Editorial

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Predicción de la estructura secundaria de proteínas usando máquinas de soporte vectorial

Título en ingles: Protein secondary structure prediction    using  support vector machines Abstract : Among the computational methods used for predicting secondary structure proteins highlights the use of support vector machines. This research shows the predicted secondary structure of protein from its primary amino acid sequence using Support Vector Machines. As inputs, in the proposed methodology, features are used from different structural motifs or text strings associated with the primary structure which represents the secondary structure, such as R-group and the probability that the amino acid at position adopts a central particular secondary structure. For feature extraction method is used coding of sequences in which each symbol in the primary structure is associated with each symbol in the secondary structure. The use of this encoding method reduces the dimensionality of the data of thousands of characteristics only 220 of these. The results obtained are comparable to those reported in the literature, taking about 70% accuracy. Furthermore, it is possible to reduce computational cost in the construction of classifiers because this work models the problem of multi classification as a group of binary classifiers. Key words: coding methodology; support vector machines; prediction of protein secondary structure. Resumen: Entre los métodos computacionales utilizados para la predicción de la estructura secundaria de proteínas, se destaca el uso de máquinas de soporte vectorial. Este trabajo de investigación presenta la predicción de la estructura secundaria de proteínas desde su secuencia primaria de aminoácidos usando Máquinas de Soporte Vectorial. Como entradas, en la metodología propuesta, se utilizan características de los diferentes motivos estructurales o cadenas de texto asociadas a la estructura primaria que representa la estructura secundaria, tales como el R-grupo y la probabilidad de que el aminoácido en la posición central adopte una determinada estructura secundaria. Para la extracción de características se utiliza un método de codificación de secuencias en el que cada símbolo en la estructura primaria se relaciona con cada símbolo en la estructura secundaria. El uso de este método de codificación permite reducir la dimensionalidad de los datos de miles de características a sólo 220 de estas. Los resultados obtenidos son comparables a los registrados en la literatura, teniendo cerca de un 70% de precisión. Además, se logra reducir los costos computacionales en la construcción de los clasificadores debido a que este trabajo modela el problema de multi-clasificación como un grupo de clasificadores binarios. Palabras clave: máquinas de soporte vectorial; metodología de codificación; predicción de la estructura secundaria de proteínas

Determinación de dióxido de carbono en parques de la ciudad de Bucaramanga

Los árboles prestan un sin número de servicios ambientales aún no cuantificados, también almacenan biomasa que es la fracción biodegradable de los productos, los desechos y residuos procedentes de la agricultura, la silvicultura y de las industrias conexas (incluidas las sustancias de origen animal), así como la fracción biodegradable de los residuos industriales y municipales (European Commission. 1997). Este proyecto plantea como objetivo determinar la biomasa y absorción de dióxido de carbono (CO2) en parques urbanos que sirven de sumideros de (CO2) del municipio de Bucaramanga para mitigar la contaminación causada por el parque automotor, de igual manera definir si la masa arbórea de los parques en estudio crece de una manera natural o forzada, calcular de manera exploratoria una función logarítmica en base en las mediciones realizadas para extrapolación alometrica, Determinar el número de individuos con diámetros de altura de pecho mayores de 150cm, dando respuesta así a un problema puntual de nuestra comunidad al no presentarse estudios anteriores de este tipo. El proyecto formula las actividades necesarias que se inician con una articulación de información y apoyo por parte de instituciones relacionadas con el tema como la academia en cabeza de la Universidad de Santander (UDES) y el sector público con la Alcaldía de Bucaramanga, luego una recopilación de información primaria y secundaria acompañadas del desarrollo de jornadas y procesos de educación ambiental. Se destaca el levantamiento inicial de un diagnostico actualizado, que permite el planteamiento de alternativas para determinación de biomasa y caracterización arbórea viables y oportunas para las condiciones locales.AbstractTrees provide a number of environmental services that have not been quantified yet. They also stored biomass that is the biodegradable fraction of products, waste and residues from agriculture, forestry and allied industries (including animal products), well as the biodegradable fraction of industrial and municipal waste (European Commission., 1997). This project aims to determine the biomass and the absorbing of carbon dioxide (CO2) in urban parks that serve of sinks of (CO2) in the Bucaramanga municipality to mitigate pollution caused by vehicle fleet. Similarly, define whether the arboreal mass of the parks studied grows out in a natural or forced way. Calculate in a exploratory way, a logarithmic function based on the measurements made to allometric extrapolation. Determine the number of individuals with diameters above height 150cm chest, responding to a punctual problem of our community due to there were not studies of this type. The project makes the necessary activities that are started with a joint information and support from institutions related with the topic like the University de Santander (UDES) and the public sector with the Mayor of Bucaramanga. Then, a primary and secondary information collection accompanied of the development of workshops and environmental education processes. The initial lifting of an update diagnosis which allows the approach of alternatives for determining biomass and the arboreal characterization viable and appropriate for local conditions is emphasized.Keywords: Biomass, carbon dioxide, urban parks, Bucaramanga

Determinación de dióxido de carbono en parques de la ciudad de Bucaramanga

Los árboles prestan un sin número de servicios ambientales aún no cuantificados, también almacenan biomasa que es la fracción biodegradable de los productos, los desechos y residuos procedentes de la agricultura, la silvicultura y de las industrias conexas (incluidas las sustancias de origen animal), así como la fracción biodegradable de los residuos industriales y municipales (European Commission. 1997). Este proyecto plantea como objetivo determinar la biomasa y absorción de dióxido de carbono (CO2) en parques urbanos que sirven de sumideros de (CO2) del municipio de Bucaramanga para mitigar la contaminación causada por el parque automotor, de igual manera definir si la masa arbórea de los parques en estudio crece de una manera natural o forzada, calcular de manera exploratoria una función logarítmica en base en las mediciones realizadas para extrapolación alometrica, Determinar el número de individuos con diámetros de altura de pecho mayores de 150cm, dando respuesta así a un problema puntual de nuestra comunidad al no presentarse estudios anteriores de este tipo. El proyecto formula las actividades necesarias que se inician con una articulación de información y apoyo por parte de instituciones relacionadas con el tema como la academia en cabeza de la Universidad de Santander (UDES) y el sector público con la Alcaldía de Bucaramanga, luego una recopilación de información primaria y secundaria acompañadas del desarrollo de jornadas y procesos de educación ambiental. Se destaca el levantamiento inicial de un diagnostico actualizado, que permite el planteamiento de alternativas para determinación de biomasa y caracterización arbórea viables y oportunas para las condiciones locales.AbstractTrees provide a number of environmental services that have not been quantified yet. They also stored biomass that is the biodegradable fraction of products, waste and residues from agriculture, forestry and allied industries (including animal products), well as the biodegradable fraction of industrial and municipal waste (European Commission., 1997). This project aims to determine the biomass and the absorbing of carbon dioxide (CO2) in urban parks that serve of sinks of (CO2) in the Bucaramanga municipality to mitigate pollution caused by vehicle fleet. Similarly, define whether the arboreal mass of the parks studied grows out in a natural or forced way. Calculate in a exploratory way, a logarithmic function based on the measurements made to allometric extrapolation. Determine the number of individuals with diameters above height 150cm chest, responding to a punctual problem of our community due to there were not studies of this type. The project makes the necessary activities that are started with a joint information and support from institutions related with the topic like the University de Santander (UDES) and the public sector with the Mayor of Bucaramanga. Then, a primary and secondary information collection accompanied of the development of workshops and environmental education processes. The initial lifting of an update diagnosis which allows the approach of alternatives for determining biomass and the arboreal characterization viable and appropriate for local conditions is emphasized.Keywords: Biomass, carbon dioxide, urban parks, Bucaramanga

Service-learning in university context through physical activities in the nature: adventure session experience

Es fundamental aplicar metodologías de carácter La experiencia versa sobre la aplicación de la metodo-logía de aprendizaje servicio (ApS) en el contexto de la asignatura de actividad físico-recreativa en la naturaleza del grado de educación primaria de la Universidad de Sevilla; consistió en organizar una jornada de aventura en el centro educativo CEIP Divino Salvador (Cortegana, Huelva). La actividad se denominó “superhéroes en la eco escuela”, debido a que el hilo conductor fueron los superhéroes y el eje de acción el Proyecto Eco escuela del centro de edu-cación primaria. El objetivo del juego para los niños y niñas del colegio era conseguir desarrollar sus superpoderes mediante una serie de “retos de en-trenamiento” que iban a realizar en grupo, con la ayuda de los superhéroes y superheroínas venidas desde la universidad. La actividad se dividió en tres fases: momento de presentación y distribución de alumnos por grupos; superación de retos físico-recreativos de aventura propuestos por los superhé-roes y superheroínas; y final de la actividad con una reflexión sobre las capacidadesque tenemos cada uno para cambiar nuestro entorno. La actividad supuso una experiencia de aprendizaje de gran valorpara el alumnado universitario, construyendo el aprendizaje desde la propia práctica en un contexto real.The experience speaks about the application of the service-learning methodology (ApS) in the context of the course of physical and recreational activity in the nature, Degree of the primary edu-cation of the University of Seville; consisted in organizing an adventure session in the educa-tional center CEIP Divino Salvador (Cortegana, Huelva). The activity was called "superheroes in the ecoescuela", due to the fact that the guiding thread were the superheroes and the axis of ac-tion the Ecoescuela’s Project of the primary edu-cation school. The goal of the game for the boys and girls of the school was to develop their super-powers through a series of "training challenges" that they were to carry out in a group, with the help of superheroes and superheorinas from the university. The activity was divided into three phases: presentation and distribution of students by groups; playing physical-recreational adven-ture challenges proposed by superheroes and superheroes; and ending of the activity with a reflection on the capacities that we each have to change our context. The activity was a learning experience of great value for university students, building learning from their own practice in a real context

ReprOlive: a database with linked data for the olive tree (Olea europaea L.) reproductive transcriptome

Plant reproductive transcriptomes have been analyzed in different species due to the agronomical and biotechnological importance of plant reproduction. Here we presented an olive tree reproductive transcriptome database with samples from pollen and pistil at different developmental stages, and leaf and root as control vegetative tissues (http://reprolive.eez.csic.es). It was developed from 2,077,309 raw reads to 1,549 Sanger sequences. Using a pre-defined workflow based on open-source tools, sequences were pre-processed, assembled, mapped, and annotated with expression data, descriptions, GO terms, InterPro signatures, EC numbers, KEGG pathways, ORFs, and SSRs. Tentative transcripts (TTs) were also annotated with the corresponding orthologs in Arabidopsis thaliana from TAIR and RefSeq databases to enable Linked Data integration. It results in a reproductive transcriptome comprising 72,846 contigs with average length of 686 bp, of which 63,965 (87.8%) included at least one functional annotation, and 55,356 (75.9%) had an ortholog. A minimum of 23,568 different TTs was identified and 5,835 of them contain a complete ORF. The representative reproductive transcriptome can be reduced to 28,972 TTs for further gene expression studies. Partial transcriptomes from pollen, pistil, and vegetative tissues as control were also constructed. ReprOlive provides free access and download capability to these results. Retrieval mechanisms for sequences and transcript annotations are provided. Graphical localization of annotated enzymes into KEGG pathways is also possible. Finally, ReprOlive has included a semantic conceptualisation by means of a Resource Description Framework (RDF) allowing a Linked Data search for extracting the most updated information related to enzymes, interactions, allergens, structures, and reactive oxygen species.This work was supported by co-funding from the ERDF (European Regional Development Fund) and (i) Ministerio de Ciencia e Innovación [grant numbers BFU2011-22779 to JDA, and TIN2011-25840 and TIN2014-58304-R to JFAM], and (ii) Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación [grant numbers P10-CVI-6075 to MGC, P10-AGR-6274 and P11-CVI-7487 to JDA, and P11-TIC-7529 and P12-TIC-1519 to JFAM].Peer reviewe