The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Complications et facteurs pronostiques des vessies neurogènes

Introduction: Les complications des vessies neurogènes peuvent engager le pronostic vital. Objectifs: déterminer les complications uronéphrologiques des vessies neurogènes et identifier les facteurs de risque. Patients et méthodes: Nous avons effectué une étude rétrospective, portant sur 79 patients recrutés au service de Médecine Physique et Réadaptation Fonctionnelle du CHU Ibn Rochd de Casablanca, pour une exploration urodynamique. Les dossiers des patients présentant des vessies neurogènes ont été inclus. Résultats: L’âge moyen a été de 20,5 ans avec une prédominance féminine. Les troubles urinaires ont été dominés par les fuites (51,9%). La durée d’évolution a été plus longue chez les enfants (6,5 ans). Les vessies neurologiques ont été souvent associées à une atteinte médullaire. Les vessies neurogènes ont représenté 55,7% des cas. L’infection urinaire à répétition (34,2%), l’urétéro-hydronéphrose (22,8%), le reflux vesico-urétéral (20,2%), l’insuffisance rénale chronique terminale (6,3%) ont été les principales complications. Ces complications ont concerné plus fréquemment les enfants (69,56%) et les patients avec une hypocompliance (92,85%). Conclusion: Le principal facteur de risque de survenue de complications au cours des vessies neurologiques et neurogènes a été l’hypocompliance d’où l’intérêt de l’exploration urodynamique dans la prise en charge des troubles urinaires

Atlas des relations homme-rat noir-zoonoses au Sénégal : contribution interdisciplinaire à l'approche One Health

En observant et analysant la propagation du rat noir (Rattus rattus) au Sénégal, cet ouvrage souligne la dynamique spatiale d'un réservoir animal emblématique de zoonoses. Dans les confins orientaux du territoire sénégalais, ce rongeur commensal profite de la transformation des environnements et de la croissance des échanges marchands pour s'installer là où il est absent. L'étude du modèle dynamique fournit de nouvelles informations aux acteurs de la santé publique et de l'aménagement du territoire dans le but de prévenir les risques d'émergence épidémiques. L'atlas est issu du programme CHANCIRA (CHANgements environnementaux. Circulation de biens et de personnes: de l'invasion de réservoirs à l'apparition d'anthropozoonoses. Le cas du rat noir dans l'espace sénégalais) et de la collaboration interdisciplinaire entre chercheurs de plusieurs établissements partenaires (l'IRD, l'IPD, l'université Cheikh Anta Diop de Dakara, l'université de Ziguinchor, l'université Paris Nanterre et l'université de Strasbourg). Les deux premiers ensembles de cartes sont réalisés à partir de documents d'archives, de données d'enquêtes qualitatives et quantitatives et d'entretiens. Les informations ont été réunies et homogénéisées dans un système d'information spatialisé propice au développement de requêtes croisées : sur la durée du XXe siècle, pour suivre la diffusion de Rattus rattus dans le territoire sénégalais; sur les vingt dernières années, pour affiner l'étude des dynamiques spatiales du rat noir dans l'est du Sénégal. Le troisième ensemble de cartes dévoile la dynamique actuelle du rongeur dans des espaces particuliers des régions de Tambacounda et Kédougou. Les résultats issus d'enquêtes géographiques, rodentologiques, entomologiques et virologiques restituent différentes informations : environnements domestiques et villageois, modes de vie et mobilités, répartition des espèces de rongeurs dans et hors des habitations, distribution des vecteurs d'arboviroses, prélèvements sérologiques et virologiques sur les populations humaines et animales. Ces données aident à mieux comprendre les processus liés à l'expansion de Rattus rattus, susceptibles d'engendrer un risque important de zoonoses pour les populations humaines. L'Atlas des relations homme-rat noir-zoonoses au Sénégal insiste sur la nécessité de s'affranchir de toute logique déterministe, au profit d'une mise en situation géographique et écologique des acteurs et vecteurs de la transmission et d'une compréhension territoriale globale des processus