus spp.). Detailed knowledge of elasmobranch habitat requirements is essential for biodiversity conservation and fisheries management, but this is often hampered by a poor understanding of their spatial ecology. Habitat suitability models were used to investigate the habitat preference of nine elasmobranch species and their overall diversity (number of species) in relation to five environmental predictors (i.e. depth, sea surface temperature, surface salinity, slope and rugosity) in the central Mediterranean Sea. Results showed that depth, seafloor morphology and sea surface temperature were the main drivers for elasmobranch habitat suitability. Predictive distribution maps revealed different species-specific patterns of suitable habitat while high assemblage diversity was predicted in deeper offshore waters (400–800 m depth). This study helps to identify priority conservation areas and diversity hot-spots for rare and endangered elasmobranchs in the Mediterranean Sea

Implication of the HIV-1 intragenic cis-regulatory region in cellular-specific control of viral gene expression

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Depicting HIV-1 Transcriptional Mechanisms: A Summary of What We Know

Despite the introduction of combinatory antiretroviral therapy (cART), HIV-1 infection cannot be cured and is still one of the major health issues worldwide. Indeed, as soon as cART is interrupted, a rapid rebound of viremia is observed. The establishment of viral latency and the persistence of the virus in cellular reservoirs constitute the main barrier to HIV eradication. For this reason, new therapeutic approaches have emerged to purge or restrain the HIV-1 reservoirs in order to cure infected patients. However, the viral latency is a multifactorial process that depends on various cellular mechanisms. Since these new therapies mainly target viral transcription, their development requires a detailed and precise understanding of the regulatory mechanism underlying HIV-1 transcription. In this review, we discuss the complex molecular transcriptional network regulating HIV-1 gene expression by focusing on the involvement of host cell factors that could be used as potential drug targets to design new therapeutic strategies and, to a larger extent, to reach an HIV-1 functional cure.SCOPUS: re.jinfo:eu-repo/semantics/publishe

Vérification parallélisée de propriétés temporelles sur des traces d'exécution, par analyse dynamique formelle

Approches Formelles dans l'Assistance au Développement Logiciel, Bordeaux, France, 09-/06/2015 - 10/06/2015Les méthodes de Îrification peuvent être classées suivant deux critères : une méthode peut être statique ou dynamique, ainsi que formelle ou informelle. Ce papier poursuit des travaux de thèse sur la Îrification de propriétés temporelles sur des traces d'exécution par analyse dynamique formelle. L'approche proposée consiste à transformer une propriété LTL en automate de Büchi et à exécuter ce dernier sur une trace pour l'analyser. Le problème de fin de trace lié à l'utilisation de LTL sur des traces finies peut être contourné par le calcul d'informations statistiques à condition que la propriété suive un patron prédéfini. Pour des traces de très grande taille, cette approche est bien adaptée, mais nécessite que la trace soit Îrifiée séquentiellement. Cet article propose de remédier à ce problème, en découpant la trace en plusieurs sous-traces analysables séparément, suivant une stratégie définie, ce qui permet un gain de temps significatif

Implementation of ERTMS: a methodology based on formal methods and simulation with respect to French national rules

TRA2016 - Moving Forward. Innovative Solutions for Tomorrow's Mobility, Varsovie, Pologne, 18-/04/2016 - 21/04/2016Ce papier présente les derniers résultats d'un projet de 3 ans qui propose de contribuer à la validation et à l'implémentation d'un système européen pour la signalisation ferroviaire appelée ERTMS "European Rail Traffic Management System". La gestion des systèmes de signalisation côté voie en ERTMS est basée sur des règles propres à chaque pays et non sur des règles globales. Pour effectuer une estimation globale de sûreté, une analyse système doit considérer tous ces aspects. Par conséquent, le principal objectif de ce projet est de fournir une méthodologie et des outils logiciels dans le but de vérifier la consistance des règles.Le projet Perfect a démarré en Novembre 2012. La première étape était d'identifier des scénarios critiques conduisant à des accidents ou des presque accidents. L'étude nous a conduits à nous concentrer sur les trains de maintenance. En fait, même s'ils ne représentent pas une grande partie du trafic, les trains de maintenances sont impliqués dans plusieurs situations critiques. Ce résultat intermédiaire souligne le fait qu'il n'y a pas d'accident de fonctionnement puisqu'il n'y a pas d'ETCS2 implémenté en France durant le projet. En conséquence, la seconde étape est de bâtir un environnement logique qui permet de rejouer les scénarios identifiés dans un environnement ERTMS. Cet environnement logique est obtenu par une tâche de modélisation. Les réseaux de Petri et les modèles B sont utilisés pour fournir certaines preuves formelles de sûreté. Ces deux outils de modélisation sont bien acceptés par les acteurs ferroviaires. Cependant, la spécification ERTMS n'est pas aussi formelle. Un langage semi formel tel que SysML semble être adapté pour produire des modèles intermédiaires. Un réseau de Petri du système d'enclenchement a été proposé et un modèle UML4Secure a été présenté. La transformation de ces deux modèles en machines B a été publié. Maintenant, nous sommes capable de prouver des invariants de sécurités sur ce modèle globale du système.Dans la dernière étape du projet, basé sur le modèle formel, certains tests sont générés et exécutés sur l'outil de simulation conforme à ERTMS. Les scenarii sont obtenus à l'aide de deux procédures différentes. Premièrement, l'analyse de la base de données d'accidents permet la définition de certains éléments critiques. Deuxièmement, lorsque l'analyse formelle ne permet pas de fournir toutes les preuves, le scenario correspondant doit être testé. L'influence de la conception de l'infrastructure et le contexte opérationnel doivent être révélés dans cette dernière étape

Understanding the mechanisms of notochord maturation and transformation during intervertebral disc morphogenesis in the mouse

International audienc

An Automated Method for the Study of Human Reliability in Railway Supervision Systems

International audienceThis paper presents an original experimental protocol, which aims to study human reliability in railway systems by computing the human error probability (HEP) of human operators. The experiment is conducted on a railway traffic management system that places operators in simulated situations involving railway failures. The obtained experimental result is analyzed first by two classical human reliability analysis methods to estimate the HEP of each subject. Then, a model of human operators using valuation-based system is proposed. Finally, a methodology automatically populates the proposed model by allowing the verification of temporal properties on the simulation trace

Role of the cellular transcription factor Yin-Yang 1 (YY1) in the cis-regulatory region (IRR) of the Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1)

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