Towards the development of ecosystem-based indicators of mangroves functioning state in the context of the EU water framework directive

European Water Framework Directive is enforced in five tropical French Oversea Territories where mangroves are present. Developing bioindication tools to support the ecosystem-based management approach of the Directive is needed. A series of expert workshops was organized and led to the proposal of a strategy and of an applied research program to develop bioindication tools. The proceedings of the workshops are presented as a case study, as this is the first time such an integrative ecosystem-based approach is proposed in mangroves, combining structural and functional aspects, from forest structure to benthic community functioning

Grand Inventaire de la faune et de la flore marines côtières de Martinique

Du 5 septembre au 11 octobre 2016, le Muséum national d\u27Histoire naturelle a piloté sur les côtes martiniquaises un inventaire de grande ampleur de la faune et de la flore. L\u27expédition avait pour objectif de renforcer la connaissance actuelle de la biodiversité marine en Martinique par un inventaire quasi exhaustif des espèces qui sont encore méconnues (algues, éponges, mollusques, crustacés, échinodermes, ascidies?). Cette conférence intitulée "Grand Inventaire de la faune et de la flore marines côtières de Martinique" présente Philippe Bouchet, le chef de la mission, qui rappelle dans quel cadre sont menées les Grandes Expéditions du Muséum. Claude Bouchon apporte ensuite son regard sur l\u27évolution des récifs coralliens antillais depuis 30 ans et explique comment les activités humaines impactent cet écosystème riche et fragile. Enfin, Josiane Pain Mahieu, enseignante au Lycée Montgérald du Marin, qui a participé à la constitution de l\u27alguier sur la mission, clôt cette conférence. Pour elle, la sensibilisation auprès du jeune public est primordiale. En effet, faire connaître les problématiques de la biodiversité marine de la Martinique aujourd\u27hui devrait permettre de la préserver demain

Fine-scale congruence in bacterial community structure from marine sediments sequenced by short-reads on Illumina and long-reads on Nanopore

Abstract Following the development of high-throughput sequencers, environmental prokaryotic communities are usually described by metabarcoding with genetic markers on the 16S domain. However, short-read sequencing encounters a limitation in phylogenetic coverage and taxonomic resolution, due to the primers choice and read length. On these critical points, nanopore sequencing, a rising technology, suitable for long-read metabarcoding, was much undervalued because of its relatively higher error rate per read. Here we compared the prokaryotic community structure in a mock community and 52 sediment samples from two contrasted mangrove sites, described by short-reads on 16SV4-V5 marker ( ca . 0.4kpb) analyzed by Illumina sequencing (MiSeq, V3), with those described by long-reads on bacterial nearly complete 16S ( ca . 1.5 kpb) analyzed by Oxford Nanopore (MinION, R9.2). Short- and long-reads retrieved all the bacterial genera from the mock, although both showing similar deviations from the awaited proportions. From the sediment samples, with a coverage-based rarefaction of reads and after singletons filtering, co-inertia and Procrustean tests showed that bacterial community structures inferred from short- and long-reads were significantly similar, showing both a comparable contrast between sites and a coherent sea-land orientation within sites. In our dataset, 84.7 and 98.8% of the short-reads were assigned strictly to the same species and genus, respectively, than those detected by long-reads. Primer specificities of long-16S allowed it to detect 92.2% of the 309 families and 87.7% of the 448 genera that were detected by the short 16SV4-V5. Long-reads recorded 973 additional taxa not detected by short-reads, among which 91.7% were identified to the genus rank, some belonging to 11 exclusive phyla, albeit accounting for only 0.2% of total long-reads

Typologie des habitats benthiques de la Martinique

Ce rapport présente la liste hiérarchisée des habitats benthiques de la Martinique et les 118 fiches descriptives associées. Ce travail s’est appuyé sur la liste des habitats marins initiée par Dirberg et Ferry suite à l’expédition Madibenthos organisée par le Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), en 2016, en Martinique. Des observations et vérifications ponctuelles, effectuées sur le terrain jusqu’en 2021 ont permis de consolider la typologie. La structure hiérarchique des habitats repose sur la méthode normalisée de classification de l’Ifrecor qui a cependant été adaptée aux spécificités du territoire. Au total la typologie regroupe 246 unités, avec 5 niveaux de hiérarchisation : 1) l'étage, 2) le substrat, 3) la géomorphologie (pour les substrats durs)/le type de substrat (pour les substrats meubles), 4) les peuplements dominants et 5) l'habitat. Ce document comprend également une présentation du territoire et des grands types d’habitats benthiques présents en Martinique ainsi que six transects illustrant la succession typique d’habitats de la côtevers le large dans différents secteurs