The Absence of C-5 DNA Methylation in Leishmania donovani Allows DNA Enrichment from Complex Samples.

Cytosine C5 methylation is an important epigenetic control mechanism in a wide array of eukaryotic organisms and generally carried out by proteins of the C-5 DNA methyltransferase family (DNMTs). In several protozoans, the status of this mechanism remains elusive, such as in Leishmania, the causative agent of the disease leishmaniasis in humans and a wide array of vertebrate animals. In this work, we showed that the Leishmania donovani genome contains a C-5 DNA methyltransferase (DNMT) from the DNMT6 subfamily, whose function is still unclear, and verified its expression at the RNA level. We created viable overexpressor and knock-out lines of this enzyme and characterized their genome-wide methylation patterns using whole-genome bisulfite sequencing, together with promastigote and amastigote control lines. Interestingly, despite the DNMT6 presence, we found that methylation levels were equal to or lower than 0.0003% at CpG sites, 0.0005% at CHG sites, and 0.0126% at CHH sites at the genomic scale. As none of the methylated sites were retained after manual verification, we conclude that there is no evidence for DNA methylation in this species. We demonstrated that this difference in DNA methylation between the parasite (no detectable DNA methylation) and the vertebrate host (DNA methylation) allowed enrichment of parasite vs. host DNA using methyl-CpG-binding domain columns, readily available in commercial kits. As such, we depleted methylated DNA from mixes of Leishmania promastigote and amastigote DNA with human DNA, resulting in average Leishmania:human enrichments from 62× up to 263×. These results open a promising avenue for unmethylated DNA enrichment as a pre-enrichment step before sequencing Leishmania clinical samples

Brain metabolic abnormalities during gait with freezing in Parkinson’s disease

International audienc

Integrated genomic and metabolomic profiling of ISC1, an emerging Leishmania donovani population in the Indian subcontinent.

Leishmania donovani is the responsible agent for visceral leishmaniasis (VL) in the Indian subcontinent (ISC). The disease is lethal without treatment and causes 0.2 to 0.4 million cases each year. Recently, reports of VL in Nepalese hilly districts have increased as well as VL cases caused by L. donovani from the ISC1 genetic group, a new and emerging genotype. In this study, we perform for the first time an integrated, untargeted genomics and metabolomics approach to characterize ISC1, in comparison with the Core Group (CG), main population that drove the most recent outbreak of VL in the ISC. We show that the ISC1 population is very different from the CG, both at genome and metabolome levels. The genomic differences include SNPs, CNV and small indels in genes coding for known virulence factors, immunogens and surface proteins. Both genomic and metabolic approaches highlighted dissimilarities related to membrane lipids, the nucleotide salvage pathway and the urea cycle in ISC1 versus CG. Many of these pathways and molecules are important for the interaction with the host/extracellular environment. Altogether, our data predict major functional differences in ISC1 versus CG parasites, including virulence. Therefore, particular attention is required to monitor the fate of this emerging ISC1 population in the ISC, especially in a post-VL elimination context

Leishmania Genome Dynamics during Environmental Adaptation Reveal Strain-Specific Differences in Gene Copy Number Variation, Karyotype Instability, and Telomeric Amplification.

Protozoan parasites of the genus Leishmania adapt to environmental change through chromosome and gene copy number variations. Only little is known about external or intrinsic factors that govern Leishmania genomic adaptation. Here, by conducting longitudinal genome analyses of 10 new Leishmania clinical isolates, we uncovered important differences in gene copy number among genetically highly related strains and revealed gain and loss of gene copies as potential drivers of long-term environmental adaptation in the field. In contrast, chromosome rather than gene amplification was associated with short-term environmental adaptation to in vitro culture. Karyotypic solutions were highly reproducible but unique for a given strain, suggesting that chromosome amplification is under positive selection and dependent on species- and strain-specific intrinsic factors. We revealed a progressive increase in read depth towards the chromosome ends for various Leishmania isolates, which may represent a nonclassical mechanism of telomere maintenance that can preserve integrity of chromosome ends during selection for fast in vitro growth. Together our data draw a complex picture of Leishmania genomic adaptation in the field and in culture, which is driven by a combination of intrinsic genetic factors that generate strain-specific phenotypic variations, which are under environmental selection and allow for fitness gain.IMPORTANCE Protozoan parasites of the genus Leishmania cause severe human and veterinary diseases worldwide, termed leishmaniases. A hallmark of Leishmania biology is its capacity to adapt to a variety of unpredictable fluctuations inside its human host, notably pharmacological interventions, thus, causing drug resistance. Here we investigated mechanisms of environmental adaptation using a comparative genomics approach by sequencing 10 new clinical isolates of the L. donovani, L. major, and L. tropica complexes that were sampled across eight distinct geographical regions. Our data provide new evidence that parasites adapt to environmental change in the field and in culture through a combination of chromosome and gene amplification that likely causes phenotypic variation and drives parasite fitness gains in response to environmental constraints. This novel form of gene expression regulation through genomic change compensates for the absence of classical transcriptional control in these early-branching eukaryotes and opens new venues for biomarker discovery

Fluid challenges in intensive care: the FENICE study A global inception cohort study

Fluid challenges (FCs) are one of the most commonly used therapies in critically ill patients and represent the cornerstone of hemodynamic management in intensive care units. There are clear benefits and harms from fluid therapy. Limited data on the indication, type, amount and rate of an FC in critically ill patients exist in the literature. The primary aim was to evaluate how physicians conduct FCs in terms of type, volume, and rate of given fluid; the secondary aim was to evaluate variables used to trigger an FC and to compare the proportion of patients receiving further fluid administration based on the response to the FC.This was an observational study conducted in ICUs around the world. Each participating unit entered a maximum of 20 patients with one FC.2213 patients were enrolled and analyzed in the study. The median [interquartile range] amount of fluid given during an FC was 500 ml (500-1000). The median time was 24 min (40-60 min), and the median rate of FC was 1000 [500-1333] ml/h. The main indication for FC was hypotension in 1211 (59 %, CI 57-61 %). In 43 % (CI 41-45 %) of the cases no hemodynamic variable was used. Static markers of preload were used in 785 of 2213 cases (36 %, CI 34-37 %). Dynamic indices of preload responsiveness were used in 483 of 2213 cases (22 %, CI 20-24 %). No safety variable for the FC was used in 72 % (CI 70-74 %) of the cases. There was no statistically significant difference in the proportion of patients who received further fluids after the FC between those with a positive, with an uncertain or with a negatively judged response.The current practice and evaluation of FC in critically ill patients are highly variable. Prediction of fluid responsiveness is not used routinely, safety limits are rarely used, and information from previous failed FCs is not always taken into account

DEVENIR ET MODE D'EXERCICE DES MEDECINS QUALIFIES EN MEDECINE GENERALE AYANT PASSE LEUR THESE A LILLE EN 1994, 1995 ET 1996

LILLE2-BU Santé-Recherche (593502101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Risque hémorragique dans les reprises de prothèse totale de hanche

Une rPTH est une intervention potentiellement lourde avec un risque hémorragique important. Le calcul de la perte sanguine est sous évalué car l'infiltration tissulaire et les pertes liées aux pansements ne sont pas comptabilisées. L'objectif principal de ce travail était d'évaluer la perte sanguine et de rechercher des facteurs de risques de saignements. Patients et méthodes : Cette étude est de type prospective monocentrique. Ont été incluses toutes les rPTH réalisées dans le service d'orthopédie du CHU de Rouen entre janvier 2007 et décembre 2009. Cela représentait un groupe de 81 reprises. Pour chaque patient la perte sanguine totale a été calculée à partir des pertes peropératoires (aspiration et pesée des compresses) et postopératoires (système de drainage). Les PSL transfusés ont été répertoriés. Des tests statistiques de corrélation avec différents paramètres ont été réalisés (durée de l'intervention, BMI, âge lors de la reprise, étiologie de la rPTH, réalisation d'une greffe et/ou d'une fémorotomie, modalité de la rPTH, classification du descellement, durée d'hospitalisation, traitements et Hb préopératoire). L'objectif principal était de déterminer la proportion de patients exposés à un risque de saignement important lors d'une rPTH par l'évaluation de la perte sanguine et de mettre en évidence des facteurs de risques. Résultats : Les pertes totales moyennes étaient de 1439cc avec un minimum de 200cc et un maximum de 5460cc. Soixante patients ont été transfusés soit 74% des cas. Il existe une corrélation entre les pertes et les transfusions de PSL (p<0,001). L'augmentation des pertes sanguines et le taux de transfusion sont corrélés avec la durée opératoire, le BMI, la réalisation d'une fémorotomie et lors d'une reprise bipolaire. La réalisation d'une greffe autologue est corrélée uniquement à l'augmentation du taux de transfusion. La durée d'hospitalisation augmente avec le taux de transfusion et les pertes. Il existe une corrélation entre un taux d'hémoglobine préopératoire bas et le nombre de culots reçus (p=0.02). L'âge du patient lors de la reprise et le numéro de la reprise n'ont pas d'influence sur les pertes et le taux de transfusion. L'étiologie de la rPTH n'est pas un facteur de risque sauf pour le sepsis et uniquement pour les pertes totales. Le stade de descellement de l'implant n'est pas corrélé aux pertes ni aux transfusions ainsi que les traitements dans la mesure où le relais des AVK et l'arrêt des AAP ont été respectés. Conclusion : La perte sanguine est un paramètre essentiel de toute intervention. Elle nécessite une évaluation précise afin de faire un bilan objectif de l'état hémodynamique du patient. L'objectif est de détecter les patients à risque grâce à des facteurs de risques pour limiter le taux de transfusion. Cette limitation des pertes permet de diminuer les risques de complications et d'augmenter la récupération fonctionnelle.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

Microcéphalie familiale (étude d'une fratrie et revue de la littérature)

CAEN-BU Médecine pharmacie (141182102) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Le cotyle de reconstruction saturne® dans les reprises acetabulaires de prothèses totales de hanche (résultats préliminaires sur 33 cas)

Les interventions de reprises d'arthroplastie totale de hanche sont en plein essor depuis la fin des années 1980. La révision du versant acétabulaire doit permettre d'obtenir une fixation stable dans le temps. Une reconstruction du stock osseux est souvent nécessaire dans les formes avec perte de substance importante, et permettra, le cas échéant. une reprise ultérieure dans de meilleures conditions. Cette étude rétrospective présentait les résultats cliniques et radiographiques de l'implant acétabulaire Saturne de reconstruction, ainsi que ses complications. Etaient anahsés tout particulièrement, les critères de stabilité de fixation, de reconstruction du stock osseux et de recentrage de la hanche. Trente trois cas de reprises pour échecs sévères d'arthroplastie totale de hanche étaient rapportés, au recul moyen de 33,6 mois. Les reprises septiques étaient exclues. La reconstruction s'associait à l'utilisation d'une autogreffe dans 18 cas (54,5%). Au recul final, les scores fonctionnels étaient significativement améliorés. Le score de Harris passait de 37.8 à 72,7 et le score PMA de 9,0 à 14,2. Trois cas de descellements itératifs étaient rapportés (9,1 ro) et 2 échecs d'ostéo intégration isolés (6,1 %). L'effet de recentrage et la reconstruction osseuse étaient significatifs. Aucune reprise itérative du versant acétabulaire et une seule (3.0%) du versant fémoral avait été réalisée au recul. L'analyse des complications retrouvaient un sepsis tardif profond (3.0%) et aucun épisode de luxation. Au total, l'implant Saturne® a permis de répondre aux exigences attendues dans la grande majorité des situations traitées. Ses limites semblaient cependant atteintes dans les situations de lésions osseuses étendues (stade lll de Paprosky). La double mobilité de sa cupule était efficace et aucune luxation n'avait été rapportée. La poursuite de l'analyse des résultats de cet implant est à poursuivre à plus long terme afin d'en fixer plus précisément les modalités d'utilisation.ROUEN-BU Médecine-Pharmacie (765402102) / SudocSudocFranceF

MANIPULATION D'ATOMES ET DE MOLECULES INDIVIDUELS A L'AIDE DU MICROSCOPE A EFFET TUNNEL

PARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocCentre Technique Livre Ens. Sup. (774682301) / SudocSudocFranceF