Identification of genetic variants associated with Huntington's disease progression: a genome-wide association study

Background Huntington's disease is caused by a CAG repeat expansion in the huntingtin gene, HTT. Age at onset has been used as a quantitative phenotype in genetic analysis looking for Huntington's disease modifiers, but is hard to define and not always available. Therefore, we aimed to generate a novel measure of disease progression and to identify genetic markers associated with this progression measure. Methods We generated a progression score on the basis of principal component analysis of prospectively acquired longitudinal changes in motor, cognitive, and imaging measures in the 218 indivduals in the TRACK-HD cohort of Huntington's disease gene mutation carriers (data collected 2008–11). We generated a parallel progression score using data from 1773 previously genotyped participants from the European Huntington's Disease Network REGISTRY study of Huntington's disease mutation carriers (data collected 2003–13). We did a genome-wide association analyses in terms of progression for 216 TRACK-HD participants and 1773 REGISTRY participants, then a meta-analysis of these results was undertaken. Findings Longitudinal motor, cognitive, and imaging scores were correlated with each other in TRACK-HD participants, justifying use of a single, cross-domain measure of disease progression in both studies. The TRACK-HD and REGISTRY progression measures were correlated with each other (r=0·674), and with age at onset (TRACK-HD, r=0·315; REGISTRY, r=0·234). The meta-analysis of progression in TRACK-HD and REGISTRY gave a genome-wide significant signal (p=1·12 × 10−10) on chromosome 5 spanning three genes: MSH3, DHFR, and MTRNR2L2. The genes in this locus were associated with progression in TRACK-HD (MSH3 p=2·94 × 10−8 DHFR p=8·37 × 10−7 MTRNR2L2 p=2·15 × 10−9) and to a lesser extent in REGISTRY (MSH3 p=9·36 × 10−4 DHFR p=8·45 × 10−4 MTRNR2L2 p=1·20 × 10−3). The lead single nucleotide polymorphism (SNP) in TRACK-HD (rs557874766) was genome-wide significant in the meta-analysis (p=1·58 × 10−8), and encodes an aminoacid change (Pro67Ala) in MSH3. In TRACK-HD, each copy of the minor allele at this SNP was associated with a 0·4 units per year (95% CI 0·16–0·66) reduction in the rate of change of the Unified Huntington's Disease Rating Scale (UHDRS) Total Motor Score, and a reduction of 0·12 units per year (95% CI 0·06–0·18) in the rate of change of UHDRS Total Functional Capacity score. These associations remained significant after adjusting for age of onset. Interpretation The multidomain progression measure in TRACK-HD was associated with a functional variant that was genome-wide significant in our meta-analysis. The association in only 216 participants implies that the progression measure is a sensitive reflection of disease burden, that the effect size at this locus is large, or both. Knockout of Msh3 reduces somatic expansion in Huntington's disease mouse models, suggesting this mechanism as an area for future therapeutic investigation

Exposition à la pollution atmosphérique et perception par les touristes

La pollution de l’air peut être une source de gêne pour les touristes visitant Paris et elle peut avoir des répercussions sur l’image de la ville ainsi que sur l’activité touristique. Cet article propose une estimation de l’exposition des touristes à la pollution en la comparant à la perception qu’ils en ont, sur plusieurs sites touristiques. L’exposition est analysée à partir de données issues d’une part du réseau de mesures régional de l’association Airparif et, d’autre part, de mesures itinérantes à une échelle locale. La perception, évaluée à l’aide d’enquêtes de terrain, montre des variations de la représentation selon la nationalité des touristes et selon les sites visités

La pollution de l'air en région parisienne : exposition et perception sur les sites touristiques

The Paris metropolitan area concentrates a lot of human activities and buildings generating high emissions of pollutants. Ozone, nitrogen dioxide and particles often exceed the annual and daily thresholds set by European Union and France. Exposure to exceptional concentrations of these pollutants can cause respiratory and cardiovascular problems for people in Paris. Air quality can be a nuisance and have a negative impact on the image of the area, for which tourism is one of the leading economic activities. The objectives of this thesis are to evaluate when and where tourists are more exposed to air pollution, and how they perceive it. To evaluate the exposure of tourists, spatial and temporal variations of ozone, nitrogen dioxide and particulate matter are studied at two different scales: first, at regional scale, with the data from the official monitoring network Airparif, and second, more local, with measurements of ozone and particles on different routes and Parisian sights. Exposure is different depending on pollutants, season and location. Tourists are most exposed to ozone from May to September during sunny days and in green areas, away from traffic. They are more exposed to particles and nitrogen dioxide from October to April during calm weather with morning inversions and nearby road traffic. Tourists' perception of air pollution was evaluated with questionnaire surveys on the sites of the Eiffel Tower, the Sacré-Cœur and Notre-Dame over several days. Tourists perceive a good or fair air quality in Paris. This perception varies daily depending primarily on weather conditions and visibility of smog. It depends also on sites, resulting from visual, olfactory and noise perceived differently. The origin of tourists affects their perception with one major difference between the French tourists and foreign tourists.La métropole parisienne concentre un grand nombre d'activités anthropiques et une forte densité de bâtis engendrant de fortes émissions de polluants. L'ozone, le dioxyde d'azote et les particules dépassent fréquemment les seuils critiques annuels et journaliers fixés par l'Union Européenne et la France. L'exposition à des concentrations exceptionnelles de ces polluants peut engendrer des problèmes respiratoires et cardio-vasculaires pour la population et les nombreux touristes en région parisienne. La qualité de l'air peut être une source de nuisance lors du séjour de ces derniers et avoir un impact négatif sur l'image de la région, dont le tourisme est une des premières activités économiques. Les objectifs de cette thèse sont d'évaluer, d'une part, quand et où les touristes sont le plus exposés à la pollution de l'air, et d'autre part, comment ils la perçoivent. Pour évaluer l'exposition des touristes, les variabilités spatiale et temporelle de l'ozone, du dioxyde d'azote et des particules ont été étudiées à deux échelles différentes : la première régionale, avec les données issues du réseau de mesures Airparif, et la seconde, plus locale, avec des mesures de concentrations d'ozone et de particules sur différents itinéraires et sites touristiques parisiens. L'exposition est différente selon les polluants, la saison et le lieu. Les touristes sont le plus exposés à l'ozone de mai à septembre lors de journées ensoleillées et dans les espaces verts, loin de la circulation routière. À l'inverse, ils sont le plus exposés aux particules et au dioxyde d'azote d'octobre à avril lors de temps calme avec des inversions thermiques matinales, et à proximité du trafic routier. La perception des touristes de la pollution de l'air a été évaluée à l'aide d'enquêtes sur les sites de la Tour Eiffel, du Sacré-Cœur et de Notre-Dame sur plusieurs jours. Les touristes estiment globalement une qualité de l'air bonne ou moyenne à Paris. Cette perception varie selon les jours, dépendant essentiellement des conditions météorologiques et de la visibilité du smog, et selon les sites, résultant de nuisances visuelles, olfactives et sonores perçues différemment. L'origine des touristes influe sur leur perception avec une principale différence entre les touristes français et les touristes étrangers

Variabilité spatio-temporelle des pics de PM10 selon les conditions météorologiques dans la région parisienne de 2007 à 2009

International audienceHigh concentrations of particles smaller than 10 microns (PM10) are currently one of the pollutants of greatest risk to the health of the population in Ile de France. To characterize the variability of these pollutant concentrations, hourly and daily data from 14 stations of the Airparif network (traffic, urban, suburban and rural) were analyzed and correlated with weather data and daily schedules of two stations in Paris area (2007-2009). The analysis showed a positive relationship between the PM10 levels, the proximity of traffic and wind speed. The peaks of pollution are common in Ile de France when wind speed is lower than 1.5 m/s.Les fortes concentrations de particules inférieures à 10 um (PM10) sont actuellement un des polluants présentant le plus de risque pour la santé de la population en Ile de France. Pour caractériser la variabilité des concentrations de ce polluant, les données horaires et quotidiennes issues de 14 stations du réseau Airparif (trafic, urbaine, périurbaine et rurale) ont été analysées et mises en relation avec les données météorologiques horaires et quotidiennes de deux stations francilienne (période 2007-2009). L’analyse montre une forte relation entre les des taux de PM10 et la proximité du trafic routier ainsi que la vitesse du vent. Les pics de pollution sont fréquents en Ile de France lorsque la vitesse du vent est inférieure à 1,5 m/s

: Variabilités spatio-temporelles des concentrations de particules en région parisienne et de la région Rhônes-Alpes

International audienceSpatio-temporal variabilities of PM10 concentration in Paris and Rhône-Alpes areas (France).During my PhD, spatial and temporal variability studies of air pollution in the Paris region using principal component analysis (PCA) has been the subject of numerous discussions with Gérard Beltrando, director of my thesis. The continuity of our scientific discussions is presented here by comparing the results of two PCA: the first on the mean daily concentration of PM10 measured in 8 stations in the Ile-de-France region (Paris area) and the second on concentration measured in 22 stations in the Rhône-Alpes region (south-east of France) from the 1st January 2007 to the 31 December 2016. In the Parisian area, the spatial and temporal variability of particles is mainly due to emission sources variations. In the Rhône-Alpes area, the relief, the different emission sources and the various agglomerations of the region influence spatial distributions of particle levels according to the days, seasons and types of weather.Lors de mon travail doctoral, la caractérisation de la variabilité spatio-temporelle de la pollution de l’air en région parisienne à l’aide d’analyses en composante principale (ACP) a été le sujet de nombreuses discussions avec Gérard Beltrando, directeur de ma thèse. La continuité de nos échanges scientifiques est présentée ici à travers la comparaison des résultats de deux ACP : la première sur les concentrations moyennes journalières de PM10 mesurées dans 8 stations franciliennes et la seconde sur les concentrations mesurées dans 22 stations de la région Rhône-Alpes du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2016. Les résultats montrent deux configurations régionales différentes. En région parisienne, la variabilité spatio-temporelle des particules est principalement liée aux variations des sources d’émission. Tandis que le relief, la diversité des sources d’émission et les différentes agglomérations de la région Rhône-Alpes influent sur des répartitions spatiales des niveaux de particules diverses selon les jours, les saisons et les types de temps

Variabilité spatio-temporelle des pics de PM10 selon les conditions météorologiques dans la région parisienne de 2007 à 2009

International audienceHigh concentrations of particles smaller than 10 microns (PM10) are currently one of the pollutants of greatest risk to the health of the population in Ile de France. To characterize the variability of these pollutant concentrations, hourly and daily data from 14 stations of the Airparif network (traffic, urban, suburban and rural) were analyzed and correlated with weather data and daily schedules of two stations in Paris area (2007-2009). The analysis showed a positive relationship between the PM10 levels, the proximity of traffic and wind speed. The peaks of pollution are common in Ile de France when wind speed is lower than 1.5 m/s.Les fortes concentrations de particules inférieures à 10 um (PM10) sont actuellement un des polluants présentant le plus de risque pour la santé de la population en Ile de France. Pour caractériser la variabilité des concentrations de ce polluant, les données horaires et quotidiennes issues de 14 stations du réseau Airparif (trafic, urbaine, périurbaine et rurale) ont été analysées et mises en relation avec les données météorologiques horaires et quotidiennes de deux stations francilienne (période 2007-2009). L’analyse montre une forte relation entre les des taux de PM10 et la proximité du trafic routier ainsi que la vitesse du vent. Les pics de pollution sont fréquents en Ile de France lorsque la vitesse du vent est inférieure à 1,5 m/s

Les capteurs low cost de pollution : un nouvel eldorado pour l'évaluation de l'exposition individuelle aux particules ?

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Spatial variability of fine particles in Parisian streets

International audienceTo study the spatial variability of airborne particles and to evaluate the personal and tourist exposure to fine particles in Paris, measurements of fine particles (PM2.5) concentrations have been made in Parisian streets in different mode of transport (bus, bike and walking), using a portable sensor. We use also meteorological parameters sensor (temperature,humidity and wind speed), a camera to view traffic and a GPS to compare with particles levels. PM2.5 levels are highly variable depending on emission sources (traffic road, work building and natural sources in park). Wind speed and PM2.5 concentrations vary according to urban morphology: wind speed and concentrations are higher in streets canyon than in open spaces. Fine particles (particles <2.5 μm in aerodynamic diameter) are proportionately higher than the coarser particles (particles between 10 and 2.5 μm in aerodynamic diameter) in height and in streets canyon

Using GIS tools to assess the urban environment influence on the particle concentration variability in Paris

International audienceTo define urban morphology parameters, which could explain the spatial variability of particles concentration in Parisian street. Using GIS analysis to study what urban morphology indexes affect the spatial distribution of particle concentration at local scale. OBJECTIVES Particle is one of the most important megacities' air pollution problems, with public health issues. To assess personal exposure in Paris, we made few measurements of particles concentrations by foot and by bike. The results show that particles concentration and size distribution are spatially highly variable due to different emissions and air mass movements. At the scale of the city, street geometry (orientation, width…), the built-up environment (density, color, materials…) and the green spaces also strongly affect the spatial distribution of pollutant concentrations

Low cost air pollution sensors: New perspectives for the measurement of individual exposure?

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