Heckman-type selection models to obtain unbiased estimates with missing measures outcome: theoretical considerations and an application to missing birth weight data

In low-income settings, key outcomes such as biomarkers or clinical assessments are often missing for a substantial proportion of the study population. The aim of this study was to assess the extent to which Heckman-type selection models can create unbiased estimates in such settings.; We introduce the basic Heckman model in a first stage, and then use simulation models to compare the performance of the model to alternative approaches used in the literature for missing outcome data, including complete case analysis (CCA), multiple imputations by chained equations (MICE) and pattern imputation with delta adjustment (PIDA). Last, we use a large population-representative data set on antenatal supplementation (AS) and birth outcomes from Côte d'Ivoire to illustrate the empirical relevance of this method.; All models performed well when data were missing at random. When missingness in the outcome data was related to unobserved determinants of the outcome, large and systematic biases were found for CCA and MICE, while Heckman-style selection models yielded unbiased estimates. Using Heckman-type selection models to correct for missingness in our empirical application, we found supplementation effect sizes that were very close to those reported in the most recent systematic review of clinical AS trials.; Missingness in health outcome can lead to substantial bias. Heckman-selection models can correct for this selection bias and yield unbiased estimates, even when the proportion of missing data is substantial

Diversité des Champignons Mycorhiziens à Arbuscules Associés aux Cacaoyers (Theobroma cacao L.) en Côte d’Ivoire

Les champignons mycorhiziens à arbuscule vivent en symbiose avec les racines des plantes aidant celles-ci à absorber les nutriments nécessaires à leur croissance et développement. En Côte d’Ivoire, cette symbiose n’est pas prise en compte dans stratégies agroforestières à base de cacaoyer. Ce travail vise à étudier les mycorhizes associés aux cacaoyers dans les systèmes agroforestiers. Les spores et les racines de cacaoyer issus de 32 plantations de cacao localisées dans les 4 principales zones agro écologiques de production du cacao en Côte d’ Ivoire ont été analysé. La diversité, la densité des spores, les taux de mycorhization et la richesse spécifique des mycorhizes ont été déterminés. L’examen des spores met en évidence 72 morphotypes appartenant à 10 familles, 17 genres et 49 espèces de mycorhize. Claroideoglomus etunicatum est l’espèce dominante du verger cacaoyer. L’abondance des spores varie entre 10,53 à 31,24 spores.g-1 de sol pour une moyenne de 18,30 spores.g-1 de sol. Le nombre des spores est statistiquement le même à l’échelle des ZAE. Les fréquences de mycorhization des cacaoyers sont généralement élevées et oscillent entre 89,31 % à l’Ouest du verger et 92,4 % au Sud-ouest. En revanche, les intensités de mycorhization sont inférieures à 25 % dans l’ensemble du verger cacaoyer. Ces résultats indiquent que les systèmes agroforestiers à cacaoyer en Côte d’Ivoire abritent une grande diversité de CMA qui pourrait être utilisé dans divers initiatives biotechnologique en agriculture durable.  Arbuscular mycorrhizal fungi live in symbiosis with plant roots, helping them to absorb the nutrients they need for growth and development. In Côte d'Ivoire, this symbiosis is not considered in cocoa-based agroforestry strategies. The aim of this work is to study the mycorrhizal fungi associated with cocoa trees in agroforestry systems. To this end, cocoa spores and roots from 32 cocoa plantations located in the 4 main agro-ecological zones for cocoa production in Côte d'Ivoire were analysed. The diversity, spore density, mycorrhization rates, species richness and Shannon-Wiener diversity indices of CMA communities were determined. A study of the specific richness and relative abundance of 3271 CMA spores revealed 72 CMA morphotypes in the rhizosphere of cocoa trees in Côte d'Ivoire. On all the sites, 10 families, 17 genera and 49 species of CMA were recorded. Claroideoglomus etunicatum is the dominant species in the cocoa orchard. The abundance of spores in the Ivorian cocoa orchard varied between 7,89 and 17,84 spores.g-1 of soil, with an average of 13,42 spores.g-1 of soil. The number of spores was statistically the same across the ZAEs. Cocoa mycorrhization frequencies were generally high, ranging from 89,31% in the west of the orchard to 92,4% in the south-west. In contrast, mycorrhization intensities were below 25% throughout the cocoa orchard. These results indicate that cocoa agroforestry systems in Côte d'Ivoire harbour a wide diversity of CMAs that could be used in various biotecnological initiatives in sustainable agriculture

Diversité des Champignons Mycorhiziens à Arbuscules Associés aux Cacaoyers (Theobroma cacao L.) en Côte d’Ivoire

Les champignons mycorhiziens à arbuscule vivent en symbiose avec les racines des plantes aidant celles-ci à absorber les nutriments nécessaires à leur croissance et développement. En Côte d’Ivoire, cette symbiose n’est pas prise en compte dans stratégies agroforestières à base de cacaoyer. Ce travail vise à étudier les mycorhizes associés aux cacaoyers dans les systèmes agroforestiers. Les spores et les racines de cacaoyer issus de 32 plantations de cacao localisées dans les 4 principales zones agro écologiques de production du cacao en Côte d’ Ivoire ont été analysé. La diversité, la densité des spores, les taux de mycorhization et la richesse spécifique des mycorhizes ont été déterminés. L’examen des spores met en évidence 72 morphotypes appartenant à 10 familles, 17 genres et 49 espèces de mycorhize. Claroideoglomus etunicatum est l’espèce dominante du verger cacaoyer. L’abondance des spores varie entre 10,53 à 31,24 spores.g-1 de sol pour une moyenne de 18,30 spores.g-1 de sol. Le nombre des spores est statistiquement le même à l’échelle des ZAE. Les fréquences de mycorhization des cacaoyers sont généralement élevées et oscillent entre 89,31 % à l’Ouest du verger et 92,4 % au Sud-ouest. En revanche, les intensités de mycorhization sont inférieures à 25 % dans l’ensemble du verger cacaoyer. Ces résultats indiquent que les systèmes agroforestiers à cacaoyer en Côte d’Ivoire abritent une grande diversité de CMA qui pourrait être utilisé dans divers initiatives biotechnologique en agriculture durable.  Arbuscular mycorrhizal fungi live in symbiosis with plant roots, helping them to absorb the nutrients they need for growth and development. In Côte d'Ivoire, this symbiosis is not considered in cocoa-based agroforestry strategies. The aim of this work is to study the mycorrhizal fungi associated with cocoa trees in agroforestry systems. To this end, cocoa spores and roots from 32 cocoa plantations located in the 4 main agro-ecological zones for cocoa production in Côte d'Ivoire were analysed. The diversity, spore density, mycorrhization rates, species richness and Shannon-Wiener diversity indices of CMA communities were determined. A study of the specific richness and relative abundance of 3271 CMA spores revealed 72 CMA morphotypes in the rhizosphere of cocoa trees in Côte d'Ivoire. On all the sites, 10 families, 17 genera and 49 species of CMA were recorded. Claroideoglomus etunicatum is the dominant species in the cocoa orchard. The abundance of spores in the Ivorian cocoa orchard varied between 7,89 and 17,84 spores.g-1 of soil, with an average of 13,42 spores.g-1 of soil. The number of spores was statistically the same across the ZAEs. Cocoa mycorrhization frequencies were generally high, ranging from 89,31% in the west of the orchard to 92,4% in the south-west. In contrast, mycorrhization intensities were below 25% throughout the cocoa orchard. These results indicate that cocoa agroforestry systems in Côte d'Ivoire harbour a wide diversity of CMAs that could be used in various biotecnological initiatives in sustainable agriculture

Diversité des Champignons Mycorhiziens à Arbuscule Associés aux Cacaoyers (Theobroma cacao L.) en Côte d’Ivoire

Les champignons mycorhiziens à arbuscule vivent en symbiose avec les racines des plantes aidant celles-ci à absorber les nutriments nécessaires à leur croissance et développement. En Côte d’Ivoire, cette symbiose n’est pas prise en compte dans les stratégies agroforestières à base de cacaoyer. Ce travail vise à étudier les mycorhizes associés aux cacaoyers dans les systèmes agroforestiers. Les spores et les racines de cacaoyer issus de 32 plantations de cacao localisées dans les 4 principales zones agro-écologiques de production du cacao en Côte d’ Ivoire ont été analysées. La diversité, la densité des spores, les taux de mycorhization et la richesse spécifique des mycorhizes ont été déterminés. L’examen des spores met en évidence 72 morphotypes appartenant à 10 familles, 17 genres et 49 espèces de mycorhize. Claroideoglomus etunicatum est l’espèce dominante du verger cacaoyer. L’abondance des spores varie entre 10,53 à 31,24 spores.g-1 de sol pour une moyenne de 18,30 spores.g-1 de sol. Le nombre des spores est statistiquement le même à l’échelle des zone agroécologique. Les fréquences de mycorhization des cacaoyers sont généralement élevées et oscillent entre 89,31 % à l’Ouest du pays  et 92,4 % au Sud-ouest. En revanche, les intensités de mycorhization sont inférieures à 25 % dans l’ensemble du verger cacaoyer. Ces résultats indiquent que les systèmes agroforestiers à cacaoyer en Côte d’Ivoire abritent une grande diversité de champignons mycorhiziens à arbuscule qui pourrait être utilisée dans diverses initiatives biotechnologiques en agriculture durable.     Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) live in symbiosis with plant roots, helping them to absorb the nutrients they need for growth and development. In Côte d'Ivoire, this symbiosis is not considered in cocoa-based agroforestry strategies. The aim of this work is to study the mycorrhizal fungi associated with cocoa trees in agroforestry systems. To this end, cocoa spores and roots from 32 cocoa plantations located in the 4 main agro-ecological zones for cocoa production in Côte d'Ivoire were analysed. The diversity, spore density, mycorrhization rates, species richness and Shannon-Wiener diversity indices of arbuscular mycorrhizal fungi communities were determined. A study of the specific richness and relative abundance of 3271 spores revealed 72 arbuscular mycorrhizal fungi morphotypes in the rhizosphere of cocoa trees in Côte d'Ivoire. On all the sites, 10 families, 17 genera and 49 species of arbuscular mycorrhizal fungi were recorded. Claroideoglomus etunicatum is the dominant species in the cocoa orchard. The abundance of spores in the Ivorian cocoa orchard varied between 7,89 and 17,84 spores. g-1 of soil, with an average of 13,42 spores.g-1 of soil. The number of spores was statistically the same across the agroecological zones. Cocoa mycorrhization frequencies were generally high, ranging from 89,31% in the west of the orchard to 92,4% in the south-west. In contrast, mycorrhization intensities were below 25% throughout the cocoa orchard. These results indicate that cocoa agroforestry systems in Côte d'Ivoire harbour a wide diversity of AMF that could be used in various biotecnological initiatives in sustainable agriculture

Etat Phytosanitaire Dans Les Plantations Industrielles De Bananiers Dans La Lutte Contre La Cercosporiose Noire En Côte d’Ivoire

La cercosporiose noire causée par le champignon Mycosphaerella fijiensis détruit le feuillage du bananier. Cette maladie apparaît sous forme de petits tirets noirs allongés sur les feuilles qui évoluent très rapidement en nécroses généralisées qui peuvent aboutir à la destruction totale des feuilles du bananier avant la récolte du régime. Elle entraîne ainsi une diminution des rendements et une maturation précoce des fruits. Les stratégies de lutte raisonnée pour le contrôle de la maladie qui s’appuient sur les méthodes d’avertissement, reposent sur le suivi de la maladie en bananeraie et sur l’observation de descripteurs climatiques (pluies, humidité, etc.). Cette étude portant sur l’environnement de production et sur l’organisation des équipes phytosanitaires, a été menée de 2008 à 2012 dans douze plantations industrielles de bananiers de Côte d’Ivoire. L’évaluation de l’état phytosanitaire a porté sur les caractéristiques environnementales (contrôle de l’enherbement, gestion de l’humidité et bordures des parcelles) et sur l’organisation des équipes phytosanitaires. Les résultats ont montré que les plantations Eglin à Agboville, à Azaguié et à Motobé ; WANITA Dabou ont présenté un état sanitaire acceptable, avec une nette progression des paramètres environnementaux observés. Quant aux plantations TIABAM, Rouchard Tagbadié, CDBCI Azaguié et SAKJ Aboisso, elles présentent des inquiétudes dans le redressement de l’état sanitaire de leurs parcelles. Dès 2010, toutesles plantations avaient la présence des équipes phytosanitaires qui numérisaient les observations de la maladie et faisaient le suivi régulier de l’évolution de la maladie. L’ensemble des plantations a montré une évolution positive dans la prise en compte des paramètres essentiels pour une gestion efficiente de la cercosporiose noire. Black Sigatoka caused by the fungus Mycosphaerella fijiensis, destroys the foliage of banana. This disease appears as small elongated black dashes on the leaves which develop very rapidly into widespread necrosis which can lead to total destruction of banana leaves before the harvest of the bunch. It thus leads to reduced yields and early fruit ripening. Rational disease control strategies based on warning methods are based on monitoring the disease in banana plantations and on the observation of climatic descriptors (rainfall, humidity, etc.). This study on the production environment and the organization of phytosanitary teams was carried out from 2008 to 2012 in twelve industrial banana plantations in Ivory Coast. The evaluation of the phytosanitary status focused on the environmental characteristics (grassing control, moisture management and plot borders) and on the organization of the phytosanitary teams. The results showed that the Eglin plantations in Agboville, Azaguié and Motobé; WANITA Dabou presented an acceptable sanitary state, with a clear progression of the observed environmental parameters. As for the TIABAM, Rouchard Tagbadié, CDBCI Azaguié and SAKJ Aboisso plantations, they showed concern in the recovery of the sanitary state of their plots. As of 2010, all plantations had the presence of phytosanitary teams who digitized the observations of the disease and regularly monitored the evolution of the disease. All the plantations showed a positive evolution in taking into account the essential parameters for an efficient management of black Sigatoka